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"GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 1AO0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.58 _exptl_crystal.density_percent_sol 40. _exptl_crystal.description ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.9 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '24% PEG8000, 200MM KCL, 50MM EPPS PH 7.9,2 MM ADP, 2 MM GMP, 10 MM MGCL2' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 110 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'IMAGE PLATE' _diffrn_detector.type 'RIGAKU RAXIS IIC' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 1995-01 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'MSC DOUBLE MIRROR' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.5418 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source 'ROTATING ANODE' _diffrn_source.type 'RIGAKU RUH2R' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ? _diffrn_source.pdbx_wavelength 1.5418 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.entry_id 1AO0 _reflns.observed_criterion_sigma_I -3.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 15. _reflns.d_resolution_high 2.8 _reflns.number_obs 46771 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 91.0 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value 0.08 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 20.2 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 47.0 _reflns.pdbx_redundancy 4.2 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1AO0 _refine.ls_number_reflns_obs 46771 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0. _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF 1000000. _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF 0.1 _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 15. _refine.ls_d_res_high 2.8 _refine.ls_percent_reflns_obs 91.0 _refine.ls_R_factor_obs 0.214 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.214 _refine.ls_R_factor_R_free 0.264 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5. _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.B_iso_mean 32.5 _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 1GPH' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model RESTRAINED _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details 'RANDOM FROM ALL DATA' _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 13908 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 204 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 36 _refine_hist.number_atoms_solvent 4 _refine_hist.number_atoms_total 14152 _refine_hist.d_res_high 2.8 _refine_hist.d_res_low 15. # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function x_bond_d 0.016 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_bond_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_bond_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_deg 2.50 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_deg_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_deg_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_dihedral_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_dihedral_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_dihedral_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_improper_angle_d 2.39 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_improper_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_improper_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_mcbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_mcangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_scbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 10 _refine_ls_shell.d_res_high 2.80 _refine_ls_shell.d_res_low 2.88 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 3409 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.2881 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.3823 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 5. _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 184 _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? 