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COLI WITHATPENIN A5 INHIBITOR CO-CRYSTALLIZED AT THE UBIQUINONEBINDING SITE' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 2WDV _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2009-03-26 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Ruprecht, J.' 1 'Yankovskaya, V.' 2 'Maklashina, E.' 3 'Iwata, S.' 4 'Cecchini, G.' 5 # _citation.id primary _citation.title 'Structure of Escherichia Coli Succinate:Quinone Oxidoreductase with an Occupied and Empty Quinone- Binding Site.' _citation.journal_abbrev J.Biol.Chem. _citation.journal_volume 284 _citation.page_first 29836 _citation.page_last ? _citation.year 2009 _citation.journal_id_ASTM JBCHA3 _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0021-9258 _citation.journal_id_CSD 0071 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 19710024 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1074/JBC.M109.010058 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Ruprecht, J.' 1 primary 'Yankovskaya, V.' 2 primary 'Maklashina, E.' 3 primary 'Iwata, S.' 4 primary 'Cecchini, G.' 5 # _cell.entry_id 2WDV _cell.length_a 120.340 _cell.length_b 184.847 _cell.length_c 204.720 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2WDV _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'SUCCINATE DEHYDROGENASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT' 64502.766 3 '1.3.5.1, 1.3.99.1' ? ? 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;MVSNASALGRNGVHDFILVRATAIVLTLYIIYMVGFFATSGELTYEVWIGFFASAFTKVFTLLALFSILIHAWIGMWQVL TDYVKPLALRLMLQLVIVVALVVYVIYGFVVVWGV ; D,H,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 LYS n 1 3 LEU n 1 4 PRO n 1 5 VAL n 1 6 ARG n 1 7 GLU n 1 8 PHE n 1 9 ASP n 1 10 ALA n 1 11 VAL n 1 12 VAL n 1 13 ILE n 1 14 GLY n 1 15 ALA n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 ALA n 1 19 GLY n 1 20 MET n 1 21 ARG n 1 22 ALA n 1 23 ALA n 1 24 LEU n 1 25 GLN n 1 26 ILE n 1 27 SER n 1 28 GLN n 1 29 SER n 1 30 GLY n 1 31 GLN n 1 32 THR n 1 33 CYS n 1 34 ALA n 1 35 LEU n 1 36 LEU n 1 37 SER n 1 38 LYS n 1 39 VAL n 1 40 PHE n 1 41 PRO n 1 42 THR n 1 43 ARG n 1 44 SER n 1 45 HIS n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 SER n 1 49 ALA n 1 50 GLN n 1 51 GLY n 1 52 GLY n 1 53 ILE n 1 54 THR n 1 55 VAL n 1 56 ALA n 1 57 LEU n 1 58 GLY n 1 59 ASN n 1 60 THR n 1 61 HIS n 1 62 GLU n 1 63 ASP n 1 64 ASN n 1 65 TRP n 1 66 GLU n 1 67 TRP n 1 68 HIS n 1 69 MET n 1 70 TYR n 1 71 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'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEME 'C34 H32 Fe N4 O4' 616.487 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NA non-polymer . 'SODIUM ION' ? 'Na 1' 22.990 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 TEO non-polymer . 'MALATE LIKE INTERMEDIATE' ? 'C4 H4 O5 -2' 132.072 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2WDV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.16 _exptl_crystal.density_percent_sol 61.1 _exptl_crystal.description NONE # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 8.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '0.1M TRIS PH 8.5, 0.1M MGSO4, 10% PEG4000' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2008-02-17 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9762 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE ID23-1' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ID23-1 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.9762 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 2WDV _reflns.observed_criterion_sigma_I 6.