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J.Biol.Chem. 271 6679 6685 1996 JBCHA3 US 0021-9258 0071 ? 8636086 10.1074/jbc.271.12.6679 1 'Trimeric Structure of a C-Type Mannose-Binding Protein' Structure 2 1227 ? 1994 STRUE6 UK 0969-2126 2005 ? ? ? 2 ;Binding of Sugar Ligands to Ca+2-Dependent Animal Lectins II. 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APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 2 73 .. 2 226 1 73 .. 1 226 0.630 M2 3 73 .. 3 226 1 73 .. 1 226 0.307 THE TRANSFORMATIONS WERE DERIVED BY LEAST-SQUARES SUPERPOSITION OF THE MAIN CHAIN N, CA, C, O, CB, WHERE PRESENT, OF RESIDUES 73 TO 226. ; _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ILE A 2 ? SER A 30 ? ILE 1 74 SER 1 102 1 ? 29 HELX_P HELX_P2 2 PHE A 49 ? 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ALA 3 141 ALA 3 151 1 ? 11 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 56 SG ? ? ? 1_555 A CYS 150 SG ? ? 1 CYS 128 1 CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 128 SG ? ? ? 1_555 A CYS 142 SG ? ? 1 CYS 200 1 CYS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 56 SG ? ? ? 1_555 B CYS 150 SG ? ? 2 CYS 128 2 CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 128 SG ? ? ? 1_555 B CYS 142 SG ? ? 2 CYS 200 2 CYS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 56 SG ? ? ? 1_555 C CYS 150 SG ? ? 3 CYS 128 3 CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 128 SG ? ? ? 1_555 C CYS 142 SG ? ? 3 CYS 200 3 CYS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? metalc1 metalc ? ? D CA . CA ? ? ? 1_555 A ASP 89 OD1 ? ? 1 CA 1 1 ASP 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? ? metalc2 metalc ? ? D CA . CA ? ? ? 1_555 A ASP 89 OD2 ? ? 1 CA 1 1 ASP 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? ? metalc3 metalc ? ? D CA . CA ? ? ? 1_555 A GLU 93 OE1 ? ? 1 CA 1 1 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? ? metalc4 metalc ? ? D CA . CA ? ? ? 1_555 A GLU 93 OE2 ? ? 1 CA 1 1 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? ? metalc5 metalc ? ? D CA . CA ? ? ? 1_555 A ASP 116 OD1 ? ? 1 CA 1 1 ASP 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? ? metalc6 metalc ? ? D CA . CA ? ? ? 1_555 A GLU 126 O ? ? 1 CA 1 1 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? ? metalc7 metalc ? ? D CA . CA ? ? ? 1_555 A ASP 127 OD1 ? ? 1 CA 1 1 ASP 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? ? metalc8 metalc ? ? D CA . CA ? ? ? 1_555 N HOH . O ? ? 1 CA 1 1 HOH 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? ? metalc9 metalc ? ? E CA . CA ? ? ? 1_555 A GLN 113 OE1 ? ? 1 CA 2 1 GLN 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? ? metalc10 metalc ? ? E CA . CA ? ? ? 1_555 A ASP 115 OD1 ? ? 1 CA 2 1 ASP 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? ? metalc11 metalc ? ? E CA . CA ? ? ? 1_555 A GLU 126 OE1 ? ? 1 CA 2 1 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.230 ? ? metalc12 metalc ? ? E CA . CA ? ? ? 1_555 A ASN 138 OD1 ? ? 1 CA 2 1 ASN 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.879 ? ? metalc13 metalc ? ? E CA . CA ? ? ? 1_555 A ASP 139 O ? ? 1 CA 2 1 ASP 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? ? metalc14 metalc ? ? E CA . CA ? ? ? 1_555 A ASP 139 OD1 ? ? 1 CA 2 1 ASP 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? ? metalc15 metalc ? ? E CA . CA ? ? ? 1_555 N HOH . O ? ? 1 CA 2 1 HOH 355 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? ? metalc16 metalc ? ? F CA . CA ? ? ? 1_555 A GLU 12 OE2 ? ? 1 CA 3 1 GLU 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? ? metalc17 metalc ? ? F CA . CA ? ? ? 1_555 A GLU 93 OE1 ? ? 1 CA 3 1 GLU 165 3_455 ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? ? metalc18 metalc ? ? F CA . CA ? ? ? 