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'Version format compliance' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 4 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' Other 6 5 'Structure model' 'Data collection' 7 5 'Structure model' 'Database references' 8 5 'Structure model' 'Derived calculations' 9 5 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' atom_sites 2 4 'Structure model' cell 3 4 'Structure model' struct_ref_seq_dif 4 5 'Structure model' chem_comp_atom 5 5 'Structure model' chem_comp_bond 6 5 'Structure model' database_2 7 5 'Structure model' em_3d_fitting_list 8 5 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model 9 5 'Structure model' pdbx_struct_oper_list # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 2 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 3 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' 4 4 'Structure model' '_cell.Z_PDB' 5 4 'Structure model' '_cell.angle_alpha' 6 4 'Structure model' '_cell.angle_beta' 7 4 'Structure model' '_cell.angle_gamma' 8 4 'Structure model' '_cell.length_a' 9 4 'Structure model' '_cell.length_b' 10 4 'Structure model' '_cell.length_c' 11 4 'Structure model' '_struct_ref_seq_dif.details' 12 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 13 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 14 5 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 15 5 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 16 5 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 17 5 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' 18 5 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.name' 19 5 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation' 20 5 'Structure 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_citation.page_last 1557 _citation.year 2005 _citation.journal_id_ASTM STRUE6 _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0969-2126 _citation.journal_id_CSD 2005 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 16216585 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.str.2005.07.012 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhang, X.' 1 ? primary 'Ji, Y.' 2 ? primary 'Zhang, L.' 3 ? primary 'Harrison, S.C.' 4 ? primary 'Marinescu, D.C.' 5 ? primary 'Nibert, M.L.' 6 ? primary 'Baker, T.S.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'major outer-capsid protein mu1' 76346.336 10 ? ? ? ? 2 polymer nat 'major capsid surface protein sigma-3' 41237.117 10 ? ? ? ? 3 polymer nat guanylyltransferase 144098.766 1 ? ? ? ? 4 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;MKRIPRKTKGKSSGKGNDSTERSDDGSSQLRDKQNNKAGPATTEPGTSNREQYRARPGIASVQRATESAELPMKNNDEGT PDKKGNTRGDLVNEHSEAKDEADEATQKQAKDTDKSKAQVTYSDTGINNANELSRSGNVDNEGGSNQKPMSTRIAEATSA IVSKHPARVGLPPTASSGHGYQCHVCSAVLFSPLDLDAHVASHGLHGNMTLTSSEIQRHITEFISSWQNHPIVQVSADVE NKKTAQLLHADTPRLVTWDAGLCTSFKIVPIVPAQVPQDVLAYTFFTSSYAIQSPFPEAAVSRIVVHTRWASNVDFDRDS SVIMAPPTENNIHLFKQLLNTETLSVRGANPLMFRANVLHMLLEFVLDNLYLNRHTGFSQDHTPFTEGANLRSLPGPDAE KWYSIMYPTRMGTPNVSKICNFVASCVRNRVGRFDRAQMMNGAMSEWVDVFETSDALTVSIRGRWMARLARMNINPTEIE WALTECAQGYVTVTSPYAPSVNRLMPYRISNAERQISQIIRIMNIGNNATVIQPVLQDISVLLQRISPLQIDPTIISNTM