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 52.85 _reflns.d_resolution_high 3.20 _reflns.number_obs 76081 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 99.8 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.15 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 8.70 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 3.6 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 3.20 _reflns_shell.d_res_low 3.37 _reflns_shell.percent_possible_all 100.0 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.70 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.20 _reflns_shell.pdbx_redundancy 3.7 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 2WDV _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag 'LIKELY RESIDUAL' _refine.ls_number_reflns_obs 71862 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 51.85 _refine.ls_d_res_high 3.20 _refine.ls_percent_reflns_obs 99.7 _refine.ls_R_factor_obs 0.206 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.205 _refine.ls_R_factor_R_free 0.233 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.100 _refine.ls_number_reflns_R_free 3844 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.912 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.884 _refine.B_iso_mean 54.96 _refine.aniso_B[1][1] -4.71000 _refine.aniso_B[2][2] 1.74000 _refine.aniso_B[3][3] 2.97000 _refine.aniso_B[1][2] 0.00000 _refine.aniso_B[1][3] 0.00000 _refine.aniso_B[2][3] 0.00000 _refine.solvent_model_details 'BABINET MODEL WITH MASK' _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.20 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 0.80 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.80 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DENSITY FOR THE N-TERMINUS OF SDH C (RESIDUES 1-7 OF CHAINS C, G, K) AND THE N-TERMINUS OF SDHD (RESIDUES 1-10 OF CHAINS D, H AND L) WAS WEAK AND THESE REGIONS ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL. THE SIDE CHAIN OF SDHD TRP113 IS TRUNCATED AT THE CBETA ATOM SINCE DENSITY FOR THE SIDE CHAIN WAS POOR. ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct OTHER _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details 'SELECTED TO BE IDENTICAL TO 2WDQ' _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 0.447 _refine.overall_SU_ML 0.334 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 40.751 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 24480 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 375 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 24855 _refine_hist.d_res_high 3.20 _refine_hist.d_res_low 51.85 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.011 0.022 ? 25458 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d ? ? ? ? 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? ? 1 D 836 0.03 0.05 'tight positional' 4 10 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 H 836 0.03 0.05 'tight positional' 4 11 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 L 836 0.03 0.05 'tight positional' 4 12 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 A 4522 0.07 0.50 'tight thermal' 1 13 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 E 4522 0.05 0.50 'tight thermal' 1 14 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 I 4522 0.06 0.50 'tight thermal' 1 15 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 B 1869 0.08 0.50 'tight thermal' 2 16 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 F 1869 0.06 0.50 'tight thermal' 2 17 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 J 1869 0.08 0.50 'tight thermal' 2 18 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 C 933 0.05 0.50 'tight thermal' 3 19 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 G 933 0.04 0.50 'tight thermal' 3 20 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 K 933 0.04 0.50 'tight thermal' 3 21 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 D 836 0.04 0.50 'tight thermal' 4 22 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 H 836 0.04 0.50 'tight thermal' 4 23 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 L 836 0.04 0.50 'tight thermal' 4 24 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.20 _refine_ls_shell.d_res_low 3.28 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 5146 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.3200 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 99.02 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.3260 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 302 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? 