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'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SO4 non-polymer . 'SULFATE ION' ? 'O4 S -2' 96.063 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2V4D _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 6.09 _exptl_crystal.density_percent_sol 79.65 _exptl_crystal.description 'DATASET WAS SAME AS FOR 1T5E REFINEMENT BUT SUBJECT TO XTRIAGE AND RE-SCALING.' # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'pH 7' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type MARRESEARCH _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2003-03-03 _diffrn_detector.details MIRRORS # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'S1(111)' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9322 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE ID29' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ID29 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.9322 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 2V4D _reflns.observed_criterion_sigma_I 0.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 65.58 _reflns.d_resolution_high 3.20 _reflns.number_obs 156400 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 98.9 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.45 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 9.70 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 3.8 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 2V4D _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 156355 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.340 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 65.58 _refine.ls_d_res_high 3.20 _refine.ls_percent_reflns_obs 99.0 _refine.ls_R_factor_obs 0.240 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.239 _refine.ls_R_factor_R_free 0.264 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 4.900 _refine.ls_number_reflns_R_free 7669 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] 6.9717 _refine.aniso_B[2][2] 14.6446 _refine.aniso_B[3][3] 9.2766 _refine.aniso_B[1][2] 0.0000 _refine.aniso_B[1][3] 4.6583 _refine.aniso_B[2][3] -0.0000 _refine.solvent_model_details 'FLAT BULK SOLVENT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.31 _refine.solvent_model_param_bsol 37.21 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.11 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.90 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;RESTRAINED B-FACTOR REFINEMENT WAS IN PHENIX 1.3 CONTINUOUS ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 13-28 AND 260-339 WAS OBSERVED ONLY FOR CHAIN F. SIDECHAINS FOR THIS REGION ARE INCLUDED ONLY IN THIS MOLECULE. OTHER MOLECULES HAD THE POSITION OF THIS REGION MODELLED AS POLY(ALA) BASED ON THE F CHAIN EXAMPLE AND TIGHTLY RESTRAINED TO IT GEOMETRICALLY. THIS REGION COULD NOT BE MODELLED AT ALL IN THE A AND D CHAIN MOLECULES. ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 1T5E' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.430 _refine.pdbx_overall_phase_error 25.330 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 28523 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 80 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 28603 _refine_hist.d_res_high 3.20 _refine_hist.d_res_low 65.58 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.008 ? ? 28944 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_angle_d 1.212 ? ? 39441 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_dihedral_angle_d 20.552 ? ? 10029 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_chiral_restr 0.084 ? ? 4615 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_plane_restr 0.006 ? ? 5375 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.R_factor_all 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.2000 3.2364 4906 0.3117 99.00 0.3258 . . 