0.966870 -0.242960 0.078290 -0.243240 -0.969950 -0.006160 0.077430 -0.013080 -0.996910 -3.96420 12.04800 136.39999 2 given ? -0.996670 -0.019040 -0.079280 0.020970 -0.999500 -0.023540 -0.078800 -0.025130 0.996570 86.06800 2.13700 3.33900 3 given ? -0.960220 0.278920 0.013500 0.279240 0.959480 0.037670 -0.002440 0.039940 -0.999200 78.19000 -13.63600 139.44000 # _struct.entry_id 1AO0 _struct.title 'GLUTAMINE PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHATE (PRPP) AMIDOTRANSFERASE FROM B. SUBTILIS COMPLEXED WITH ADP AND GMP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1AO0 _struct_keywords.pdbx_keywords 'GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE' _struct_keywords.text 'TRANSFERASE, GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE, PRTASE, PURINE BIOSYNTHESIS, PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE, GLYCOSYLTRANSFERASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 2 ? N N N 3 ? O N N 4 ? P N N 5 ? Q N N 2 ? R N N 3 ? S N N 4 ? T N N 5 ? U N N 6 ? V N N 6 ? W N N 6 ? X N N 6 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;THE AMIDOTRANSFERASE MOLECULE IS A HOMOTETRAMER IN THE CRYSTALLINE STATE, BUT THE AGGREGATION STATE IN SOLUTION IS CONCENTRATION DEPENDENT. CRYSTALS CONTAIN 1 TETRAMER PER ASYMMETRIC UNIT AND COORDINATES FOR THE ENTIRE TETRAMER ARE INCLUDED IN THE ENTRY. THE SUBUNITS HAVE CHAIN IDENTIFIERS A, B, C, AND D. EACH "CHAIN" INCLUDES 455 AMINO ACID RESIDUES, ONE [4FE-4S] CLUSTER (RESIDUE 466), ONE GMP MOLECULE (RESIDUE 467), ONE ADP MOLECULE (RESIDUE 468), ONE MAGNESIUM ION (RESIDUE 469) AND ONE WATER MOLECULE LIGATED TO THE MAGNESIUM (CHAIN IDENTIFIER S). MOLECULAR P, Q AND R AXES RELATING SUBUNITS B, D, AND C, RESPECTIVELY, TO SUBUNIT A ARE SPECIFIED IN THE MTRIX RECORDS. THE FIRST MATRIX PRESENTED IN *MTRIX* RECORDS BELOW IS A MOLECULAR P AXIS MATRIX. THE SECOND IS A MOLECULAR R AXIS MATRIX, AND THE THIRD IS A MOLECULAR Q AXIS MATRIX. ; _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ALA A 12 ? ARG A 26 ? ALA A 12 ARG A 26 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 2 ILE A 50 ? VAL A 53 ? ILE A 50 VAL A 53 1 ? 4 HELX_P HELX_P3 3 TYR A 81 ? ASN A 83 ? TYR A 81 ASN A 83 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 4 ALA A 108 ? ASN A 117 ? ALA A 108 ASN A 117 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 5 ASP A 127 ? LYS A 136 ? ASP A 127 LYS A 136 1 ? 10 HELX_P HELX_P6 6 LEU A 143 ? MET A 153 ? LEU A 143 MET A 153 1 ? 11 HELX_P HELX_P7 7 THR A 195 ? VAL A 201 ? THR A 195 VAL A 201 5 ? 7 HELX_P HELX_P8 8 SER A 237 ? ILE A 241 ? SER A 237 ILE A 241 1 ? 5 HELX_P HELX_P9 9 ILE A 250 ? GLY A 252 ? ILE A 250 GLY A 252 5 ? 3 HELX_P HELX_P10 10 VAL A 255 ? SER A 270 ? VAL A 255 SER A 270 1 ? 16 HELX_P HELX_P11 11 ILE A 285 ? THR A 295 ? ILE A 285 THR A 295 1 ? 11 HELX_P HELX_P12 12 GLN A 318 ? GLN A 323 ? GLN A 318 GLN A 323 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 13 ARG A 333 ? VAL A 336 ? ARG A 333 VAL A 336 1 ? 4 HELX_P HELX_P14 14 THR A 352 ? GLU A 363 ? THR A 352 GLU A 363 1 ? 