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'Sindbis virus' 11034 Alphavirus ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? ;baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 Saccharomyces ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample ? ? ? 'Sindbis virus' 11034 Alphavirus ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP POLS_SINDV P03316 1 1 ? ? 2 UNP GCN4_YEAST P03069 2 225 ? ? 3 UNP POLS_SINDV P03316 3 807 ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1LD4 A 1 ? 264 ? P03316 1 ? 264 ? 1001 1264 2 1 1LD4 B 1 ? 264 ? 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P CYS 6259 P CYS 6271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 6 ? B ? 7 ? C ? 6 ? D ? 7 ? E ? 6 ? F ? 7 ? G ? 6 ? H ? 7 ? I ? 3 ? J ? 8 ? K ? 4 ? L ? 2 ? M ? 2 ? N ? 2 ? O ? 2 ? P ? 3 ? Q ? 8 ? R ? 4 ? S ? 2 ? T ? 2 ? U ? 2 ? V ? 2 ? W ? 3 ? X ? 8 ? Y ? 4 ? Z ? 2 ? AA ? 2 ? AB ? 2 ? AC ? 2 ? AD ? 3 ? AE ? 8 ? AF ? 4 ? AG ? 2 ? AH ? 2 ? AI ? 2 ? AJ ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? anti-parallel A 5 6 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel B 4 5 ? anti-parallel B 5 6 ? anti-parallel B 6 7 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel C 4 5 ? anti-parallel C 5 6 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel D 4 5 ? anti-parallel D 5 6 ? anti-parallel D 6 7 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel E 4 5 ? anti-parallel E 5 6 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel F 4 5 ? anti-parallel F 5 6 ? anti-parallel F 6 7 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel G 4 5 ? anti-parallel G 5 6 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel H 4 5 ? anti-parallel H 5 6 ? anti-parallel H 6 7 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? anti-parallel J 5 6 ? anti-parallel J 6 7 ? anti-parallel J 7 8 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel Q 3 4 ? anti-parallel Q 4 5 ? anti-parallel Q 5 6 ? anti-parallel Q 6 7 ? anti-parallel Q 7 8 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel R 2 3 ? anti-parallel R 3 4 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel X 3 4 ? anti-parallel X 4 5 ? anti-parallel X 5 6 ? anti-parallel X 6 7 ? anti-parallel X 7 8 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Y 3 4 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? anti-parallel AE 4 5 ? anti-parallel AE 5 6 ? anti-parallel AE 6 7 ? anti-parallel AE 7 8 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? anti-parallel AF 3 4 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AJ 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 THR A 145 ? 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TRP B 247 ? ARG B 4239 TRP B 4247 D 3 ARG B 202 ? PRO B 206 ? ARG B 4202 PRO B 4206 D 4 GLY B 194 ? SER B 199 ? GLY B 4194 SER B 4199 D 5 GLY B 187 ? TRP B 191 ? GLY B 4187 TRP B 4191 D 6 PRO B 218 ? MET B 220 ? PRO B 4218 MET B 4220 D 7 VAL B 226 ? ASP B 235 ? VAL B 4226 ASP B 4235 E 1 THR C 157 ? SER C 159 ? THR C 5157 SER C 5159 E 2 MET C 164 ? GLN C 168 ? MET C 5164 GLN C 5168 E 3 LYS C 135 ? PRO C 139 ? LYS C 5135 PRO C 5139 E 4 VAL C 125 ? MET C 132 ? VAL C 5125 MET C 5132 E 5 LEU C 115 ? LYS C 119 ? LEU C 5115 LYS C 5119 E 6 THR C 145 ? ILE C 146 ? THR C 5145 ILE C 5146 F 1 THR C 253 ? THR C 256 ? THR C 5253 THR C 5256 F 2 ARG C 239 ? TRP C 247 ? ARG C 5239 TRP C 5247 F 3 ARG C 202 ? PRO C 206 ? ARG C 5202 PRO C 5206 F 4 GLY C 194 ? SER C 199 ? GLY C 5194 SER C 5199 F 5 GLY C 187 ? TRP C 191 ? GLY C 5187 TRP C 5191 F 6 PRO C 218 ? MET C 220 ? PRO C 5218 MET C 5220 F 7 VAL C 226 ? ASP C 235 ? VAL C 5226 ASP C 5235 G 1 THR D 157 ? SER D 159 ? THR D 6157 SER D 6159 G 2 MET D 164 ? 