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_refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _struct.entry_id 2A3Y _struct.title ;Pentameric crystal structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2A3Y _struct_keywords.pdbx_keywords 'METAL BINDING PROTEIN' _struct_keywords.text 'Metal Binding Protein' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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CA ? ? A GLU 136 A CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.570 ? ? metalc6 metalc ? ? A GLU 136 OE1 ? ? ? 1_555 G CA . CA ? ? A GLU 136 A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? ? metalc7 metalc ? ? A GLN 137 O ? ? ? 1_555 F CA . CA ? ? A GLN 137 A CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc8 metalc ? ? A ASP 138 OD1 ? ? ? 1_555 F CA . CA ? ? A ASP 138 A CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc9 metalc ? ? A ASP 138 OD1 ? ? ? 1_555 G CA . CA ? ? A ASP 138 A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? ? metalc10 metalc ? ? A ASP 138 OD2 ? ? ? 1_555 G CA . CA ? ? A ASP 138 A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? ? metalc11 metalc ? ? A GLN 148 OE1 ? ? ? 1_555 G CA . CA ? ? A GLN 148 A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? ? metalc12 metalc ? ? F CA . CA ? ? ? 1_555 H CPJ . O9 ? ? A CA 600 A CPJ 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? ? metalc13 metalc ? ? G CA . CA ? ? ? 1_555 H CPJ . O8 ? ? A CA 601 A CPJ 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? ? metalc14 metalc ? ? G CA . CA ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? 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B ASP 138 B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? ? metalc24 metalc ? ? B ASP 138 OD1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? B ASP 138 B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? ? metalc25 metalc ? ? B ASP 138 OD2 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? B ASP 138 B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? ? metalc26 metalc ? ? B GLN 148 OE1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? B GLN 148 B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? ? metalc27 metalc ? ? I CA . CA ? ? ? 1_555 K CPJ . O9 ? ? B CA 602 B CPJ 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? ? metalc28 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 K CPJ . O8 ? ? B CA 603 B CPJ 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? ? metalc29 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 V HOH . O ? ? B CA 603 B HOH 656 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? ? metalc30 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 V HOH . O ? ? B CA 603 B HOH 657 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? ? metalc31 metalc ? ? C ASP 58 OD1 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? C ASP 58 C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? ? metalc32 metalc ? ? C ASP 58 OD2 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? C ASP 58 C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? ? metalc33 metalc ? ? C ASN 59 OD1 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? C ASN 59 C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? ? metalc34 metalc ? ? C GLU 136 OE1 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? C GLU 136 C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? ? metalc35 metalc ? ? C GLU 136 OE2 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? C GLU 136 C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? ? metalc36 metalc ? ? C GLU 136 OE1 ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? C GLU 136 C CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? ? metalc37 metalc ? ? C GLN 137 O ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? C GLN 137 C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? ? metalc38 metalc ? ? C ASP 138 OD1 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? C ASP 138 C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? ? metalc39 metalc ? ? C ASP 138 OD1 ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? C ASP 138 C CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? ? metalc40 metalc ? ? C ASP 138 OD2 ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? C ASP 138 C CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? ? metalc41 metalc ? ? C GLN 148 OE1 ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? C GLN 148 C CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? ? metalc42 metalc ? ? L CA . CA ? ? ? 