12 HELX_P HELX_P15 15 VAL A 401 ? ILE A 408 ? VAL A 401 ILE A 408 1 ? 8 HELX_P HELX_P16 16 VAL A 418 ? ILE A 425 ? VAL A 418 ILE A 425 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 17 ALA A 439 ? THR A 442 ? ALA A 439 THR A 442 1 ? 4 HELX_P HELX_P18 18 ALA B 12 ? ARG B 26 ? ALA B 12 ARG B 26 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 19 ILE B 50 ? VAL B 53 ? ILE B 50 VAL B 53 1 ? 4 HELX_P HELX_P20 20 ALA B 108 ? ASN B 117 ? ALA B 108 ASN B 117 1 ? 10 HELX_P HELX_P21 21 ASP B 127 ? LYS B 136 ? ASP B 127 LYS B 136 1 ? 10 HELX_P HELX_P22 22 LEU B 143 ? MET B 153 ? LEU B 143 MET B 153 1 ? 11 HELX_P HELX_P23 23 THR B 195 ? VAL B 201 ? THR B 195 VAL B 201 5 ? 7 HELX_P HELX_P24 24 SER B 237 ? ILE B 241 ? SER B 237 ILE B 241 1 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 ILE B 250 ? GLY B 252 ? ILE B 250 GLY B 252 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 26 VAL B 255 ? SER B 270 ? VAL B 255 SER B 270 1 ? 16 HELX_P HELX_P27 27 ILE B 285 ? THR B 295 ? ILE B 285 THR B 295 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 28 GLN B 318 ? GLN B 323 ? GLN B 318 GLN B 323 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 29 ARG B 333 ? VAL B 336 ? ARG B 333 VAL B 336 1 ? 4 HELX_P HELX_P30 30 THR B 352 ? GLU B 363 ? THR B 352 GLU B 363 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 31 VAL B 401 ? ILE B 408 ? VAL B 401 ILE B 408 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 32 VAL B 418 ? ILE B 425 ? VAL B 418 ILE B 425 1 ? 8 HELX_P HELX_P33 33 ALA B 439 ? THR B 442 ? ALA B 439 THR B 442 1 ? 4 HELX_P HELX_P34 34 ALA C 12 ? ARG C 26 ? ALA C 12 ARG C 26 1 ? 15 HELX_P HELX_P35 35 ILE C 50 ? VAL C 53 ? ILE C 50 VAL C 53 1 ? 4 HELX_P HELX_P36 36 TYR C 81 ? ASN C 83 ? TYR C 81 ASN C 83 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 37 ALA C 108 ? ASN C 117 ? ALA C 108 ASN C 117 1 ? 10 HELX_P HELX_P38 38 ASP C 127 ? LYS C 136 ? ASP C 127 LYS C 136 1 ? 10 HELX_P HELX_P39 39 LEU C 143 ? MET C 153 ? LEU C 143 MET C 153 1 ? 11 HELX_P HELX_P40 40 THR C 195 ? VAL C 201 ? THR C 195 VAL C 201 5 ? 7 HELX_P HELX_P41 41 SER C 237 ? ILE C 241 ? SER C 237 ILE C 241 1 ? 5 HELX_P HELX_P42 42 ILE C 250 ? GLY C 252 ? ILE C 250 GLY C 252 5 ? 3 HELX_P HELX_P43 43 VAL C 255 ? SER C 270 ? VAL C 255 SER C 270 1 ? 16 HELX_P HELX_P44 44 ILE C 285 ? THR C 295 ? ILE C 285 THR C 295 1 ? 11 HELX_P HELX_P45 45 GLN C 318 ? GLN C 323 ? GLN C 318 GLN C 323 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 46 ARG C 333 ? VAL C 336 ? ARG C 333 VAL C 336 1 ? 4 HELX_P HELX_P47 47 THR C 352 ? GLU C 363 ? THR C 352 GLU C 363 1 ? 12 HELX_P HELX_P48 48 VAL C 401 ? ILE C 408 ? VAL C 401 ILE C 408 1 ? 8 HELX_P HELX_P49 49 VAL C 418 ? ILE C 425 ? VAL C 418 ILE C 425 1 ? 8 HELX_P HELX_P50 50 ALA C 439 ? THR C 442 ? ALA C 439 THR C 442 1 ? 4 HELX_P HELX_P51 51 ALA D 12 ? ARG D 26 ? ALA D 12 ARG D 26 1 ? 15 HELX_P HELX_P52 52 ILE D 50 ? VAL D 53 ? ILE D 50 VAL D 53 1 ? 4 HELX_P HELX_P53 53 TYR D 81 ? ASN D 83 ? TYR D 81 ASN D 83 5 ? 3 HELX_P HELX_P54 54 ALA D 108 ? ASN D 117 ? ALA D 108 ASN D 117 1 ? 10 HELX_P HELX_P55 55 ASP D 127 ? LYS D 136 ? ASP D 127 LYS D 136 1 ? 10 HELX_P HELX_P56 56 LEU D 143 ? MET D 153 ? LEU D 143 MET D 153 1 ? 11 HELX_P HELX_P57 57 THR D 195 ? VAL D 201 ? THR D 195 VAL D 201 5 ? 7 HELX_P HELX_P58 58 SER D 237 ? ILE D 241 ? SER D 237 ILE D 241 1 ? 5 HELX_P HELX_P59 59 ILE D 250 ? GLY D 252 ? ILE D 250 GLY D 252 5 ? 3 HELX_P HELX_P60 60 VAL D 255 ? SER D 270 ? VAL D 255 SER D 270 1 ? 16 HELX_P HELX_P61 61 ILE D 285 ? THR D 295 ? ILE D 285 THR D 295 1 ? 