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Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97 85 90 2000 PNASA6 US 0027-8424 0040 ? 10618375 10.1073/pnas.97.1.85 1 'Fibrinogen Structure in Projection at 18 Angstroms Resolution' J.Mol.Biol. 222 89 98 1991 JMOBAK UK 0022-2836 0070 ? ? ? 2 'Crystals of Modified Fibrinogen: Size, Shape and Packing of Molecules' J.Mol.Biol. 126 159 183 1978 JMOBAK UK 0022-2836 0070 ? ? ? 3 'Crystalline States of a Modified Fibrinogen' J.Mol.Biol. 110 363 385 1977 JMOBAK UK 0022-2836 0070 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Brown, J.H.' 1 ? primary 'Volkmann, N.' 2 ? primary 'Jun, G.' 3 ? primary 'Henschen-Edman, A.H.' 4 ? primary 'Cohen, C.' 5 ? 1 'Rao, S.P.S.' 6 ? 1 'Poojary, M.D.' 7 ? 1 'Elliott Jr., B.W.' 8 ? 1 'Melanson, L.A.' 9 ? 1 'Oriel, B.' 10 ? 1 'Cohen, C.' 11 ? 2 'Weisel, J.W.' 12 ? 2 'Warren, S.G.' 13 ? 2 'Cohen, C.' 14 ? 3 'Tooney, N.M.' 15 ? 3 'Cohen, C.' 16 ? # _cell.entry_id 1DEQ _cell.length_a 176.006 _cell.length_b 94.935 _cell.length_c 209.805 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 94.41 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1DEQ _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)' 42767.410 4 ? ? 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_struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 1 UNP FIBA_BOVIN P02672 ? ? ? 2 2 UNP FIBB_BOVIN P02676 ? ? ? 3 3 UNP FIBG_BOVIN P12799 ? ? ? 4 4 PDB 1DEQ 1DEQ ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1DEQ A 1 ? 390 ? P02672 20 ? 409 ? 1 390 2 2 1DEQ B 1 ? 408 ? P02676 61 ? 468 ? 61 468 3 3 1DEQ C 1 ? 407 ? P12799 25 ? 432 ? 1 407 4 1 1DEQ D 1 ? 390 ? P02672 20 ? 409 ? 1 390 5 2 1DEQ E 1 ? 408 ? P02676 61 ? 468 ? 61 468 6 3 1DEQ F 1 ? 407 ? P12799 25 ? 432 ? 1 407 7 4 1DEQ M 1 ? 90 ? 1DEQ 1 ? 145 ? 1 145 8 1 1DEQ N 1 ? 390 ? P02672 20 ? 409 ? 1 390 9 2 1DEQ O 1 ? 408 ? P02676 61 ? 468 ? 61 468 10 3 1DEQ P 1 ? 407 ? P12799 25 ? 432 ? 1 407 11 1 1DEQ Q 1 ? 390 ? P02672 20 ? 409 ? 1 390 12 2 1DEQ R 1 ? 408 ? P02676 61 ? 468 ? 61 468 13 3 1DEQ S 1 ? 407 ? P12799 25 ? 432 ? 1 407 14 4 1DEQ Z 1 ? 90 ? 1DEQ 1 ? 145 ? 1 145 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 1DEQ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 3 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.12 _exptl_crystal.density_percent_sol 60.53 _exptl_crystal.description ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp 277 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.2 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '10 mM MES, 5mM sodium azide, 2mM calcium chloride , pH 6.2, temperature 277K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # loop_ _diffrn.id _diffrn.ambient_temp _diffrn.ambient_temp_details _diffrn.crystal_id 1 100.0 ? 1 2 100.0 ? 1 3 100.0 ? 1 # loop_ _diffrn_detector.diffrn_id _diffrn_detector.detector _diffrn_detector.type _diffrn_detector.pdbx_collection_date _diffrn_detector.details 1 CCD BRANDEIS 1996-10-21 ? 2 'IMAGE PLATE' MARRESEARCH 1996-04-30 ? 3 CCD 'PRINCETON 2K' 1997-11-23 ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # loop_ _diffrn_radiation_wavelength.id _diffrn_radiation_wavelength.wavelength _diffrn_radiation_wavelength.wt 1 1.15 1.0 2 0.908 1.0 # loop_ _diffrn_source.diffrn_id _diffrn_source.source _diffrn_source.type _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline _diffrn_source.pdbx_wavelength _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1 SYNCHROTRON 'NSLS BEAMLINE X12C' NSLS X12C 1.15 ? 2 SYNCHROTRON 'NSLS BEAMLINE X12C' NSLS X12C 1.15 ? 3 SYNCHROTRON 'CHESS BEAMLINE F1' CHESS F1 0.908 ? # _reflns.entry_id 1DEQ _reflns.observed_criterion_sigma_I 0.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F 0.0 _reflns.d_resolution_low 210 _reflns.d_resolution_high 3.4 _reflns.number_obs 79465 _reflns.number_all 79465 _reflns.percent_possible_obs 78.5 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.0750000 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 7.05 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 4.42 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _reflns_shell.d_res_high 3.38 _reflns_shell.d_res_low 3.57 _reflns_shell.percent_possible_all 46.7 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.2800000 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy 2.3 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all 6830 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 1DEQ _refine.ls_number_reflns_obs 69051 _refine.ls_number_reflns_all 69051 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_d_res_low 10.0 _refine.ls_d_res_high 3.5 _refine.ls_percent_reflns_obs 86.9 _refine.ls_R_factor_obs 0.2630000 _refine.ls_R_factor_all 0.2630000 _refine.ls_R_factor_R_work 0.2570000 _refine.ls_R_factor_R_free 