data_1GNH # _entry.id 1GNH # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.281 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 1GNH WWPDB D_1000173633 # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 1GNH _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 1996-03-01 _pdbx_database_status.deposit_site ? _pdbx_database_status.process_site BNL _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Shrive, A.K.' 1 'Cheetham, G.M.T.' 2 'Holden, D.' 3 'Myles, D.A.' 4 'Turnell, W.G.' 5 'Volanakis, J.E.' 6 'Pepys, M.B.' 7 'Bloomer, A.C.' 8 'Greenhough, T.J.' 9 # _citation.id primary _citation.title 'Three dimensional structure of human C-reactive protein.' _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Biol. _citation.journal_volume 3 _citation.page_first 346 _citation.page_last 354 _citation.year 1996 _citation.journal_id_ASTM NSBIEW _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 1072-8368 _citation.journal_id_CSD 2024 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 8599761 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/nsb0496-346 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Shrive, A.K.' 1 primary 'Cheetham, G.M.' 2 primary 'Holden, D.' 3 primary 'Myles, D.A.' 4 primary 'Turnell, W.G.' 5 primary 'Volanakis, J.E.' 6 primary 'Pepys, M.B.' 7 primary 'Bloomer, A.C.' 8 primary 'Greenhough, T.J.' 9 # _cell.entry_id 1GNH _cell.length_a 101.060 _cell.length_b 154.250 _cell.length_c 242.930 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 40 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1GNH _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'C-REACTIVE PROTEIN' 23068.039 10 ? ? ? ? 2 non-polymer syn 'CALCIUM ION' 40.078 16 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 1 _entity_name_com.name 'HUMAN CRP HCRP' # _entity_poly.entity_id 1 _entity_poly.type 'polypeptide(L)' _entity_poly.nstd_linkage no _entity_poly.nstd_monomer no _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ;QTDMSRKAFVFPKESDTSYVSLKAPLTKPLKAFTVCLHFYTELSSTRGYSIFSYATKRQDNEILIFWSKDIGYSFTVGGS EILFEVPEVTVAPVHICTSWESASGIVEFWVDGKPRVRKSLKKGYTVGAEASIILGQEQDSFGGNFEGSQSLVGDIGNVN MWDFVLSPDEINTIYLGGPFSPNVLNWRALKYEVQGEVFTKPQLWP ; _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ;QTDMSRKAFVFPKESDTSYVSLKAPLTKPLKAFTVCLHFYTELSSTRGYSIFSYATKRQDNEILIFWSKDIGYSFTVGGS EILFEVPEVTVAPVHICTSWESASGIVEFWVDGKPRVRKSLKKGYTVGAEASIILGQEQDSFGGNFEGSQSLVGDIGNVN MWDFVLSPDEINTIYLGGPFSPNVLNWRALKYEVQGEVFTKPQLWP ; _entity_poly.pdbx_strand_id A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _entity_poly.pdbx_target_identifier ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLN n 1 2 THR n 1 3 ASP n 1 4 MET n 1 5 SER n 1 6 ARG n 1 7 LYS n 1 8 ALA n 1 9 PHE n 1 10 VAL n 1 11 PHE n 1 12 PRO n 1 13 LYS n 1 14 GLU n 1 15 SER n 1 16 ASP n 1 17 THR n 1 18 SER n 1 19 TYR n 1 20 VAL n 1 21 SER n 1 22 LEU n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 PRO n 1 26 LEU n 1 27 THR n 1 28 LYS n 1 29 PRO n 1 30 LEU n 1 31 LYS n 1 32 ALA n 1 33 PHE n 1 34 THR n 1 35 VAL n 1 36 CYS n 1 37 LEU n 1 38 HIS n 1 39 PHE n 1 40 TYR n 1 41 THR n 1 42 GLU n 1 43 LEU n 1 44 SER n 1 45 SER n 1 46 THR n 1 47 ARG n 1 48 GLY n 1 49 TYR n 1 50 SER n 1 51 ILE n 1 52 PHE n 1 53 SER n 1 54 TYR n 1 55 ALA n 1 56 THR n 1 57 LYS n 1 58 ARG n 1 59 GLN n 1 60 ASP n 1 61 ASN n 1 62 GLU n 1 63 ILE n 1 64 LEU n 1 65 ILE n 1 66 PHE n 1 67 TRP n 1 68 SER n 1 69 LYS n 1 70 ASP n 1 71 ILE n 1 72 GLY n 1 73 TYR n 1 74 SER n 1 75 PHE n 1 76 THR n 1 77 VAL n 1 78 GLY n 1 79 GLY n 1 80 SER n 1 81 GLU n 1 82 ILE n 1 83 LEU n 1 84 PHE n 1 85 GLU n 1 86 VAL n 1 87 PRO n 1 88 GLU n 1 89 VAL n 1 90 THR n 1 91 VAL n 1 92 ALA n 1 93 PRO n 1 94 VAL n 1 95 HIS n 1 96 ILE n 1 97 CYS n 1 98 THR n 1 99 SER n 1 100 TRP n 1 101 GLU n 1 102 SER n 1 103 ALA n 1 104 SER n 1 105 GLY n 1 106 ILE n 1 107 VAL n 1 108 GLU n 1 109 PHE n 1 110 TRP n 1 111 VAL