282 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.2364 3.2745 4930 0.2929 98.00 0.3377 . . 229 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.2745 3.3144 4940 0.2822 100.00 0.3093 . . 254 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.3144 3.3564 4908 0.2740 98.00 0.3079 . . 266 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.3564 3.4005 4918 0.2635 100.00 0.3064 . . 294 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.4005 3.4471 4886 0.2595 98.00 0.3100 . . 235 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.4471 3.4963 4978 0.2465 100.00 0.2920 . . 224 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.4963 3.5485 4892 0.2413 98.00 0.2681 . . 266 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.5485 3.6040 4996 0.2306 99.00 0.2530 . . 250 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.6040 3.6631 4937 0.2235 99.00 0.2523 . . 233 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.6631 3.7262 4891 0.2218 99.00 0.2265 . . 297 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7262 3.7940 4968 0.2181 100.00 0.2694 . . 246 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7940 3.8669 4913 0.2139 98.00 0.2547 . . 265 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.8669 3.9458 4970 0.2165 99.00 0.2408 . . 240 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.9458 4.0316 4964 0.2132 100.00 0.2625 . . 262 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.0316 4.1254 4914 0.2182 99.00 0.2543 . . 264 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.1254 4.2286 4950 0.2173 99.00 0.2579 . . 254 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.2286 4.3429 4993 0.2101 99.00 0.2255 . . 245 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.3429 4.4706 4961 0.2063 100.00 0.2376 . . 274 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.4706 4.6149 4960 0.2038 99.00 0.2096 . . 254 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.6149 4.7798 4942 0.2121 99.00 0.2381 . . 263 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.7798 4.9711 5009 0.2279 99.00 0.2657 . . 234 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.9711 5.1973 4957 0.2334 99.00 0.2416 . . 255 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.1973 5.4711 4986 0.2328 99.00 0.2432 . . 243 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.4711 5.8137 4974 0.2407 100.00 0.2671 . . 257 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.8137 6.2623 5009 0.2644 99.00 0.3064 . . 268 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 6.2623 6.8919 5003 0.2685 99.00 0.2653 . . 248 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 6.8919 7.8877 4980 0.2523 100.00 0.2779 . . 266 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 7.8877 9.9321 5039 0.1976 99.00 0.2259 . . 258 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 9.9321 65.5944 5012 0.2342 97.00 0.2283 . . 243 . . # _struct.entry_id 2V4D _struct.title 'Re-refinement of MexA adaptor protein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2V4D _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.text ;MEMBRANE PROTEIN, TRANSPORT PROTEIN, CELL INNER MEMBRANE, MEXA, MEMBRANE, PALMITATE, TRANSPORT, LIPOPROTEIN, ANTIBIOTIC RESISTANCE, ANTIBIOTIC EFFLUX PUMP, COILED COIL, CELL MEMBRANE, INNER MEMBRANE, PERIPLASMIC ADAPTOR PROTEIN ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 1 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 2 ? T N N 2 ? U N N 2 ? V N N 2 ? W N N 2 ? X N N 2 ? Y N N 2 ? Z N N 2 ? AA N N 2 ? BA N N 2 ? CA N N 2 ? # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 PRO A 73 ? ALA A 102 ? PRO A 73 ALA A 102 1 ? 30 HELX_P HELX_P2 2 SER A 107 ? TYR A 134 ? SER A 107 TYR A 134 1 ? 28 HELX_P HELX_P3 3 SER A 181 ? GLY A 194 ? SER A 181 GLY A 194 1 ? 