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M . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 CTY 1 2881 1 CTY CTY A . F 6 MG 1 2882 33 MG MG A . 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The number of non-hydrogen atoms used in refinement is more than specified in REMARK 3: 26069 protein atoms, 62115 nucleic acid atoms, and 123 heterogen atoms were used in refinement. ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'FOURIER SYNTHESIS' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details Random _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 385 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 59532 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 54 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 59971 _refine_hist.d_res_high 3.5 _refine_hist.d_res_low 50 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.003 ? ? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _database_PDB_matrix.entry_id 1J5A _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 1J5A _struct.title 'STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION OF ANTIBIOTICS WITH THE PEPTIDYL TRANSFERASE CENTER IN EUBACTERIA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1J5A _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text 'RIBOSOME, 50S, 23S, 5S, ANTIBIOTICS, CLARITHROMYCIN, PEPTIDYL TRANSFERASE CENTER' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? 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P49228 1 ? 60 ? 1 60 # _struct_ref_seq_dif.align_id 1 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 1J5A _struct_ref_seq_dif.mon_id U _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id A _struct_ref_seq_dif.seq_num 1526 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name GB _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code 15805042 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id Y _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num ? _struct_ref_seq_dif.details 'SEE REMARK 999' _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 1526 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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'G-U MISPAIR' ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software A CTY 2881 ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE CTY A 2881' AC2 Software A MG 2882 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG A 2882' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 8 A A 2041 ? A A 2041 . ? 1_555 ? 2 AC1 8 A A 2042 ? A A 2042 . ? 1_555 ? 3 AC1 8 A A 2045 ? 