11 HELX_P HELX_P62 62 GLN D 318 ? GLN D 323 ? GLN D 318 GLN D 323 1 ? 6 HELX_P HELX_P63 63 ARG D 333 ? VAL D 336 ? ARG D 333 VAL D 336 1 ? 4 HELX_P HELX_P64 64 THR D 352 ? GLU D 363 ? THR D 352 GLU D 363 1 ? 12 HELX_P HELX_P65 65 VAL D 401 ? ILE D 408 ? VAL D 401 ILE D 408 1 ? 8 HELX_P HELX_P66 66 VAL D 418 ? ILE D 425 ? VAL D 418 ILE D 425 1 ? 8 HELX_P HELX_P67 67 ALA D 439 ? THR D 442 ? ALA D 439 THR D 442 1 ? 4 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A CYS 236 SG ? ? ? 1_555 F SF4 . FE2 ? ? A CYS 236 A SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? ? metalc2 metalc ? ? A SER 283 CB ? ? ? 1_555 E MG . MG ? ? A SER 283 A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? ? metalc3 metalc ? ? A SER 283 OG ? ? ? 1_555 E MG . MG ? ? A SER 283 A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? ? metalc4 metalc ? ? A ASP 345 OD1 ? ? ? 1_555 E MG . MG ? ? A ASP 345 A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? ? metalc5 metalc ? ? A ASP 346 OD1 ? ? ? 1_555 E MG . MG ? ? A ASP 346 A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? ? metalc6 metalc ? ? A CYS 382 SG ? ? ? 1_555 F SF4 . FE4 ? ? A CYS 382 A SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? ? metalc7 metalc ? ? A CYS 437 SG ? ? ? 1_555 F SF4 . FE1 ? ? A CYS 437 A SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc8 metalc ? ? A CYS 440 SG ? ? ? 1_555 F SF4 . FE3 ? ? A CYS 440 A SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? ? metalc9 metalc ? ? G 5GP . "O2'" ? ? ? 1_555 E MG . MG ? ? A 5GP 467 A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? ? metalc10 metalc ? ? G 5GP . "O3'" ? ? ? 1_555 E MG . MG ? ? A 5GP 467 A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? ? metalc11 metalc ? ? E MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? A MG 469 A HOH 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? ? metalc12 metalc ? ? B CYS 236 SG ? ? ? 1_555 J SF4 . FE2 ? ? B CYS 236 B SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? ? metalc13 metalc ? ? B SER 283 CB ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? B SER 283 B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.270 ? ? metalc14 metalc ? ? B SER 283 OG ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? B SER 283 B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? ? metalc15 metalc ? ? B ASP 345 OD1 ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? B ASP 345 B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? ? metalc16 metalc ? ? B ASP 346 OD1 ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? B ASP 346 B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? metalc17 metalc ? ? B CYS 382 SG ? ? ? 1_555 J SF4 . FE4 ? ? B CYS 382 B SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? ? metalc18 metalc ? ? B CYS 437 SG ? ? ? 1_555 J SF4 . FE1 ? ? B CYS 437 B SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc19 metalc ? ? B CYS 440 SG ? ? ? 1_555 J SF4 . FE3 ? ? B CYS 440 B SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.260 ? ? metalc20 metalc ? ? K 5GP . "O2'" ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? B 5GP 467 B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? ? metalc21 metalc ? ? K 5GP . "O3'" ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? B 5GP 467 B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? ? metalc22 metalc ? ? I MG . MG ? ? ? 1_555 V HOH . O ? ? B MG 469 B HOH 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? ? metalc23 metalc ? ? C CYS 236 SG ? ? ? 