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_refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model GROUP _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 3CF2 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.58 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 1.09 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.61 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 1.15 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 20685 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 232 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 20917 _refine_hist.d_res_high 3.50 _refine_hist.d_res_low 23.0 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.007 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.33 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d 22.4 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d 1.06 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_restr_ncs.dom_id 1 _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details CONSTR _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position ? _refine_ls_restr_ncs.weight_position ? _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso ? _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type . _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id . _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 1 _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal 1 _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 6 _refine_ls_shell.d_res_high 3.50 _refine_ls_shell.d_res_low 3.72 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 15487 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.429 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 99.6 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.456 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.016 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 4.8 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 788 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 PROTEIN_REP.PARAM PROTEIN.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 2 ADP_CNS.PAR ADP_CNS.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 3 AXP_CNS.PAR ? 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 2 given ? 0.497750 -0.867320 0.002640 0.867300 0.497750 0.004960 -0.005620 -0.000180 0.999980 0.32735 0.09298 0.51914 3 given ? 0.499860 0.866110 0.000030 0.866110 -0.499860 -0.000040 -0.000020 0.000040 -1.000000 0.01307 -0.00354 -0.08640 4 given ? 0.999990 -0.002390 0.004890 -0.002380 -1.000000 -0.001400 0.004890 0.001390 -0.999990 0.20857 0.14125 -0.49491 # _struct_ncs_dom.id 1 _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 _struct_ncs_dom.details ? # _struct_ncs_ens.id 1 _struct_ncs_ens.details ? # _struct.entry_id 3CF2 _struct.title 'Structure of P97/vcp in complex with ADP/AMP-PNP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3CF2 _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSPORT PROTEIN' _struct_keywords.text 'AAA, CDC48, ERAD, ATPASE, TRANSPORT PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 2 ? L N N 3 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code TERA_MOUSE _struct_ref.pdbx_db_accession Q01853 _struct_ref.pdbx_align_begin 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MASGADSKGDDLSTAILKQKNRPNRLIVDEAINEDNSVVSLSQPKMDELQLFRGDTVLLKGKKRREAVCIVLSDDTCSDE KIRMNRVVRNNLRVRLGDVISIQPCPDVKYGKRIHVLPIDDTVEGITGNLFEVYLKPYFLEAYRPIRKGDIFLVRGGMRA VEFKVVETDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVELPLRHPALFKAIGVKPPRG ILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKREKTHGEV ERRIVSQLLTLMDGLKQRAHVIVMAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLADDVDLEQVA NETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIG GLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISIKGPELLTMWFGESEANVR EIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRVINQILTEMDGMSTKKNVFIIGATNRPDIIDPAILRPGRLD QLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKSPVAKDVDLEFLAKMTNGFSGADLTEICQRACKLAIRESIESEIRRERERQTNPSAM EVEEDDPVPEIRRDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGGAGPSQGSGGGTGGSVYTEDN DDDLYG ; _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3CF2 A 1 ? 806 ? Q01853 1 ? 806 ? 1 806 2 1 3CF2 B 1 ? 806 ? Q01853 1 ? 806 ? 1 806 3 1 3CF2 C 1 ? 806 ? Q01853 1 ? 806 ? 1 806 4 1 3CF2 D 1 ? 806 ? Q01853 1 ? 806 ? 1 806 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 2 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 48840 ? 1 MORE -143.0 ? 1 'SSA (A^2)' 168700 ? 2 'ABSA (A^2)' 48800 ? 2 MORE -145.3 ? 2 'SSA (A^2)' 168890 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1,2,3 A,B,E,F,G,H 2 1,4,5 C,D,I,J,K,L # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'crystal symmetry operation' 2_645 -y+1,x-y-1,z -0.5000000000 -0.8660254038 0.0000000000 217.3500000000 0.8660254038 -0.5000000000 0.0000000000 -125.4870810084 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 3 'crystal symmetry operation' 3_765 -x+y+2,-x+1,z -0.5000000000 0.8660254038 0.0000000000 217.3500000000 -0.8660254038 -0.5000000000 0.0000000000 125.4870810084 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 4 'crystal symmetry operation' 2_765 -y+2,x-y+1,z -0.5000000000 -0.8660254038 0.0000000000 217.3500000000 0.8660254038 -0.5000000000 0.0000000000 125.4870810084 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 5 'crystal symmetry operation' 3_675 -x+y+1,-x+2,z -0.5000000000 0.8660254038 0.0000000000 0.0000000000 -0.8660254038 -0.5000000000 0.0000000000 250.9741620167 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 SER A 42 ? LEU A 49 ? SER A 42 LEU A 49 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 2 GLY A 61 ? ARG A 65 ? GLY A 61 ARG A 65 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 3 ASN A 85 ? ASN A 91 ? ASN A 85 ASN A 91 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 4 ASN A 129 ? TYR A 134 ? ASN A 129 TYR A 134 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 5 TYR A 134 ? LEU A 140 ? TYR A 134 LEU A 140 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 6 GLY A 202 ? ILE A 206 ? GLY A 202 ILE A 206 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 7 GLN A 212 ? HIS A 226 ? GLN A 212 HIS A 226 1 ? 15 HELX_P HELX_P8 8 PRO A 227 ? LYS A 231 ? PRO A 227 LYS A 231 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 9 GLY A 250 ? ASN A 260 ? GLY A 250 ASN A 260 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 10 GLY A 271 ? SER A 276 ? GLY A 271 SER A 276 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 11 GLY A 280 ? GLU A 294 ? GLY A 280 GLU A 294 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 12 GLU A 305 ? ILE A 309 ? GLU A 305 ILE A 309 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 13 VAL A 320 ? THR A 330 ? VAL A 320 THR A 330 1 ? 11 HELX_P HELX_P14 14 THR A 330 ? LEU A 335 ? THR A 330 LEU A 335 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 15 LYS A 336 ? ALA A 339 ? 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