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Snre (Anti)' unspecified PDB 1QWA ;NMR structure of 5'-r(GGAUGCCUCCCGAGUGCAUCC): an RNA hairpin derived from the mouse 5'ETS that binds nucleolin RBD12. ; unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 1QWB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2003-09-01 _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_mr REL _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Finger, L.D.' 1 ? 'Trantirek, L.' 2 ? 'Johansson, C.' 3 ? 'Feigon, J.' 4 ? # _citation.id primary _citation.title 'Solution Structures of Stem-loop RNAs that Bind the Two N-terminal RNA-binding Domains of Nucleolin' _citation.journal_abbrev 'Nucleic Acids Res.' _citation.journal_volume 31 _citation.page_first 6461 _citation.page_last 6472 _citation.year 2003 _citation.journal_id_ASTM NARHAD _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0305-1048 _citation.journal_id_CSD 0389 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 14602904 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1093/nar/gkg866 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Finger, L.D.' 1 ? primary 'Trantirek, L.' 2 ? primary 'Johansson, C.' 3 ? primary 'Feigon, J.' 4 ? # _entity.id 1 _entity.type polymer _entity.src_method syn _entity.pdbx_description sNRE26 _entity.formula_weight 8366.066 _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_ec ? _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.details 'RNA contains the consensus sequence for the in vitro selected NRE.' # _entity_poly.entity_id 1 _entity_poly.type polyribonucleotide _entity_poly.nstd_linkage no _entity_poly.nstd_monomer no _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code GGACACGAAAUCCCGAAGUAGUGUCC _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can GGACACGAAAUCCCGAAGUAGUGUCC _entity_poly.pdbx_strand_id A _entity_poly.pdbx_target_identifier ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 G n 1 2 G n 1 3 A n 1 4 C n 1 5 A n 1 6 C n 1 7 G n 1 8 A n 1 9 A n 1 10 A n 1 11 U n 1 12 C n 1 13 C n 1 14 C n 1 15 G n 1 16 A n 1 17 A n 1 18 G n 1 19 U n 1 20 A n 1 21 G n 1 22 U n 1 23 G n 1 24 U n 1 25 C n 1 26 C n # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ? _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ? _pdbx_entity_src_syn.details 'RNA WAS PREPARED BY In vitro transcription with T7 RNA polymerase' # _struct_ref.id 1 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 1QWB _struct_ref.pdbx_db_accession 1QWB _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin ? # _struct_ref_seq.align_id 1 _struct_ref_seq.ref_id 1 _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code 1QWB _struct_ref_seq.pdbx_strand_id A _struct_ref_seq.seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.seq_align_end 26 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_db_accession 1QWB _struct_ref_seq.db_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.db_align_end 26 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 26 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 # loop_ _pdbx_nmr_exptl.experiment_id _pdbx_nmr_exptl.solution_id _pdbx_nmr_exptl.conditions_id _pdbx_nmr_exptl.type 1 1 1 '2D NOESY' 2 2 2 '2D NOESY' 3 2 2 '2D TOCSY' 4 2 2 DQF-COSY 5 4 2 '1H-13C HSQC or HMQC' 6 3 1 '1H-15N HMQC' # loop_ _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.conditions_id _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature_units 