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_citation.id primary _citation.title ;Structural Basis of 3' End RNA Recognition and Exoribonucleolytic Cleavage by an Exosome Rnase Ph Core. ; _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_volume 20 _citation.page_first 473 _citation.page_last ? _citation.year 2005 _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 16285928 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/J.MOLCEL.2005.10.020 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lorentzen, E.' 1 ? primary 'Conti, E.' 2 ? # _cell.entry_id 2C39 _cell.length_a 206.200 _cell.length_b 214.000 _cell.length_c 432.500 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 96 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2C39 _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' 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ASP M 125 LYS M 128 5 ? 4 HELX_P HELX_P77 77 ASN M 152 ? ASN M 167 ? ASN M 152 ASN M 167 1 ? 16 HELX_P HELX_P78 78 ASP M 214 ? MET M 221 ? ASP M 214 MET M 221 1 ? 8 HELX_P HELX_P79 79 LEU M 248 ? LEU M 273 ? LEU M 248 LEU M 273 1 ? 26 HELX_P HELX_P80 80 PRO N 66 ? SER N 70 ? PRO N 66 SER N 70 5 ? 5 HELX_P HELX_P81 81 SER N 97 ? VAL N 115 ? SER N 97 VAL N 115 1 ? 19 HELX_P HELX_P82 82 LEU N 116 ? PHE N 120 ? LEU N 116 PHE N 120 5 ? 5 HELX_P HELX_P83 83 GLY N 137 ? ALA N 153 ? GLY N 137 ALA N 153 1 ? 17 HELX_P HELX_P84 84 ASN N 178 ? GLY N 185 ? ASN N 178 GLY N 185 1 ? 8 HELX_P HELX_P85 85 THR N 210 ? LYS N 239 ? THR N 210 LYS N 239 1 ? 30 HELX_P HELX_P86 86 PRO O 12 ? LYS O 25 ? PRO O 12 LYS O 25 1 ? 14 HELX_P HELX_P87 87 GLU O 105 ? SER O 121 ? GLU O 105 SER O 121 1 ? 17 HELX_P HELX_P88 88 ASP O 125 ? LYS O 128 ? ASP O 125 LYS O 128 5 ? 4 HELX_P HELX_P89 89 ASN O 152 ? ASN O 167 ? ASN O 152 ASN O 167 1 ? 16 HELX_P HELX_P90 90 ASP O 214 ? MET O 221 ? ASP O 214 MET O 221 1 ? 8 HELX_P HELX_P91 91 LEU O 248 ? GLY O 274 ? LEU O 248 GLY O 274 1 ? 27 HELX_P HELX_P92 92 PRO P 66 ? SER P 70 ? PRO P 66 SER P 70 5 ? 5 HELX_P HELX_P93 93 SER P 97 ? VAL P 115 ? SER P 97 VAL P 115 1 ? 19 HELX_P HELX_P94 94 LEU P 116 ? PHE P 120 ? LEU P 116 PHE P 120 5 ? 5 HELX_P HELX_P95 95 GLY P 137 ? ALA P 153 ? GLY P 137 ALA P 153 1 ? 17 HELX_P HELX_P96 96 ASN P 178 ? GLY P 185 ? ASN P 178 GLY P 185 1 ? 8 HELX_P HELX_P97 97 THR P 210 ? LYS P 239 ? THR P 210 LYS P 239 1 ? 30 HELX_P HELX_P98 98 PRO Q 12 ? GLU Q 24 ? PRO Q 12 GLU Q 24 1 ? 13 HELX_P HELX_P99 99 GLU Q 105 ? SER Q 121 ? GLU Q 105 SER Q 121 1 ? 17 HELX_P HELX_P100 100 ASP Q 125 ? LYS Q 128 ? ASP Q 125 LYS Q 128 5 ? 4 HELX_P HELX_P101 101 ASN Q 152 ? THR Q 168 ? ASN Q 152 THR Q 168 1 ? 17 HELX_P HELX_P102 102 ASP Q 214 ? MET Q 221 ? ASP Q 214 MET Q 221 1 ? 8 HELX_P HELX_P103 103 LEU Q 248 ? GLY Q 274 ? LEU Q 248 GLY Q 274 1 ? 27 HELX_P HELX_P104 104 PRO R 66 ? SER R 70 ? PRO R 66 SER R 70 5 ? 5 HELX_P HELX_P105 105 SER R 97 ? VAL R 115 ? SER R 97 VAL R 115 1 ? 19 HELX_P HELX_P106 106 LEU R 116 ? PHE R 120 ? LEU R 116 PHE R 120 5 ? 5 HELX_P HELX_P107 107 GLY R 137 ? ALA R 153 ? GLY R 137 ALA R 153 1 ? 17 HELX_P HELX_P108 108 ASN R 178 ? GLY R 185 ? ASN R 178 GLY R 185 1 ? 8 HELX_P HELX_P109 109 THR R 210 ? LYS R 239 ? THR R 210 LYS R 239 1 ? 30 HELX_P HELX_P110 110 PRO S 12 ? GLU S 24 ? PRO S 12 GLU S 24 1 ? 13 HELX_P HELX_P111 111 GLU S 105 ? SER S 121 ? GLU S 105 SER S 121 1 ? 17 HELX_P HELX_P112 112 ASP S 125 ? LYS S 128 ? ASP S 125 LYS S 128 5 ? 4 HELX_P HELX_P113 113 ASN S 152 ? ASN S 167 ? ASN S 152 ASN S 167 1 ? 