0.947000 0.280000 0.158000 0.275000 -0.453000 -0.848000 -0.166000 0.847000 -0.506000 18.60481 -98.21925 -30.48576 2 given ? 0.947000 0.283000 -0.154000 0.275000 -0.460000 0.844000 0.168000 -0.842000 -0.513000 4.62437 -24.23799 -102.70898 3 given ? 0.949000 0.277000 0.151000 0.268000 -0.455000 -0.849000 -0.166000 0.847000 -0.506000 18.35585 -98.17055 -30.53743 4 given ? 0.945000 0.280000 -0.167000 0.285000 -0.461000 0.840000 0.158000 -0.842000 -0.516000 4.30147 -24.56494 -102.51515 5 given ? 0.948000 0.282000 0.151000 0.268000 -0.446000 -0.854000 -0.173000 0.849000 -0.499000 18.53692 -98.29104 -29.98937 6 given ? 0.943000 0.282000 -0.180000 0.296000 -0.455000 0.840000 0.155000 -0.845000 -0.512000 4.08289 -24.80969 -102.36908 7 given ? 0.947000 0.285000 0.150000 0.269000 -0.447000 -0.853000 -0.176000 0.848000 -0.500000 18.58489 -98.35662 -29.94057 8 given ? 0.945000 0.277000 -0.176000 0.289000 -0.449000 0.846000 0.155000 -0.850000 -0.504000 4.00906 -24.09944 -102.11641 # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 E 1 3 I 1 1 B 2 2 F 2 3 J 2 1 C 3 2 G 3 3 K 3 1 D 4 2 H 4 3 L 4 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 A 1 A 588 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? 2 E 1 E 588 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? 3 I 1 I 588 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? 1 B 1 B 238 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 2 F 1 F 238 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 3 J 1 J 238 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 1 C 8 C 128 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 2 G 8 G 128 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 3 K 8 K 128 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 1 D 11 D 115 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? 2 H 11 H 115 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? 3 L 11 L 115 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? # _struct.entry_id 2WDV _struct.title 'E. coli succinate:quinone oxidoreductase (SQR) with an empty quinone- binding pocket' _struct.pdbx_descriptor ;SUCCINATE DEHYDROGENASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT (E.C.1.3.5.1, 1.3.99.1), SUCCINATE DEHYDROGENASE IRON-SULFUR SUBUNIT (E.C.1.3.5.1, 1.3.99.1), SUCCINATE DEHYDROGENASE CYTOCHROME B556 SUBUNIT (E.C.1.3.5.1), SUCCINATE DEHYDROGENASE HYDROPHOBIC MEMBRANE ANCHOR PROTEIN (E.C.1.3.5.1) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2WDV _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE _struct_keywords.text ;SUCCINATE DEHYDROGENASE ACTIVITY, CELL INNER MEMBRANE, TRICARBOXYLIC ACID CYCLE, METAL-BINDING, TRANSMEMBRANE, FLAVOPROTEIN, OXIDOREDUCTASE, ELECTRON TRANSPORT ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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E HIS 45 E FAD 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.508 ? metalc18 metalc ? ? V NA . NA ? ? ? 1_555 E GLY 358 O ? ? E NA 1590 E GLY 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc19 metalc ? ? V NA . NA ? ? ? 1_555 E MET 356 O ? ? E NA 1590 E MET 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc20 metalc ? ? V NA . NA ? ? ? 1_555 E GLU 388 O ? ? E NA 1590 E GLU 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc21 metalc ? ? W FES . FE1 ? ? ? 1_555 F CYS 60 SG ? ? F FES 302 F CYS 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc22 metalc ? ? W FES . FE2 ? ? ? 1_555 F CYS 75 SG ? ? F FES 302 F CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc23 metalc ? ? W FES . FE2 ? ? ? 1_555 F ASP 63 OD1 ? ? F FES 302 F ASP 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.834 ? metalc24 metalc ? ? W FES . FE1 ? ? ? 1_555 F CYS 55 SG ? ? F FES 302 F CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc25 metalc ? ? X SF4 . FE2 ? ? ? 