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WWPDB D_1290035612 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2008-06-10 2 'Structure model' 1 1 2011-05-08 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2024-05-08 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Version format compliance' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 4 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Derived calculations' 6 4 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' chem_comp_atom 2 4 'Structure model' chem_comp_bond 3 4 'Structure model' database_2 4 4 'Structure model' pdbx_database_status 5 4 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 6 4 'Structure model' struct_conn # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 2 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 3 4 'Structure model' '_pdbx_database_status.status_code_sf' 4 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id' 5 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id' 6 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id' 7 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id' 8 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id' 9 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id' 10 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id' 11 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id' 12 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id' 13 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id' 14 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id' 15 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id' 16 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id' 17 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id' 18 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id' 19 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.value' 20 4 'Structure 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_pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf REL _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type _pdbx_database_related.details PDB 2VPW unspecified 'POLYSULFIDE REDUCTASE WITH BOUND MENAQUINONE' PDB 2VPX unspecified 'POLYSULFIDE REDUCTASE WITH BOUND QUINONE (UQ1)' PDB 2VPZ unspecified 'POLYSULFIDE REDUCTASE NATIVE STRUCTURE' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Jormakka, M.' 1 'Yokoyama, K.' 2 'Yano, T.' 3 'Tamakoshi, M.' 4 'Akimoto, S.' 5 'Shimamura, T.' 6 'Curmi, P.' 7 'Iwata, S.' 8 # _citation.id primary _citation.title 'Molecular Mechanism of Energy Conservation in Polysulfide Respiration.' _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Mol.Biol. _citation.journal_volume 15 _citation.page_first 730 _citation.page_last ? _citation.year 2008 _citation.journal_id_ASTM ? _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 1545-9993 _citation.journal_id_CSD ? _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 18536726 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/NSMB.1434 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Jormakka, M.' 1 ? primary 'Yokoyama, K.' 2 ? primary 'Yano, T.' 3 ? primary 'Tamakoshi, M.' 4 ? primary 'Akimoto, S.' 5 ? primary 'Shimamura, T.' 6 ? primary 'Curmi, P.' 7 ? primary 'Iwata, S.' 8 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'THIOSULFATE REDUCTASE' 86737.555 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'NRFC PROTEIN' 21405.893 2 ? ? ? ? 