1_555 N CPJ . O9 ? ? C CA 604 C CPJ 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? ? metalc43 metalc ? ? M CA . CA ? ? ? 1_555 N CPJ . O8 ? ? C CA 605 C CPJ 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? ? metalc44 metalc ? ? M CA . CA ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? C CA 605 C HOH 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? ? metalc45 metalc ? ? M CA . CA ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? C CA 605 C HOH 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? ? metalc46 metalc ? ? D ASP 58 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? D ASP 58 D CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? ? metalc47 metalc ? ? D ASP 58 OD2 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? D ASP 58 D CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? ? metalc48 metalc ? ? D ASN 59 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? D ASN 59 D CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? ? metalc49 metalc ? ? D GLU 136 OE1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? D GLU 136 D CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? ? metalc50 metalc ? ? D GLU 136 OE2 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? D GLU 136 D CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? ? metalc51 metalc ? ? D GLU 136 OE1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? D GLU 136 D CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc52 metalc ? ? D GLN 137 O ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? D GLN 137 D CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc53 metalc ? ? D ASP 138 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? D ASP 138 D CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? ? metalc54 metalc ? ? D ASP 138 OD1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? D ASP 138 D CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? ? metalc55 metalc ? ? D ASP 138 OD2 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? D ASP 138 D CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? ? metalc56 metalc ? ? D GLN 148 OE1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? D GLN 148 D CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? ? metalc57 metalc ? ? O CA . CA ? ? ? 1_555 Q CPJ . O9 ? ? D CA 606 D CPJ 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? ? metalc58 metalc ? ? P CA . CA ? ? ? 1_555 Q CPJ . O8 ? ? D CA 607 D CPJ 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? ? metalc59 metalc ? ? P CA . CA ? ? ? 1_555 X HOH . O ? ? 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E ASP 138 E CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? ? metalc69 metalc ? ? E ASP 138 OD1 ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? E ASP 138 E CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? ? metalc70 metalc ? ? E ASP 138 OD2 ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? E ASP 138 E CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? ? metalc71 metalc ? ? E GLN 148 OE1 ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? E GLN 148 E CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? ? metalc72 metalc ? ? R CA . CA ? ? ? 1_555 T CPJ . O9 ? ? E CA 608 E CPJ 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? ? metalc73 metalc ? ? S CA . CA ? ? ? 1_555 T CPJ . O8 ? ? E CA 609 E CPJ 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? ? metalc74 metalc ? ? S CA . CA ? ? ? 1_555 Y HOH . O ? ? E CA 609 E HOH 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? ? metalc75 metalc ? ? S CA . CA ? ? ? 