1 278 ambient 7 '100mM KCl' ? K 2 298 ambient 7 '100mM KCl' ? K # loop_ _pdbx_nmr_sample_details.solution_id _pdbx_nmr_sample_details.contents _pdbx_nmr_sample_details.solvent_system 1 '1-1.5mM sNRE26 NA, in 10mM potassium phosphate buffer, 100mM potassium chloride, 50uM EDTA, 0.02% NaN3, 95% H2O, 5% D2O' '95% H2O/5% D2O' 2 '1-1.5mM sNRE26 NA, in 10mM potassium phosphate buffer, 100mM potassium chloride, 50uM EDTA, 0.02% NaN3, 99.999% D2O' '99.999% D2O' 3 '1mM sNRE26 U 15N/13C, in 10mM potassium phosphate buffer, 100mM potassium chloride, 50uM EDTA, 0.02% NaN3, 95% H2O, 5% D2O' '95% H2O/5% D2O' 4 '1mM sNRE26 U 15N/13C, in 10mM potassium phosphate buffer, 100mM potassium chloride, 50uM EDTA, 0.02% NaN3, 99.999% D2O' '99.999% D2O' # loop_ _pdbx_nmr_spectrometer.spectrometer_id _pdbx_nmr_spectrometer.type _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer _pdbx_nmr_spectrometer.model _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength 1 ? Bruker DMX 500 2 ? Bruker DMX 600 # _pdbx_nmr_refine.entry_id 1QWB _pdbx_nmr_refine.method 'simulated annealing' _pdbx_nmr_refine.details ? _pdbx_nmr_refine.software_ordinal 1 # _pdbx_nmr_details.entry_id 1QWB _pdbx_nmr_details.text ;Assignment methodology for this molecule is described in J. Biomol. NMR 9, 259-272 (1997) and Prog. in Nuc. Magn. Resonan. Spec. 32, 287-387 (1998). ; # _pdbx_nmr_ensemble.entry_id 1QWB _pdbx_nmr_ensemble.conformers_calculated_total_number 17 _pdbx_nmr_ensemble.conformers_submitted_total_number 17 _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria ;all calculated structures submitted,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy ; _pdbx_nmr_ensemble.average_constraints_per_residue ? _pdbx_nmr_ensemble.average_constraint_violations_per_residue ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.average_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_upper_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_lower_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.distance_constraint_violation_method ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_torsion_angle_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.average_torsion_angle_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.torsion_angle_constraint_violation_method ? # _pdbx_nmr_representative.entry_id 1QWB _pdbx_nmr_representative.conformer_id 1 _pdbx_nmr_representative.selection_criteria 'lowest energy' # loop_ _pdbx_nmr_software.name _pdbx_nmr_software.version _pdbx_nmr_software.classification _pdbx_nmr_software.authors _pdbx_nmr_software.ordinal XwinNMR 2.6 collection Bruker 1 AURELIA 3.108 'data analysis' Bruker 2 X-PLOR NIH 'structure solution' Brunger 3 X-PLOR NIH refinement Brunger 4 # _exptl.entry_id 1QWB _exptl.method 'SOLUTION NMR' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type ? # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _struct.entry_id 1QWB _struct.title ;NMR structure of 5'-r(GGACACGAAAUCCCGAAGUAGUGUCC)-3' : an RNA hairpin containing the in vitro selected consensus sequence for nucleolin RBD12 ; _struct.pdbx_descriptor sNRE26 _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1QWB _struct_keywords.pdbx_keywords RNA _struct_keywords.text 'A-form helix, loop E motif, S-turn, disordered hairpin loop, RNA' # _struct_asym.id A _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.entity_id 1 _struct_asym.details ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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C4 A G 1 ? ? 