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OP1 doub N N 111 C P OP2 sing N N 112 C P "O5'" sing N N 113 C OP2 HOP2 sing N N 114 C "O5'" "C5'" sing N N 115 C "C5'" "C4'" sing N N 116 C "C5'" "H5'" sing N N 117 C "C5'" "H5''" sing N N 118 C "C4'" "O4'" sing N N 119 C "C4'" "C3'" sing N N 120 C "C4'" "H4'" sing N N 121 C "O4'" "C1'" sing N N 122 C "C3'" "O3'" sing N N 123 C "C3'" "C2'" sing N N 124 C "C3'" "H3'" sing N N 125 C "O3'" "HO3'" sing N N 126 C "C2'" "O2'" sing N N 127 C "C2'" "C1'" sing N N 128 C "C2'" "H2'" sing N N 129 C "O2'" "HO2'" sing N N 130 C "C1'" N1 sing N N 131 C "C1'" "H1'" sing N N 132 C N1 C2 sing N N 133 C N1 C6 sing N N 134 C C2 O2 doub N N 135 C C2 N3 sing N N 136 C N3 C4 doub N N 137 C C4 N4 sing N N 138 C C4 C5 sing N N 139 C N4 H41 sing N N 140 C N4 H42 sing N N 141 C C5 C6 doub N N 142 C C5 H5 sing N N 143 C C6 H6 sing N N 144 CTY C10 C11 sing N N 145 CTY C10 C9 sing N N 146 CTY C10 C34 sing N N 147 CTY C10 H10 sing N N 148 CTY C11 C12 sing N N 149 CTY C11 O12 sing N N 150 CTY C11 H11 sing N N 151 CTY C12 C13 sing N N 152 CTY C12 C35 sing N N 153 CTY C12 O13 sing N N 154 CTY C13 O2 sing N N 155 CTY C13 C36 sing N N 156 CTY C13 H13 sing N N 157 CTY O2 C1 sing N N 158 CTY C2 C3 sing N N 159 CTY C2 C1 sing N N 160 CTY C2 C30 sing N N 161 CTY C2 H2 sing N N 162 CTY C3 C4 sing N N 163 CTY C3 O3 sing N N 164 CTY C3 H3 sing N N 165 CTY C4 C5 sing N N 166 CTY C4 C31 sing N N 167 CTY C4 H4 sing N N 168 CTY C5 C6 sing N N 169 CTY C5 O7 sing N N 170 CTY C5 H5 sing N N 171 CTY C6 C7 sing N N 172 CTY C6 C32 sing N N 173 CTY C6 O10 sing N N 174 CTY C7 C8 sing N N 175 CTY C7 H71 sing N N 176 CTY C7 H72 sing N N 177 CTY C8 C9 sing N N 178 CTY C8 C33 sing N N 179 CTY C8 H8 sing N N 180 CTY C9 O11 doub N N 181 CTY C1 O1 doub N N 182 CTY O3 C14 sing N N 183 CTY O7 C22 sing N N 184 CTY C34 H341 sing N N 185 CTY C34 H342 sing N N 186 CTY C34 H343 sing N N 187 CTY C33 H331 sing N N 188 CTY C33 H332 sing N N 189 CTY C33 H333 sing N N 190 CTY C35 H351 sing N N 191 CTY C35 H352 sing N N 192 CTY C35 H353 sing N N 193 CTY O12 HO12 sing N N 194 CTY O13 HO13 sing N N 195 CTY C36 C37 sing N N 196 CTY C36 H361 sing N N 197 CTY C36 H362 sing N N 198 CTY C30 H301 sing N N 199 CTY C30 H302 sing N N 200 CTY C30 H303 sing N N 201 CTY C32 H321 sing N N 202 CTY C32 H322 sing N N 203 CTY C32 H323 sing N N 204 CTY O10 C38 sing N N 205 CTY C22 C23 sing N N 206 CTY C22 O9 sing N N 207 CTY C22 H22 sing N N 208 CTY C23 C24 sing N N 209 CTY C23 O8 sing N N 210 CTY C23 H23 sing N N 211 CTY C24 C25 sing N N 212 CTY C24 N1 sing N N 213 CTY C24 H24 sing N N 214 CTY C25 C26 sing N N 215 CTY C25 H251 sing N N 216 CTY C25 H252 sing N N 217 CTY C26 O9 sing N N 218 CTY C26 C27 sing N N 219 CTY C26 H26 sing N N 220 CTY N1 C28 sing N N 221 CTY N1 C29 sing N N 222 CTY C27 H271 sing N N 223 CTY C27 H272 sing N N 