data_1SY4 # _entry.id 1SY4 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.355 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1SY4 pdb_00001sy4 10.2210/pdb1sy4/pdb RCSB RCSB022085 ? ? WWPDB D_1000022085 ? ? # _pdbx_database_PDB_obs_spr.id SPRSDE _pdbx_database_PDB_obs_spr.date 2004-04-06 _pdbx_database_PDB_obs_spr.pdb_id 1SY4 _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id 1NYZ _pdbx_database_PDB_obs_spr.details ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.content_type PDB 1LC6 'U6 ISL RNA pH 7.0 (without RDCs)' unspecified PDB 1NZ1 'U6 ISL RNA Sp-phosphorothioate substituted U80 (with RDCs)' unspecified PDB 1NC0 'U6 ISL RNA U80G' unspecified PDB 1SYZ 'Solution Structure of the S. cerevisiae U6 Intramolecular stem-loop (ISL) RNA at pH 5.7' unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 1SY4 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2004-03-31 _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_mr REL _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Reiter, N.J.' 1 'Nikstad, L.J.' 2 'Allman, A.M.' 3 'Johnson, R.J.' 4 'Butcher, S.E.' 5 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.journal_id_ASTM _citation.country _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_id_CSD _citation.book_publisher _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary ;Structure of the U6 RNA intramolecular stem-loop harboring an S(P)-phosphorothioate modification. ; RNA 9 533 542 2003 RNARFU UK 1355-8382 2122 ? 12702812 10.1261/rna.2199103 1 'Metal binding and base ionization in the U6 RNA intramolecular stem-loop structure' Nat.Struct.Biol. 9 431 435 2002 NSBIEW US 1072-8368 2024 ? 11992125 10.1038/nsb800 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Reiter, N.J.' 1 ? primary 'Nikstad, L.J.' 2 ? primary 'Allman, A.M.' 3 ? primary 'Johnson, R.J.' 4 ? primary 'Butcher, S.E.' 5 ? 1 'Huppler, A.' 6 ? 1 'Nikstad, L.J.' 7 ? 1 'Allmann, A.M.' 8 ? 1 'Brow, D.A.' 9 ? 1 'Butcher, S.E.' 10 ? # _cell.entry_id 1SY4 _cell.length_a 1.000 _cell.length_b 1.000 _cell.length_c 1.000 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1SY4 _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 # _entity.id 1 _entity.type polymer _entity.src_method syn _entity.pdbx_description 'U6 Intramolecular Stem-Loop RNA' _entity.formula_weight 7668.615 _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_ec ? _entity.pdbx_mutation A62G _entity.pdbx_fragment ? _entity.details 'mutation A62G' # _entity_poly.entity_id 1 _entity_poly.type polyribonucleotide _entity_poly.nstd_linkage no _entity_poly.nstd_monomer no _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code GGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACC _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can GGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACC _entity_poly.pdbx_strand_id A _entity_poly.pdbx_target_identifier ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 G n 1 2 G n 1 3 U n 1 4 U n 1 5 C n 1 6 C n 1 7 C n 1 8 C n 1 9 U n 1 10 G n 1 11 C n 1 12 A n 1 13 U n 1 14 A n 1 15 A n 1 16 G n 1 17 G n 1 18 A n 1 19 U n 1 20 G n 1 21 A n 1 22 A n 1 23 C n 1 24 C n # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ? _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ? _pdbx_entity_src_syn.details 'in vitro T7 RNA polymerase transcription' # _struct_ref.id 1 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 1SY4 _struct_ref.pdbx_db_accession 1SY4 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin ? # _struct_ref_seq.align_id 1 _struct_ref_seq.ref_id 1 _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code 1SY4 _struct_ref_seq.pdbx_strand_id A _struct_ref_seq.seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.seq_align_end 24 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_db_accession 1SY4 _struct_ref_seq.db_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.db_align_end 24 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 24 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 # loop_ _pdbx_nmr_exptl.experiment_id _pdbx_nmr_exptl.solution_id _pdbx_nmr_exptl.conditions_id _pdbx_nmr_exptl.type 1 1 1 '2D NOESY' 2 1 1 '2D TOCSY' 3 1 1 '2D 1H-13C HSQC' 4 2 2 '2D NOESY' # loop_ _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.conditions_id _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature_units 1 303 ambient 7.0 '50 mM NaCl' ? K 2 285 ambient 7.0 '50 mM NaCl' ? K # loop_ _pdbx_nmr_sample_details.solution_id _pdbx_nmr_sample_details.contents _pdbx_nmr_sample_details.solvent_system 1 '0.8-1.4 MM RNA, 50 MM NaCl, pH 7.0' D2O 2 '0.8-1.4 MM RNA, 50 MM NaCl, pH 7.0' H2O # loop_ _pdbx_nmr_spectrometer.spectrometer_id _pdbx_nmr_spectrometer.type _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer _pdbx_nmr_spectrometer.model _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength 1 ? Bruker DMX 750 2 ? Bruker DMX 600 3 ? Bruker DMX ? # _pdbx_nmr_refine.entry_id 1SY4 _pdbx_nmr_refine.method 'XPLOR-NIH 2.0.6 structure calculation which incorporates Residual dipolar couplings' _pdbx_nmr_refine.details ? _pdbx_nmr_refine.software_ordinal 1 # _pdbx_nmr_details.entry_id 1SY4 _pdbx_nmr_details.text 'T7 RNA transcript from synthetic DNA (sequence from Saccharomyces cerevisiae)' # _pdbx_nmr_ensemble.entry_id 1SY4 _pdbx_nmr_ensemble.conformers_calculated_total_number 100 _pdbx_nmr_ensemble.conformers_submitted_total_number 12 _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria 'structures with the lowest energy' _pdbx_nmr_ensemble.average_constraints_per_residue ? _pdbx_nmr_ensemble.average_constraint_violations_per_residue ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.average_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_upper_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_lower_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.distance_constraint_violation_method ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_torsion_angle_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.average_torsion_angle_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.torsion_angle_constraint_violation_method ? # _pdbx_nmr_representative.entry_id 1SY4 _pdbx_nmr_representative.conformer_id 1 _pdbx_nmr_representative.selection_criteria 'lowest energy' # loop_ _pdbx_nmr_software.name _pdbx_nmr_software.version _pdbx_nmr_software.classification _pdbx_nmr_software.authors _pdbx_nmr_software.ordinal CNS 1.1 'structure solution' 'Brunger, A. T. et. al.' 1 XPLORNIH 2.0.6. refinement 'Clore, G.M. et. al.' 2 XwinNMR 2.6 collection 'Bruker Biospin' 3 Sparky 3.0 'data analysis' 'Goddard, T. D. etl. al.' 4 # _exptl.entry_id 1SY4 _exptl.method 'SOLUTION NMR' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.density_Matthews ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type ? # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _struct.entry_id 1SY4 _struct.title 'Refined solution structure of the S. cerevisiae U6 INTRAMOLECULAR STEM LOOP (ISL) RNA USING RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS (RDCS)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1SY4 _struct_keywords.pdbx_keywords RNA _struct_keywords.text 'RNA, Stem-loop (GNRA-like tetraloop), A-C wobble pair, internal loop' # _struct_asym.id A _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.entity_id 1 _struct_asym.details ? # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? A G 1 N1 ? ? ? 1_555 A C 24 N3 ? ? A G 1 A C 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 1 N2 ? ? ? 1_555 A C 24 O2 ? ? A G 1 A C 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 1 O6 ? ? ? 1_555 A C 24 N4 ? ? A G 1 A C 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A G 2 N1 ? ? ? 1_555 A C 23 N3 ? ? A G 2 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A G 2 N2 ? ? ? 1_555 A C 23 O2 ? ? A G 2 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A G 2 O6 ? ? ? 1_555 A C 23 N4 ? ? A G 2 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A U 3 N3 ? ? ? 1_555 A A 22 N1 ? ? A U 3 A A 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A U 3 O4 ? ? ? 1_555 A A 22 N6 ? ? A U 3 A A 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A U 4 N3 ? ? ? 1_555 A A 21 N1 ? ? A U 4 A A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? A U 4 O4 ? ? ? 1_555 A A 21 N6 ? ? A U 4 A A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A C 5 N3 ? ? ? 1_555 A G 20 N1 ? ? A C 5 A G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A C 5 N4 ? ? ? 1_555 A G 20 O6 ? ? A C 5 A G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A C 5 O2 ? ? ? 1_555 A G 20 N2 ? ? A C 5 A G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? A C 6 N3 ? ? ? 1_555 A A 18 N6 ? ? A C 6 A A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-A MISPAIR' ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? A C 7 N3 ? ? ? 1_555 A G 17 N1 ? ? A C 7 A G 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? A C 7 N4 ? ? ? 1_555 A G 17 O6 ? ? A C 7 A G 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? A C 7 O2 ? ? ? 1_555 A G 17 N2 ? ? A C 7 A G 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? A C 8 N3 ? ? ? 1_555 A G 16 N1 ? ? A C 8 A G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? A C 8 N4 ? ? ? 1_555 A G 16 O6 ? ? A C 8 A G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? A C 8 O2 ? ? ? 