3 polymer nat 'HYPOTHETICAL MEMBRANE SPANNING PROTEIN' 27623.748 2 ? ? ? ? 4 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ILE n 1 196 ASP n 1 197 TRP n 1 198 GLU n 1 199 ASN n 1 200 ALA n 1 201 ARG n 1 202 TYR n 1 203 ILE n 1 204 VAL n 1 205 LEU n 1 206 ILE n 1 207 GLY n 1 208 HIS n 1 209 HIS n 1 210 ILE n 1 211 GLY n 1 212 GLU n 1 213 ASP n 1 214 THR n 1 215 HIS n 1 216 ASN n 1 217 THR n 1 218 GLN n 1 219 LEU n 1 220 GLN n 1 221 ASP n 1 222 PHE n 1 223 ALA n 1 224 LEU n 1 225 ALA n 1 226 LEU n 1 227 LYS n 1 228 ASN n 1 229 GLY n 1 230 ALA n 1 231 LYS n 1 232 VAL n 1 233 VAL n 1 234 VAL n 1 235 VAL n 1 236 ASP n 1 237 PRO n 1 238 ARG n 1 239 PHE n 1 240 SER n 1 241 THR n 1 242 ALA n 1 243 ALA n 1 244 ALA n 1 245 LYS n 1 246 ALA n 1 247 HIS n 1 248 ARG n 1 249 TRP n 1 250 LEU n 1 251 PRO n 1 252 ILE n 1 253 LYS n 1 254 PRO n 1 255 GLY n 1 256 THR n 1 257 ASP n 1 258 THR n 1 259 ALA n 1 260 LEU n 1 261 LEU n 1 262 LEU n 1 263 ALA n 1 264 TRP n 1 265 ILE n 1 266 HIS n 1 267 VAL n 1 268 LEU n 1 269 ILE n 1 270 TYR n 1 271 GLU n 1 272 ASP n 1 273 LEU n 1 274 TYR n 1 275 ASP n 1 276 LYS n 1 277 GLU n 1 278 TYR 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F SF4 1194 ? 1_555 104.5 ? 269 S2 ? T SF4 . ? F SF4 1194 ? 1_555 FE3 ? T SF4 . ? F SF4 1194 ? 1_555 S4 ? T SF4 . ? F SF4 1194 ? 1_555 105.4 ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id LYS _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 323 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id A _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id LYS _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 323 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id A _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 324 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 324 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1.39 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 3 ? AB ? 2 ? AC ? 5 ? 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VAL E 62 GLY E 67 EB 1 TYR D 112 ? VAL D 114 ? TYR E 112 VAL E 114 EB 2 LEU D 99 ? ARG D 101 ? LEU E 99 ARG E 101 EB 3 VAL D 478 ? LEU D 480 ? VAL E 478 LEU E 480 EB 4 TYR D 462 ? ILE D 465 ? TYR E 462 ILE E 465 EB 5 LEU D 435 ? TYR D 438 ? LEU E 435 TYR E 438 EB 6 ALA D 141 ? GLY D 144 ? ALA E 141 GLY E 144 EB 7 ALA D 165 ? ALA D 166 ? ALA E 165 ALA E 166 EC 1 ARG D 248 ? LEU D 250 ? ARG E 248 LEU E 250 EC 2 LYS D 231 ? VAL D 235 ? LYS E 231 VAL E 235 EC 3 TYR D 202 ? ILE D 206 ? TYR E 202 ILE E 206 EC 4 ALA D 326 ? VAL D 327 ? ALA E 326 VAL E 327 ED 1 THR D 283 ? VAL D 284 ? THR E 283 VAL E 284 ED 2 GLY D 588 ? LYS D 589 ? GLY E 588 LYS E 589 EE 1 ASP D 490 ? VAL D 495 ? ASP E 490 VAL E 495 EE 2 PHE D 501 ? ARG D 505 ? PHE E 501 ARG E 505 EE 3 LEU D 564 ? VAL D 565 ? LEU E 564 VAL E 565 EF 1 TYR D 619 ? ARG D 620 ? TYR E 619 ARG E 620 EF 2 PHE D 738 ? ALA D 744 ? PHE E 738 ALA E 744 EF 3 TYR D 666 ? ASN D 671 ? TYR E 666 ASN E 671 EF 4 LYS D 676 ? LYS D 683 ? 