103.73 106.40 -2.67 0.40 N 70 4 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.60 113.10 4.50 0.50 N 71 4 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.78 106.40 -2.62 0.40 N 72 4 N7 A A 3 ? ? C8 A A 3 ? ? N9 A A 3 ? ? 117.50 113.80 3.70 0.50 N 73 4 N7 A A 5 ? ? C8 A A 5 ? ? N9 A A 5 ? ? 117.53 113.80 3.73 0.50 N 74 4 N7 A G 7 ? ? C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? 117.63 113.10 4.53 0.50 N 75 4 C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? C4 A G 7 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 76 4 N7 A A 8 ? ? C8 A A 8 ? ? N9 A A 8 ? ? 117.58 113.80 3.78 0.50 N 77 4 N7 A A 9 ? ? C8 A A 9 ? ? N9 A A 9 ? ? 117.50 113.80 3.70 0.50 N 78 4 N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 79 4 N7 A G 15 ? ? C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? 117.71 113.10 4.61 0.50 N 80 4 C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? C4 A G 15 ? ? 103.77 106.40 -2.63 0.40 N 81 4 N7 A A 16 ? ? C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 82 4 N7 A A 17 ? ? C8 A A 17 ? ? N9 A A 17 ? ? 117.57 113.80 3.77 0.50 N 83 4 N7 A G 18 ? ? C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? 117.60 113.10 4.50 0.50 N 84 4 C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? C4 A G 18 ? ? 103.62 106.40 -2.78 0.40 N 85 4 N7 A A 20 ? ? C8 A A 20 ? ? N9 A A 20 ? ? 117.45 113.80 3.65 0.50 N 86 4 N7 A G 21 ? ? C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 87 4 C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? C4 A G 21 ? ? 103.76 106.40 -2.64 0.40 N 88 4 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 117.58 113.10 4.48 0.50 N 89 4 C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? C4 A G 23 ? ? 103.76 106.40 -2.64 0.40 N 90 5 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.61 113.10 4.51 0.50 N 91 5 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.77 106.40 -2.63 0.40 N 92 5 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.60 113.10 4.50 0.50 N 93 5 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.79 106.40 -2.61 0.40 N 94 5 N7 A A 3 ? ? C8 A A 3 ? ? N9 A A 3 ? ? 117.61 113.80 3.81 0.50 N 95 5 N7 A A 5 ? ? C8 A A 5 ? ? N9 A A 5 ? ? 117.56 113.80 3.75 0.50 N 96 5 N7 A G 7 ? ? C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? 117.65 113.10 4.55 0.50 N 97 5 C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? C4 A G 7 ? ? 103.76 106.40 -2.64 0.40 N 98 5 N7 A A 8 ? ? C8 A A 8 ? ? N9 A A 8 ? ? 117.51 113.80 3.71 0.50 N 99 5 N7 A A 9 ? ? C8 A A 9 ? ? N9 A A 9 ? ? 117.52 113.80 3.72 0.50 N 100 5 N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? 117.48 113.80 3.68 0.50 N 101 5 N7 A G 15 ? ? C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? 117.65 113.10 4.55 0.50 N 102 5 C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? C4 A G 15 ? ? 103.83 106.40 -2.57 0.40 N 103 5 N7 A A 16 ? ? C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? 117.61 113.80 3.81 0.50 N 104 5 C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? C4 A A 16 ? ? 103.21 105.80 -2.59 0.40 N 105 5 N7 A A 17 ? ? C8 A A 17 ? ? N9 A A 17 ? ? 117.54 113.80 3.74 0.50 N 106 5 N7 A G 18 ? ? C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? 117.54 113.10 4.44 0.50 N 107 5 C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? C4 A G 18 ? ? 103.67 106.40 -2.73 0.40 N 108 5 N7 A A 20 ? ? C8 A A 20 ? ? N9 A A 20 ? ? 