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n 1 665 SER n 1 666 GLY n 1 667 THR n 1 668 LYS n 1 669 GLN n 1 670 LEU n 1 671 LEU n 1 672 ALA n 1 673 ASP n 1 674 PHE n 1 675 SER n 1 676 CYS n 1 677 ASN n 1 678 LYS n 1 679 PHE n 1 680 PRO n 1 681 ALA n 1 682 ILE n 1 683 LYS n 1 684 ALA n 1 685 MET n 1 686 LEU n 1 687 SER n 1 688 ILE n 1 689 ASP n 1 690 VAL n 1 691 ALA n 1 692 GLU n # _entity_src_gen.entity_id 1 _entity_src_gen.pdbx_src_id 1 _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag sample _entity_src_gen.pdbx_seq_type ? _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ? _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num ? _entity_src_gen.gene_src_common_name human _entity_src_gen.gene_src_genus Homo _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene TGM3 _entity_src_gen.gene_src_species ? _entity_src_gen.gene_src_strain ? _entity_src_gen.gene_src_tissue ? _entity_src_gen.gene_src_tissue_fraction ? _entity_src_gen.gene_src_details ? _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment ? _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name 'Homo sapiens' _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id 9606 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type baculovirus _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector 'pET 11a vector (Novagen) PVL1392 (Invitrogen)' _entity_src_gen.host_org_details ? _entity_src_gen.expression_system_id ? _entity_src_gen.plasmid_name 'Bac-N_Blue, Invitrogen' _entity_src_gen.plasmid_details ? _entity_src_gen.pdbx_description ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code TGM3_HUMAN _struct_ref.pdbx_db_accession Q08188 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;AALGVQSINWQTAFNRQAHHTDKFSSQELILRRGQNFQVLMIMNKGLGSNERLEFIVSTGPYPSESAMTKAVFPLSNGSS GGWSAVLQASNGNTLTISISSPASAPIGRYTMALQIFSQGGISSVKLGTFILLFNPWLNVDSVFMGNHAEREEYVQEDAG IIFVGSTNRIGMIGWNFGQFEEDILSICLSILDRSLNFRRDAATDVASRNDPKYVGRVLSAMINSNDDNGVLAGNWSGTY TGGRDPRSWNGSVEILKNWKKSGFSPVRYGQCWVFAGTLNTALRSLGIPSRVITNFNSAHDTDRNLSVDVYYDPMGNPLD KGSDSVWNFHVWNEGWFVRSDLGPSYGGWQVLDATPQERSQGVFQCGPASVIGVREGDVQLNFDMPFIFAEVNADRITWL 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MG ? ? A SER 307 A MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? ? metalc11 metalc ? ? A ASN 393 OD1 ? ? ? 1_555 F CA . CA ? ? A ASN 393 A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? ? metalc12 metalc ? ? A SER 415 O ? ? ? 1_555 F CA . CA ? ? A SER 415 A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? ? metalc13 metalc ? ? A GLU 443 OE1 ? ? ? 1_555 F CA . CA ? ? A GLU 443 A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? ? metalc14 metalc ? ? A GLU 443 OE2 ? ? ? 1_555 F CA . CA ? ? A GLU 443 A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? ? metalc15 metalc ? ? A GLU 448 OE2 ? ? ? 1_555 F CA . CA ? ? A GLU 448 A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.822 ? ? metalc16 metalc ? ? E CA . CA ? ? ? 1_555 M HOH . O ? ? A CA 703 A HOH 957 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? ? metalc17 metalc ? ? F CA . CA ? ? ? 1_555 M HOH . O ? ? A CA 704 A HOH 851 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? ? metalc18 metalc ? ? F CA . CA ? ? ? 1_555 M HOH . O ? ? A CA 704 A HOH 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? ? metalc19 metalc ? ? G MG . MG ? ? ? 1_555 M HOH . O ? ? 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B CA 704 B HOH 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? ? metalc38 metalc ? ? K CA . CA ? ? ? 1_555 N HOH . O ? ? B CA 704 B HOH 978 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ARG 268 A . ? ARG 268 A TYR 269 A ? TYR 269 A 1 -0.38 2 GLY 367 A . ? 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R ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? parallel A 5 6 ? anti-parallel A 6 7 ? anti-parallel A 7 8 ? anti-parallel A 8 9 ? parallel B 1 2 ? anti-parallel C 1 2 ? parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel D 4 5 ? anti-parallel D 5 6 ? anti-parallel E 1 2 ? parallel E 2 3 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? parallel J 5 6 ? anti-parallel J 6 7 ? anti-parallel J 7 8 ? anti-parallel J 8 9 ? parallel K 1 2 ? anti-parallel L 1 2 ? parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel M 3 4 ? anti-parallel M 4 5 ? anti-parallel M 5 6 ? anti-parallel N 1 2 ? parallel N 2 3 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel P 3 4 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel R 2 3 ? anti-parallel R 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 VAL A 5 ? 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B HOH 978 ? 