224 CTY C27 H273 sing N N 225 CTY O8 HO8 sing N N 226 CTY C28 H281 sing N N 227 CTY C28 H282 sing N N 228 CTY C28 H283 sing N N 229 CTY C14 C15 sing N N 230 CTY C14 O4 sing N N 231 CTY C14 H14 sing N N 232 CTY C15 C16 sing N N 233 CTY C15 H151 sing N N 234 CTY C15 H152 sing N N 235 CTY C16 C17 sing N N 236 CTY C16 O5 sing N N 237 CTY C16 C19 sing N N 238 CTY C17 C18 sing N N 239 CTY C17 O6 sing N N 240 CTY C17 H17 sing N N 241 CTY C18 O4 sing N N 242 CTY C18 C21 sing N N 243 CTY C18 H18 sing N N 244 CTY O5 C20 sing N N 245 CTY O6 HO6 sing N N 246 CTY C20 H201 sing N N 247 CTY C20 H202 sing N N 248 CTY C20 H203 sing N N 249 CTY C29 H291 sing N N 250 CTY C29 H292 sing N N 251 CTY C29 H293 sing N N 252 CTY C21 H211 sing N N 253 CTY C21 H212 sing N N 254 CTY C21 H213 sing N N 255 CTY C37 H371 sing N N 256 CTY C37 H372 sing N N 257 CTY C37 H373 sing N N 258 CTY C31 H311 sing N N 259 CTY C31 H312 sing N N 260 CTY C31 H313 sing N N 261 CTY C19 H191 sing N N 262 CTY C19 H192 sing N N 263 CTY C19 H193 sing N N 264 CTY C38 H381 sing N N 265 CTY C38 H382 sing N N 266 CTY C38 H383 sing N N 267 CYS N CA sing N N 268 CYS N H sing N N 269 CYS N H2 sing N N 270 CYS CA C sing N N 271 CYS CA CB sing N N 272 CYS CA HA sing N N 273 CYS C O doub N N 274 CYS C OXT sing N N 275 CYS CB SG sing N N 276 CYS CB HB2 sing N N 277 CYS CB HB3 sing N N 278 CYS SG HG sing N N 279 CYS OXT HXT sing N N 280 G OP3 P sing N N 281 G OP3 HOP3 sing N N 282 G P OP1 doub N N 283 G P OP2 sing N N 284 G P "O5'" sing N N 285 G OP2 HOP2 sing N N 286 G "O5'" "C5'" sing N N 287 G "C5'" "C4'" sing N N 288 G "C5'" "H5'" sing N N 289 G "C5'" "H5''" sing N N 290 G "C4'" "O4'" sing N N 291 G "C4'" "C3'" sing N N 292 G "C4'" "H4'" sing N N 293 G "O4'" "C1'" sing N N 294 G "C3'" "O3'" sing N N 295 G "C3'" "C2'" sing N N 296 G "C3'" "H3'" sing N N 297 G "O3'" "HO3'" sing N N 298 G "C2'" "O2'" sing N N 299 G "C2'" "C1'" sing N N 300 G "C2'" "H2'" sing N N 301 G "O2'" "HO2'" sing N N 302 G "C1'" N9 sing N N 303 G "C1'" "H1'" sing N N 304 G N9 C8 sing Y N 305 G N9 C4 sing Y N 306 G C8 N7 doub Y N 307 G C8 H8 sing N N 308 G N7 C5 sing Y N 309 G C5 C6 sing N N 310 G C5 C4 doub Y N 311 G C6 O6 doub N N 312 G C6 N1 sing N N 313 G N1 C2 sing N N 314 G N1 H1 sing N N 315 G C2 N2 sing N N 316 G C2 N3 doub N N 317 G N2 H21 sing N N 318 G N2 H22 sing N N 319 G N3 C4 sing N N 320 GLN N CA sing N N 321 GLN N H sing N N 322 GLN N H2 sing N N 323 GLN CA C sing N N 324 GLN CA CB sing N N 325 GLN CA HA sing N N 326 GLN C O doub N N 327 GLN C OXT sing N N 328 GLN CB CG sing N N 329 GLN CB HB2 sing N N 330 GLN CB HB3 sing N N 331 GLN CG CD sing N N 332 GLN CG HG2 sing N N 333 GLN CG HG3 sing N N 334 GLN CD OE1 doub N N 335 GLN CD