1_555 A G 16 N2 ? ? A C 8 A G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? A U 9 N3 ? ? ? 1_555 A A 15 N1 ? ? A U 9 A A 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? A U 9 O4 ? ? ? 1_555 A A 15 N6 ? ? A U 9 A A 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? A G 10 N2 ? ? ? 1_555 A A 14 N7 ? ? A G 10 A A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? A G 10 N3 ? ? ? 1_555 A A 14 N6 ? ? A G 10 A A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _database_PDB_matrix.entry_id 1SY4 _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _atom_sites.entry_id 1SY4 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C H N O P # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 G 1 1 1 G G A . n A 1 2 G 2 2 2 G G A . n A 1 3 U 3 3 3 U U A . n A 1 4 U 4 4 4 U U A . n A 1 5 C 5 5 5 C C A . n A 1 6 C 6 6 6 C C A . n A 1 7 C 7 7 7 C C A . n A 1 8 C 8 8 8 C C A . n A 1 9 U 9 9 9 U U A . n A 1 10 G 10 10 10 G G A . n A 1 11 C 11 11 11 C C A . n A 1 12 A 12 12 12 A A A . n A 1 13 U 13 13 13 U U A . n A 1 14 A 14 14 14 A A A . n A 1 15 A 15 15 15 A A A . n A 1 16 G 16 16 16 G G A . n A 1 17 G 17 17 17 G G A . n A 1 18 A 18 18 18 A A A . n A 1 19 U 19 19 19 U U A . n A 1 20 G 20 20 20 G G A . n A 1 21 A 21 21 21 A A A . n A 1 22 A 22 22 22 A A A . n A 1 23 C 23 23 23 C C A . n A 1 24 C 24 24 24 C C A . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2004-04-06 2 'Structure model' 1 1 2008-04-30 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2022-03-02 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Version format compliance' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 4 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Derived calculations' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' database_2 2 4 'Structure model' pdbx_nmr_software 3 4 'Structure model' pdbx_struct_assembly 4 4 'Structure model' pdbx_struct_oper_list # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 2 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 3 4 'Structure model' '_pdbx_nmr_software.name' # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 H22 A G 10 ? ? H62 A A 14 ? ? 1.34 2 1 "O2'" A U 4 ? ? "H5'" A C 5 ? ? 1.59 3 2 H22 A G 10 ? ? H62 A A 14 ? ? 1.34 4 2 N3 A C 11 ? ? H61 A A 12 ? ? 1.53 5 3 H22 A G 10 ? ? H62 A A 14 ? ? 1.32 6 3 "HO2'" A C 11 ? ? "O4'" A A 12 ? ? 1.48 7 3 "O2'" A U 4 ? ? "H5'" A C 5 ? ? 1.56 8 4 H22 A G 10 ? ? H62 A A 14 ? ? 1.33 9 5 H22 A G 10 ? ? H62 A A 14 ? ? 1.33 10 5 "O2'" A A 12 ? ? "H3'" A U 13 ? ? 1.39 11 7 H22 A G 10 ? ? H62 A A 14 ? ? 1.34 12 7 "H2'" A U 3 ? ? "O4'" A U 4 ? ? 1.56 13 7 "O2'" A U 4 ? ? "H5'" A C 5 ? ? 1.59 14 8 "HO2'" A C 8 ? ? "O5'" A U 9 ? ? 1.31 15 8 H22 A G 10 ? ? H62 A A 14 ? ? 1.34 16 9 H22 A G 10 ? ? H62 A A 14 ? ? 1.34 17 10 H22 A G 10 ? ? H62 A A 14 ? ? 1.35 18 10 "O3'" A G 10 ? ? H6 A C 11 ? ? 1.60 19 11 H22 A G 10 ? ? H62 A A 14 ? ? 1.34 20 12 "HO2'" A C 11 ? ? "O4'" A A 12 ? ? 1.59 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.69 113.10 4.59 0.50 N 2 1 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.71 106.40 -2.69 0.40 N 3 1 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.67 113.10 4.57 0.50 N 4 1 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.76 106.40 -2.64 0.40 N 5 1 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.81 113.10 4.71 0.50 N 6 1 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.61 106.40 -2.79 0.40 N 7 1 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.18 113.80 3.38 0.50 N 8 1 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.68 113.80 3.88 0.50 N 9 1 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.47 113.80 3.67 0.50 N 10 1 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.61 113.10 4.51 0.50 N 11 1 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 12 1 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.72 113.10 4.62 0.50 N 13 1 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.75 106.40 -2.65 0.40 N 14 1 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.60 113.80 3.80 0.50 N 15 1 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.61 113.10 4.51 0.50 N 16 1 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.71 106.40 -2.69 0.40 N 17 1 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.47 113.80 3.67 0.50 N 18 1 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.64 113.80 3.84 0.50 N 19 2 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.60 113.10 4.50 0.50 N 20 2 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.80 106.40 -2.60 0.40 N 21 2 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.65 113.10 4.55 0.50 N 22 