1_555 84.8 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2003-04-22 2 'Structure model' 1 1 2008-04-29 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2021-10-27 5 'Structure model' 1 4 2023-08-16 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Version format compliance' 3 4 'Structure model' 'Database references' 4 4 'Structure model' 'Derived calculations' 5 5 'Structure model' 'Data collection' 6 5 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' database_2 2 4 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 3 4 'Structure model' struct_conn 4 4 'Structure model' struct_ref_seq_dif 5 4 'Structure model' struct_site 6 5 'Structure model' chem_comp_atom 7 5 'Structure model' chem_comp_bond 8 5 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 2 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 3 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id' 4 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id' 5 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id' 6 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id' 7 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id' 8 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id' 9 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id' 10 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id' 11 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id' 12 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id' 13 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id' 14 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id' 15 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id' 16 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id' 17 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id' 18 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id' 19 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id' 20 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.value' 21 4 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 22 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 23 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 24 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 25 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 26 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 27 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 28 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 29 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 30 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 31 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 32 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 33 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_seq_id' 34 4 'Structure model' '_struct_ref_seq_dif.details' 35 4 'Structure model' '_struct_site.pdbx_auth_asym_id' 36 4 'Structure model' '_struct_site.pdbx_auth_comp_id' 37 4 'Structure model' '_struct_site.pdbx_auth_seq_id' # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal HKL-2000 'data collection' . ? 1 SCALEPACK 'data scaling' . ? 2 AMoRE phasing . ? 3 CNS refinement 1.0 ? 4 HKL-2000 'data reduction' . ? 5 # loop_ _pdbx_database_remark.id _pdbx_database_remark.text 400 ;COMPOUND THE ENZYME WAS PROTEOLYZED WITH DISPASE I FOR ACTIVATION, MONOQ PURIFIED AND ACTIVATED WITH CACL2. THE MGCL2 AND ATP SALT WAS USED TO INHIBIT THE ACTIVITY. ; 999 ;SEQUENCE The following residues are noted as conflicts in the Swiss-Prot database: K562R, G654R (sequence database numbering). According to the author, residue 251 (sequence database numbering) is Asp and does not represent a mutation but a mistake in the Swiss-Prot database. ; # _pdbx_validate_rmsd_angle.id 1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 CA _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 B _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 LEU _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 637 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 CB _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 B _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 LEU _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 637 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 CG _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 B _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 LEU _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 637 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value 129.97 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value 115.30 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation 14.67 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation 2.30 _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 SER A 76 ? ? -97.67 -138.72 2 1 ASN A 77 ? ? -150.98 -41.80 3 1 VAL A 155 ? ? -134.38 -49.26 4 1 ASP A 183 ? ? 68.99 -3.43 5 1 ASP A 201 ? ? -153.49 89.11 6 1 ARG A 209 ? ? -69.85 8.18 7 1 ASP A 227 ? ? 67.74 -29.23 8 1 ASN A 229 ? ? 71.86 30.61 9 1 ASP A 303 ? ? -159.36 38.51 10 1 ARG A 304 ? ? 28.06 69.82 11 1 LYS A 321 ? ? -56.30 83.53 12 1 GLN A 357 ? ? -105.75 -63.72 13 1 ASP A 378 ? ? -99.02 58.75 14 1 ASN A 393 ? ? -140.41 39.91 15 1 VAL A 530 ? ? -103.99 -67.19 16 1 ARG A 587 ? ? -164.55 118.11 17 1 PHE A 658 ? ? -178.45 148.29 18 1 SER B 76 ? ? -120.98 -163.87 19 1 SER B 80 ? ? -80.04 -149.44 20 1 TRP B 83 ? ? 79.23 108.40 21 1 VAL B 155 ? ? -130.86 -53.37 22 1 ASP B 183 ? ? 70.88 -8.97 23 1 ASP B 227 ? ? 63.86 -20.70 24 1 ASP B 228 ? ? -150.20 21.66 25 1 ASN B 235 ? ? -163.70 116.08 26 1 HIS B 300 ? ? -117.10 73.18 27 1 ASP B 303 ? ? -160.61 40.84 28 1 ARG B 304 ? ? 10.66 86.92 29 1 ASN B 305 ? ? -148.70 12.57 30 1 PHE B 329 ? ? -173.61 148.31 31 1 GLN B 357 ? ? -121.11 -71.51 32 1 VAL B 379 ? ? -67.74 8.26 33 1 ASN B 393 ? ? -141.84 43.91 34 1 SER B 445 ? ? -48.67 159.74 35 1 GLU B 479 ? ? -38.68 128.66 36 1 VAL B 530 ? ? -99.58 -60.33 37 1 PRO B 544 ? ? -38.01 124.85 38 1 ARG B 587 ? ? -169.83 114.80 39 1 ASP B 626 ? ? 37.75 59.03 40 1 LYS B 651 ? ? 66.46 -0.04 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A ASN 462 ? 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