1_555 N SF4 . FE2 ? ? C CYS 236 C SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? ? metalc24 metalc ? ? C SER 283 CB ? ? ? 1_555 M MG . MG ? ? C SER 283 C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? ? metalc25 metalc ? ? C SER 283 OG ? ? ? 1_555 M MG . MG ? ? C SER 283 C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? ? metalc26 metalc ? ? C ASP 345 OD1 ? ? ? 1_555 M MG . MG ? ? C ASP 345 C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? ? metalc27 metalc ? ? C ASP 346 OD1 ? ? ? 1_555 M MG . MG ? ? C ASP 346 C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? ? metalc28 metalc ? ? C CYS 382 SG ? ? ? 1_555 N SF4 . FE4 ? ? C CYS 382 C SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.270 ? ? metalc29 metalc ? ? C CYS 437 SG ? ? ? 1_555 N SF4 . FE1 ? ? C CYS 437 C SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? ? metalc30 metalc ? ? C CYS 440 SG ? ? ? 1_555 N SF4 . FE3 ? ? C CYS 440 C SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? ? metalc31 metalc ? ? O 5GP . "O2'" ? ? ? 1_555 M MG . MG ? ? C 5GP 467 C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? metalc32 metalc ? ? O 5GP . "O3'" ? ? ? 1_555 M MG . MG ? ? C 5GP 467 C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.500 ? ? metalc33 metalc ? ? M MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? C MG 469 C HOH 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? metalc34 metalc ? ? D CYS 236 SG ? ? ? 1_555 R SF4 . FE2 ? ? D CYS 236 D SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? ? metalc35 metalc ? ? D SER 283 CB ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? D SER 283 D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? ? metalc36 metalc ? ? D SER 283 OG ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? D SER 283 D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? ? metalc37 metalc ? ? D ASP 345 OD1 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? D ASP 345 D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? ? metalc38 metalc ? ? D ASP 346 OD1 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? D ASP 346 D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.924 ? ? metalc39 metalc ? ? D CYS 382 SG ? ? ? 1_555 R SF4 . FE4 ? ? D CYS 382 D SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? ? metalc40 metalc ? ? D CYS 437 SG ? ? ? 1_555 R SF4 . FE1 ? ? D CYS 437 D SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? ? metalc41 metalc ? ? D CYS 440 SG ? ? ? 1_555 R SF4 . FE3 ? ? D CYS 440 D SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? ? metalc42 metalc ? ? S 5GP . "O2'" ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? D 5GP 467 D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? metalc43 metalc ? ? S 5GP . "O3'" ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? D 5GP 467 D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? ? metalc44 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 X HOH . O ? ? D MG 469 D HOH 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? ? hydrog1 hydrog ? ? H ADP . O1B ? ? ? 1_555 G 5GP . "O2'" ? ? A ADP 468 A 5GP 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? L ADP . O1B ? ? ? 1_555 K 5GP . "O2'" ? ? B ADP 468 B 5GP 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? P ADP . O1B ? ? ? 1_555 O 5GP . "O2'" ? ? C ADP 468 C 5GP 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? T ADP . O1B ? ? ? 1_555 S 5GP . "O2'" ? ? 