2 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.71 106.40 -2.69 0.40 N 23 2 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.81 113.10 4.71 0.50 N 24 2 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.58 106.40 -2.82 0.40 N 25 2 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.30 113.80 3.50 0.50 N 26 2 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.62 113.80 3.82 0.50 N 27 2 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.46 113.80 3.66 0.50 N 28 2 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.50 113.10 4.40 0.50 N 29 2 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.85 106.40 -2.55 0.40 N 30 2 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.70 113.10 4.60 0.50 N 31 2 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.69 106.40 -2.71 0.40 N 32 2 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.61 113.80 3.81 0.50 N 33 2 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.63 113.10 4.53 0.50 N 34 2 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.70 106.40 -2.70 0.40 N 35 2 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.42 113.80 3.62 0.50 N 36 2 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.61 113.80 3.81 0.50 N 37 3 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.70 113.10 4.60 0.50 N 38 3 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.67 106.40 -2.73 0.40 N 39 3 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.65 113.10 4.55 0.50 N 40 3 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.77 106.40 -2.63 0.40 N 41 3 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.79 113.10 4.69 0.50 N 42 3 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.58 106.40 -2.82 0.40 N 43 3 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.20 113.80 3.40 0.50 N 44 3 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.51 113.80 3.71 0.50 N 45 3 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.51 113.80 3.71 0.50 N 46 3 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 47 3 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.82 106.40 -2.58 0.40 N 48 3 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.71 113.10 4.61 0.50 N 49 3 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.75 106.40 -2.65 0.40 N 50 3 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.59 113.80 3.79 0.50 N 51 3 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.54 113.10 4.44 0.50 N 52 3 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 53 3 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.46 113.80 3.66 0.50 N 54 3 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.56 113.80 3.76 0.50 N 55 4 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 56 4 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.72 106.40 -2.68 0.40 N 57 4 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.60 113.10 4.50 0.50 N 58 4 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 59 4 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.79 113.10 4.69 0.50 N 60 4 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.55 106.40 -2.85 0.40 N 61 4 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.26 113.80 3.46 0.50 N 62 4 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.70 113.80 3.90 0.50 N 63 4 C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? C4 A A 14 ? ? 103.37 105.80 -2.43 0.40 N 64 4 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.30 113.80 3.50 0.50 N 65 4 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.61 113.10 4.51 0.50 N 66 4 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 67 4 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.71 113.10 4.61 0.50 N 68 4 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.73 106.40 -2.67 0.40 N 69 4 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 70 4 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.67 113.10 4.57 0.50 N 71 4 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.71 106.40 -2.69 0.40 N 72 4 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.47 113.80 3.67 0.50 N 73 4 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.57 113.80 3.77 0.50 N 74 5 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 75 5 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.77 106.40 -2.63 0.40 N 76 5 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.58 113.10 4.48 0.50 N 77 5 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.75 106.40 -2.65 0.40 N 78 5 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.81 113.10 4.71 0.50 N 79 5 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.59 106.40 -2.81 0.40 N 80 5 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.29 