n 1 112 ASP n 1 113 GLY n 1 114 LYS n 1 115 PRO n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 ARG n 1 119 LYS n 1 120 SER n 1 121 LEU n 1 122 LYS n 1 123 LYS n 1 124 GLY n 1 125 TYR n 1 126 THR n 1 127 VAL n 1 128 GLY n 1 129 ALA n 1 130 GLU n 1 131 ALA n 1 132 SER n 1 133 ILE n 1 134 ILE n 1 135 LEU n 1 136 GLY n 1 137 GLN n 1 138 GLU n 1 139 GLN n 1 140 ASP n 1 141 SER n 1 142 PHE n 1 143 GLY n 1 144 GLY n 1 145 ASN n 1 146 PHE n 1 147 GLU n 1 148 GLY n 1 149 SER n 1 150 GLN n 1 151 SER n 1 152 LEU n 1 153 VAL n 1 154 GLY n 1 155 ASP n 1 156 ILE n 1 157 GLY n 1 158 ASN n 1 159 VAL n 1 160 ASN n 1 161 MET n 1 162 TRP n 1 163 ASP n 1 164 PHE n 1 165 VAL n 1 166 LEU n 1 167 SER n 1 168 PRO n 1 169 ASP n 1 170 GLU n 1 171 ILE n 1 172 ASN n 1 173 THR n 1 174 ILE n 1 175 TYR n 1 176 LEU n 1 177 GLY n 1 178 GLY n 1 179 PRO n 1 180 PHE n 1 181 SER n 1 182 PRO n 1 183 ASN n 1 184 VAL n 1 185 LEU n 1 186 ASN n 1 187 TRP n 1 188 ARG n 1 189 ALA n 1 190 LEU n 1 191 LYS n 1 192 TYR n 1 193 GLU n 1 194 VAL n 1 195 GLN n 1 196 GLY n 1 197 GLU n 1 198 VAL n 1 199 PHE n 1 200 THR n 1 201 LYS n 1 202 PRO n 1 203 GLN n 1 204 LEU n 1 205 TRP n 1 206 PRO n # _entity_src_nat.entity_id 1 _entity_src_nat.pdbx_src_id 1 _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag sample _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num ? _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num ? _entity_src_nat.common_name human _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific 'Homo sapiens' _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id 9606 _entity_src_nat.genus Homo _entity_src_nat.species ? _entity_src_nat.strain ? _entity_src_nat.tissue ? _entity_src_nat.tissue_fraction ? _entity_src_nat.pdbx_secretion ? _entity_src_nat.pdbx_fragment ? _entity_src_nat.pdbx_variant ? _entity_src_nat.pdbx_cell_line ? _entity_src_nat.pdbx_atcc ? _entity_src_nat.pdbx_cellular_location ? _entity_src_nat.pdbx_organ ? _entity_src_nat.pdbx_organelle ? _entity_src_nat.pdbx_cell ? _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name ? _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details ? _entity_src_nat.details ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code CRP_HUMAN _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_db_accession P02741 _struct_ref.pdbx_align_begin 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MEKLLCFLVLTSLSHAFGQTDMSRKAFVFPKESDTSYVSLKAPLTKPLKAFTVCLHFYTELSSTRGYSIFSYATKRQDNE ILIFWSKDIGYSFTVGGSEILFEVPEVTVAPVHICTSWESASGIVEFWVDGKPRVRKSLKKGYTVGAEASIILGQEQDSF GGNFEGSQSLVGDIGNVNMWDFVLSPDEINTIYLGGPFSPNVLNWRALKYEVQGEVFTKPQLWP ; _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1GNH A 1 ? 206 ? P02741 19 ? 224 ? 1 206 2 1 1GNH B 1 ? 206 ? P02741 19 ? 224 ? 1 206 3 1 1GNH C 1 ? 206 ? P02741 19 ? 224 ? 1 206 4 1 1GNH D 1 ? 206 ? P02741 19 ? 224 ? 1 206 5 1 1GNH E 1 ? 206 ? P02741 19 ? 224 ? 1 206 6 1 1GNH F 1 ? 206 ? P02741 19 ? 224 ? 1 206 7 1 1GNH G 1 ? 206 ? P02741 19 ? 224 ? 1 206 8 1 1GNH H 1 ? 206 ? P02741 19 ? 224 ? 1 206 9 1 1GNH I 1 ? 206 ? P02741 19 ? 224 ? 1 206 10 1 1GNH J 1 ? 206 ? P02741 19 ? 224 ? 1 206 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CA non-polymer . 'CALCIUM ION' ? 'Ca 2' 40.078 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 1GNH _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 4.10 _exptl_crystal.density_percent_sol 65. _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector FILM _diffrn_detector.type FILM _diffrn_detector.pdbx_collection_date 1988-03 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.901 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SRS BEAMLINE PX9.6' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SRS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline PX9.6 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.901 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.entry_id 1GNH _reflns.observed_criterion_sigma_I 0. _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 20.0 _reflns.d_resolution_high 3.00 _reflns.number_obs 57243 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 74. _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.138 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 1.5 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1GNH _refine.ls_number_reflns_obs 39996 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 3.