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P ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? anti-parallel A 5 6 ? anti-parallel A 6 7 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel B 4 5 ? anti-parallel B 5 6 ? anti-parallel C 1 2 ? parallel C 2 3 ? parallel C 3 4 ? parallel C 4 5 ? parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel E 4 5 ? anti-parallel E 5 6 ? anti-parallel E 6 7 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel F 4 5 ? anti-parallel F 5 6 ? anti-parallel G 1 2 ? parallel G 2 3 ? parallel G 3 4 ? parallel G 4 5 ? parallel H 1 2 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel I 4 5 ? anti-parallel I 5 6 ? anti-parallel I 6 7 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? anti-parallel J 5 6 ? anti-parallel K 1 2 ? parallel K 2 3 ? parallel K 3 4 ? parallel K 4 5 ? parallel L 1 2 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel M 3 4 ? anti-parallel M 4 5 ? anti-parallel M 5 6 ? anti-parallel M 6 7 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? anti-parallel N 4 5 ? anti-parallel N 5 6 ? anti-parallel O 1 2 ? parallel O 2 3 ? parallel O 3 4 ? parallel O 4 5 ? parallel P 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 THR A 204 ? 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ALA C 188 ALA C 192 I 4 GLY C 2 ? TRP C 7 ? GLY C 2 TRP C 7 I 5 GLY C 66 ? ARG C 72 ? GLY C 66 ARG C 72 I 6 GLY C 30 ? THR C 36 ? GLY C 30 THR C 36 I 7 LEU C 41 ? GLN C 47 ? LEU C 41 GLN C 47 J 1 LEU C 87 ? PHE C 89 ? LEU C 87 PHE C 89 J 2 LEU C 97 ? LEU C 105 ? LEU C 97 LEU C 105 J 3 GLY C 156 ? THR C 164 ? GLY C 156 THR C 164 J 4 GLU C 167 ? LEU C 172 ? GLU C 167 LEU C 172 J 5 GLU C 213 ? ASN C 218 ? GLU C 213 ASN C 218 J 6 GLY C 221 ? ARG C 226 ? GLY C 221 ARG C 226 K 1 PRO C 298 ? GLU C 300 ? PRO C 298 GLU C 300 K 2 VAL C 276 ? GLY C 279 ? VAL C 276 GLY C 279 K 3 ARG C 340 ? ASP C 345 ? ARG C 340 ASP C 345 K 4 GLU C 368 ? ILE C 373 ? GLU C 368 ILE C 373 K 5 THR C 412 ? PHE C 415 ? THR C 412 PHE C 415 L 1 LEU C 303 ? LYS C 305 ? LEU C 303 LYS C 305 L 2 LEU C 329 ? ALA C 331 ? LEU C 329 ALA C 331 M 1 THR D 204 ? GLU D 208 ? THR D 204 GLU D 208 M 2 SER D 181 ? MET D 185 ? SER D 181 MET D 185 M 3 ALA D 188 ? ALA D 192 ? ALA D 188 ALA D 192 M 4 GLY D 2 ? TRP D 7 ? 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THIS SITE BELONGS TO THE NTN SUPERFAMILY, WHICH ARE THOUGHT TO UTILIZE THE ALPHA-AMINO GROUP OF THE N-TERMINAL RESIDUE AS A PROTON DONOR, AND THE SIDE CHAIN OF THIS RESIDUE AS A NUCLEOPHILE IN CATALYSIS OF A HYDROLYTIC REACTION. ; NTB Unknown ? ? ? ? 1 ;NTN TYPE GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE CATALYTIC RESIDUE. THIS SITE BELONGS TO THE NTN SUPERFAMILY, WHICH ARE THOUGHT TO UTILIZE THE ALPHA-AMINO GROUP OF THE N-TERMINAL RESIDUE AS A PROTON DONOR, AND THE SIDE CHAIN OF THIS RESIDUE AS A NUCLEOPHILE IN CATALYSIS OF A HYDROLYTIC REACTION. ; NTC Unknown ? ? ? ? 1 ;NTN TYPE GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE CATALYTIC RESIDUE. THIS SITE BELONGS TO THE NTN SUPERFAMILY, WHICH ARE THOUGHT TO UTILIZE THE ALPHA-AMINO GROUP OF THE N-TERMINAL RESIDUE AS A PROTON DONOR, AND THE SIDE CHAIN OF THIS RESIDUE AS A NUCLEOPHILE IN CATALYSIS OF A HYDROLYTIC REACTION. ; NTD Unknown ? ? ? ? 1 ;NTN TYPE GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE CATALYTIC RESIDUE. THIS SITE BELONGS TO THE NTN SUPERFAMILY, WHICH ARE THOUGHT TO UTILIZE THE ALPHA-AMINO GROUP OF THE N-TERMINAL RESIDUE AS A PROTON DONOR, AND THE SIDE CHAIN OF THIS RESIDUE AS A NUCLEOPHILE IN CATALYSIS OF A HYDROLYTIC REACTION. ; PRA Unknown ? ? ? ? 1 ;DUAL SITE: BINDING SITE FOR SUBSTRATE PRPP IN THIS AND OTHER MEMBERS OF THE TYPE I PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE (PRTASE)FAMILY OF ENZYMES, AND NUCLEOTIDE INHIBITOR (IN THIS CASE, 5GP) BINDING SITE. ; PRB Unknown ? ? ? ? 