113.80 3.49 0.50 N 81 5 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.57 113.80 3.77 0.50 N 82 5 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.46 113.80 3.66 0.50 N 83 5 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.51 113.10 4.41 0.50 N 84 5 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.85 106.40 -2.55 0.40 N 85 5 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.79 113.10 4.69 0.50 N 86 5 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.73 106.40 -2.67 0.40 N 87 5 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.57 113.80 3.77 0.50 N 88 5 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.60 113.10 4.50 0.50 N 89 5 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.75 106.40 -2.65 0.40 N 90 5 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.44 113.80 3.64 0.50 N 91 5 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.57 113.80 3.77 0.50 N 92 6 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.58 113.10 4.48 0.50 N 93 6 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.72 106.40 -2.68 0.40 N 94 6 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.70 113.10 4.60 0.50 N 95 6 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.77 106.40 -2.63 0.40 N 96 6 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.88 113.10 4.78 0.50 N 97 6 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.58 106.40 -2.82 0.40 N 98 6 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.14 113.80 3.34 0.50 N 99 6 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.57 113.80 3.77 0.50 N 100 6 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.62 113.80 3.82 0.50 N 101 6 C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? C4 A A 15 ? ? 103.39 105.80 -2.41 0.40 N 102 6 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.55 113.10 4.45 0.50 N 103 6 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.80 106.40 -2.60 0.40 N 104 6 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.71 113.10 4.61 0.50 N 105 6 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.74 106.40 -2.66 0.40 N 106 6 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.53 113.80 3.73 0.50 N 107 6 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 108 6 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.78 106.40 -2.62 0.40 N 109 6 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.44 113.80 3.64 0.50 N 110 6 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.56 113.80 3.76 0.50 N 111 7 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.55 113.10 4.45 0.50 N 112 7 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.80 106.40 -2.60 0.40 N 113 7 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.63 113.10 4.53 0.50 N 114 7 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.79 106.40 -2.61 0.40 N 115 7 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.87 113.10 4.77 0.50 N 116 7 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.48 106.40 -2.92 0.40 N 117 7 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.15 113.80 3.35 0.50 N 118 7 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.54 113.80 3.74 0.50 N 119 7 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.36 113.80 3.56 0.50 N 120 7 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.58 113.10 4.48 0.50 N 121 7 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 122 7 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.80 113.10 4.70 0.50 N 123 7 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.71 106.40 -2.69 0.40 N 124 7 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 125 7 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 126 7 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.76 106.40 -2.64 0.40 N 127 7 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 128 7 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.56 113.80 3.76 0.50 N 129 8 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.63 113.10 4.53 0.50 N 130 8 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.79 106.40 -2.61 0.40 N 131 8 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.59 113.10 4.49 0.50 N 132 8 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.87 106.40 -2.53 0.40 N 133 8 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.75 113.10 4.65 0.50 N 134 8 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.62 106.40 -2.78 0.40 N 135 8 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.08 113.80 3.28 0.50 N 136 8 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.68 113.80 3.88 0.50 N 137 8 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.51 113.80 3.71 0.50 N 138 8 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 