NE2 sing N N 336 GLN NE2 HE21 sing N N 337 GLN NE2 HE22 sing N N 338 GLN OXT HXT sing N N 339 GLU N CA sing N N 340 GLU N H sing N N 341 GLU N H2 sing N N 342 GLU CA C sing N N 343 GLU CA CB sing N N 344 GLU CA HA sing N N 345 GLU C O doub N N 346 GLU C OXT sing N N 347 GLU CB CG sing N N 348 GLU CB HB2 sing N N 349 GLU CB HB3 sing N N 350 GLU CG CD sing N N 351 GLU CG HG2 sing N N 352 GLU CG HG3 sing N N 353 GLU CD OE1 doub N N 354 GLU CD OE2 sing N N 355 GLU OE2 HE2 sing N N 356 GLU OXT HXT sing N N 357 GLY N CA sing N N 358 GLY N H sing N N 359 GLY N H2 sing N N 360 GLY CA C sing N N 361 GLY CA HA2 sing N N 362 GLY CA HA3 sing N N 363 GLY C O doub N N 364 GLY C OXT sing N N 365 GLY OXT HXT sing N N 366 HIS N CA sing N N 367 HIS N H sing N N 368 HIS N H2 sing N N 369 HIS CA C sing N N 370 HIS CA CB sing N N 371 HIS CA HA sing N N 372 HIS C O doub N N 373 HIS C OXT sing N N 374 HIS CB CG sing N N 375 HIS CB HB2 sing N N 376 HIS CB HB3 sing N N 377 HIS CG ND1 sing Y N 378 HIS CG CD2 doub Y N 379 HIS ND1 CE1 doub Y N 380 HIS ND1 HD1 sing N N 381 HIS CD2 NE2 sing Y N 382 HIS CD2 HD2 sing N N 383 HIS CE1 NE2 sing Y N 384 HIS CE1 HE1 sing N N 385 HIS NE2 HE2 sing N N 386 HIS OXT HXT sing N N 387 ILE N CA sing N N 388 ILE N H sing N N 389 ILE N H2 sing N N 390 ILE CA C sing N N 391 ILE CA CB sing N N 392 ILE CA HA sing N N 393 ILE C O doub N N 394 ILE C OXT sing N N 395 ILE CB CG1 sing N N 396 ILE CB CG2 sing N N 397 ILE CB HB sing N N 398 ILE CG1 CD1 sing N N 399 ILE CG1 HG12 sing N N 400 ILE CG1 HG13 sing N N 401 ILE CG2 HG21 sing N N 402 ILE CG2 HG22 sing N N 403 ILE CG2 HG23 sing N N 404 ILE CD1 HD11 sing N N 405 ILE CD1 HD12 sing N N 406 ILE CD1 HD13 sing N N 407 ILE OXT HXT sing N N 408 LEU N CA sing N N 409 LEU N H sing N N 410 LEU N H2 sing N N 411 LEU CA C sing N N 412 LEU CA CB sing N N 413 LEU CA HA sing N N 414 LEU C O doub N N 415 LEU C OXT sing N N 416 LEU CB CG sing N N 417 LEU CB HB2 sing N N 418 LEU CB HB3 sing N N 419 LEU CG CD1 sing N N 420 LEU CG CD2 sing N N 421 LEU CG HG sing N N 422 LEU CD1 HD11 sing N N 423 LEU CD1 HD12 sing N N 424 LEU CD1 HD13 sing N N 425 LEU CD2 HD21 sing N N 426 LEU CD2 HD22 sing N N 427 LEU CD2 HD23 sing N N 428 LEU OXT HXT sing N N 429 LYS N CA sing N N 430 LYS N H sing N N 431 LYS N H2 sing N N 432 LYS CA C sing N N 433 LYS CA CB sing N N 434 LYS CA HA sing N N 435 LYS C O doub N N 436 LYS C OXT sing N N 437 LYS CB CG sing N N 438 LYS CB HB2 sing N N 439 LYS CB HB3 sing N N 440 LYS CG CD sing N N 441 LYS CG HG2 sing N N 442 LYS CG HG3 sing N N 443 LYS CD CE sing N N 444 LYS CD HD2 sing N N 445 LYS CD HD3 sing N N 446 LYS CE NZ sing N N 447 LYS CE HE2 sing N N 448 LYS CE HE3 sing N N 449 LYS NZ HZ1 sing N N 450 LYS