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N GLN A 42 O ILE A 53 ? O ILE A 53 AA 2 3 O HIS A 56 ? O HIS A 56 N TYR A 63 ? N TYR A 63 AB 1 2 N ILE A 100 ? N ILE A 100 O ARG A 113 ? O ARG A 113 AC 1 2 N ALA A 166 ? N ALA A 166 O PHE A 142 ? O PHE A 142 AC 2 3 N PHE A 143 ? N PHE A 143 O PHE A 436 ? O PHE A 436 AC 3 4 N ALA A 437 ? N ALA A 437 O VAL A 463 ? O VAL A 463 AC 4 5 N ASP A 466 ? N ASP A 466 O LEU A 480 ? O LEU A 480 AD 1 2 N LEU A 250 ? N LEU A 250 O VAL A 234 ? O VAL A 234 AD 2 3 N VAL A 233 ? N VAL A 233 O ILE A 203 ? O ILE A 203 AD 3 4 N VAL A 204 ? N VAL A 204 O VAL A 327 ? O VAL A 327 AE 1 2 N VAL A 284 ? N VAL A 284 O GLY A 588 ? O GLY A 588 AF 1 2 N VAL A 495 ? N VAL A 495 O PHE A 501 ? O PHE A 501 AF 2 3 N ILE A 502 ? N ILE A 502 O LEU A 564 ? O LEU A 564 AG 1 2 N TYR A 619 ? N TYR A 619 O VAL A 739 ? O VAL A 739 AG 2 3 N ALA A 744 ? N ALA A 744 O TYR A 666 ? O TYR A 666 AG 3 4 N LEU A 669 ? N LEU A 669 O GLU A 677 ? O GLU A 677 AG 4 5 N LYS A 683 ? N LYS A 683 O VAL A 649 ? O VAL A 649 AG 5 6 N TRP A 650 ? 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_pdbx_validate_peptide_omega.omega 87.77 # _pdbx_validate_main_chain_plane.id 1 _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_comp_id LYS _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_asym_id E _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_seq_id 323 _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_ins_code ? _pdbx_validate_main_chain_plane.label_alt_id ? _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle 42.06 # _pdbx_database_remark.id 700 _pdbx_database_remark.text ; SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. ; # loop_ _pdbx_distant_solvent_atoms.id _pdbx_distant_solvent_atoms.PDB_model_num _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_atom_id _pdbx_distant_solvent_atoms.label_alt_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_comp_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id _pdbx_distant_solvent_atoms.PDB_ins_code _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance 1 1 O ? 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D GLY 15 49 1 Y 1 E ALA 16 ? D ALA 16 50 1 Y 1 E MET 17 ? D MET 17 51 1 Y 1 E ALA 18 ? D ALA 18 52 1 Y 1 E LEU 19 ? D LEU 19 53 1 Y 1 E ARG 20 ? D ARG 20 54 1 Y 1 E GLY 21 ? D GLY 21 55 1 Y 1 E SER 22 ? D SER 22 56 1 Y 1 E GLY 23 ? D GLY 23 57 1 Y 1 E PRO 24 ? D PRO 24 58 1 Y 1 E ALA 25 ? D ALA 25 59 1 Y 1 E LYS 26 ? D LYS 26 60 1 Y 1 E ALA 27 ? D ALA 27 61 1 Y 1 E LEU 28 ? D LEU 28 62 1 Y 1 E LYS 29 ? D LYS 29 63 1 Y 1 E MET 765 ? D MET 765 64 1 Y 1 F GLY 195 ? E GLY 195 65 1 Y 1 G MET 0 ? F MET 1 66 1 Y 1 G LEU 252 ? F LEU 253 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal ALA N N N N 1 ALA CA C N S 2 ALA C C N N 3 ALA O O N N 4 ALA CB C N N 5 ALA OXT O N N 6 ALA H H N N 7 ALA H2 H N N 8 ALA HA H N N 9 ALA HB1 H N N 10 ALA HB2 H N N 11 ALA HB3 H N N 12 ALA HXT H N N 13 ARG N N N N 14 ARG CA C N S 15 ARG C C N N 16 ARG O O N N 17 ARG CB C N N 18 ARG CG C N N 19 ARG CD C N N 20 ARG NE N N N 21 ARG CZ C N N 22 ARG NH1 N N N 23 ARG NH2 N N N 24 ARG OXT O N N 25 ARG H H N N 26 ARG H2 H N N 27 ARG HA H N N 28 ARG HB2 H N N 29 ARG HB3 H N N 30 ARG HG2 H N N 31 ARG HG3 H N N 32 ARG HD2 H N N 33 ARG HD3 H N N 34 ARG HE H N N 35 ARG HH11 H N N 36 ARG HH12 H N N 37 ARG HH21 H N N 38 ARG HH22 H N N 39 ARG HXT H N N 40 ASN N N N N 41 ASN CA C N S 42 ASN C C N N 43 ASN O O N N 44 ASN CB C N N 45 ASN CG C N N 46 ASN OD1 O N N 47 ASN ND2 N N N 48 ASN OXT O N N 49 ASN H H N N 50 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