139 8 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 140 8 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 141 8 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.79 106.40 -2.61 0.40 N 142 8 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.52 113.80 3.72 0.50 N 143 8 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 144 8 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.65 106.40 -2.75 0.40 N 145 8 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.48 113.80 3.68 0.50 N 146 8 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.63 113.80 3.83 0.50 N 147 9 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.57 113.10 4.47 0.50 N 148 9 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.84 106.40 -2.56 0.40 N 149 9 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.63 113.10 4.53 0.50 N 150 9 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.78 106.40 -2.62 0.40 N 151 9 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.73 113.10 4.63 0.50 N 152 9 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.62 106.40 -2.78 0.40 N 153 9 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.17 113.80 3.37 0.50 N 154 9 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.59 113.80 3.79 0.50 N 155 9 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.47 113.80 3.67 0.50 N 156 9 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.51 113.10 4.41 0.50 N 157 9 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.79 106.40 -2.61 0.40 N 158 9 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.67 113.10 4.57 0.50 N 159 9 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.71 106.40 -2.69 0.40 N 160 9 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.57 113.80 3.77 0.50 N 161 9 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.67 113.10 4.57 0.50 N 162 9 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.70 106.40 -2.70 0.40 N 163 9 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.41 113.80 3.61 0.50 N 164 9 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.64 113.80 3.84 0.50 N 165 10 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.69 113.10 4.59 0.50 N 166 10 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.66 106.40 -2.74 0.40 N 167 10 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.63 113.10 4.53 0.50 N 168 10 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.82 106.40 -2.58 0.40 N 169 10 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.76 113.10 4.66 0.50 N 170 10 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.64 106.40 -2.76 0.40 N 171 10 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.29 113.80 3.49 0.50 N 172 10 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.48 113.80 3.68 0.50 N 173 10 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.59 113.80 3.79 0.50 N 174 10 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.46 113.10 4.36 0.50 N 175 10 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.90 106.40 -2.50 0.40 N 176 10 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 177 10 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.72 106.40 -2.68 0.40 N 178 10 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.47 113.80 3.67 0.50 N 179 10 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.57 113.10 4.47 0.50 N 180 10 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.73 106.40 -2.67 0.40 N 181 10 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.38 113.80 3.58 0.50 N 182 10 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.60 113.80 3.80 0.50 N 183 11 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 184 11 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.70 106.40 -2.70 0.40 N 185 11 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.64 113.10 4.54 0.50 N 186 11 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.75 106.40 -2.65 0.40 N 187 11 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.82 113.10 4.72 0.50 N 188 11 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.58 106.40 -2.82 0.40 N 189 11 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.12 113.80 3.32 0.50 N 190 11 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.48 113.80 3.68 0.50 N 191 11 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.64 113.80 3.84 0.50 N 192 11 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.50 113.10 4.40 0.50 N 193 11 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.88 106.40 -2.52 0.40 N 194 11 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.84 113.10 4.74 0.50 N 195 11 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.63 106.40 -2.77 0.40 N 196 11 