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PHE M 143 ? THR M 1141 PHE M 1143 J 7 LYS M 130 ? VAL M 136 ? LYS M 1130 VAL M 1136 J 8 VAL M 146 ? TYR M 147 ? VAL M 1146 TYR M 1147 K 1 GLN M 44 ? THR M 48 ? GLN M 1044 THR M 1048 K 2 ALA M 119 ? ILE M 122 ? ALA M 1119 ILE M 1122 K 3 VAL M 177 ? HIS M 180 ? VAL M 1177 HIS M 1180 K 4 LEU M 183 ? ASN M 186 ? LEU M 1183 ASN M 1186 L 1 PHE M 51 ? VAL M 54 ? PHE M 1051 VAL M 1054 L 2 TYR M 107 ? LEU M 110 ? TYR M 1107 LEU M 1110 M 1 PHE M 81 ? GLY M 82 ? PHE M 1081 GLY M 1082 M 2 SER M 101 ? GLN M 102 ? SER M 1101 GLN M 1102 N 1 ARG M 220 ? LEU M 221 ? ARG M 1220 LEU M 1221 N 2 TYR M 233 ? THR M 234 ? TYR M 1233 THR M 1234 O 1 LEU M 318 ? GLN M 319 ? LEU M 1318 GLN M 1319 O 2 THR M 353 ? VAL M 354 ? THR M 1353 VAL M 1354 P 1 THR N 5 ? PRO N 8 ? THR N 4005 PRO N 4008 P 2 ASN N 275 ? ILE N 280 ? ASN N 4275 ILE N 4280 P 3 VAL N 161 ? ILE N 162 ? VAL N 4161 ILE N 4162 Q 1 TYR N 15 ? LEU N 18 ? TYR N 4015 LEU N 4018 Q 2 ASN N 28 ? VAL N 38 ? ASN N 4028 VAL N 4038 Q 3 ALA N 268 ? VAL N 269 ? ALA N 4268 VAL N 4269 Q 4 ASN N 28 ? VAL N 38 ? ASN N 4028 VAL N 4038 Q 5 LYS N 130 ? VAL N 136 ? LYS N 4130 VAL N 4136 Q 6 THR N 141 ? PHE N 143 ? THR N 4141 PHE N 4143 Q 7 LYS N 130 ? VAL N 136 ? LYS N 4130 VAL N 4136 Q 8 VAL N 146 ? TYR N 147 ? VAL N 4146 TYR N 4147 R 1 GLN N 44 ? THR N 48 ? GLN N 4044 THR N 4048 R 2 ALA N 119 ? ILE N 122 ? ALA N 4119 ILE N 4122 R 3 VAL N 177 ? HIS N 180 ? VAL N 4177 HIS N 4180 R 4 LEU N 183 ? ASN N 186 ? LEU N 4183 ASN N 4186 S 1 PHE N 51 ? VAL N 54 ? PHE N 4051 VAL N 4054 S 2 TYR N 107 ? LEU N 110 ? TYR N 4107 LEU N 4110 T 1 PHE N 81 ? GLY N 82 ? PHE N 4081 GLY N 4082 T 2 SER N 101 ? GLN N 102 ? SER N 4101 GLN N 4102 U 1 ARG N 220 ? LEU N 221 ? ARG N 4220 LEU N 4221 U 2 TYR N 233 ? THR N 234 ? TYR N 4233 THR N 4234 V 1 LEU N 318 ? GLN N 319 ? LEU N 4318 GLN N 4319 V 2 THR N 353 ? VAL N 354 ? THR N 4353 VAL N 4354 W 1 THR O 5 ? PRO O 8 ? THR O 5005 PRO O 5008 W 2 ASN O 275 ? ILE O 280 ? ASN O 5275 ILE O 5280 W 3 VAL O 161 ? ILE O 162 ? 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VA 4 UNX 1 6443 6262 UNX CHO P . # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 960-MERIC 960 2 'icosahedral asymmetric unit' ? hexadecameric 16 3 'icosahedral pentamer' ? 80-meric 80 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 96-meric 96 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? hexadecameric 16 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 -0.00000 1 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 16 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 17 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 18 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 19 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 20 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 21 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 22 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 23 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 24 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 25 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 26 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 27 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 28 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 29 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 30 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 31 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 32 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 33 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 34 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 35 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 36 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 37 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 38 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 39 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 40 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 41 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 42 'point symmetry operation' ? 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? 