117.53 113.80 3.73 0.50 N 109 5 N7 A G 21 ? ? C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 110 5 C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? C4 A G 21 ? ? 103.76 106.40 -2.64 0.40 N 111 5 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 117.65 113.10 4.55 0.50 N 112 5 C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? C4 A G 23 ? ? 103.71 106.40 -2.69 0.40 N 113 6 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.60 113.10 4.50 0.50 N 114 6 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.79 106.40 -2.61 0.40 N 115 6 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 116 6 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.78 106.40 -2.62 0.40 N 117 6 N7 A A 3 ? ? C8 A A 3 ? ? N9 A A 3 ? ? 117.52 113.80 3.72 0.50 N 118 6 N7 A A 5 ? ? C8 A A 5 ? ? N9 A A 5 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 119 6 N7 A G 7 ? ? C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? 117.63 113.10 4.53 0.50 N 120 6 C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? C4 A G 7 ? ? 103.77 106.40 -2.63 0.40 N 121 6 N7 A A 8 ? ? C8 A A 8 ? ? N9 A A 8 ? ? 117.58 113.80 3.78 0.50 N 122 6 N7 A A 9 ? ? C8 A A 9 ? ? N9 A A 9 ? ? 117.53 113.80 3.73 0.50 N 123 6 N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? 117.52 113.80 3.72 0.50 N 124 6 N7 A G 15 ? ? C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? 117.69 113.10 4.59 0.50 N 125 6 C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? C4 A G 15 ? ? 103.75 106.40 -2.65 0.40 N 126 6 N7 A A 16 ? ? C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? 117.46 113.80 3.66 0.50 N 127 6 N7 A A 17 ? ? C8 A A 17 ? ? N9 A A 17 ? ? 117.51 113.80 3.71 0.50 N 128 6 N7 A G 18 ? ? C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? 117.67 113.10 4.57 0.50 N 129 6 C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? C4 A G 18 ? ? 103.65 106.40 -2.75 0.40 N 130 6 N7 A A 20 ? ? C8 A A 20 ? ? N9 A A 20 ? ? 117.47 113.80 3.67 0.50 N 131 6 N7 A G 21 ? ? C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? 117.65 113.10 4.55 0.50 N 132 6 C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? C4 A G 21 ? ? 103.72 106.40 -2.68 0.40 N 133 6 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 117.72 113.10 4.62 0.50 N 134 6 C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? C4 A G 23 ? ? 103.67 106.40 -2.73 0.40 N 135 7 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.65 113.10 4.55 0.50 N 136 7 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 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N9 A A 3 ? ? 117.56 113.80 3.76 0.50 N 163 8 N7 A A 5 ? ? C8 A A 5 ? ? N9 A A 5 ? ? 117.51 113.80 3.71 0.50 N 164 8 N7 A G 7 ? ? C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? 117.69 113.10 4.59 0.50 N 165 8 C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? C4 A G 7 ? ? 103.73 106.40 -2.67 0.40 N 166 8 N7 A A 8 ? ? C8 A A 8 ? ? N9 A A 8 ? ? 117.57 113.80 3.77 0.50 N 167 8 N7 A A 9 ? ? C8 A A 9 ? ? N9 A A 9 ? ? 117.54 113.80 3.74 0.50 N 168 8 N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? 117.60 113.80 3.80 0.50 N 169 8 N7 A G 15 ? ? C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? 117.79 113.10 4.69 0.50 N 170 8 C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? C4 A G 15 ? ? 103.93 106.40 -2.47 0.40 N 171 8 N7 A A 16 ? ? C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? 