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 197 11 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 198 11 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.70 106.40 -2.70 0.40 N 199 11 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.48 113.80 3.68 0.50 N 200 11 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.53 113.80 3.73 0.50 N 201 12 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.70 113.10 4.60 0.50 N 202 12 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.66 106.40 -2.74 0.40 N 203 12 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.72 113.10 4.62 0.50 N 204 12 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.67 106.40 -2.73 0.40 N 205 12 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.80 113.10 4.70 0.50 N 206 12 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.56 106.40 -2.84 0.40 N 207 12 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.23 113.80 3.43 0.50 N 208 12 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.81 113.80 4.01 0.50 N 209 12 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.55 113.80 3.75 0.50 N 210 12 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.67 113.10 4.57 0.50 N 211 12 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.73 106.40 -2.67 0.40 N 212 12 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.73 113.10 4.63 0.50 N 213 12 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.70 106.40 -2.70 0.40 N 214 12 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.62 113.80 3.82 0.50 N 215 12 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.55 113.10 4.45 0.50 N 216 12 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 217 12 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.47 113.80 3.67 0.50 N 218 12 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.63 113.80 3.83 0.50 N # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 1SY4 'a-form double helix' 1SY4 'hairpin loop' 1SY4 'bulge loop' 1SY4 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 1 1_555 A C 24 1_555 -0.879 -0.340 -0.021 0.912 -1.276 -1.826 1 A_G1:C24_A A 1 ? A 24 ? 19 1 1 A G 2 1_555 A C 23 1_555 0.011 -0.072 0.025 -0.761 -7.556 -1.365 2 A_G2:C23_A A 2 ? A 23 ? 19 1 1 A U 3 1_555 A A 22 1_555 0.649 -0.130 -0.320 0.341 1.642 -9.448 3 A_U3:A22_A A 3 ? A 22 ? 20 1 1 A U 4 1_555 A A 21 1_555 0.054 0.053 -0.168 3.449 3.724 1.256 4 A_U4:A21_A A 4 ? A 21 ? 20 1 1 A C 5 1_555 A G 20 1_555 0.797 -0.307 -0.200 3.830 0.112 -0.349 5 A_C5:G20_A A 5 ? A 20 ? 19 1 1 A C 6 1_555 A A 18 1_555 1.346 -0.418 0.113 1.768 -7.827 -18.288 6 A_C6:A18_A A 6 ? A 18 ? ? ? 1 A C 7 1_555 A G 17 1_555 -0.616 -0.174 0.591 -10.998 1.455 -4.722 7 A_C7:G17_A A 7 ? A 17 ? 19 1 1 A C 8 1_555 A G 16 1_555 -0.570 -0.130 -0.440 5.551 -5.248 3.446 8 A_C8:G16_A A 8 ? A 16 ? 19 1 1 A U 9 1_555 A A 15 1_555 -0.799 0.001 -0.468 -0.133 -2.088 4.856 9 A_U9:A15_A A 9 ? A 15 ? 20 1 1 A G 10 1_555 A A 14 1_555 6.402 -3.058 -0.312 8.161 -0.423 12.217 10 A_G10:A14_A A 10 ? A 14 ? 11 5 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 A G 1 1_555 A C 24 1_555 A G 2 1_555 A C 23 1_555 0.194 -0.856 3.956 0.006 -2.377 38.230 -0.942 -0.294 4.000 -3.625 -0.008 38.301 1 AA_G1G2:C23C24_AA A 1 ? A 24 ? A 2 ? A 23 ? 1 A G 2 1_555 A C 23 1_555 A U 3 1_555 A A 22 1_555 -1.262 -1.049 3.576 0.951 8.406 37.886 -2.665 2.024 3.248 12.754 -1.443 38.786 2 AA_G2U3:A22C23_AA A 2 ? A 23 ? A 3 ? A 22 ? 1 A U 3 1_555 A A 22 1_555 A U 4 1_555 A A 21 1_555 2.558 -1.485 2.694 5.947 2.160 31.448 -3.031 -3.689 3.009 3.934 -10.835 32.063 3 AA_U3U4:A21A22_AA A 3 ? A 22 ? A 4 ? A 21 ? 1 A U 4 1_555 A A 21 1_555 A C 5 1_555 A G 20 1_555 -1.365 -1.380 3.247 3.058 8.310 32.837 -3.591 2.788 2.694 14.376 -5.291 33.978 4 AA_U4C5:G20A21_AA A 4 ? A 21 ? A 5 ? A 20 ? 1 A C 5 1_555 A G 20 1_555 A C 6 1_555 A A 18 1_555 2.377 -1.293 5.914 -20.532 1.583 46.032 -1.715 -5.270 4.494 1.916 24.847 50.198 5 AA_C5C6:A18G20_AA A 5 ? A 20 ? A 6 ? A 18 ? 1 A C 6 1_555 A A 18 1_555 A C 7 1_555 A G 17 1_555 0.509 -1.946 3.792 -1.865 16.422 28.081 -6.361 -1.237 2.295 30.709 3.487 32.499 6 AA_C6C7:G17A18_AA A 6 ? A 18 ? A 7 ? A 17 ? 1 A C 7 1_555 A G 17 1_555 A C 8 1_555 A G 16 1_555 1.291 -0.126 3.140 3.699 13.198 30.041 -2.421 -1.660 2.961 23.957 -6.714 32.954 7 AA_C7C8:G16G17_AA A 7 ? A 17 ? A 8 ? A 16 ? 1 A C 8 1_555 A G 16 1_555 A U 9 1_555 A A 15 1_555 0.724 -0.778 4.503 2.218 -9.609 30.453 1.063 -0.743 4.572 -17.719 -4.089 31.974 8 AA_C8U9:A15G16_AA A 8 ? A 16 ? A 9 ? A 15 ? 1 A U 9 1_555 A A 15 1_555 A G 10 1_555 A A 14 1_555 -0.087 0.605 3.541 -0.004 2.510 59.342 0.473 0.088 3.562 2.534 0.004 59.390 9 AA_U9G10:A14A15_AA A 9 ? A 15 ? A 10 ? A 14 ? #