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LQINYNFNMVAIDNFTPRQVGIVPILSSYIAHRREVILARSRFDKEKAEKRLHIVEGLIRVISILDEVIALIRASENKAD AKENLKVSYDFTEEQAEAIVTLQLYRLTNTDVVVLQEEEAELREKIAMLAAIIGDERTMYNLMKKELREVKKKFATPRLS SLEDTAKAIE ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2NOV A 1 ? 490 ? 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'expression tag' 495 7 1 2NOV HIS A 496 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 496 8 2 2NOV THR B 257 ? UNP P72525 ILE 257 conflict 257 9 2 2NOV LEU B 489 ? UNP P72525 ILE 489 conflict 489 10 2 2NOV HIS B 491 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 491 11 2 2NOV HIS B 492 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 492 12 2 2NOV HIS B 493 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 493 13 2 2NOV HIS B 494 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 494 14 2 2NOV HIS B 495 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 495 15 2 2NOV HIS B 496 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 496 16 3 2NOV THR C 257 ? UNP P72525 ILE 257 conflict 257 17 3 2NOV LEU C 489 ? UNP P72525 ILE 489 conflict 489 18 3 2NOV HIS C 491 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 491 19 3 2NOV HIS C 492 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 492 20 3 2NOV HIS C 493 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 493 21 3 2NOV HIS C 494 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 494 22 3 2NOV HIS C 495 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 495 23 3 2NOV HIS C 496 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 496 24 4 2NOV THR D 257 ? UNP P72525 ILE 257 conflict 257 25 4 2NOV LEU D 489 ? UNP P72525 ILE 489 conflict 489 26 4 2NOV HIS D 491 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 491 27 4 2NOV HIS D 492 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 492 28 4 2NOV HIS D 493 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 493 29 4 2NOV HIS D 494 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 494 30 4 2NOV HIS D 495 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 495 31 4 2NOV HIS D 496 ? UNP P72525 ? ? 'expression tag' 496 32 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.crystals_number 1 _exptl.entry_id 2NOV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_Matthews 3.40 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_percent_sol 63.88 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.pH 5.5 _exptl_crystal_grow.temp 298.0 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;The purified ParC55 protein was dialyzed against 20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 200 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM beta-mercaptoethanol, 0.05% NaN3 then concentrated to 3-4 mg/ml. Hanging drops were formed by mixing equal volumes of protein and crystallization solutions (100 mM Tris-HCl, pH 5.5, 200 mM NaCl, 1 mM beta-mercaptoethanol, 0.05% NaN3 and 10% of 1:1 ethanol-isopropanol as precipitant). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100.0 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'IMAGE PLATE' _diffrn_detector.type 'MAR scanner 345 mm plate' _diffrn_detector.pdbx_collection_date ? _diffrn_detector.details 'two cylindrical parabolic mirrors' # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.91694 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE BM30A' _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 0.91694 _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline BM30A # _reflns.entry_id 2NOV _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.d_resolution_high 2.67 _reflns.d_resolution_low ? _reflns.number_all ? _reflns.number_obs 85197 _reflns.percent_possible_obs ? _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value 0.093 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 5.4 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 2NOV _refine.ls_d_res_high 2.67 _refine.ls_d_res_low 500.000 _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.ls_percent_reflns_obs 97.200 _refine.ls_number_reflns_obs 85197 _refine.ls_R_factor_R_work 0.2235 _refine.ls_R_factor_R_free 0.2758 _refine.ls_percent_reflns_R_free 9.400 _refine.ls_number_reflns_R_free 8219 _refine.B_iso_mean 64.915 _refine.solvent_model_param_bsol 13.223 _refine.aniso_B[1][1] -7.871 _refine.aniso_B[2][2] -6.113 _refine.aniso_B[3][3] 13.983 _refine.aniso_B[1][2] 0.000 _refine.aniso_B[1][3] 0.000 _refine.aniso_B[2][3] 0.000 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? 