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 12.0 _refine.ls_d_res_high 3.0 _refine.ls_percent_reflns_obs 74.0 _refine.ls_R_factor_obs 0.239 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.239 _refine.ls_R_factor_R_free 0.273 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.00 _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.B_iso_mean 25.8 _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;RESIDUES 142 - 145 IN CHAINS D AND J ARE NOT TIED DOWN. LOOP 140-150 IN PROTOMER J (NO CALCIUM) IS LOOSELY ASSOCIATED WITH MAIN BODY OF PROTEIN. IT FORMS SYMMETRY CONTACT TO PROTOMER I WITH GLU 147 J CHELATING TO CALCIUM IONS IN PROTOMER I. LOOP 140-150 IN PROTOMER D (NO CALCIUM) IS LOOSELY ASSOCIATED WITH MAIN BODY OF PROTEIN. IT FORMS SYMMETRY CONTACT TO PROTOMER C WITH GLU 147 D CHELATING TO CALCIUM IONS IN PROTOMER C. THE UNCERTAINTY IN RESIDUES 142 - 145 IN CHAINS D AND J RESULTS IN 2.4 A CLOSE NON-BONDED CONTACTS D 142 - D 143 AND J 142 - J 143. RESIDUE LEU 43 IN CHAINS D AND J FALLS IN A GENEROUSLY ALLOWED POSITION ON THE RAMACHANDRAN PLOT. THIS MINOR UNCERTAINTY IN THIS REGION IN PROTOMERS D AND J RESULTS IN TWO 2.6 A NON-BONDED CONTACTS IN EACH PROTOMER (D 42 - D 43, D 44 - D 45 , J 42 - J 43, J 44 - J 45). ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 16320 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 16 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 16336 _refine_hist.d_res_high 3.0 _refine_hist.d_res_low 12.0 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function x_bond_d 0.010 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_bond_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_bond_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_deg 1.587 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_deg_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_angle_deg_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_dihedral_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_dihedral_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_dihedral_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_improper_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_improper_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_improper_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_mcbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_mcangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_scbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _struct.entry_id 1GNH _struct.title 'HUMAN C-REACTIVE PROTEIN' _struct.pdbx_descriptor 'C-REACTIVE PROTEIN' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1GNH _struct_keywords.pdbx_keywords 'ACUTE-PHASE PROTEIN' _struct_keywords.text 'PENTRAXIN, ACUTE-PHASE REACTANT, ACUTE-PHASE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 2 ? T N N 2 ? U N N 2 ? V N N 2 ? W N N 2 ? X N N 2 ? Y N N 2 ? 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J GLU 147 ? 4_556 97.8 ? 239 OE1 ? I GLU 147 ? I GLU 147 ? 1_555 CA ? Z CA . ? I CA 502 ? 1_555 OE2 ? J GLU 147 ? J GLU 147 ? 4_556 84.2 ? 240 OE1 ? I GLN 150 ? I GLN 150 ? 1_555 CA ? Z CA . ? I CA 502 ? 1_555 OE2 ? J GLU 147 ? J GLU 147 ? 4_556 102.1 ? 241 OD1 ? I ASP 140 ? I ASP 140 ? 1_555 CA ? Z CA . ? I CA 502 ? 1_555 OE2 ? J GLU 147 ? J GLU 147 ? 