1_555 A ASP 127 OD1 ? ? 1 CA 3 1 ASP 199 3_455 ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? ? metalc19 metalc ? ? F CA . CA ? ? ? 1_555 A ASP 127 OD2 ? ? 1 CA 3 1 ASP 199 3_455 ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? ? metalc20 metalc ? ? F CA . CA ? ? ? 1_555 N HOH . O ? ? 1 CA 3 1 HOH 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? ? metalc21 metalc ? ? F CA . CA ? ? ? 1_555 N HOH . O ? ? 1 CA 3 1 HOH 350 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.290 ? ? metalc22 metalc ? ? N HOH . O ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? 1 HOH 248 3 CA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? ? metalc23 metalc ? ? H CA . CA ? ? ? 1_555 B ASP 89 OD1 ? ? 2 CA 1 2 ASP 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? ? metalc24 metalc ? ? H CA . CA ? ? ? 1_555 B ASP 89 OD2 ? ? 2 CA 1 2 ASP 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? ? metalc25 metalc ? ? H CA . CA ? ? ? 1_555 B GLU 93 OE1 ? ? 2 CA 1 2 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? ? metalc26 metalc ? ? H CA . CA ? ? ? 1_555 B ASP 116 OD1 ? ? 2 CA 1 2 ASP 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? ? metalc27 metalc ? ? H CA . CA ? ? ? 1_555 B GLU 126 O ? ? 2 CA 1 2 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? ? metalc28 metalc ? ? H CA . CA ? ? ? 1_555 B ASP 127 OD1 ? ? 2 CA 1 2 ASP 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.707 ? ? metalc29 metalc ? ? H CA . CA ? ? ? 1_555 O HOH . O ? ? 2 CA 1 2 HOH 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? ? metalc30 metalc ? ? I CA . CA ? ? ? 1_555 B GLN 113 OE1 ? ? 2 CA 2 2 GLN 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? ? metalc31 metalc ? ? I CA . CA ? ? ? 1_555 B ASP 115 OD1 ? ? 2 CA 2 2 ASP 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? ? metalc32 metalc ? ? I CA . CA ? ? ? 1_555 B GLU 126 OE1 ? ? 2 CA 2 2 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? ? metalc33 metalc ? ? I CA . CA ? ? ? 1_555 B ASN 138 OD1 ? ? 2 CA 2 2 ASN 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.726 ? ? metalc34 metalc ? ? I CA . CA ? ? ? 1_555 B ASP 139 O ? ? 2 CA 2 2 ASP 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? ? metalc35 metalc ? ? I CA . CA ? ? ? 1_555 B ASP 139 OD1 ? ? 2 CA 2 2 ASP 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? ? metalc36 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 C ASP 89 OD1 ? ? 3 CA 1 3 ASP 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? ? metalc37 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 C ASP 89 OD2 ? ? 3 CA 1 3 ASP 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? ? metalc38 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 C GLU 93 OE1 ? ? 3 CA 1 3 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.660 ? ? metalc39 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 C GLU 93 OE2 ? ? 3 CA 1 3 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? ? metalc40 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 C ASP 116 OD1 ? ? 3 CA 1 3 ASP 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? ? metalc41 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 C GLU 126 O ? ? 3 CA 1 3 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? ? metalc42 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 C ASP 127 OD1 ? ? 3 CA 1 3 ASP 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? ? metalc43 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 P HOH . O ? ? 3 CA 1 3 HOH 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? ? metalc44 metalc ? ? K CA . CA ? ? ? 1_555 C GLN 113 OE1 ? ? 3 CA 2 3 GLN 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? ? metalc45 metalc ? ? K CA . CA ? ? ? 