NZ HZ2 sing N N 451 LYS NZ HZ3 sing N N 452 LYS OXT HXT sing N N 453 MET N CA sing N N 454 MET N H sing N N 455 MET N H2 sing N N 456 MET CA C sing N N 457 MET CA CB sing N N 458 MET CA HA sing N N 459 MET C O doub N N 460 MET C OXT sing N N 461 MET CB CG sing N N 462 MET CB HB2 sing N N 463 MET CB HB3 sing N N 464 MET CG SD sing N N 465 MET CG HG2 sing N N 466 MET CG HG3 sing N N 467 MET SD CE sing N N 468 MET CE HE1 sing N N 469 MET CE HE2 sing N N 470 MET CE HE3 sing N N 471 MET OXT HXT sing N N 472 PHE N CA sing N N 473 PHE N H sing N N 474 PHE N H2 sing N N 475 PHE CA C sing N N 476 PHE CA CB sing N N 477 PHE CA HA sing N N 478 PHE C O doub N N 479 PHE C OXT sing N N 480 PHE CB CG sing N N 481 PHE CB HB2 sing N N 482 PHE CB HB3 sing N N 483 PHE CG CD1 doub Y N 484 PHE CG CD2 sing Y N 485 PHE CD1 CE1 sing Y N 486 PHE CD1 HD1 sing N N 487 PHE CD2 CE2 doub Y N 488 PHE CD2 HD2 sing N N 489 PHE CE1 CZ doub Y N 490 PHE CE1 HE1 sing N N 491 PHE CE2 CZ sing Y N 492 PHE CE2 HE2 sing N N 493 PHE CZ HZ sing N N 494 PHE OXT HXT sing N N 495 PRO N CA sing N N 496 PRO N CD sing N N 497 PRO N H sing N N 498 PRO CA C sing N N 499 PRO CA CB sing N N 500 PRO CA HA sing N N 501 PRO C O doub N N 502 PRO C OXT sing N N 503 PRO CB CG sing N N 504 PRO CB HB2 sing N N 505 PRO CB HB3 sing N N 506 PRO CG CD sing N N 507 PRO CG HG2 sing N N 508 PRO CG HG3 sing N N 509 PRO CD HD2 sing N N 510 PRO CD HD3 sing N N 511 PRO OXT HXT sing N N 512 SER N CA sing N N 513 SER N H sing N N 514 SER N H2 sing N N 515 SER CA C sing N N 516 SER CA CB sing N N 517 SER CA HA sing N N 518 SER C O doub N N 519 SER C OXT sing N N 520 SER CB OG sing N N 521 SER CB HB2 sing N N 522 SER CB HB3 sing N N 523 SER OG HG sing N N 524 SER OXT HXT sing N N 525 THR N CA sing N N 526 THR N H sing N N 527 THR N H2 sing N N 528 THR CA C sing N N 529 THR CA CB sing N N 530 THR CA HA sing N N 531 THR C O doub N N 532 THR C OXT sing N N 533 THR CB OG1 sing N N 534 THR CB CG2 sing N N 535 THR CB HB sing N N 536 THR OG1 HG1 sing N N 537 THR CG2 HG21 sing N N 538 THR CG2 HG22 sing N N 539 THR CG2 HG23 sing N N 540 THR OXT HXT sing N N 541 TRP N CA sing N N 542 TRP N H sing N N 543 TRP N H2 sing N N 544 TRP CA C sing N N 545 TRP CA CB sing N N 546 TRP CA HA sing N N 547 TRP C O doub N N 548 TRP C OXT sing N N 549 TRP CB CG sing N N 550 TRP CB HB2 sing N N 551 TRP CB HB3 sing N N 552 TRP CG CD1 doub Y N 553 TRP CG CD2 sing Y N 554 TRP CD1 NE1 sing Y N 555 TRP CD1 HD1 sing N N 556 TRP CD2 CE2 doub Y N 557 TRP CD2 CE3 sing Y N 558 TRP NE1 CE2 sing Y N 559 TRP NE1 HE1 sing N N 560 TRP CE2 CZ2 sing Y N 561 TRP CE3 CZ3 doub Y N 562 TRP CE3 HE3 sing N N 563 TRP CZ2 CH2 doub Y N 564 TRP CZ2 HZ2 sing N N 565 TRP CZ3 CH2 sing Y