1 ;DUAL SITE: BINDING SITE FOR SUBSTRATE PRPP IN THIS AND OTHER MEMBERS OF THE TYPE I PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE (PRTASE)FAMILY OF ENZYMES, AND NUCLEOTIDE INHIBITOR (IN THIS CASE, 5GP) BINDING SITE. ; PRC Unknown ? ? ? ? 1 ;DUAL SITE: BINDING SITE FOR SUBSTRATE PRPP IN THIS AND OTHER MEMBERS OF THE TYPE I PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE (PRTASE)FAMILY OF ENZYMES, AND NUCLEOTIDE INHIBITOR (IN THIS CASE, 5GP) BINDING SITE. ; PRD Unknown ? ? ? ? 1 ;DUAL SITE: BINDING SITE FOR SUBSTRATE PRPP IN THIS AND OTHER MEMBERS OF THE TYPE I PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE (PRTASE)FAMILY OF ENZYMES, AND NUCLEOTIDE INHIBITOR (IN THIS CASE, 5GP) BINDING SITE. ; AMA Unknown ? ? ? ? 1 'ALLOSTERIC NUCLEOTIDE BINDING SITE AT INTERFACE OF A AND B MONOMERS, NEAR MOLECULAR TWO-FOLD AXIS, IDENTIFIED BY BINDING OF ADP.' AMB Unknown ? ? ? ? 1 'ALLOSTERIC NUCLEOTIDE BINDING SITE AT INTERFACE OF A AND B MONOMERS, NEAR MOLECULAR TWO-FOLD AXIS, IDENTIFIED BY BINDING OF ADP.' AMC Unknown ? ? ? ? 1 'ALLOSTERIC NUCLEOTIDE BINDING SITE AT INTERFACE OF C AND D MONOMERS, NEAR MOLECULAR TWO-FOLD AXIS, IDENTIFIED BY BINDING OF ADP.' AMD Unknown ? ? ? ? 1 'ALLOSTERIC NUCLEOTIDE BINDING SITE AT INTERFACE OF C AND D MONOMERS, NEAR MOLECULAR TWO-FOLD AXIS, IDENTIFIED BY BINDING OF ADP.' MGA Unknown ? ? ? ? 1 ;MG2+ ION BINDING SITE. THE MG2+ ION IS OCTAHEDRALLY COORDINATED BY THE OXYGENS OF THREE AMINO ACID SIDE CHAINS, THE TWO RIBOSE HYDROXYL OXYGENS OF THE GMP INHIBITOR, AND A WATER. ; MGB Unknown ? ? ? ? 1 ;MG2+ ION BINDING SITE. THE MG2+ ION IS OCTAHEDRALLY COORDINATED BY THE OXYGENS OF THREE AMINO ACID SIDE CHAINS, THE TWO RIBOSE HYDROXYL OXYGENS OF THE GMP INHIBITOR, AND A WATER. ; MGC Unknown ? ? ? ? 1 ;MG2+ ION BINDING SITE. THE MG2+ ION IS OCTAHEDRALLY COORDINATED BY THE OXYGENS OF THREE AMINO ACID SIDE CHAINS, THE TWO RIBOSE HYDROXYL OXYGENS OF THE GMP INHIBITOR, AND A WATER. ; MGD Unknown ? ? ? ? 1 ;MG2+ ION BINDING SITE. THE MG2+ ION IS OCTAHEDRALLY COORDINATED BY THE OXYGENS OF THREE AMINO ACID SIDE CHAINS, THE TWO RIBOSE HYDROXYL OXYGENS OF THE GMP INHIBITOR, AND A WATER. ; AC1 Software A MG 469 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG A 469' AC2 Software B MG 469 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG B 469' AC3 Software C MG 469 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG C 469' AC4 Software D MG 469 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG D 469' AC5 Software A SF4 466 ? 7 'BINDING SITE FOR RESIDUE SF4 A 466' AC6 Software A 5GP 467 ? 15 'BINDING SITE FOR RESIDUE 5GP A 467' AC7 Software A ADP 468 ? 14 'BINDING SITE FOR RESIDUE ADP A 468' AC8 Software B SF4 466 ? 7 'BINDING SITE FOR RESIDUE SF4 B 466' AC9 Software B 5GP 467 ? 15 'BINDING SITE FOR RESIDUE 5GP B 467' BC1 Software B ADP 468 ? 13 'BINDING SITE FOR RESIDUE ADP B 468' BC2 Software C SF4 466 ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE SF4 C 466' BC3 Software C 5GP 467 ? 15 'BINDING SITE FOR RESIDUE 5GP C 467' BC4 Software C ADP 468 ? 13 'BINDING SITE FOR RESIDUE ADP C 468' BC5 Software D SF4 466 ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE SF4 D 466' BC6 Software D 5GP 467 ? 15 'BINDING SITE FOR RESIDUE 5GP D 467' BC7 Software D ADP 468 ? 13 'BINDING SITE FOR RESIDUE ADP D 468' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 NTA 1 CYS A 1 ? 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