STVSESTTQTLSPASSILGKLRPSNSDFSSFRVALAGWLYNGVVTTVIDDSSYPKDGGSVTSLENLWDFFILALALPLTT DPCAPVKAFMTLANMMVGFETIPMDNQIYTQSRRASAFSTPHTWPRCFMNIQLISPIDAPILRQWAEIIHRYWPNPSQIR YGAPNVFGSANLFTPPEVLLLPIDHQPANVTTPTLDFTNELTNWRARVCELMKNLVDNQRYQPGWTQSLVSSMRGTLDKL KLIKSMTPMYLQQLAPVELAVIAPMLPFPPFQVPYVRLDRDRVPTMVGVTRQSRDTITQPALSLSTTNTTVGVPLALDAR AITVALLSGKYPPDLVTNVWYADAIYPMYADTEVFSNLQRDMITCEAVQTLVTLVAQISETQYPVDRYLDWIPSLRASAA 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5 UNP VSI2_REOVL P11314 5 ;MARAAFLFKTVGFGGLQNVPINDELSSHLLRAGNSPWQLTQFLDWISLGRGLATSALVPTAGSRYYQMSCLLSGTLQIPF RPNHRWGDIRFLRLVWSAPTLDGLVVAPPQVLAQPALQAQADRVYDCDDYPFLARDPRFKHRVYQQLSAVTLLNLTGFGP ISYVRVDEDMWSGDVNQLLMNYFGHTFAEIAYTLCQASANRPWEHDGTYARMTQIILSLFWLSYVGVIHQQNTYRTFYFQ CNRRGDAAEVWILSCSLNHSAQIRPGNRSLFVMPTSPDWNMDVNLILSSTLTGCLCSGSQLPLIDNNSVPAVSRNIHGWT GRAGNQLHGFQVRRMVTEFCDRLRRDGVMTQAQQNQIEALADQTQQFKRDKLEAWAREDDQYNQANPNSTMFRTKPFTNA QWGRGNTGATSAAIAALI ; 1 ? 6 UNP VL3_REOVL P17376 6 ;MSSMILTQFRPFIESISGITDQSNDVFEDAAKAFSMFTRSDVYKALDEIPFSDDAMLPIPPTIYTKPSHDSYYYIDALNR VRRKTYQGPDDVYVPNCSIVELLEPHETLTSYGRLSEAIENRAKDGDSQARIATTYGRIAESQARQIKAPLEKFVLALLV SEAGGSLYDPVLQKYDEIPDLSHNCPLWCFREICRHISGPLPDRAPYLYLSAGVFWLMSPRMTSAIPPLLSDLVNLAILQ QTAGLDPSLVKLGVQICLHAAASSSYAWFILKTKSIFPQNTLHSMYESLEGGYCPNLEWLEPRSDYKFMYMGVMPLSTKY ARSAPSNDKKARELGEKYGLSSVVSELRKRTKTYVKHDFASVRYIRDAMACTSGIFLVRTPTETVLQEYTQSPEIKVPIP QKDWTGPVGEIRILKDTTSSIARYLYRTWYLAAARMAAQPRTWDPLFQAIMRSQYVTARGGSGAALRESLYAINVSLPDF KGLPVKAATKIFQAAQLANLPFSHTSVAILADTSMGLRNQVQRRPRSIMPLNVPQQQVSAPHTLTADYINYHMNLSTTSG SAVIEKVIPLGVYASSPPNQSINIDISACDASITWDFFLSVIMAAIHEGVASGSIGKPFMGVPASIVNDESVVGVRAARP ISGMQNMIQHLSKLYKRGFSYRVNDSFSPGNDFTHMTTTFPSGSTATSTEHTANNSTMMETFLTVWGPEHTDDPDVLRLM KSLTIQRNYVCQGDDGLMIIDGNTAGKVNSETIQKMLELISKYGEEFGWKYDIAYDGTAEYLKLYFIFGCRIPNLSRHPI VGKERANSSAEEPWPAILDQIMGIFFNGVHDGLQWQRWIRYSWALCCAFSRQRTMIGESVGYLQYPMWSFVYWGLPLVKV FGSDPWIFSWYMPTGDLGMYSWISLIRPLMTRWMVANGYATDRCSPVFGNADYRRCFNEIKLYQGYYMAQLPRNPTKSGR AAPREVREQFTQALSDYLMQNPELKSRVLRGRSEWEKYGAGIIHNPPSLFDVPHKWYLGAQEAATATREELAEMDETLMR ARRHSYSSFSKLLEAYLLVKWRMCEAREPSVDLRLPLCAGIDPLNSDPFLKMVSVGPMLQSTRKYFAQTLFMAKTVSGLD VNAIDSALLRLRTLGADKKALTAQLLMVGLQESEADALAGKIMLQDVSTVQLARVVNLAVPDTWMSLDFDSMFKHHVKLL PKDGRHLNTDIPPRMGWLRAILRFLGAGMVMTATGVAVDIYLEDIHGGGRALGQRFMTWMRQEGRSA ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2CSE D 1 ? 365 ? P07939 1 ? 365 ? 1 365 2 1 2CSE E 1 ? 365 ? P07939 1 ? 365 ? 1 365 3 1 2CSE F 1 ? 365 ? P07939 1 ? 365 ? 1 365 4 1 2CSE G 1 ? 365 ? P07939 1 ? 365 ? 1 365 5 1 2CSE H 1 ? 365 ? P07939 1 ? 365 ? 1 365 6 1 2CSE I 1 ? 365 ? P07939 1 ? 365 ? 1 365 7 1 2CSE M 1 ? 365 ? P07939 1 ? 365 ? 1 365 8 1 2CSE N 1 ? 365 ? P07939 1 ? 365 ? 1 365 9 1 2CSE O 1 ? 365 ? P07939 1 ? 365 ? 1 365 10 1 2CSE S 1 ? 365 ? P07939 1 ? 365 ? 1 365 11 2 2CSE A 1 ? 708 ? P11077 1 ? 708 ? 1 708 12 2 2CSE B 1 ? 708 ? P11077 1 ? 708 ? 1 708 13 2 2CSE C 1 ? 708 ? P11077 1 ? 708 ? 1 708 14 2 2CSE J 1 ? 708 ? P11077 1 ? 708 ? 1 708 15 2 2CSE K 1 ? 708 ? P11077 1 ? 708 ? 1 708 16 2 2CSE L 1 ? 708 ? P11077 1 ? 708 ? 1 708 17 2 2CSE P 1 ? 708 ? P11077 1 ? 708 ? 1 708 18 2 2CSE Q 1 ? 708 ? P11077 1 ? 708 ? 1 708 19 2 2CSE R 1 ? 