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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 1XDM _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.4 _exptl_crystal.density_percent_sol 63.7 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 291 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.4 _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'ammonium sulfate, 1,8-diaminooctane, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 93 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'IMAGE PLATE' _diffrn_detector.type 'RIGAKU RAXIS IV' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2003-01-13 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator GRAPHITE _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.5418 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source 'ROTATING ANODE' _diffrn_source.type 'RIGAKU RU300' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ? 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'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 1XDM _struct.title 'Structure of human aldolase B associated with hereditary fructose intolerance (A149P), at 291K' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1XDM _struct_keywords.pdbx_keywords LYASE _struct_keywords.text 'ALPHA/BETA BARREL, LYASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 3 ? T N N 3 ? U N N 3 ? V N N 3 ? W N N 3 ? X N N 3 ? # loop_ _struct_biol.id _struct_biol.details _struct_biol.pdbx_parent_biol_id 1 ;The biological unit of AP-aldolase is a dimer, corresponding to monomer pairs AB, CD, WX, and YZ. The wild-type enzyme is tetrameric. ; ? 2 ? ? 3 ? ? 4 ? ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 THR A 10 ? ILE A 24 ? THR A 8 ILE A 22 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 2 SER A 37 ? ILE A 48 ? SER A 35 ILE A 46 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 3 THR A 53 ? VAL A 67 ? THR A 51 VAL A 65 1 ? 15 HELX_P HELX_P4 4 ASP A 68 ? GLN A 73 ? ASP A 66 GLN A 71 5 ? 6 HELX_P HELX_P5 5 HIS A 82 ? TYR A 86 ? HIS A 80 TYR A 84 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 6 PHE A 95 ? LYS A 102 ? PHE A 93 LYS A 100 1 ? 8 HELX_P HELX_P7 7 GLY A 131 ? ASP A 142 ? GLY A 129 ASP A 140 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 8 SER A 161 ? GLN A 180 ? SER A 159 GLN A 178 1 ? 20 HELX_P HELX_P9 9 GLN A 181 ? GLY A 183 ? GLN A 179 GLY A 181 5 ? 3 HELX_P HELX_P10 10 ASP A 199 ? HIS A 221 ? ASP A 197 HIS A 219 1 ? 23 HELX_P HELX_P11 11 THR A 246 ? ARG A 260 ? THR A 244 ARG A 258 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 12 GLU A 279 ? ASN A 289 ? GLU A 277 ASN A 287 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 13 GLY A 304 ? ALA A 314 ? GLY A 302 ALA A 312 1 ? 11 HELX_P HELX_P14 14 ASN A 321 ? ALA A 340 ? ASN A 319 ALA A 338 1 ? 20 HELX_P HELX_P15 15 THR B 10 ? VAL B 25 ? THR B 8 VAL B 23 1 ? 16 HELX_P HELX_P16 16 SER B 37 ? ILE B 48 ? SER B 35 ILE B 46 1 ? 12 HELX_P HELX_P17 17 THR B 53 ? VAL B 67 ? THR B 51 VAL B 65 1 ? 15 HELX_P HELX_P18 18 ASP B 68 ? GLN B 73 ? ASP B 66 GLN B 71 5 ? 6 HELX_P HELX_P19 19 HIS B 82 ? GLN B 87 ? HIS B 80 GLN B 85 5 ? 6 HELX_P HELX_P20 20 LEU B 94 ? LYS B 102 ? LEU B 92 LYS B 100 1 ? 9 HELX_P HELX_P21 21 GLY B 131 ? ASP B 142 ? GLY B 129 ASP B 140 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 22 SER B 161 ? ASN B 182 ? SER B 159 ASN B 180 1 ? 22 HELX_P HELX_P23 23 ASP B 199 ? HIS B 221 ? ASP B 197 HIS B 219 1 ? 23 HELX_P HELX_P24 24 TYR B 224 ? THR B 228 ? TYR B 222 THR B 226 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 THR B 246 ? VAL B 262 ? THR B 244 VAL B 260 1 ? 17 HELX_P HELX_P26 26 SER B 277 ? CYS B 291 ? SER B 275 CYS B 289 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 27 GLY B 304 ? ALA B 314 ? GLY B 302 ALA B 312 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 28 LYS B 318 ? ALA B 320 ? LYS B 316 ALA B 318 5 ? 3 HELX_P HELX_P29 29 ASN B 321 ? LYS B 341 ? ASN B 319 LYS B 339 1 ? 21 HELX_P HELX_P30 30 THR C 10 ? VAL C 25 ? THR C 8 VAL C 23 1 ? 16 HELX_P HELX_P31 31 SER C 37 ? ILE C 48 ? SER C 35 ILE C 46 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 32 GLU C 55 ? VAL C 67 ? GLU C 53 VAL C 65 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 33 ASP C 68 ? GLN C 73 ? ASP C 66 GLN C 71 5 ? 6 HELX_P HELX_P34 34 GLU C 83 ? GLN C 87 ? 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1 DENZO 'data reduction' . ? 2 SCALEPACK 'data scaling' . ? 3 AMoRE phasing . ? 4 # _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 NZ _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 D _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 LYS _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 339 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 O _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 D _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 HOH _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 367 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 2.19 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CD C ARG 94 ? ? 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