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_refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 2NOV _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.39 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.73 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.0 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.46 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.65 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 13620 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 24 _refine_hist.number_atoms_total 13644 _refine_hist.d_res_high 2.67 _refine_hist.d_res_low 500.000 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_mcbond_it ? 1.163 1.500 ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it ? 1.337 2.000 ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it ? 2.075 2.000 ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it ? 2.224 2.500 ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 CNS_TOPPAR:protein.param ? 'X-RAY DIFFRACTION' 2 CNS_TOPPAR:water_rep.param ? 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 2NOV _struct.title 'Breakage-reunion domain of S.pneumoniae topo IV: crystal structure of a gram-positive quinolone target' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2NOV _struct_keywords.pdbx_keywords ISOMERASE _struct_keywords.text 'protein, ParC, topo IV, gram-positive bacteria, quinolone target, DNA binding, DNA cleavage, Isomerase' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? # loop_ _struct_biol.id _struct_biol.details _struct_biol.pdbx_parent_biol_id 1 ;The biological assembly is a dimer generated by a) A and B chains b) C and D chains (two biological dimers in the asymmetric unit) ; ? 2 ? ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 LYS A 38 ? ASP A 51 ? LYS A 38 ASP A 51 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 2 SER A 62 ? PHE A 73 ? SER A 62 PHE A 73 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 3 ILE A 81 ? MET A 88 ? ILE A 81 MET A 88 1 ? 8 HELX_P HELX_P4 4 SER A 124 ? TYR A 129 ? SER A 124 TYR A 129 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 5 PRO A 160 ? GLY A 166 ? PRO A 160 GLY A 166 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 6 ASN A 182 ? HIS A 196 ? ASN A 182 HIS A 196 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 7 LYS A 200 ? MET A 205 ? LYS A 200 MET A 205 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 8 GLY A 221 ? GLY A 232 ? GLY A 221 GLY A 232 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 9 ASN A 264 ? ILE A 272 ? ASN A 264 ILE A 272 1 ? 9 HELX_P HELX_P10 10 ASP A 273 ? ASN A 278 ? ASP A 273 ASN A 278 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 11 LEU A 310 ? TYR A 318 ? LEU A 310 TYR A 318 1 ? 9 HELX_P HELX_P12 12 GLY A 341 ? ILE A 384 ? GLY A 341 ILE A 384 1 ? 44 HELX_P HELX_P13 13 ILE A 384 ? ARG A 393 ? ILE A 384 ARG A 393 1 ? 10 HELX_P HELX_P14 14 ASN A 397 ? GLU A 403 ? ASN A 397 GLU A 403 1 ? 7 HELX_P HELX_P15 15 THR A 412 ? THR A 421 ? THR A 412 THR A 421 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 16 GLN A 423 ? THR A 428 ? 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GLY B 341 ILE B 384 1 ? 44 HELX_P HELX_P31 31 ILE B 384 ? ALA B 394 ? ILE B 384 ALA B 394 1 ? 11 HELX_P HELX_P32 32 LYS B 398 ? GLU B 403 ? LYS B 398 GLU B 403 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 33 THR B 412 ? THR B 421 ? THR B 412 THR B 421 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 34 GLN B 423 ? LEU B 427 ? GLN B 423 LEU B 427 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 35 THR B 428 ? ASP B 455 ? THR B 428 ASP B 455 1 ? 28 HELX_P HELX_P36 36 ASP B 455 ? ALA B 475 ? ASP B 455 ALA B 475 1 ? 21 HELX_P HELX_P37 37 ARG C 43 ? ASP C 51 ? ARG C 43 ASP C 51 1 ? 9 HELX_P HELX_P38 38 SER C 62 ? PHE C 73 ? SER C 62 PHE C 73 1 ? 12 HELX_P HELX_P39 39 GLY C 77 ? SER C 89 ? GLY C 77 SER C 89 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 40 SER C 124 ? TYR C 129 ? SER C 124 TYR C 129 1 ? 6 HELX_P HELX_P41 41 ASP C 133 ? LYS C 137 ? ASP C 133 LYS C 137 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 42 PRO C 160 ? GLY C 166 ? PRO C 160 GLY C 166 1 ? 7 HELX_P HELX_P43 43 ASN C 182 ? HIS C 196 ? ASN C 182 HIS C 196 1 ? 15 HELX_P HELX_P44 44 LYS C 200 ? MET C 205 ? 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Brunger' axel.brunger@yale.edu refinement http://cns.csb.yale.edu/v1.1/ Fortran_77 ? 1 PDB_EXTRACT 2.000 'April. 3, 2006' package PDB sw-help@rcsb.rutgers.edu 'data extraction' http://pdb.rutgers.edu/software/ C++ ? 2 MAR345 345DTB ? ? ? ? 'data collection' ? ? ? 3 XDS . ? ? ? ? 'data reduction' ? ? ? 4 XSCALE . ? ? ? ? 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