117.55 113.80 3.75 0.50 N 172 8 C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? C4 A A 16 ? ? 103.31 105.80 -2.49 0.40 N 173 8 N7 A A 17 ? ? C8 A A 17 ? ? N9 A A 17 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 174 8 N7 A G 18 ? ? C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? 117.56 113.10 4.46 0.50 N 175 8 C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? C4 A G 18 ? ? 103.65 106.40 -2.75 0.40 N 176 8 N7 A A 20 ? ? C8 A A 20 ? ? N9 A A 20 ? ? 117.50 113.80 3.70 0.50 N 177 8 N7 A G 21 ? ? C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? 117.67 113.10 4.57 0.50 N 178 8 C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? C4 A G 21 ? ? 103.76 106.40 -2.64 0.40 N 179 8 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 117.66 113.10 4.56 0.50 N 180 8 C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? C4 A G 23 ? ? 103.76 106.40 -2.64 0.40 N 181 9 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.65 113.10 4.55 0.50 N 182 9 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.74 106.40 -2.66 0.40 N 183 9 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.51 113.10 4.41 0.50 N 184 9 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.82 106.40 -2.58 0.40 N 185 9 N7 A A 3 ? ? C8 A A 3 ? ? N9 A A 3 ? ? 117.46 113.80 3.66 0.50 N 186 9 N7 A A 5 ? ? C8 A A 5 ? ? N9 A A 5 ? ? 117.55 113.80 3.75 0.50 N 187 9 N7 A G 7 ? ? C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? 117.63 113.10 4.53 0.50 N 188 9 C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? C4 A G 7 ? ? 103.79 106.40 -2.61 0.40 N 189 9 N7 A A 8 ? ? C8 A A 8 ? ? N9 A A 8 ? ? 117.51 113.80 3.71 0.50 N 190 9 N7 A A 9 ? ? C8 A A 9 ? ? N9 A A 9 ? ? 117.56 113.80 3.76 0.50 N 191 9 N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? 117.58 113.80 3.78 0.50 N 192 9 N7 A G 15 ? ? C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? 117.81 113.10 4.71 0.50 N 193 9 N7 A A 16 ? ? C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? 117.65 113.80 3.85 0.50 N 194 9 C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? C4 A A 16 ? ? 103.32 105.80 -2.48 0.40 N 195 9 N7 A A 17 ? ? C8 A A 17 ? ? N9 A A 17 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 196 9 N7 A G 18 ? ? C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? 117.56 113.10 4.46 0.50 N 197 9 C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? C4 A G 18 ? ? 103.62 106.40 -2.78 0.40 N 198 9 N7 A A 20 ? ? C8 A A 20 ? ? N9 A A 20 ? ? 117.53 113.80 3.73 0.50 N 199 9 N7 A G 21 ? ? C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 200 9 C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? C4 A G 21 ? ? 103.70 106.40 -2.70 0.40 N 201 9 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 117.66 113.10 4.56 0.50 N 202 9 C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? C4 A G 23 ? ? 103.73 106.40 -2.67 0.40 N 203 10 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.60 113.10 4.50 0.50 N 204 10 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.78 106.40 -2.62 0.40 N 205 10 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.56 113.10 4.46 0.50 N 206 10 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.84 106.40 -2.56 0.40 N 207 10 N7 A A 3 ? ? C8 A A 3 ? ? N9 A A 3 ? ? 117.50 113.80 3.70 0.50 N 208 10 N7 A A 5 ? ? C8 A A 5 ? ? N9 A A 5 ? ? 117.50 113.80 3.70 0.50 N 209 10 N7 A G 7 ? ? C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 210 10 C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? C4 A G 7 ? ? 