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1 206 GLY 206 207 207 GLY GLY L . n L 1 207 ALA 207 208 208 ALA ALA L . n L 1 208 ASN 208 209 209 ASN ASN L . n L 1 209 PRO 209 210 210 PRO PRO L . n L 1 210 LEU 210 211 211 LEU LEU L . n L 1 211 GLU 211 212 212 GLU GLU L . n L 1 212 ALA 212 213 213 ALA ALA L . n L 1 213 ILE 213 214 214 ILE ILE L . n L 1 214 TYR 214 215 215 TYR TYR L . n L 1 215 GLN 215 216 216 GLN GLN L . n L 1 216 GLY 216 217 217 GLY GLY L . n L 1 217 ALA 217 218 218 ALA ALA L . n L 1 218 GLY 218 219 219 GLY GLY L . n L 1 219 ALA 219 220 220 ALA ALA L . n L 1 220 ALA 220 221 221 ALA ALA L . n L 1 221 ASP 221 222 222 ASP ASP L . n L 1 222 CYS 222 223 223 CYS CYS L . n L 1 223 GLU 223 224 224 GLU GLU L . n L 1 224 PHE 224 225 225 PHE PHE L . n L 1 225 GLU 225 226 226 GLU GLU L . n L 1 226 GLU 226 227 227 GLU GLU L . n L 1 227 ILE 227 228 228 ILE ILE L . n L 1 228 SER 228 229 229 SER SER L . n L 1 229 TYR 229 230 230 TYR TYR L . n L 1 230 THR 230 231 231 THR THR L . n L 1 231 VAL 231 232 232 VAL VAL L . n L 1 232 TYR 232 233 233 TYR TYR L . n L 1 233 GLN 233 234 234 GLN GLN L . n L 1 234 SER 234 235 235 SER SER L . n L 1 235 TYR 235 236 236 TYR TYR L . n L 1 236 LEU 236 237 237 LEU LEU L . n L 1 237 ASP 237 238 238 ASP ASP L . n L 1 238 GLN 238 239 239 GLN GLN L . n L 1 239 LEU 239 240 240 LEU LEU L . n L 1 240 PRO 240 241 241 PRO PRO L . n L 1 241 VAL 241 242 242 VAL VAL L . n L 1 242 GLY 242 243 243 GLY GLY L . n L 1 243 GLN 243 244 244 GLN GLN L . n L 1 244 ASN 244 245 245 ASN ASN L . n L 1 245 GLY 245 246 246 GLY GLY L . n L 1 246 TYR 246 247 247 TYR TYR L . n L 1 247 ILE 247 248 248 ILE ILE L . n L 1 248 LEU 248 249 249 LEU LEU L . n L 1 249 PRO 249 250 250 PRO PRO L . n L 1 250 LEU 250 251 251 LEU LEU L . n L 1 251 ILE 251 252 252 ILE ILE L . n L 1 252 ASP 252 253 253 ASP ASP L . n L 1 253 LEU 253 254 254 LEU LEU L . n L 1 254 SER 254 255 255 SER SER L . n L 1 255 THR 255 256 256 THR THR L . n L 1 256 LEU 256 257 257 LEU LEU L . n L 1 257 TYR 257 258 258 TYR TYR L . n L 1 258 ASN 258 259 259 ASN ASN L . n L 1 259 LEU 259 260 260 LEU LEU L . n L 1 260 GLU 260 261 261 GLU GLU L . n L 1 261 ASN 261 262 262 ASN ASN L . n L 1 262 SER 262 263 263 SER SER L . n L 1 263 ALA 263 264 264 ALA ALA L . n L 1 264 GLN 264 265 265 GLN GLN L . n L 1 265 ALA 265 266 266 ALA ALA L . n L 1 266 GLY 266 267 267 GLY GLY L . n L 1 267 LEU 267 268 268 LEU LEU L . n L 1 268 THR 268 269 269 THR THR L . n L 1 269 PRO 269 270 270 PRO PRO L . n L 1 270 ASN 270 271 271 ASN ASN L . n L 1 271 VAL 271 272 272 VAL VAL L . n L 1 272 ASP 272 273 273 ASP ASP L . n L 1 273 PHE 273 274 274 PHE PHE L . n L 1 274 VAL 274 275 275 VAL VAL L . n L 1 275 VAL 275 276 276 VAL VAL L . n L 1 276 GLN 276 277 277 GLN GLN L . n L 1 277 TYR 277 278 278 TYR TYR L . n L 1 278 ALA 278 279 279 ALA ALA L . n L 1 279 ASN 279 280 280 ASN ASN L . n L 1 280 LEU 280 281 281 LEU LEU L . n L 1 281 TYR 281 282 282 TYR TYR L . n L 1 282 ARG 282 283 283 ARG ARG L . n L 1 283 TYR 283 284 284 TYR TYR L . n L 1 284 LEU 284 285 285 LEU LEU L . n L 1 285 SER 285 286 286 SER SER L . n L 1 286 THR 286 287 287 THR THR L . n L 1 287 ILE 287 288 288 ILE ILE L . n L 1 288 ALA 288 289 289 ALA ALA L . n L 1 289 VAL 289 290 290 VAL VAL L . n L 1 290 PHE 290 291 291 PHE PHE L . n L 1 291 ASP 291 292 292 ASP ASP L . n L 1 292 ASN 292 293 293 ASN ASN L . n L 1 293 GLY 293 294 294 GLY GLY L . n L 1 294 GLY 294 295 295 GLY GLY L . n L 1 295 SER 295 296 296 SER SER L . n L 1 296 PHE 296 297 297 PHE PHE L . n L 1 297 ASN 297 298 298 ASN ASN L . n L 1 298 ALA 298 299 