1_555 F CYS 149 SG ? ? F SF4 303 F CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.300 ? metalc26 metalc ? ? X SF4 . FE3 ? ? ? 1_555 F CYS 152 SG ? ? F SF4 303 F CYS 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc27 metalc ? ? X SF4 . FE4 ? ? ? 1_555 F CYS 216 SG ? ? F SF4 303 F CYS 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc28 metalc ? ? X SF4 . FE1 ? ? ? 1_555 F CYS 155 SG ? ? F SF4 303 F CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc29 metalc ? ? Y F3S . FE4 ? ? ? 1_555 F CYS 212 SG ? ? F F3S 304 F CYS 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc30 metalc ? ? Y F3S . FE3 ? ? ? 1_555 F CYS 206 SG ? ? F F3S 304 F CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc31 metalc ? ? Y F3S . FE1 ? ? ? 1_555 F CYS 159 SG ? ? F F3S 304 F CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc32 metalc ? ? Z HEM . FE ? ? ? 1_555 H HIS 71 NE2 ? ? G HEM 1129 H HIS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? metalc33 metalc ? ? Z HEM . FE ? ? ? 1_555 G HIS 84 NE2 ? ? G HEM 1129 G HIS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? covale3 covale ? ? I HIS 45 NE2 ? ? ? 1_555 AA FAD . C8M ? ? I HIS 45 I FAD 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? metalc34 metalc ? ? DA FES . FE2 ? ? ? 1_555 J ASP 63 OD1 ? ? J FES 302 J ASP 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.815 ? metalc35 metalc ? ? DA FES . FE2 ? ? ? 1_555 J CYS 75 SG ? ? J FES 302 J CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc36 metalc ? ? DA FES . FE2 ? ? ? 1_555 J ASP 63 OD2 ? ? J FES 302 J ASP 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? metalc37 metalc ? ? DA FES . FE1 ? ? ? 1_555 J CYS 60 SG ? ? J FES 302 J CYS 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc38 metalc ? ? DA FES . FE1 ? ? ? 1_555 J CYS 55 SG ? ? J FES 302 J CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc39 metalc ? ? EA SF4 . FE4 ? ? ? 1_555 J CYS 152 SG ? ? J SF4 303 J CYS 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc40 metalc ? ? EA SF4 . FE3 ? ? ? 1_555 J CYS 149 SG ? ? J SF4 303 J CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc41 metalc ? ? EA SF4 . FE2 ? ? ? 1_555 J CYS 216 SG ? ? J SF4 303 J CYS 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc42 metalc ? ? EA SF4 . FE1 ? ? ? 1_555 J CYS 155 SG ? ? J SF4 303 J CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc43 metalc ? ? FA F3S . FE3 ? ? ? 1_555 J CYS 206 SG ? ? J F3S 304 J CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc44 metalc ? ? FA F3S . FE1 ? ? ? 1_555 J CYS 159 SG ? ? J F3S 304 J CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc45 metalc ? ? FA F3S . FE4 ? ? ? 1_555 J CYS 212 SG ? ? J F3S 304 J CYS 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc46 metalc ? ? GA HEM . FE ? ? ? 1_555 L HIS 71 NE2 ? ? K HEM 1129 L HIS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.941 ? metalc47 metalc ? ? GA HEM . FE ? ? ? 1_555 K HIS 84 NE2 ? ? K HEM 1129 K HIS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.966 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 VAL 392 A . ? VAL 392 A SER 393 A ? SER 393 A 1 1.89 2 VAL 392 E . ? VAL 392 E SER 393 E ? SER 393 E 1 2.65 3 VAL 392 I . ? VAL 392 I SER 393 I ? SER 393 I 1 3.12 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 6 ? AB ? 6 ? AC ? 3 ? AD ? 3 ? AE ? 4 ? AF ? 2 ? BA ? 5 ? BB ? 2 ? EA ? 4 ? EB ? 6 ? EC ? 3 ? ED ? 3 ? EE ? 4 ? EF ? 2 ? FA ? 5 ? FB ? 2 ? IA ? 6 ? IB ? 6 ? IC ? 3 ? ID ? 3 ? IE ? 4 ? IF ? 2 ? JA ? 