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9837729 10.1006/jmbi.1998.2208 1 ;Structure of Unliganded HIV-1 Reverse Transcriptase at 2.7 A Resolution: Implications of Conformational Changes for Polymerization and Inhibition Mechanisms ; Structure 4 853 ? 1996 STRUE6 UK 0969-2126 2005 ? ? ? 2 ;Crystallization of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase with and without Nucleic Acid Substrates, Inhibitors, and an Antibody Fab Fragment ; 'Methods Enzymol.' 262 171 ? 1995 MENZAU US 0076-6879 0878 ? ? ? 3 'Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Non-Nucleoside Inhibitor Alpha-Apa R 95845 at 2.8 A Resolution' Structure 3 365 ? 1995 STRUE6 UK 0969-2126 2005 ? ? ? 4 'Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors' Nat.Struct.Biol. 2 407 ? 1995 NSBIEW US 1072-8368 2024 ? ? ? 5 ;Crystal Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase Complexed with Double-Stranded DNA at 3.0 A Resolution Shows Bent DNA ; Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90 6320 ? 1993 PNASA6 US 0027-8424 0040 ? ? ? 6 'Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase/DNA Complex at 7 A Resolution Showing Active Site Locations' Nature 357 85 ? 1992 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ding, J.' 1 ? primary 'Das, K.' 2 ? primary 'Hsiou, Y.' 3 ? primary 'Sarafianos, S.G.' 4 ? primary 'Clark Jr., A.D.' 5 ? primary 'Jacobo-Molina, A.' 6 ? primary 'Tantillo, C.' 7 ? primary 'Hughes, S.H.' 8 ? primary 'Arnold, E.' 9 ? 1 'Hsiou, Y.' 10 ? 1 'Ding, J.' 11 ? 1 'Das, K.' 12 ? 1 'Clark Junior, A.D.' 13 ? 1 'Hughes, S.H.' 14 ? 1 'Arnold, E.' 15 ? 2 'Clark Junior, A.D.' 16 ? 2 'Jacobo-Molina, A.' 17 ? 2 'Clark, P.' 18 ? 2 'Hughes, S.H.' 19 ? 2 'Arnold, E.' 20 ? 3 'Ding, J.' 21 ? 3 'Das, K.' 22 ? 3 'Tantillo, C.' 23 ? 3 'Zhang, W.' 24 ? 3 'Clark Junior, A.D.' 25 ? 3 'Jessen, S.' 26 ? 3 'Lu, X.' 27 ? 3 'Hsiou, Y.' 28 ? 3 'Jacobo-Molina, A.' 29 ? 3 'Andries, K.' 30 ? 3 'Pauwels, R.' 31 ? 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'Escherichia coli' 562 Escherichia ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 5 1 sample ? ? 'house mouse' 'Mus musculus' 10090 Mus ? BALB-C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample ? ? 'house mouse' 'Mus musculus' 10090 Mus ? 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E DC 809 F DG 831 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? A DC 9 O2 ? ? ? 1_555 B DG 11 N2 ? ? E DC 809 F DG 831 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? A DG 10 N1 ? ? ? 1_555 B DC 10 N3 ? ? E DG 810 F DC 830 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? A DG 10 N2 ? ? ? 1_555 B DC 10 O2 ? ? E DG 810 F DC 830 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? A DG 10 O6 ? ? ? 1_555 B DC 10 N4 ? ? E DG 810 F DC 830 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? A DA 11 N1 ? ? ? 1_555 B DT 9 N3 ? ? E DA 811 F DT 829 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? A DA 11 N6 ? ? ? 1_555 B DT 9 O4 ? ? E DA 811 F DT 829 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? A DA 12 N1 ? ? ? 1_555 B DT 8 N3 ? ? E DA 812 F DT 828 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? A DA 12 N6 ? ? ? 1_555 B DT 8 O4 ? ? E DA 812 F DT 828 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? A DC 13 N3 ? ? ? 1_555 B DG 7 N1 ? ? E DC 813 F DG 827 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? A DC 13 N4 ? ? ? 1_555 B DG 7 O6 ? ? E DC 813 F DG 827 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? A DC 13 O2 ? ? ? 1_555 B DG 7 N2 ? ? E DC 813 F DG 827 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? A DA 14 N1 ? ? ? 1_555 B DT 6 N3 ? ? E DA 814 F DT 826 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? A DA 14 N6 ? ? ? 