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 50 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 51 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 52 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 53 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 54 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 55 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 56 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 57 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 58 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 59 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 60 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 # _pdbx_point_symmetry.entry_id 1LD4 _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol I _pdbx_point_symmetry.H-M_notation 532 _pdbx_point_symmetry.circular_symmetry ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2002-11-04 2 'Structure model' 1 1 2008-04-28 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2018-07-18 5 'Structure model' 1 4 2019-11-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Version format compliance' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 5 'Structure model' 'Data collection' 5 5 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' em_image_scans 2 4 'Structure model' em_software 3 5 'Structure model' atom_sites 4 5 'Structure model' cell # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 2 4 'Structure model' '_em_software.name' 3 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 4 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 5 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' 6 5 'Structure model' '_cell.Z_PDB' 7 5 'Structure model' '_cell.length_a' 8 5 'Structure model' '_cell.length_b' 9 5 'Structure model' '_cell.length_c' # loop_ _pdbx_database_remark.id _pdbx_database_remark.text 99 ;Chains E-L contain alpha-carbons only. The C-terminal residues of chains M-P contain alpha-carbons only. ; 600 ;HETEROGEN THE COORDINATES OF UNX 1139, 1141, 1245, 1196, 1200, 1262, 1318, 4139, 4141, 4245, 4196, 4200, 4262, 4318, 5139, 5141, 5245, 5196, 5200, 5262, 5318, 6139, 6141, 6245, 6196, 6200, 6262, 6318 ARE THE CENTERS OF DIFFERENCE DENSITY PEAKS THAT CORRESPOND TO THE CARBOHYDRATE MOLECULES OF THE VIRION. THE COORDINATES OF UNX 1000, 4000, 5000, AND 6000 ARE THE POINTS WHERE THE GLYCOPROTEINS E1 AND E2 ENTERS INTO MEMBRANE. ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 1LD4 _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value 1000 _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;DETAILS--The structure of the lipid-enveloped Sindbis virus has been determined by fitting atomic resolution crystallographic structures of component proteins into an 11 resolution cryo- electron microscopy (cryoEM) map (with significant terms to 10 resolution). The E1 glycoprotein, whose structure had been determined independently for the homologous Semliki Forest virus by X-ray crystallography (Lescar, J., Roussel,A., Wein, M.W., Navaza, J., Fuller, S.D., Wengler, G., and Rey, F.A. (2001). The fusion glycoprotein shell of Semliki Forest virus- an icosahedral assembly primed for fusogenic activation at endosomal pH. Cell 105, 137-148), was fitted into the cryoEM density, in part by using the known positions of glycoprotein sites as restraints. The well-resolved transmembrane regions form coiled coils that could be fitted with the dimeric GCN4 coiled-coil structure. The helices could be seen to extend to E1 and E2 on the outside of the membrane and to the nucleocapsid on the inside. The known structure of the capsid protein (Choi, H.K., Tong, L., Minor, W., Dumas, P., Boege, U., Rossmann, M.G., and Wengler, G. (1991). Structure of Sindbis virus core protein reveals a chymotrypsin-like serine proteinase and the organization of the virion. Nature 354, 37-43.) was fitted into the density corresponding to the nucleocapsid, revising an earlier published structure. ; _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details 1 1 1SVB ? ? 1 2 1YSA ? ? 1 3 1I9W ? ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 1LD4 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ;FOURIER-BESSEL method Reference: Baker, T. S., N. H. Olson, and S. D. Fuller (1999). Adding the third dimension to virus life cycles: Three-dimensional reconstruction of icosahedral viruses from cryo-electron micrographs. Micro. & Mol. Bio. 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