103.70 106.40 -2.70 0.40 N 211 10 N7 A A 8 ? ? C8 A A 8 ? ? N9 A A 8 ? ? 117.57 113.80 3.77 0.50 N 212 10 N7 A A 9 ? ? C8 A A 9 ? ? N9 A A 9 ? ? 117.57 113.80 3.77 0.50 N 213 10 N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? 117.52 113.80 3.72 0.50 N 214 10 N7 A G 15 ? ? C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? 117.70 113.10 4.60 0.50 N 215 10 C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? C4 A G 15 ? ? 103.71 106.40 -2.69 0.40 N 216 10 N7 A A 16 ? ? C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? 117.65 113.80 3.85 0.50 N 217 10 C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? C4 A A 16 ? ? 103.29 105.80 -2.51 0.40 N 218 10 N7 A A 17 ? ? C8 A A 17 ? ? N9 A A 17 ? ? 117.55 113.80 3.75 0.50 N 219 10 N7 A G 18 ? ? C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? 117.59 113.10 4.49 0.50 N 220 10 C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? C4 A G 18 ? ? 103.59 106.40 -2.81 0.40 N 221 10 N7 A A 20 ? ? C8 A A 20 ? ? N9 A A 20 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 222 10 N7 A G 21 ? ? C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 223 10 C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? C4 A G 21 ? ? 103.67 106.40 -2.73 0.40 N 224 10 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 117.67 113.10 4.57 0.50 N 225 10 C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? C4 A G 23 ? ? 103.75 106.40 -2.65 0.40 N 226 11 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.66 113.10 4.56 0.50 N 227 11 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.72 106.40 -2.68 0.40 N 228 11 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 229 11 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.69 106.40 -2.71 0.40 N 230 11 N7 A A 3 ? ? C8 A A 3 ? ? N9 A A 3 ? ? 117.60 113.80 3.80 0.50 N 231 11 N7 A A 5 ? ? C8 A A 5 ? ? N9 A A 5 ? ? 117.55 113.80 3.75 0.50 N 232 11 N7 A G 7 ? ? C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? 117.68 113.10 4.58 0.50 N 233 11 C8 A G 7 ? ? N9 A G 7 ? ? C4 A G 7 ? ? 103.75 106.40 -2.65 0.40 N 234 11 N7 A A 8 ? ? C8 A A 8 ? ? N9 A A 8 ? ? 117.48 113.80 3.68 0.50 N 235 11 N7 A A 9 ? ? C8 A A 9 ? ? N9 A A 9 ? ? 117.55 113.80 3.75 0.50 N 236 11 N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 237 11 N7 A G 15 ? ? C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? 117.68 113.10 4.58 0.50 N 238 11 C8 A G 15 ? ? N9 A G 15 ? ? C4 A G 15 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 239 11 N7 A A 16 ? ? C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? 117.60 113.80 3.80 0.50 N 240 11 C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? C4 A A 16 ? ? 103.30 105.80 -2.50 0.40 N 241 11 N7 A A 17 ? ? C8 A A 17 ? ? N9 A A 17 ? ? 117.48 113.80 3.68 0.50 N 242 11 N7 A G 18 ? ? C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? 117.57 113.10 4.47 0.50 N 243 11 C8 A G 18 ? ? N9 A G 18 ? ? C4 A G 18 ? ? 103.68 106.40 -2.72 0.40 N 244 11 N7 A A 20 ? ? C8 A A 20 ? ? N9 A A 20 ? ? 117.52 113.80 3.72 0.50 N 245 11 N7 A G 21 ? ? C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 246 11 C8 A G 21 ? ? N9 A G 21 ? ? C4 A G 21 ? ? 103.72 106.40 -2.68 0.40 N 247 11 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 117.61 113.10 4.51 0.50 N 248 11 C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? C4 A G 23 ? ? 