1_555 C ASP 115 OD1 ? ? 3 CA 2 3 ASP 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? ? metalc46 metalc ? ? K CA . CA ? ? ? 1_555 C GLU 126 OE1 ? ? 3 CA 2 3 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.340 ? ? metalc47 metalc ? ? K CA . CA ? ? ? 1_555 C ASN 138 OD1 ? ? 3 CA 2 3 ASN 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.872 ? ? metalc48 metalc ? ? K CA . CA ? ? ? 1_555 C ASP 139 O ? ? 3 CA 2 3 ASP 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? ? metalc49 metalc ? ? K CA . CA ? ? ? 1_555 C ASP 139 OD1 ? ? 3 CA 2 3 ASP 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? ? metalc50 metalc ? ? K CA . CA ? ? ? 1_555 P HOH . O ? ? 3 CA 2 3 HOH 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.378 ? ? metalc51 metalc ? ? L CA . CA ? ? ? 1_555 C GLU 12 OE2 ? ? 3 CA 3 3 GLU 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? ? metalc52 metalc ? ? L CA . CA ? ? ? 1_555 C GLU 93 OE1 ? ? 3 CA 3 3 GLU 165 3_445 ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? ? metalc53 metalc ? ? L CA . CA ? ? ? 1_555 C ASP 127 OD1 ? ? 3 CA 3 3 ASP 199 3_445 ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? ? metalc54 metalc ? ? L CA . CA ? ? ? 1_555 C ASP 127 OD2 ? ? 3 CA 3 3 ASP 199 3_445 ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? ? metalc55 metalc ? ? L CA . CA ? ? ? 1_555 P HOH . O ? ? 3 CA 3 3 HOH 257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? ? metalc56 metalc ? ? L CA . CA ? ? ? 1_555 P HOH . O ? ? 3 CA 3 3 HOH 266 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLN 113 A . ? GLN 185 1 PRO 114 A ? PRO 186 1 1 -0.54 2 GLN 113 B . ? GLN 185 2 PRO 114 B ? PRO 186 2 1 0.39 3 GLN 113 C . ? GLN 185 3 PRO 114 C ? PRO 186 3 1 -0.01 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 2 ? B ? 2 ? C ? 2 ? D ? 2 ? E ? 2 ? F ? 2 ? G ? 2 ? H ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 PHE A 39 ? THR A 42 ? PHE 1 111 THR 1 114 A 2 VAL A 149 ? PHE A 152 ? 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TRP 3 209 ILE 3 212 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 O PHE A 39 ? O PHE 1 111 N PHE A 152 ? N PHE 1 224 B 1 2 O CYS A 128 ? O CYS 1 200 N ILE A 140 ? N ILE 1 212 C 1 2 O PHE B 39 ? O PHE 2 111 N PHE B 152 ? N PHE 2 224 D 1 2 O MET B 47 ? O MET 2 119 N HIS B 146 ? N HIS 2 218 E 1 2 O CYS B 128 ? O CYS 2 200 N ILE B 140 ? N ILE 2 212 F 1 2 O PHE C 39 ? O PHE 3 111 N PHE C 152 ? N PHE 3 224 G 1 2 O MET C 47 ? O MET 3 119 N HIS C 146 ? N HIS 3 218 H 1 2 O CYS C 128 ? O CYS 3 200 N ILE C 140 ? N ILE 3 212 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details 11 Unknown ? ? ? ? 7 ? 21 Unknown ? ? ? ? 7 ? 31 Unknown ? ? ? ? 4 ? 12 Unknown ? ? ? ? 7 ? 22 Unknown ? ? ? ? 6 ? 13 Unknown ? ? ? ? 7 ? 23 Unknown ? ? ? ? 7 ? 33 Unknown ? ? ? ? 5 ? AC1 Software 1 CA 1 ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE CA 1 1' AC2 Software 1 CA 2 ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE CA 1 2' AC3 Software 1 CA 3 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE CA 1 3' AC4 Software 1 CL 4 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE CL 1 4' AC5 Software 2 CA 1 ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE CA 2 1' AC6 Software 2 CA 2 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE CA 2 2' AC7 Software 3 CA 1 ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE CA 3 1' AC8 Software 3 CA 2 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE CA 3 2' AC9 Software 3 CA 3 ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE CA 3 3' BC1 Software 3 CL 4 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE CL 3 4' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 11 7 ASP A 89 ? 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