4_556 69.4 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 1997-01-27 2 'Structure model' 1 1 2008-03-24 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Version format compliance' # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal DENZO 'data reduction' . ? 1 CCP4 'data collection' . ? 2 X-PLOR 'model building' 3.1 ? 3 X-PLOR refinement 3.1 ? 4 CCP4 'data reduction' . ? 5 X-PLOR phasing 3.1 ? 6 # _pdbx_entry_details.entry_id 1GNH _pdbx_entry_details.compound_details ;THE SIDE CHAIN OF ASN 61 IN PROTOMERS C AND I (THE PROTOMERS WHERE THE 140 - 150 LOOP FROM D, J, RESPECTIVELY, CHELATES TO THE CALCIUM IONS) APPEARS TO ADOPT A DIFFERENT ROTAMER (CHI2+180) THAN THAT IN THE OTHER 6 CALCIUM BOUND PROTOMERS. THE SIDE CHAIN OF GLU 147 ALSO ADOPTS DIFFERENT, BUT CONSISTENT, CONFORMATIONS IN THE VARIOUS CALCIUM BOUND PROTOMERS DEPENDING ON CRYSTAL CONTACTS. ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ;THE SECOND CALCIUM ION (502) IN PROTOMERS A AND B HAS A VERY LOW OCCUPANCY AND DOES NOT REFINE WELL. THUS A 502 AND B 502 HAVE BEEN PLACED, FOLLOWING FULL STRUCTURAL REFINEMENT, ACCORDING TO THE ELECTRON DENSITY PRESENT IN 2FO-FC MAPS. ; _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 O _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 I _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 PRO _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 202 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 NH2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 J _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 ARG _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 118 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 2.18 # loop_ _pdbx_validate_symm_contact.id _pdbx_validate_symm_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_symm_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_symm_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_1 _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_symm_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_symm_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 _pdbx_validate_symm_contact.dist 1 1 O D GLY 177 ? ? 1_555 O J PRO 182 ? ? 2_564 2.13 2 1 O E PRO 182 ? ? 1_555 O I GLY 177 ? ? 2_564 2.18 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 SER A 44 ? ? -30.78 -36.95 2 1 ASN A 61 ? ? -117.27 64.05 3 1 LYS A 69 ? ? -37.10 133.80 4 1 ILE A 71 ? ? -120.72 -64.33 5 1 PHE A 142 ? ? -49.92 101.65 6 1 VAL A 184 ? ? -139.32 -65.24 7 1 ALA A 189 ? ? -140.72 57.23 8 1 SER B 44 ? ? -29.73 -37.39 9 1 ASN B 61 ? ? -117.83 63.86 10 1 LYS B 69 ? ? -36.10 134.74 11 1 ILE B 71 ? ? -120.69 -64.45 12 1 PHE B 142 ? ? -50.23 101.62 13 1 VAL B 184 ? ? -138.80 -66.03 14 1 ALA B 189 ? ? -141.16 56.95 15 1 SER C 44 ? ? -30.10 -38.07 16 1 ASN C 61 ? ? -117.36 63.62 17 1 LYS C 69 ? ? -35.98 133.70 18 1 ILE C 71 ? ? -121.20 -64.58 19 1 PHE C 142 ? ? -50.49 101.92 20 1 VAL C 184 ? ? -139.24 -64.97 21 1 ALA C 189 ? ? -140.15 57.39 22 1 GLU D 42 ? ? -101.22 77.08 23 1 LEU D 43 ? ? -26.05 88.61 24 1 SER D 44 ? ? -101.48 -138.08 25 1 SER D 45 ? ? -48.54 174.19 26 1 ASN D 61 ? ? -117.00 64.57 27 1 ASP D 70 ? ? -87.00 36.32 28 1 ILE D 71 ? ? -142.31 -52.52 29 1 PRO D 87 ? ? -54.50 -86.33 30 1 GLN D 137 ? ? -172.69 146.33 31 1 SER D 141 ? ? -17.95 -85.38 32 1 PHE D 142 ? ? -63.91 25.14 33 1 GLN D 150 ? ? 65.37 108.43 34 1 VAL D 184 ? ? -141.33 -64.45 35 1 ALA D 189 ? ? -140.96 56.18 36 1 SER E 44 ? ? -30.75 -38.54 37 1 ASN E 61 ? ? -117.90 64.16 38 1 LYS E 69 ? ? -37.41 134.38 39 1 PHE E 142 ? ? -50.32 101.31 40 1 VAL E 184 ? ? -139.25 -64.73 41 1 ALA E 189 ? ? -140.65 57.53 42 1 SER F 44 ? ? -28.84 -37.58 43 1 ASN F 61 ? ? -117.44 63.70 44 1 LYS F 69 ? ? -37.06 133.62 45 1 PHE F 142 ? ? -51.22 102.37 46 1 VAL F 184 ? ? -139.70 -65.62 47 1 ALA F 189 ? ? -140.34 58.35 48 1 SER G 44 ? ? -29.75 -37.43 49 1 ASN G 61 ? ? -117.33 64.44 50 1 LYS G 69 ? ? -35.93 133.54 51 1 PHE G 142 ? 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