299 ALA ALA L . n L 1 299 GLY 299 300 300 GLY GLY L . n L 1 300 THR 300 301 301 THR THR L . n L 1 301 ASP 301 302 302 ASP ASP L . n L 1 302 ILE 302 303 303 ILE ILE L . n L 1 303 ASN 303 304 304 ASN ASN L . n L 1 304 TYR 304 305 305 TYR TYR L . n L 1 305 LEU 305 306 306 LEU LEU L . n L 1 306 SER 306 307 307 SER SER L . n L 1 307 GLN 307 308 308 GLN GLN L . n L 1 308 ARG 308 309 309 ARG ARG L . n L 1 309 THR 309 310 310 THR THR L . n L 1 310 ALA 310 311 311 ALA ALA L . n L 1 311 ASN 311 312 312 ASN ASN L . n L 1 312 PHE 312 313 313 PHE PHE L . n L 1 313 SER 313 314 314 SER SER L . n L 1 314 ASP 314 315 315 ASP ASP L . n L 1 315 THR 315 316 316 THR THR L . n L 1 316 ARG 316 317 317 ARG ARG L . n L 1 317 LYS 317 318 318 LYS LYS L . n L 1 318 LEU 318 319 319 LEU LEU L . n L 1 319 ASP 319 320 320 ASP ASP L . n L 1 320 PRO 320 321 321 PRO PRO L . n L 1 321 LYS 321 322 322 LYS LYS L . n L 1 322 THR 322 323 323 THR THR L . n L 1 323 TRP 323 324 324 TRP TRP L . n L 1 324 ALA 324 325 325 ALA ALA L . n L 1 325 ALA 325 326 326 ALA ALA L . n L 1 326 GLN 326 327 327 GLN GLN L . n L 1 327 THR 327 328 328 THR THR L . n L 1 328 ARG 328 329 329 ARG ARG L . n L 1 329 ARG 329 330 330 ARG ARG L . n L 1 330 ARG 330 331 331 ARG ARG L . n L 1 331 ILE 331 332 332 ILE ILE L . n L 1 332 ALA 332 333 333 ALA ALA L . n L 1 333 THR 333 334 334 THR THR L . n L 1 334 ASP 334 335 335 ASP ASP L . n L 1 335 PHE 335 336 336 PHE PHE L . n L 1 336 PRO 336 337 337 PRO PRO L . n L 1 337 LYS 337 338 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L . n L 1 364 LYS 364 365 365 LYS LYS L . n L 1 365 THR 365 366 366 THR THR L . n L 1 366 VAL 366 367 367 VAL VAL L . n L 1 367 ASN 367 368 368 ASN ASN L . n L 1 368 GLN 368 369 369 GLN GLN L . n L 1 369 ASN 369 370 370 ASN ASN L . n L 1 370 ALA 370 371 371 ALA ALA L . n L 1 371 ARG 371 372 372 ARG ARG L . n L 1 372 LEU 372 373 373 LEU LEU L . n L 1 373 LEU 373 374 374 LEU LEU L . n L 1 374 MET 374 375 375 MET MET L . n L 1 375 GLY 375 376 376 GLY GLY L . n L 1 376 TYR 376 377 377 TYR TYR L . n L 1 377 GLU 377 378 378 GLU GLU L . n L 1 378 TYR 378 379 379 TYR TYR L . n L 1 379 PHE 379 380 380 PHE PHE L . n L 1 380 THR 380 381 381 THR THR L . n L 1 381 SER 381 382 382 SER SER L . n L 1 382 ARG 382 383 383 ARG ARG L . n L 1 383 THR 383 384 384 THR THR L . n L 1 384 GLU 384 385 385 GLU GLU L . n L 1 385 LEU 385 386 ? ? ? L . n L 1 386 VAL 386 387 ? ? ? L . n L 1 387 ASN 387 388 ? ? ? L . n L 1 388 ALA 388 389 ? ? ? L . n L 1 389 GLY 389 390 ? ? ? L . n L 1 390 THR 390 391 ? ? ? L . n L 1 391 ILE 391 392 ? ? ? L . n L 1 392 SER 392 393 ? ? ? L . n L 1 393 THR 393 394 ? ? ? L . n L 1 394 THR 394 395 ? ? ? L . n # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 720-MERIC 720 2 'icosahedral asymmetric unit' ? dodecameric 12 3 'icosahedral pentamer' ? 60-meric 60 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 72-meric 72 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? dodecameric 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 1 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 16 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 17 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 18 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 19 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 20 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 21 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 22 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 23 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 24 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 