1_555 B DT 6 O4 ? ? E DA 814 F DT 826 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? A DG 15 N1 ? ? ? 1_555 B DC 5 N3 ? ? E DG 815 F DC 825 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? A DG 15 N2 ? ? ? 1_555 B DC 5 O2 ? ? E DG 815 F DC 825 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? A DG 15 O6 ? ? ? 1_555 B DC 5 N4 ? ? E DG 815 F DC 825 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? A DG 16 N1 ? ? ? 1_555 B DC 4 N3 ? ? E DG 816 F DC 824 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? A DG 16 N2 ? ? ? 1_555 B DC 4 O2 ? ? E DG 816 F DC 824 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? A DG 16 O6 ? ? ? 1_555 B DC 4 N4 ? ? E DG 816 F DC 824 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? A DG 17 N1 ? ? ? 1_555 B DC 3 N3 ? ? E DG 817 F DC 823 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? A DG 17 N2 ? ? ? 1_555 B DC 3 O2 ? ? E DG 817 F DC 823 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? A DG 17 O6 ? ? ? 1_555 B DC 3 N4 ? ? E DG 817 F DC 823 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? A DA 18 N1 ? ? ? 1_555 B DT 2 N3 ? ? E DA 818 F DT 822 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? A DA 18 N6 ? ? ? 1_555 B DT 2 O4 ? ? E DA 818 F DT 822 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? A DC 19 N3 ? ? ? 1_555 B DG 1 N1 ? ? E DC 819 F DG 821 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? A DC 19 N4 ? ? ? 1_555 B DG 1 O6 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? hydrog ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 140 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id E _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 140 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id C _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 141 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 E _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 141 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 C _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -0.86 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 3 ? B ? 2 ? C ? 3 ? D ? 2 ? E ? 5 ? F ? 3 ? 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ALA D 109 HIS D 112 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 O SER C 48 ? 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LYS LYS D . n F 6 219 LYS 219 219 219 LYS LYS D . n F 6 220 ILE 220 220 220 ILE ILE D . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 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_pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Version format compliance' 3 4 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' database_2 2 4 'Structure model' struct_ref_seq_dif # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 2 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 3 4 'Structure model' '_struct_ref_seq_dif.details' # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal DENZO 'data reduction' . ? 1 X-PLOR refinement 3.1 ? 2 # _pdbx_entry_details.entry_id 2HMI _pdbx_entry_details.compound_details ;HIV-1 RT IS COMPOSED OF TWO SUBUNITS OF 66 KDA AND 51 KDA, DESIGNATED AS P66 (CHAIN A) AND P51 (CHAIN B), RESPECTIVELY. IN THIS STRUCTURE, 558 AMINO ACID RESIDUES WERE TRACED FOR THE P66 SUBUNIT AND 430 AMINO ACID RESIDUES WERE LOCATED IN THE P51 SUBUNIT. THE POLYMERASE DOMAINS OF BOTH P66 AND P51 ARE COMPRISED OF FOUR SUBDOMAINS, NAMED FINGERS, PALM, THUMB, AND CONNECTION. THE BOUNDARIES OF INDIVIDUAL SUBDOMAINS ARE AS FOLLOWING: FINGERS: 1 - 84 AND 120 - 150 PALM: 85 - 119 AND 151 - 243 THUMB: 244 - 322 CONNECTION: 323 - 437 IN P66 AND 327 - 430 IN P51. ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;THE BOUND DOUBLE-STRANDED DNA IS A 19-MER/18-MER TEMPLATE- PRIMER. BOTH THE TEMPLATE STRAND AND THE PRIMER STRAND ARE NUMBERED IN THE 5'-3' DIRECTION. THE FIRST NUCLEOTIDE AT THE 5'-TERMINUS OF THE TEMPLATE STRAND (ADE) FORMS A ONE-BASE OVERHANG. THE DNA OLIGOMERS WERE NOT PHOSPHORYLATED AT THE 5'-TERMINUS, SO E801 AND F821 DO NOT HAVE PHOSPHORUS ATOM POSITIONS. THE FOLLOWING REGIONS ARE HIGHLY DISORDERED WITH VERY POOR ELECTRON DENSITY; THE BACKBONE TRACE IN THESE REGIONS IS TENTATIVE. P66: 64-74, 136-138, 242-253, 286-293, AND 554-558. P51: 242-252. ; _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _pdbx_validate_rmsd_angle.id 1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 N _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 B _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 PRO _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 243 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 CA _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 B _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 PRO _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 243 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 CB _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 B _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 PRO _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 243 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value 110.56 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value 103.30 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation 7.26 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation 1.20 _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 PRO A 14 ? ? -52.96 94.90 2 1 GLU A 44 ? ? -74.12 -70.19 3 1 GLU A 53 ? ? -141.73 -14.76 4 1 ILE A 63 ? ? -176.58 77.67 5 1 LYS A 64 ? ? -79.71 44.94 6 1 LYS A 73 ? ? -166.54 50.94 7 1 ASP A 76 ? ? -100.61 74.62 8 1 PHE A 77 ? ? -61.50 14.74 9 1 LYS A 82 ? ? -61.68 5.44 10 1 ARG A 83 ? ? -132.05 -34.90 11 1 GLN A 85 ? ? -40.70 168.63 12 1 PHE A 87 ? ? -128.90 -153.71 13 1 GLU A 89 ? ? -39.78 -17.00 14 1 ASP A 121 ? ? -45.80 107.90 15 1 LYS A 126 ? ? -48.07 -18.47 16 1 ALA A 129 ? ? -28.80 136.30 17 1 PRO A 133 ? ? -37.56 144.70 18 1 ASN A 136 ? ? -27.73 -28.32 19 1 VAL A 148 ? ? -118.53 -167.35 20 1 PRO A 157 ? ? -39.47 -74.70 21 1 ASN A 175 ? ? -164.73 72.21 22 1 MET A 184 ? ? 54.27 -106.86 23 1 SER A 191 ? ? -175.06 133.55 24 1 ASP A 192 ? ? -69.45 79.97 25 1 ILE A 195 ? ? -38.24 -38.74 26 1 THR A 215 ? ? -59.51 -167.70 27 1 THR A 216 ? ? -160.07 70.25 28 1 PRO A 217 ? ? -41.96 152.95 29 1 ASP A 218 ? ? -68.94 1.16 30 1 LYS A 223 ? ? -48.39 109.07 31 1 ASP A 237 ? ? -159.80 6.05 32 1 VAL A 241 ? 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? -43.77 152.11 64 1 LYS B 20 ? ? -152.04 43.90 65 1 LEU B 34 ? ? -49.32 -16.97 66 1 VAL B 35 ? ? -88.91 -74.03 67 1 ASN B 57 ? ? -172.45 144.89 68 1 THR B 69 ? ? -62.76 -96.97 69 1 LYS B 70 ? ? -170.18 -166.73 70 1 ASP B 76 ? ? -57.54 102.85 71 1 GLU B 79 ? ? -61.50 -70.42 72 1 LEU B 80 ? ? -39.04 -36.53 73 1 GLN B 85 ? ? -56.32 174.78 74 1 ASN B 136 ? ? 54.55 7.48 75 1 PRO B 140 ? ? -75.66 -157.58 76 1 LYS B 154 ? ? -34.38 -36.93 77 1 GLN B 161 ? ? -28.05 -67.20 78 1 ASN B 175 ? ? -119.50 76.82 79 1 MET B 184 ? ? 52.85 -93.70 80 1 LEU B 214 ? ? 25.48 46.20 81 1 GLU B 224 ? ? -99.08 -81.84 82 1 PRO B 225 ? ? -11.39 -107.08 83 1 PHE B 227 ? ? -58.05 71.12 84 1 THR B 240 ? ? -34.92 102.21 85 1 PRO B 243 ? ? 174.06 41.85 86 1 LYS B 249 ? ? -172.25 -170.06 87 1 ASP B 250 ? ? -109.89 -95.42 88 1 LYS B 263 ? ? -54.89 -73.89 89 1 LEU B 283 ? ? -119.20 76.18 90 1 THR B 286 ? ? -70.93 48.06 91 1 THR B 290 ? ? -84.76 -101.13 92 1 GLU B 291 ? ? -38.59 -33.17 93 1 PRO B 294 ? ? -67.17 67.31 94 1 LEU B 310 ? 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