14 HELX_P HELX_P4 4 PRO B 73 ? ALA B 102 ? PRO B 73 ALA B 102 1 ? 30 HELX_P HELX_P5 5 SER B 107 ? TYR B 134 ? SER B 107 TYR B 134 1 ? 28 HELX_P HELX_P6 6 SER B 181 ? GLY B 194 ? SER B 181 GLY B 194 1 ? 14 HELX_P HELX_P7 7 GLN B 273 ? VAL B 275 ? GLN B 273 VAL B 275 5 ? 3 HELX_P HELX_P8 8 LEU B 279 ? GLY B 281 ? LEU B 279 GLY B 281 5 ? 3 HELX_P HELX_P9 9 PRO C 73 ? ALA C 102 ? PRO C 73 ALA C 102 1 ? 30 HELX_P HELX_P10 10 SER C 107 ? TYR C 134 ? SER C 107 TYR C 134 1 ? 28 HELX_P HELX_P11 11 SER C 181 ? GLY C 194 ? SER C 181 GLY C 194 1 ? 14 HELX_P HELX_P12 12 LEU C 279 ? GLY C 281 ? LEU C 279 GLY C 281 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 13 PRO D 73 ? ALA D 102 ? PRO D 73 ALA D 102 1 ? 30 HELX_P HELX_P14 14 SER D 107 ? TYR D 134 ? SER D 107 TYR D 134 1 ? 28 HELX_P HELX_P15 15 PRO D 180 ? GLY D 194 ? PRO D 180 GLY D 194 1 ? 15 HELX_P HELX_P16 16 PRO E 73 ? ALA E 102 ? PRO E 73 ALA E 102 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 17 SER E 107 ? TYR E 134 ? 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SER K 181 GLY K 194 1 ? 14 HELX_P HELX_P46 46 GLN K 273 ? VAL K 275 ? GLN K 273 VAL K 275 5 ? 3 HELX_P HELX_P47 47 LEU K 279 ? GLY K 281 ? LEU K 279 GLY K 281 5 ? 3 HELX_P HELX_P48 48 PRO L 73 ? ALA L 102 ? PRO L 73 ALA L 102 1 ? 30 HELX_P HELX_P49 49 SER L 107 ? TYR L 134 ? SER L 107 TYR L 134 1 ? 28 HELX_P HELX_P50 50 SER L 181 ? GLY L 194 ? SER L 181 GLY L 194 1 ? 14 HELX_P HELX_P51 51 LEU L 279 ? GLY L 281 ? LEU L 279 GLY L 281 5 ? 3 HELX_P HELX_P52 52 PRO M 73 ? ALA M 102 ? PRO M 73 ALA M 102 1 ? 30 HELX_P HELX_P53 53 SER M 107 ? TYR M 134 ? SER M 107 TYR M 134 1 ? 28 HELX_P HELX_P54 54 SER M 181 ? GLY M 194 ? SER M 181 GLY M 194 1 ? 14 HELX_P HELX_P55 55 GLN M 273 ? VAL M 275 ? GLN M 273 VAL M 275 5 ? 3 HELX_P HELX_P56 56 LEU M 279 ? GLY M 281 ? LEU M 279 GLY M 281 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 171 A . ? ASP 171 A PRO 172 A ? PRO 172 A 1 0.10 2 ASP 171 B . ? ASP 171 B PRO 172 B ? PRO 172 B 1 0.18 3 ASP 171 C . ? ASP 171 C PRO 172 C ? PRO 172 C 1 0.46 4 ASP 171 D . ? ASP 171 D PRO 172 D ? 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GLY C 200 ? ARG C 198 GLY C 200 CC 2 ALA C 203 ? LYS C 209 ? ALA C 203 LYS C 209 CD 1 ARG C 39 ? ILE C 40 ? ARG C 39 ILE C 40 CD 2 GLN C 168 ? GLN C 169 ? GLN C 168 GLN C 169 CE 1 LYS C 136 ? LEU C 138 ? LYS C 136 LEU C 138 CE 2 GLN C 67 ? ILE C 71 ? GLN C 67 ILE C 71 CE 3 GLY C 49 ? LYS C 53 ? GLY C 49 LYS C 53 CE 4 LEU C 155 ? VAL C 156 ? LEU C 155 VAL C 156 CF 1 ASP C 61 ? VAL C 62 ? ASP C 61 VAL C 62 CF 2 GLY C 143 ? ARG C 144 ? GLY C 143 ARG C 144 CG 1 VAL C 275 ? ASP C 278 ? VAL C 275 ASP C 278 CG 2 GLN C 282 ? VAL C 288 ? GLN C 282 VAL C 288 CG 3 VAL C 294 ? ILE C 299 ? VAL C 294 ILE C 299 DA 1 SER D 207 ? LYS D 209 ? SER D 207 LYS D 209 DA 2 HIS D 256 ? GLN D 258 ? HIS D 256 GLN D 258 DA 3 LEU D 31 ? ASN D 36 ? LEU D 31 ASN D 36 DA 4 ILE D 173 ? GLN D 179 ? ILE D 173 GLN D 179 DA 5 VAL D 236 ? PHE D 242 ? VAL D 236 PHE D 242 DA 6 SER D 228 ? VAL D 229 ? SER D 228 VAL D 229 DB 1 ARG D 39 ? VAL D 43 ? ARG D 39 VAL D 43 DB 2 ALA D 165 ? GLN D 169 ? 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IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. ; # _pdbx_entry_details.entry_id 2V4D _pdbx_entry_details.compound_details ;ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN K, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN L, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN M, CYS 24 TO SER ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;SEQUENCE IN STRUCTURE IS OF PROCESSED FORM WHICH HAS 14 RESIDUES REMOVED POST-TRANSLATIONALLY. ; _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 NH2 D ARG 96 ? ? 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