25 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 26 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 27 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 28 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 29 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 30 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 31 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 32 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 33 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 34 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 35 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 36 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 37 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 38 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 39 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 40 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 41 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 42 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 43 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 44 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 45 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 46 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 47 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 48 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 49 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 50 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 51 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 52 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 53 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 54 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 55 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 56 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 57 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 58 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 59 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 60 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 # _pdbx_point_symmetry.entry_id 1HB7 _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol I # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2001-12-05 2 'Structure model' 1 1 2012-04-11 3 'Structure model' 1 2 2017-08-23 4 'Structure model' 1 3 2018-01-31 5 'Structure model' 1 4 2019-10-23 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 2 'Structure model' 'Derived calculations' 3 2 'Structure model' Other 4 2 'Structure model' 'Structure summary' 5 2 'Structure model' 'Version format compliance' 6 3 'Structure model' 'Data collection' 7 3 'Structure model' 'Refinement description' 8 4 'Structure model' 'Data processing' 9 5 'Structure model' 'Data collection' 10 5 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 3 'Structure model' em_3d_fitting 2 3 'Structure model' em_software 3 4 'Structure model' em_software 4 5 'Structure model' cell # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 3 'Structure model' '_em_3d_fitting.target_criteria' 2 3 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 3 3 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 4 4 'Structure model' '_em_software.details' 5 4 'Structure model' '_em_software.name' 6 5 'Structure model' '_cell.Z_PDB' # _pdbx_database_remark.id 700 _pdbx_database_remark.text ; SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. ; # _pdbx_entry_details.entry_id 1HB7 _pdbx_entry_details.compound_details ;THE PRD1 SUS1 MUTANT LACKS THE PACKAGING PROTEIN P9 AND PRODUCES ONLY EMPTY PARTICLES, WHICH REPRESENT AN ASSEMBLY INTERMEDIATE (MINDICH, L. ET AL., J. VIROL 44, 1013-1020 (1982); MINDICH, L. ET AL., J. VIROL 44, 1021-1030 (1982)). ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 1HB7 _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria R-factor _em_3d_fitting.details ;METHOD--THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE MAJOR COAT PROTEIN P3 (PDB FILE 1HX6) WAS PLACED INTO THE CRYO-EM DENSITY MAP. THE CAPSID PROTEIN WAS FIRST MANUALLY POSITIONED INTO THE CRYO-EM DENSITY CORRESPONDING TO POSITIONS OF THE FOUR INDEPENDENT TRIMERS IN THE ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT. THESE POSITIONS WERE THEN REFINED BY RIGID BODY REFINEMENT IN RECIPROCAL SPACE WITH THE PROGRAM XPLOR. QUALITY OF THE FIT R- FACTOR= 0.339, CROSS-CORRELATI0N COEFFICIENT 0.915, ATOMS OUTSIDE DENSITY PER ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT 527 (1.5%), ATOM CLASHES PER ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT 115 (0.3%) REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY REFINEMENT ; _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1HX6 _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.details ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 1HB7 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 1800 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ICOSAHEDRAL _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 3.68 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 3.44 _em_3d_reconstruction.resolution 14.0 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ;THE PIXEL SIZE OF THE CRYO-EM MAP WAS OBTAINED USING THE X-RAY STRUCTURE OF THE P3 TRIMER AS A REFERENCE. AFTER AN INITIAL FITTING USING THE NOMINAL PIXEL SIZE, THE P3 TRIMERS IN THE ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT WERE GRADUALLY TRANSLATED TOWARDS THE CENTER OF THE PARTICLE UNTIL THE CRYSTALLOGRAPHIC R-FACTOR WAS MINIMISED. ; _em_3d_reconstruction.details ;THE ORIENTATIONS WERE REFINED BY THE CROSS COMMON LINES LINES METHOD (SIMPLEX) AND THE POLAR FOURIER TRANSFORM METHOD. MODEL-BASED, POLAR-FOURIER-TRANSFORM (FULLER ET AL. 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 48-55; BAKER AND CHENG, 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 120-130) MODEL-BASED CROSS COMMON LINES SEARCH AND REFINEMENT (CROWTHER ET AL. 1970, NATURE (LONDON) 226, 421-425; FULLER ET AL. 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 48-55; FERLENGHI ET AL. 1998, J.MOL.BIOL. 283, 71-81). THE EFFECTIVE RESOLUTION OF THE FINAL RECONSTRUCTED DENSITY WAS DETERMINED TO BE AT LEAST 25 ANGSTROMS, AS MEASURED BY RANDOMLY SPLITTING THE PARTICLES INTO TWO SETS AND CALCULATING THE FOURIER SHELL CORRELATION OBTAINED FROM SEPARATE RECONSTRUCTIONS (HARAUZ AND VAN HEEL 1986, OPTIK 73, 146-156). THE EIGENVALUE SPECTRUM GAVE AN INDICATION OF THE RANDOMNESS OF THE DATA THAT WAS INCLUDED IN THE RECONSTRUCTION. THE COMPLETENESS OF THE DATA WAS VERIFIED IN THAT ALL EIGENVALUES EXCEEDED 100. THE COORDINATES ARE IN THE P, Q, R FRAME IN ANGSTROM UNITS AND CORRESPOND TO ICOSAHEDRAL SYMMETRY AXES. THE ORIGIN IS CHOSEN AT THE CENTER OF THE VIRUS WITH P, Q AND R ALONG MUTUALLY PERPENDICULAR TWO-FOLD AXES OF THE ICOSAHEDRON. THEY SHOULD REMAIN IN THAT FRAME FOR THE EASE OF THE USER IN CREATING THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANT VIRAL COMPLEX PARTICLE USING THE 60 ICOSAHEDRAL SYMMETRY OPERATORS. RESIDUES NOT VISIBLE IN THE ORIGINAL CRYSTAL STRUCTURES ARE NOT INCLUDED IN THE CRYO-EM STRUCTURE MODEL. ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.pH 7.2 _em_buffer.details ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'BACTERIOPHAGE PRD1 SUS1 MUTANT' _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details '400 MESH COPPER GLOW DISCHARGE SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE' _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 1HB7 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 29 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 1HB7 _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI/PHILIPS CM200FEG' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode OTHER _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 1998-06-15 _em_imaging.temperature 95 _em_imaging.nominal_defocus_min 1300 _em_imaging.nominal_defocus_max 4100 _em_imaging.tilt_angle_min 0 _em_imaging.tilt_angle_max 0 _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.nominal_magnification 36000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details 'SAMPLES WERE MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURES IN THE MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER' _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 1HB7 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'PLUNGE VITRIFICATION' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 1HB7 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 1HB7 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry I _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 NH2 D ARG 108 ? ? CA I SER 314 ? ? 0.15 2 1 CA A ASN 312 ? ? O K THR 384 ? ? 0.41 3 1 O E GLN 187 ? ? C K ASN 184 ? ? 0.56 4 1 CA B PHE 313 ? ? NH2 I ARG 108 ? ? 0.62 5 1 NH1 E ARG 372 ? ? CG2 J VAL 272 ? ? 0.66 6 1 CA B GLN 187 ? ? CA E VAL 185 ? ? 0.74 7 1 N C VAL 185 ? ? O I GLN 187 ? ? 0.75 8 1 CG2 B THR 58 ? ? CB K GLN 187 ? ? 0.76 9 1 OD1 D ASN 106 ? ? OD2 G ASP 238 ? ? 0.81 10 1 O B PHE 313 ? ? NE I ARG 108 ? ? 0.84 11 1 CB C ALA 60 ? ? NH1 I ARG 191 ? ? 0.90 12 1 NH2 B ARG 191 ? ? NE2 E GLN 40 ? ? 0.90 13 1 CB C ALA 60 ? ? CZ I ARG 191 ? ? 0.92 14 1 CB B THR 58 ? ? CA K GLN 187 ? ? 0.93 15 1 C C ASN 184 ? ? O I GLN 187 ? ? 0.97 16 1 O B THR 58 ? ? O K GLN 187 ? ? 0.99 17 1 C B PHE 313 ? ? CZ I ARG 108 ? ? 1.05 18 1 CD C PRO 186 ? ? N I SER 188 ? ? 1.06 19 1 N C ASN 61 ? ? NZ I LYS 189 ? ? 1.07 20 1 N A ASN 312 ? ? O K THR 384 ? ? 1.07 21 1 C E GLN 187 ? ? O K ASN 184 ? ? 1.09 22 1 N B SER 188 ? ? O E ASN 184 ? ? 1.09 23 1 OD1 E ASN 106 ? ? CG1 K VAL 62 ? ? 1.11 24 1 CG1 B VAL 272 ? ? 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CB K THR 384 ? ? 1.33 48 1 N B GLN 187 ? ? N E PRO 186 ? ? 1.33 49 1 CB B GLN 41 ? ? OD1 K ASN 106 ? ? 1.33 50 1 CA B GLN 187 ? ? C E VAL 185 ? ? 1.33 51 1 CB B THR 58 ? ? CB K GLN 187 ? ? 1.33 52 1 NH2 D ARG 52 ? ? CG G GLU 43 ? ? 1.35 53 1 CB B GLN 187 ? ? N E VAL 185 ? ? 1.35 54 1 NH1 E ARG 108 ? ? N J SER 314 ? ? 1.36 55 1 O B PHE 313 ? ? CZ I ARG 108 ? ? 1.37 56 1 NH2 D ARG 108 ? ? CB I SER 314 ? ? 1.39 57 1 N A ASN 312 ? ? C K THR 384 ? ? 1.40 58 1 CA C VAL 185 ? ? C I GLN 187 ? ? 1.40 59 1 OD1 D ASN 106 ? ? CG G ASP 238 ? ? 1.42 60 1 CA E GLN 187 ? ? CA K VAL 185 ? ? 1.42 61 1 CA D ASN 51 ? ? O G THR 46 ? ? 1.42 62 1 NE2 B GLN 369 ? ? CD I GLN 369 ? ? 1.43 63 1 CA B GLN 187 ? ? N E VAL 185 ? ? 1.46 64 1 O B PHE 313 ? ? CD I ARG 108 ? ? 1.47 65 1 NH2 D ARG 108 ? ? N I SER 314 ? ? 1.48 66 1 C B PRO 186 ? ? CD E PRO 186 ? ? 1.48 67 1 CA A ASN 312 ? ? C K THR 384 ? ? 1.51 68 1 C B PHE 313 ? ? NH1 I ARG 108 ? ? 1.52 69 1 CB B PHE 313 ? ? CZ I ARG 108 ? ? 1.54 70 1 NH1 B ARG 108 ? ? 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