1_555 Y HOH . O ? ? E CA 609 E HOH 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 88 A . ? PHE 88 A PRO 89 A ? PRO 89 A 1 -6.66 2 PHE 88 B . ? PHE 88 B PRO 89 B ? PRO 89 B 1 -5.96 3 PHE 88 C . ? PHE 88 C PRO 89 C ? PRO 89 C 1 -4.97 4 PHE 88 D . ? PHE 88 D PRO 89 D ? PRO 89 D 1 -6.85 5 PHE 88 E . ? PHE 88 E PRO 89 E ? PRO 89 E 1 -5.38 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 6 ? B ? 7 ? C ? 7 ? D ? 6 ? E ? 7 ? F ? 7 ? G ? 6 ? H ? 7 ? I ? 7 ? J ? 6 ? K ? 7 ? L ? 7 ? M ? 6 ? N ? 7 ? O ? 7 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? anti-parallel A 5 6 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel B 4 5 ? anti-parallel B 5 6 ? anti-parallel B 6 7 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel C 4 5 ? anti-parallel C 5 6 ? anti-parallel C 6 7 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel D 4 5 ? anti-parallel D 5 6 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel E 4 5 ? anti-parallel E 5 6 ? anti-parallel E 6 7 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel F 4 5 ? anti-parallel F 5 6 ? anti-parallel F 6 7 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel G 4 5 ? anti-parallel G 5 6 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel H 4 5 ? anti-parallel H 5 6 ? anti-parallel H 6 7 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel I 4 5 ? anti-parallel I 5 6 ? anti-parallel I 6 7 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? anti-parallel J 5 6 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel K 4 5 ? anti-parallel K 5 6 ? anti-parallel K 6 7 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel L 3 4 ? anti-parallel L 4 5 ? anti-parallel L 5 6 ? anti-parallel L 6 7 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel M 3 4 ? anti-parallel M 4 5 ? anti-parallel M 5 6 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? anti-parallel N 4 5 ? anti-parallel N 5 6 ? anti-parallel N 6 7 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel O 3 4 ? anti-parallel O 4 5 ? anti-parallel O 5 6 ? anti-parallel O 6 7 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 THR A 112 ? 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ILE B 104 ILE B 109 D 3 VAL B 92 ? GLU B 99 ? VAL B 92 GLU B 99 D 4 ASN B 32 ? TYR B 40 ? ASN B 32 TYR B 40 D 5 GLY B 152 ? TRP B 160 ? GLY B 152 TRP B 160 D 6 LEU B 183 ? ASP B 184 ? LEU B 183 ASP B 184 E 1 LYS B 117 ? GLY B 118 ? LYS B 117 GLY B 118 E 2 ILE B 104 ? ILE B 109 ? ILE B 104 ILE B 109 E 3 VAL B 92 ? GLU B 99 ? VAL B 92 GLU B 99 E 4 ASN B 32 ? TYR B 40 ? ASN B 32 TYR B 40 E 5 GLY B 152 ? TRP B 160 ? GLY B 152 TRP B 160 E 6 LYS B 7 ? PHE B 11 ? LYS B 7 PHE B 11 E 7 ILE B 197 ? PRO B 200 ? ILE B 197 PRO B 200 F 1 HIS B 78 ? LYS B 83 ? HIS B 78 LYS B 83 F 2 GLU B 70 ? ILE B 75 ? GLU B 70 ILE B 75 F 3 ARG B 57 ? ARG B 67 ? ARG B 57 ARG B 67 F 4 TYR B 47 ? THR B 54 ? TYR B 47 THR B 54 F 5 LYS B 130 ? LEU B 133 ? LYS B 130 LEU B 133 F 6 HIS B 19 ? LEU B 22 ? HIS B 19 LEU B 22 F 7 TYR B 190 ? ARG B 193 ? TYR B 190 ARG B 193 G 1 THR C 112 ? PRO C 113 ? THR C 112 PRO C 113 G 2 ILE C 104 ? ILE C 109 ? ILE C 104 ILE C 109 G 3 VAL C 92 ? GLU C 99 ? VAL C 92 GLU C 99 G 4 ASN C 32 ? 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ASN E 189 ARG E 193 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 O THR A 112 ? O THR A 112 N ILE A 109 ? N ILE A 109 A 2 3 O TRP A 108 ? O TRP A 108 N CYS A 95 ? N CYS A 95 A 3 4 O ILE A 94 ? O ILE A 94 N PHE A 37 ? N PHE A 37 A 4 5 N ARG A 38 ? N ARG A 38 O GLY A 155 ? O GLY A 155 A 5 6 N MET A 159 ? N MET A 159 O LEU A 183 ? O LEU A 183 B 1 2 O LYS A 117 ? O LYS A 117 N ALA A 105 ? N ALA A 105 B 2 3 O TRP A 108 ? O TRP A 108 N CYS A 95 ? N CYS A 95 B 3 4 O ILE A 94 ? O ILE A 94 N PHE A 37 ? N PHE A 37 B 4 5 N ARG A 38 ? N ARG A 38 O GLY A 155 ? O GLY A 155 B 5 6 O GLY A 152 ? O GLY A 152 N PHE A 11 ? N PHE A 11 B 6 7 N VAL A 8 ? N VAL A 8 O LYS A 199 ? O LYS A 199 C 1 2 O SER A 82 ? O SER A 82 N TYR A 71 ? N TYR A 71 C 2 3 O TYR A 74 ? O TYR A 74 N LEU A 62 ? N LEU A 62 C 3 4 O VAL A 63 ? O VAL A 63 N LEU A 49 ? N LEU A 49 C 4 5 N SER A 51 ? N SER A 51 O VAL A 132 ? O VAL A 132 C 5 6 O ILE A 131 ? O ILE A 131 N LEU A 22 ? N LEU A 22 C 6 7 N ASN A 21 ? N ASN A 21 O GLU A 191 ? O GLU A 191 D 1 2 O THR B 112 ? O THR B 112 N ILE B 109 ? 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