103.80 106.40 -2.60 0.40 N 249 12 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.69 113.10 4.59 0.50 N 250 12 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.73 106.40 -2.67 0.40 N 251 12 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 252 12 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.75 106.40 -2.65 0.40 N 253 12 N7 A A 3 ? ? C8 A A 3 ? ? 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C4 A G 21 ? ? 103.80 106.40 -2.60 0.40 N 384 17 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 117.59 113.10 4.49 0.50 N 385 17 C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? C4 A G 23 ? ? 103.83 106.40 -2.57 0.40 N # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 1QWB 'double helix' 1QWB 'a-form double helix' 1QWB 'hairpin loop' 1QWB 'bulge loop' 1QWB 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 1 1_555 A C 26 1_555 -0.753 -0.289 0.033 1.708 1.203 -0.975 1 A_G1:C26_A A 1 ? A 26 ? 19 1 1 A G 2 1_555 A C 25 1_555 -0.078 0.035 0.082 0.462 -0.545 1.421 2 A_G2:C25_A A 2 ? A 25 ? 19 1 1 A A 3 1_555 A U 24 1_555 -0.667 -0.157 0.006 -0.473 1.352 -2.626 3 A_A3:U24_A A 3 ? A 24 ? 20 1 1 A C 4 1_555 A G 23 1_555 -0.465 -0.122 0.030 0.563 -0.879 -0.641 4 A_C4:G23_A A 4 ? A 23 ? 19 1 1 A A 5 1_555 A U 22 1_555 0.211 -0.068 0.105 1.793 0.757 -4.901 5 A_A5:U22_A A 5 ? A 22 ? 20 1 1 A C 6 1_555 A G 21 1_555 1.030 -0.277 0.014 0.753 -0.381 -2.861 6 A_C6:G21_A A 6 ? A 21 ? 19 1 1 A G 7 1_555 A A 20 1_555 6.797 -3.502 -0.078 0.278 -0.137 1.891 7 A_G7:A20_A A 7 ? A 20 ? 11 9 1 A A 8 1_555 A U 19 1_555 -3.975 -1.642 0.003 -2.703 -0.010 -89.871 8 A_A8:U19_A A 8 ? A 19 ? 24 4 1 A A 9 1_555 A A 17 1_555 4.380 -5.166 -0.007 0.123 0.139 166.805 9 A_A9:A17_A A 9 ? A 17 ? 2 7 1 A A 10 1_555 A A 16 1_555 5.539 -4.426 -1.501 11.603 44.304 -41.748 10 A_A10:A16_A A 10 ? A 16 ? ? 10 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 A G 1 1_555 A C 26 1_555 A G 2 1_555 A C 25 1_555 0.388 -0.581 4.390 3.656 -13.081 35.323 1.439 0.054 4.347 -20.640 -5.769 37.766 1 AA_G1G2:C25C26_AA A 1 ? A 26 ? A 2 ? A 25 ? 1 A G 2 1_555 A C 25 1_555 A A 3 1_555 A U 24 1_555 0.220 -2.563 3.451 -2.197 17.295 21.090 -8.796 -0.894 1.053 39.639 5.034 27.300 2 AA_G2A3:U24C25_AA A 2 ? A 25 ? A 3 ? A 24 ? 1 A A 3 1_555 A U 24 1_555 A C 4 1_555 A G 23 1_555 -0.126 -0.862 4.346 -0.195 -10.665 30.283 1.080 0.179 4.391 -19.663 0.360 32.065 3 AA_A3C4:G23U24_AA A 3 ? A 24 ? A 4 ? A 23 ? 1 A C 4 1_555 A G 23 1_555 A A 5 1_555 A U 22 1_555 0.203 -1.456 3.543 -0.566 15.494 38.207 -3.760 -0.350 2.771 22.570 0.825 41.124 4 AA_C4A5:U22G23_AA A 4 ? A 23 ? A 5 ? A 22 ? 1 A A 5 1_555 A U 22 1_555 A C 6 1_555 A G 21 1_555 -0.151 -1.775 3.742 1.518 6.693 38.141 -3.577 0.433 3.387 10.142 -2.301 38.731 5 AA_A5C6:G21U22_AA A 5 ? A 22 ? A 6 ? A 21 ? 1 A C 6 1_555 A G 21 1_555 A G 7 1_555 A A 20 1_555 0.237 -0.517 3.602 2.757 4.480 47.671 -1.025 -0.053 3.550 5.524 -3.399 47.944 6 AA_C6G7:A20G21_AA A 6 ? A 21 ? A 7 ? A 20 ? 1 A G 7 1_555 A A 20 1_555 A A 8 1_555 A U 19 1_555 -5.397 -0.020 3.736 -7.618 -16.101 -12.957 4.938 -16.458 0.334 49.033 -23.201 -21.996 7 AA_G7A8:U19A20_AA A 7 ? A 20 ? A 8 ? A 19 ? 1 A A 8 1_555 A U 19 1_555 A A 9 1_555 A A 17 1_555 0.816 -0.729 3.579 -7.095 -4.125 -90.671 0.601 0.419 3.594 2.895 -4.980 -90.961 8 AA_A8A9:A17U19_AA A 8 ? A 19 ? A 9 ? A 17 ? 1 A A 9 1_555 A A 17 1_555 A A 10 1_555 A A 16 1_555 -0.999 -2.628 2.621 34.325 0.692 169.439 -1.320 0.537 2.591 0.348 -17.231 169.910 9 AA_A9A10:A16A17_AA A 9 ? A 17 ? A 10 ? A 16 ? #