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M . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 MG 1 2881 33 MG MG A . F 5 MG 1 2882 301 MG MG A . G 5 MG 1 2883 302 MG MG A . 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The number of non-hydrogen atoms used in refinement is more than specified in REMARK 3: 26069 protein atoms, 62115 nucleic acid atoms, and 102 heterogen atoms were used in refinement. ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'FOURIER SYNTHESIS' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details Random _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 385 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 59532 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 23 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 59940 _refine_hist.d_res_high 3.5 _refine_hist.d_res_low 30. # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.004 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 0.67 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _database_PDB_matrix.entry_id 1K01 _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 1K01 _struct.title 'Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1K01 _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text 'Ribosome, 50S, 23S, 5S, Antibiotics, Chloramphenicol, Peptidyl transferase center' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 5 ? G N N 5 ? H N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 GB NC_001263 1 ;GGUCAAGAUAGUAAGGGUCCACGGUGGAUGCCCUGGCGCUGGAGCCGAUGAAGGACGCGAUUACCUGCGAAAAGCCCCGA CGAGCUGGAGAUACGCUUUGACUCGGGGAUGUCCGAAUGGGGAAACCCACCUCGUAAGAGGUAUCCGCAAGGAUGGGAAC UCAGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCUGAAGGAGAAGAAAGAGAAUUCGAUUCCGUUAGUAGCGGCGAGCGAACCCGGAU CAGCCCAAACCGAAACGCUUGCGUUUCGGGGUUGUAGGACCAGUUUUUAAGAUUCAACCCCUCAAGCCGAAGUGGCUGGA AAGCUACACCUCAGAAGGUGAGAGUCCUGUAGGCGAACGAGCGGUUGACUGUACUGGCACCUGAGUAGGUCGUUGUUCGU GAAACGAUGACUGAAUCCGCGCGGACCACCGCGCAAGGCUAAAUACUCCCAGUGACCGAUAGCGCAUAGUACCGUGAGGG AAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAGAGAACCUGAAACCGUGGACUUACAAGCAGUCAUGGCACCUUAUGCG UGUUAUGGCGUGCCUAUUGAAGCAUGAGCCGGCGACUUAGACCUGACGUGCGAGCUUAAGUUGAAAAACGGAGGCGGAGC GAAAGCGAGUCCGAAUAGGGCGGCAUUAGUACGUCGGGCUAGACUCGAAACCAGGUGAGCUAAGCAUGACCAGGUUGAAA CCCCCGUGACAGGGGGCGGAGGACCGAACCGGUGCCUGCUGAAACAGUCUCGGAUGAGUUGUGUUUAGGAGUGAAAAGCU AACCGAACCUGGAGAUAGCUAGUUCUCCCCGAAAUGUAUUGAGGUACAGCCUCGGAUGUUGACCAUGUCCUGUAGAGCAC UCACAAGGCUAGGGGGCCUACCAGCUUACCAAACCUUAUGAAACUCCGAAGGGGCACGCGUUUAGUCCGGGAGUGAGGCU GCGAGAGCUAACUUCCGUAGCCGAGAGGGAAACAACCCAGACCAUCAGCUAAGGUCCCUAAAUGAUCGCUCAGUGGUUAA GGAUGUGUCGUCGCAUAGACAGCCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCCUUCAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUC GAGUGACGAUGCGCCGAAAAUGAUCGGGGCUCAAGUGAUCUACCGAAGCUAUGGAUUCAACUCGCGAAGCGAGUUGUCUG GUAGGGGAGCGUUCAGUCCGCGGAGAAGCCAUACCGGAAGGAGUGGUGGAGCCGACUGAAGUGCGGAUGCCGGCAUGAGU AACGAUAAAAGAAGUGAGAAUCUUCUUCGCCGUAAGGACAAGGGUUCCUGGGGAAGGGUCGUCCGCCCAGGGAAAGUCGG GACCUAAGGUGAGGCCGAACGGCGCAGCCGAUGGACAGCAGGUCAAGAUUCCUGCACCGAUCAUGUGGAGUGAUGGAGGG ACGCAUUACGCUAUCCAAUGCCAAGCUAUGGCUAUGCUGGUUGGUACGCUCAAGGGCGAUCGGGUCAGAAAAUCUACCGG UCACAYGCCUCAGACGUAUCGGGAGCUUCCUCGGAAGCGAAGUUGGAAACGCGACGGUGCCAAGAAAAGCUUCUAAACGU UGAAACAUGAUUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGUCCGAGUGUCAAUGCACUAAGGCGCGCGAGAGAACCCUCGUU AAGGAACUUUGCAAUCUCACCCCGUAACUUCGGAAGAAGGGGUCCCCACGCUUCGCGUGGGGCGCAGUGAAUAGGCCCAG GCGACUGUUUACCAAAAUCACAGCACUCUGCCAACACGAACAGUGGACGUAUAGGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAA GGUCAAGUGGAGCGGUGCAAGCUGCGAAAUGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAA AUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAGGCGUAACGAUCUGGGCGCUGUCUCAACGAGGGACUCGGUGAAAUU GAAUUGGCUGUAAAGAUGCGGCCUACCCGUAGCAGGACGAAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUAUAGUCUGGCAUUGGGAU UCGGGUUUCUCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGCGAAACUGGCCUUUUGGGGUCGGUGGAGGCAACGGUGAAAUACCAC CCUGAGAAACUUGGAUUUCUAACCUGAAAAAUCACUUUCGGGGACCGUGCUUGGCGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCGCC UCCCAAAAUGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUCACCUCAAGACGGUUGGAAAUCGUCUGUAGAGCGCAAAGGUAGAAGGUGG CUUGACUGCGAGACUGACACGUCGAGCAGGGAGGAAACUCGGGCUUAGUGAACCGGUGGUACCGUGUGGAAGGGCCAUCG AUCAACGGAUAAAAGUUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGAGUCCAUAUCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUC GAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUG GGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCUCUAUCCGCUACGGGCGCAGGAGAAUUGAGGGGAGUUGCUCCUAGUACGAG AGGACCGGAGUGAACGGACCGCUGGUCUCCCUGCUGUCGUACCAACGGCACAUGCAGGGUAGCUAUGUCCGGAACGGAUA ACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCAGCCCCAAGAUGAGUUCUCCCACUGUUUAUCAGGUAAGACUCCCGGAAGACC ACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCGAGGUCUUGACCACUC ; 2587937 15805042 ? 2 UNP RL4_DEIRA 2 ;MAQINVIGQNGGRTIELPLPEVNSGVLHEVVTWQLASRRRGTASTRTRAQVSKTGRKMYGQKGTGNARHGDRSVPTFVGG GVAFGPKPRSYDYTLPRQVRQLGLAMAIASRQEGGKLVAVDGFDIADAKTKNFISWAKQNGLDGTEKVLLVTDDENTRRA ARNVSWVSVLPVAGVNVYDILRHDRLVIDAAALEIVEEEAGEEQQ ; 1 Q9RXK1 ? 3 UNP RL22_DEIRA 3 ;MTAPEQTFRNKKQRKQQVKLRKPGFAVAKYVRMSPRKVRLVVDVIRGKSVQDAEDLLRFIPRSASEPVAKVLNSAKANAL HNDEMLEDRLFVKEAYVDAGPTLKRLIPRARGSANIIKKRTSHITIIVAEKGNK ; 1 Q9RXJ7 ? 4 UNP RL32_DEIRA 4 MAKHPVPKKKTSKSKRDMRRSHHALTAPNLTECPQCHGKKLSHHICPNCGYYDGRQVLAV 1 P49228 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1K01 A 1 ? 2880 ? 15805042 2587937 ? 2590817 ? 1 2880 2 2 1K01 K 1 ? 205 ? 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'G-U MISPAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # _pdbx_struct_conn_angle.id 1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id N4 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id C _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id 2431 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id C _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id 2431 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id G _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id . _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id 2883 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id O9B _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id H _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id CLM _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id . _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id CLM _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id 2884 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.value 112.9 _pdbx_struct_conn_angle.value_esd ? # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software A MG 2882 ? 3 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG A 2882' AC2 Software A MG 2883 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG A 2883' AC3 Software A CLM 2884 ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE CLM A 2884' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 3 G A 2484 ? 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