708 ? P11077 1 ? 708 ? 1 708 20 2 2CSE T 1 ? 708 ? P11077 1 ? 708 ? 1 708 21 3 2CSE U 1 ? 1289 ? P11079 1 ? 1289 ? 1 1289 22 4 2CSE V 1 ? 1275 ? Q9WAB2 1 ? 1275 ? 1 1275 23 4 2CSE W 1 ? 1275 ? Q9WAB2 1 ? 1275 ? 1 1275 24 5 2CSE X 1 ? 418 ? P11314 1 ? 418 ? 1 418 25 5 2CSE Y 1 ? 418 ? P11314 1 ? 418 ? 1 418 26 5 2CSE Z 1 ? 418 ? P11314 1 ? 418 ? 1 418 27 6 2CSE 1 1 ? 1267 ? P17376 1 ? 1267 ? 1 1267 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 2CSE CYS D 104 ? UNP P07939 ALA 104 conflict 104 1 1 2CSE ASN D 325 ? UNP P07939 ASP 325 conflict 325 2 2 2CSE CYS E 104 ? UNP P07939 ALA 104 conflict 104 3 2 2CSE ASN E 325 ? UNP P07939 ASP 325 conflict 325 4 3 2CSE CYS F 104 ? UNP P07939 ALA 104 conflict 104 5 3 2CSE ASN F 325 ? UNP P07939 ASP 325 conflict 325 6 4 2CSE CYS G 104 ? UNP P07939 ALA 104 conflict 104 7 4 2CSE ASN G 325 ? UNP P07939 ASP 325 conflict 325 8 5 2CSE CYS H 104 ? UNP P07939 ALA 104 conflict 104 9 5 2CSE ASN H 325 ? UNP P07939 ASP 325 conflict 325 10 6 2CSE CYS I 104 ? UNP P07939 ALA 104 conflict 104 11 6 2CSE ASN I 325 ? UNP P07939 ASP 325 conflict 325 12 7 2CSE CYS M 104 ? UNP P07939 ALA 104 conflict 104 13 7 2CSE ASN M 325 ? UNP P07939 ASP 325 conflict 325 14 8 2CSE CYS N 104 ? UNP P07939 ALA 104 conflict 104 15 8 2CSE ASN N 325 ? UNP P07939 ASP 325 conflict 325 16 9 2CSE CYS O 104 ? UNP P07939 ALA 104 conflict 104 17 9 2CSE ASN O 325 ? UNP P07939 ASP 325 conflict 325 18 10 2CSE CYS S 104 ? UNP P07939 ALA 104 conflict 104 19 10 2CSE ASN S 325 ? UNP P07939 ASP 325 conflict 325 20 11 2CSE LEU A 344 ? UNP P11077 PRO 344 conflict 344 21 11 2CSE PHE A 359 ? UNP P11077 LEU 359 conflict 359 22 12 2CSE LEU B 344 ? UNP P11077 PRO 344 conflict 344 23 12 2CSE PHE B 359 ? UNP P11077 LEU 359 conflict 359 24 13 2CSE LEU C 344 ? UNP P11077 PRO 344 conflict 344 25 13 2CSE PHE C 359 ? UNP P11077 LEU 359 conflict 359 26 14 2CSE LEU J 344 ? UNP P11077 PRO 344 conflict 344 27 14 2CSE PHE J 359 ? UNP P11077 LEU 359 conflict 359 28 15 2CSE LEU K 344 ? UNP P11077 PRO 344 conflict 344 29 15 2CSE PHE K 359 ? UNP P11077 LEU 359 conflict 359 30 16 2CSE LEU L 344 ? UNP P11077 PRO 344 conflict 344 31 16 2CSE PHE L 359 ? UNP P11077 LEU 359 conflict 359 32 17 2CSE LEU P 344 ? UNP P11077 PRO 344 conflict 344 33 17 2CSE PHE P 359 ? UNP P11077 LEU 359 conflict 359 34 18 2CSE LEU Q 344 ? UNP P11077 PRO 344 conflict 344 35 18 2CSE PHE Q 359 ? UNP P11077 LEU 359 conflict 359 36 19 2CSE LEU R 344 ? UNP P11077 PRO 344 conflict 344 37 19 2CSE PHE R 359 ? UNP P11077 LEU 359 conflict 359 38 20 2CSE LEU T 344 ? UNP P11077 PRO 344 conflict 344 39 20 2CSE PHE T 359 ? UNP P11077 LEU 359 conflict 359 40 21 2CSE GLY U 609 ? UNP P11079 PHE 609 conflict 609 41 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 1620-MERIC 1620 2 'icosahedral asymmetric unit' ? 27-meric 27 3 'icosahedral pentamer' ? 135-meric 135 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 162-meric 162 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? 27-meric 27 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 7 'point symmetry operation' ? 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