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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2VAK _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.2 _exptl_crystal.density_percent_sol 62 _exptl_crystal.description 'PDB ENTRY 1EJ6 CHAIN D WAS MODIFIED BY CHAINSAW BEFORE MOLECULAR REPLACEMENT' _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 278 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;100 MM SODIUM CITRATE, SODIUM PHOSPHATE OR MES NAOH BUFFER PH 5.5 TO 6.5, 0.1 TO 0.6 M AMMONIUM SULPHATE 10 MM TRIS HCL, 1 MM EDTA SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 278 K ; # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment ? # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type MARRESEARCH _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2004-09-27 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.954 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE ID23-1' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ID23-1 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.954 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 2VAK _reflns.observed_criterion_sigma_I . _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 30.00 _reflns.d_resolution_high 2.34 _reflns.number_obs 282973 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 94.3 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.11 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 7.70 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 42.65 _reflns.pdbx_redundancy 2.0 _reflns.pdbx_CC_half ? _reflns.pdbx_Rpim_I_all ? _reflns.pdbx_Rrim_I_all ? # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 2.34 _reflns_shell.d_res_low 2.47 _reflns_shell.percent_possible_all 74.8 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.30 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.20 _reflns_shell.pdbx_redundancy 1.9 _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_CC_half ? _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all ? _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all ? # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 2VAK _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 281587 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 29.85 _refine.ls_d_res_high 2.34 _refine.ls_percent_reflns_obs 94.4 _refine.ls_R_factor_obs 0.211 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.210 _refine.ls_R_factor_R_free 0.271 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 0.500 _refine.ls_number_reflns_R_free 1385 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.944 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.898 _refine.B_iso_mean 37.20 _refine.aniso_B[1][1] 1.23000 _refine.aniso_B[2][2] -0.60000 _refine.aniso_B[3][3] -1.39000 _refine.aniso_B[1][2] -1.61000 _refine.aniso_B[1][3] -0.77000 _refine.aniso_B[2][3] 0.77000 _refine.solvent_model_details MASK _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.20 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 0.80 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.80 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS REFLECTIONS FOR CALCULATION OF RFREE WERE SELECTED IN THIN SHELLS BASED ON A PREVIOUS 2.5 A DATASET AND THEN EXTENDED TO THE NEW 2.34 ANGSTROM DATASET RANDOMLY ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 1EJ6' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R 0.299 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 0.248 _refine.overall_SU_ML 0.189 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 7.919 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 38161 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 60 _refine_hist.number_atoms_solvent 3003 _refine_hist.number_atoms_total 41224 _refine_hist.d_res_high 2.34 _refine_hist.d_res_low 29.85 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.014 0.022 ? 39213 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d ? ? ? ? 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HIS D 276 ALA D 282 DC 3 VAL D 332 ? LEU D 335 ? VAL D 335 LEU D 338 DD 1 ASN D 237 ? THR D 238 ? ASN D 240 THR D 241 DD 2 ASN D 265 ? ARG D 266 ? ASN D 268 ARG D 269 DE 1 PHE D 242 ? SER D 245 ? PHE D 245 SER D 248 DE 2 THR D 257 ? TYR D 260 ? THR D 260 TYR D 263 DF 1 PHE D 309 ? ALA D 310 ? PHE D 312 ALA D 313 DF 2 SER D 325 ? MET D 326 ? SER D 328 MET D 329 EA 1 ASP E 14 ? PHE E 16 ? ASP E 17 PHE E 19 EA 2 TRP E 129 ? ASP E 131 ? TRP E 132 ASP E 134 EB 1 LEU E 100 ? TRP E 102 ? LEU E 103 TRP E 105 EB 2 LEU E 110 ? ALA E 112 ? LEU E 113 ALA E 115 EC 1 VAL E 166 ? THR E 171 ? VAL E 169 THR E 174 EC 2 HIS E 273 ? ALA E 279 ? HIS E 276 ALA E 282 EC 3 VAL E 332 ? LEU E 335 ? VAL E 335 LEU E 338 ED 1 ASN E 237 ? THR E 238 ? ASN E 240 THR E 241 ED 2 ASN E 265 ? ARG E 266 ? ASN E 268 ARG E 269 EE 1 PHE E 242 ? SER E 245 ? PHE E 245 SER E 248 EE 2 THR E 257 ? TYR E 260 ? THR E 260 TYR E 263 EF 1 PHE E 309 ? ALA E 310 ? PHE E 312 ALA E 313 EF 2 SER E 325 ? MET E 326 ? 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