N 566 TRP CZ3 HZ3 sing N N 567 TRP CH2 HH2 sing N N 568 TRP OXT HXT sing N N 569 TYR N CA sing 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sing N N 611 U "C2'" "O2'" sing N N 612 U "C2'" "C1'" sing N N 613 U "C2'" "H2'" sing N N 614 U "O2'" "HO2'" sing N N 615 U "C1'" N1 sing N N 616 U "C1'" "H1'" sing N N 617 U N1 C2 sing N N 618 U N1 C6 sing N N 619 U C2 O2 doub N N 620 U C2 N3 sing N N 621 U N3 C4 sing N N 622 U N3 H3 sing N N 623 U C4 O4 doub N N 624 U C4 C5 sing N N 625 U C5 C6 doub N N 626 U C5 H5 sing N N 627 U C6 H6 sing N N 628 VAL N CA sing N N 629 VAL N H sing N N 630 VAL N H2 sing N N 631 VAL CA C sing N N 632 VAL CA CB sing N N 633 VAL CA HA sing N N 634 VAL C O doub N N 635 VAL C OXT sing N N 636 VAL CB CG1 sing N N 637 VAL CB CG2 sing N N 638 VAL CB HB sing N N 639 VAL CG1 HG11 sing N N 640 VAL CG1 HG12 sing N N 641 VAL CG1 HG13 sing N N 642 VAL CG2 HG21 sing N N 643 VAL CG2 HG22 sing N N 644 VAL CG2 HG23 sing N N 645 VAL OXT HXT sing N N 646 Y P OP1 doub N N 647 Y P OP2 sing N N 648 Y P OP3 sing N N 649 Y P "O5'" sing N N 650 Y OP2 HOP2 sing N N 651 Y OP3 HOP3 sing N N 652 Y "O5'" "C5'" sing N N 653 Y "C5'" "C4'" sing N N 654 Y "C5'" "H5'" sing N N 655 Y "C5'" "H5''" sing N N 656 Y "C4'" "O4'" sing N N 657 Y "C4'" "C3'" sing N N 658 Y "C4'" "H4'" sing N N 659 Y "O4'" "C1'" sing N N 660 Y "C3'" "O3'" sing N N 661 Y "C3'" "C2'" sing N N 662 Y "C3'" "H3'" sing N N 663 Y "O3'" "HO3'" sing N N 664 Y "C2'" "C1'" sing N N 665 Y "C2'" "H2'" sing N N 666 Y "C2'" "H2''" sing N N 667 Y "C1'" N9 sing N N 668 Y "C1'" "H1'" sing N N 669 Y N9 C8 sing Y N 670 Y N9 C4 sing Y N 671 Y C8 N7 doub Y N 672 Y C8 H8 sing N N 673 Y N7 C5 sing Y N 674 Y C5 C6 sing Y N 675 Y C5 C4 doub Y N 676 Y C6 N6 sing N N 677 Y C6 N1 doub Y N 678 Y N6 CA sing N N 679 Y N6 H6 sing N N 680 Y N1 C2 sing Y N 681 Y C2 N3 doub Y N 682 Y C2 H2 sing N N 683 Y N3 C4 sing Y N 684 Y CA CB sing N N 685 Y CA CJ sing N N 686 Y CA HA sing N N 687 Y CB OB sing N N 688 Y CB HB1 sing N N 689 Y CB HB2 sing N N 690 Y OB HB sing N N 691 Y CJ CO doub Y N 692 Y CJ "CO'" sing Y N 693 Y CO CM sing Y N 694 Y CO HO sing N N 695 Y "CO'" "CM'" doub Y N 696 Y "CO'" "HO'" sing N N 697 Y CM CP doub Y N 698 Y CM HM sing N N 699 Y "CM'" CP sing Y N 700 Y "CM'" "HM'" sing N N 701 Y CP HP sing N N 702 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 1J5A 'double helix' 1J5A 'a-form double helix' 1J5A 'parallel strands' 1J5A 'hairpin loop' 1J5A tetraloop 1J5A 'bulge loop' 1J5A 'mismatched base pair' 1J5A 'internal loop' 1J5A 'triple helix' 1J5A 'quadruple helix' 1J5A 'three-way junction' 1J5A 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle 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