5 ? JB ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? parallel AA 2 3 ? parallel AA 3 4 ? parallel AA 4 5 ? anti-parallel AA 5 6 ? anti-parallel AB 1 2 ? parallel AB 2 3 ? parallel AB 3 4 ? parallel AB 4 5 ? parallel AB 5 6 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? anti-parallel AF 1 2 ? parallel BA 1 2 ? anti-parallel BA 2 3 ? parallel BA 3 4 ? anti-parallel BA 4 5 ? anti-parallel BB 1 2 ? anti-parallel EA 1 2 ? parallel EA 2 3 ? anti-parallel EA 3 4 ? anti-parallel EB 1 2 ? parallel EB 2 3 ? parallel EB 3 4 ? parallel EB 4 5 ? parallel EB 5 6 ? anti-parallel EC 1 2 ? anti-parallel EC 2 3 ? anti-parallel ED 1 2 ? anti-parallel ED 2 3 ? anti-parallel EE 1 2 ? anti-parallel EE 2 3 ? anti-parallel EE 3 4 ? anti-parallel EF 1 2 ? parallel FA 1 2 ? anti-parallel FA 2 3 ? parallel FA 3 4 ? anti-parallel FA 4 5 ? anti-parallel FB 1 2 ? anti-parallel IA 1 2 ? parallel IA 2 3 ? parallel IA 3 4 ? parallel IA 4 5 ? anti-parallel IA 5 6 ? anti-parallel IB 1 2 ? parallel IB 2 3 ? parallel IB 3 4 ? parallel IB 4 5 ? parallel IB 5 6 ? anti-parallel IC 1 2 ? anti-parallel IC 2 3 ? anti-parallel ID 1 2 ? anti-parallel ID 2 3 ? anti-parallel IE 1 2 ? anti-parallel IE 2 3 ? anti-parallel IE 3 4 ? anti-parallel IF 1 2 ? parallel JA 1 2 ? anti-parallel JA 2 3 ? parallel JA 3 4 ? anti-parallel JA 4 5 ? anti-parallel JB 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 THR A 159 ? 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ALA A 311 LYS A 314 AE 4 TYR A 263 ? LEU A 265 ? TYR A 263 LEU A 265 AF 1 ILE A 360 ? PRO A 361 ? ILE A 360 PRO A 361 AF 2 ALA A 390 ? CYS A 391 ? ALA A 390 CYS A 391 BA 1 ARG B 19 ? GLU B 26 ? ARG B 19 GLU B 26 BA 2 ARG B 2 ? ARG B 9 ? ARG B 2 ARG B 9 BA 3 ILE B 89 ? PRO B 93 ? ILE B 89 PRO B 93 BA 4 GLY B 64 ? MET B 67 ? GLY B 64 MET B 67 BA 5 LYS B 70 ? LEU B 73 ? LYS B 70 LEU B 73 BB 1 VAL B 99 ? ARG B 101 ? VAL B 99 ARG B 101 BB 2 VAL B 104 ? VAL B 105 ? VAL B 104 VAL B 105 EA 1 VAL E 5 ? GLU E 7 ? VAL E 5 GLU E 7 EA 2 VAL E 190 ? LYS E 194 ? VAL E 190 LYS E 194 EA 3 VAL E 177 ? CYS E 184 ? VAL E 177 CYS E 184 EA 4 TRP E 164 ? LYS E 171 ? TRP E 164 LYS E 171 EB 1 THR E 159 ? SER E 162 ? THR E 159 SER E 162 EB 2 CYS E 33 ? SER E 37 ? CYS E 33 SER E 37 EB 3 ALA E 10 ? ILE E 13 ? ALA E 10 ILE E 13 EB 4 ALA E 197 ? LEU E 200 ? ALA E 197 LEU E 200 EB 5 ASP E 377 ? ALA E 385 ? ASP E 377 ALA E 385 EB 6 GLN E 367 ? VAL E 371 ? GLN E 367 VAL E 371 EC 1 ILE E 53 ? THR E 54 ? ILE E 53 THR E 54 EC 2 THR E 134 ? ALA E 135 ? THR E 134 ALA E 135 EC 3 GLN E 116 ? ARG E 117 ? GLN E 116 ARG E 117 ED 1 VAL E 233 ? GLN E 234 ? VAL E 233 GLN E 234 ED 2 CYS E 555 ? LEU E 560 ? CYS E 555 LEU E 560 ED 3 SER E 565 ? SER E 570 ? SER E 565 SER E 570 EE 1 TRP E 239 ? ILE E 246 ? TRP E 239 ILE E 246 EE 2 ILE E 347 ? MET E 356 ? ILE E 347 MET E 356 EE 3 ALA E 311 ? LYS E 314 ? ALA E 311 LYS E 314 EE 4 TYR E 263 ? LEU E 265 ? TYR E 263 LEU E 265 EF 1 ILE E 360 ? PRO E 361 ? ILE E 360 PRO E 361 EF 2 ALA E 390 ? CYS E 391 ? ALA E 390 CYS E 391 FA 1 ARG F 19 ? GLU F 26 ? ARG F 19 GLU F 26 FA 2 ARG F 2 ? ARG F 9 ? ARG F 2 ARG F 9 FA 3 ILE F 89 ? ARG F 92 ? ILE F 89 ARG F 92 FA 4 GLY F 64 ? MET F 67 ? GLY F 64 MET F 67 FA 5 LYS F 70 ? LEU F 73 ? LYS F 70 LEU F 73 FB 1 VAL F 99 ? ARG F 101 ? VAL F 99 ARG F 101 FB 2 VAL F 104 ? VAL F 105 ? VAL F 104 VAL F 105 IA 1 THR I 159 ? SER I 162 ? THR I 159 SER I 162 IA 2 CYS I 33 ? SER I 37 ? CYS I 33 SER I 37 IA 3 VAL I 5 ? ILE I 13 ? VAL I 5 ILE I 13 IA 4 VAL I 190 ? LEU I 200 ? VAL I 190 LEU I 200 IA 5 VAL I 177 ? CYS I 184 ? VAL I 177 CYS I 184 IA 6 TRP I 164 ? LYS I 171 ? TRP I 164 LYS I 171 IB 1 THR I 159 ? SER I 162 ? THR I 159 SER I 162 IB 2 CYS I 33 ? SER I 37 ? CYS I 33 SER I 37 IB 3 VAL I 5 ? ILE I 13 ? VAL I 5 ILE I 13 IB 4 VAL I 190 ? LEU I 200 ? VAL I 190 LEU I 200 IB 5 ASP I 377 ? ALA I 385 ? ASP I 377 ALA I 385 IB 6 GLN I 367 ? VAL I 371 ? GLN I 367 VAL I 371 IC 1 ILE I 53 ? THR I 54 ? ILE I 53 THR I 54 IC 2 THR I 134 ? ALA I 135 ? THR I 134 ALA I 135 IC 3 GLN I 116 ? ARG I 117 ? GLN I 116 ARG I 117 ID 1 VAL I 233 ? GLN I 234 ? VAL I 233 GLN I 234 ID 2 CYS I 555 ? LEU I 560 ? CYS I 555 LEU I 560 ID 3 SER I 565 ? SER I 570 ? SER I 565 SER I 570 IE 1 TRP I 239 ? ILE I 246 ? TRP I 239 ILE I 246 IE 2 ILE I 347 ? MET I 356 ? ILE I 347 MET I 356 IE 3 ALA I 311 ? LYS I 314 ? ALA I 311 LYS I 314 IE 4 TYR I 263 ? LEU I 265 ? TYR I 263 LEU I 265 IF 1 ILE I 360 ? PRO I 361 ? ILE I 360 PRO I 361 IF 2 ALA I 390 ? 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