16 HELX_P HELX_P114 114 ASP S 214 ? MET S 221 ? ASP S 214 MET S 221 1 ? 8 HELX_P HELX_P115 115 LEU S 248 ? GLY S 274 ? LEU S 248 GLY S 274 1 ? 27 HELX_P HELX_P116 116 PRO T 66 ? SER T 70 ? PRO T 66 SER T 70 5 ? 5 HELX_P HELX_P117 117 SER T 97 ? VAL T 115 ? SER T 97 VAL T 115 1 ? 19 HELX_P HELX_P118 118 LEU T 116 ? PHE T 120 ? 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THR X 210 LYS X 239 1 ? 30 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale none ? 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GLU 3 R MET 4 R ? MET 4 R 1 -28.53 2 MET 1 T . ? MET 1 T ARG 2 T ? ARG 2 T 1 16.75 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 7 ? AB ? 5 ? AC ? 5 ? AD ? 2 ? AE ? 6 ? AF ? 8 ? CA ? 7 ? CB ? 5 ? CC ? 5 ? CD ? 2 ? CE ? 11 ? EA ? 7 ? EB ? 8 ? EC ? 2 ? ED ? 11 ? GA ? 7 ? GB ? 8 ? GC ? 2 ? GD ? 11 ? IA ? 7 ? IB ? 8 ? IC ? 2 ? ID ? 11 ? KA ? 7 ? KB ? 8 ? KC ? 2 ? KD ? 11 ? MA ? 7 ? MB ? 8 ? MC ? 2 ? MD ? 11 ? OA ? 7 ? OB ? 8 ? OC ? 2 ? OD ? 11 ? QA ? 7 ? QB ? 8 ? QC ? 2 ? QD ? 11 ? SA ? 7 ? SB ? 8 ? SC ? 2 ? SD ? 11 ? UA ? 7 ? UB ? 8 ? UC ? 2 ? UD ? 11 ? WA ? 7 ? WB ? 8 ? WC ? 2 ? WD ? 11 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? parallel AA 3 4 ? anti-parallel AA 4 5 ? anti-parallel AA 5 6 ? anti-parallel AA 6 7 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel AB 3 4 ? anti-parallel AB 4 5 ? parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AC 3 4 ? anti-parallel AC 4 5 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? anti-parallel AE 4 5 ? anti-parallel AE 5 6 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? anti-parallel AF 3 4 ? anti-parallel AF 4 5 ? anti-parallel AF 5 6 ? anti-parallel AF 6 7 ? anti-parallel AF 7 8 ? anti-parallel CA 1 2 ? anti-parallel CA 2 3 ? parallel CA 3 4 ? anti-parallel CA 4 5 ? anti-parallel CA 5 6 ? anti-parallel CA 6 7 ? anti-parallel CB 1 2 ? anti-parallel CB 2 3 ? anti-parallel CB 3 4 ? anti-parallel CB 4 5 ? parallel CC 1 2 ? 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anti-parallel GB 4 5 ? parallel GB 5 6 ? parallel GB 6 7 ? anti-parallel GB 7 8 ? anti-parallel GC 1 2 ? anti-parallel GD 1 2 ? anti-parallel GD 2 3 ? anti-parallel GD 3 4 ? anti-parallel GD 4 5 ? anti-parallel GD 5 6 ? anti-parallel GD 6 7 ? anti-parallel GD 8 9 ? anti-parallel GD 9 10 ? anti-parallel GD 10 11 ? anti-parallel IA 1 2 ? anti-parallel IA 2 3 ? parallel IA 3 4 ? anti-parallel IA 4 5 ? anti-parallel IA 5 6 ? anti-parallel IA 6 7 ? anti-parallel IB 1 2 ? anti-parallel IB 2 3 ? anti-parallel IB 3 4 ? anti-parallel IB 4 5 ? parallel IB 5 6 ? parallel IB 6 7 ? anti-parallel IB 7 8 ? anti-parallel IC 1 2 ? anti-parallel ID 1 2 ? anti-parallel ID 2 3 ? anti-parallel ID 3 4 ? anti-parallel ID 4 5 ? anti-parallel ID 5 6 ? anti-parallel ID 6 7 ? anti-parallel ID 8 9 ? anti-parallel ID 9 10 ? anti-parallel ID 10 11 ? anti-parallel KA 1 2 ? anti-parallel KA 2 3 ? parallel KA 3 4 ? anti-parallel KA 4 5 ? anti-parallel KA 5 6 ? anti-parallel KA 6 7 ? anti-parallel KB 1 2 ? anti-parallel KB 2 3 ? 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IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. ; # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 NH1 P ARG 99 ? ? O2A P ADP 404 ? ? 2.07 2 1 NH1 V ARG 99 ? ? O2A V ADP 404 ? ? 2.12 3 1 NH1 T ARG 99 ? ? O2A T ADP 404 ? ? 2.13 4 1 NH1 F ARG 99 ? ? O2A F ADP 404 ? ? 2.16 5 1 OG B SER 138 ? ? O2B B ADP 404 ? ? 2.18 6 1 NH1 L ARG 99 ? ? 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