0.3700000 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free 3444 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;Side chains were included in refinement. At this resolution, however, the correct side chain conformations cannot be generally determined, and only alpha Carbons are deposited here. A B-factor equal to 999 identifies a residue whose density is generally relatively disordered and thus is not included in refinement (but generally positioned using information from non- crystallographically-related copies). Note that of the asymmetric unit's four half-dimers, that designated by chain ids N, O, and P has the most residues included in the refinement, and its electron density is best ordered. The central disulphide knot region could not be traced, and only some coordinates for part of this domain are included (resname=UNK, chainid M and Z for the two molecules per a.u.). Due to anisotropy in the the diffraction, the data in the highest shells (esp. 4.0-3.5) are quite incomplete, and hence the structure is judged overall to at ~4.0 angstroms resolution. ; _refine.pdbx_starting_model 'human fragment d coordinates (see related entry 1fza)' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'molecular replacement (using human fragment d coordinates)' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'modified CHARMM in X-Plor' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details random _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 3900 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 3900 _refine_hist.d_res_high 3.5 _refine_hist.d_res_low 10.0 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function x_bond_d 0.012 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_deg 1.83 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_dihedral_angle_d 28.1 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _struct.entry_id 1DEQ _struct.title 'THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1DEQ _struct_keywords.pdbx_keywords 'BLOOD CLOTTING' _struct_keywords.text 'COILED-COIL, BLOOD CLOTTING' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 1 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 4 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;An ~ 4 Angstrom structure of the 285 kDa major fragment of bovine fibrinogen. The alpha-carbon coordinates for both molecules per asymmetric unit are provided. The molecule is a dimer of a heterotrimer. Coordinates with chain ids ABC:DEF and NOP:QRS are the two crystallographically independent dimers. A,D,N, and Q correspond to the A-alpha chain. B,E,O, and R correspond to the B-beta chain. C,F,P, and S correspond to the gamma chain. These alpha-carbon coordinates include the end gamma and beta domains (i.e. the C-terminal globular domains of the gamma and B-beta chains, respectively) and the coiled coils (which are made of the A-alpha, B-beta, and gamma chains.). The density corresponding to the central disulfide knot region is too irregular to be traced at this resolution, and only some coordinates for part of this domain are included where density is seen (designated M and Z for the for the two molecules per a.u.). ; _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? # _database_PDB_matrix.entry_id 1DEQ _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _atom_sites.entry_id 1DEQ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00568 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00044 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01053 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00478 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # _atom_type.symbol C # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 GLU 1 1 ? ? ? A . n A 1 2 ASP 2 2 ? ? ? A . n A 1 3 GLY 3 3 ? ? ? A . n A 1 4 SER 4 4 ? ? ? A . n A 1 5 ASP 5 5 ? ? ? A . n A 1 6 PRO 6 6 ? ? ? A . n A 1 7 PRO 7 7 ? ? ? A . n A 1 8 SER 8 8 ? ? ? A . n A 1 9 GLY 9 9 ? ? ? A . n A 1 10 ASP 10 10 ? ? ? A . n A 1 11 PHE 11 11 ? ? ? A . n A 1 12 LEU 12 12 ? ? ? A . n A 1 13 THR 13 13 ? ? ? A . n A 1 14 GLU 14 14 ? ? ? A . n A 1 15 GLY 15 15 ? ? ? A . n A 1 16 GLY 16 16 ? ? ? A . n A 1 17 GLY 17 17 ? ? ? A . n A 1 18 VAL 18 18 ? ? ? A . n A 1 19 ARG 19 19 ? ? ? A . n A 1 20 GLY 20 20 ? ? ? A . n A 1 21 PRO 21 21 ? ? ? A . n A 1 22 ARG 22 22 ? ? ? A . n A 1 23 LEU 23 23 ? ? ? A . n A 1 24 VAL 24 24 ? ? ? A . n A 1 25 GLU 25 25 ? ? ? A . n A 1 26 ARG 26 26 ? ? ? A . n A 1 27 GLN 27 27 ? ? ? A . n A 1 28 GLN 28 28 ? ? ? A . n A 1 29 SER 29 29 ? ? ? A . n A 1 30 ALA 30 30 ? ? ? A . n A 1 31 CYS 31 31 ? ? ? A . n A 1 32 LYS 32 32 ? ? ? A . n A 1 33 GLU 33 33 ? ? ? A . n A 1 34 THR 34 34 ? ? ? A . n A 1 35 GLY 35 35 ? ? ? A . n A 1 36 TRP 36 36 ? ? ? 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