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A -99999 A 99999 ? ? ? 1 2 1 B -99999 B 99999 1 . . . . B -99999 B 99999 ? ? ? 1 3 1 C -99999 C 99999 1 . . . . C -99999 C 99999 ? ? ? 1 4 1 D -99999 D 99999 1 . . . . D -99999 D 99999 ? ? ? 1 5 1 E -99999 E 99999 1 . . . . E -99999 E 99999 ? ? ? 1 6 1 F -99999 F 99999 1 . . . . F -99999 F 99999 ? ? ? 1 7 1 G -99999 G 99999 1 . . . . G -99999 G 99999 ? ? ? 1 8 1 H -99999 H 99999 1 . . . . H -99999 H 99999 ? ? ? 1 9 1 I -99999 I 99999 1 . . . . I -99999 I 99999 ? ? ? 1 10 1 J -99999 J 99999 1 . . . . J -99999 J 99999 ? ? ? 1 11 1 K -99999 K 99999 1 . . . . K -99999 K 99999 ? ? ? 1 12 1 L -99999 L 99999 1 . . . . L -99999 L 99999 ? ? ? 1 13 1 M -99999 M 99999 1 . . . . M -99999 M 99999 ? ? ? 1 14 1 N -99999 N 99999 1 . . . . N -99999 N 99999 ? ? ? 1 15 1 O -99999 O 99999 1 . . . . O -99999 O 99999 ? ? ? 1 16 1 P -99999 P 99999 1 . . . . P -99999 P 99999 ? ? ? 1 17 1 Q -99999 Q 99999 1 . . . . Q -99999 Q 99999 ? ? ? 1 18 1 R -99999 R 99999 1 . . . . R -99999 R 99999 ? ? ? 1 19 1 S -99999 S 99999 1 . . . . S -99999 S 99999 ? ? ? 1 20 1 T -99999 T 99999 1 . . . . T -99999 T 99999 ? ? ? # _struct_ncs_ens.id 1 _struct_ncs_ens.details ? # _struct.entry_id 3GKF _struct.title 'Crystal Structure of E. coli LsrF' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3GKF _struct_keywords.text 'TIM barrel, Lyase, Schiff base' _struct_keywords.pdbx_keywords LYASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 1 ? N N N 1 ? O N N 1 ? P N N 1 ? Q N N 1 ? R N N 1 ? S N N 1 ? T N N 1 ? U N N 2 ? V N N 2 ? W N N 2 ? X N N 2 ? Y N N 2 ? Z N N 2 ? AA N N 2 ? BA N N 2 ? CA N N 2 ? DA N N 2 ? EA N N 2 ? FA N N 2 ? GA N N 2 ? HA N N 2 ? IA N N 2 ? JA N N 2 ? KA N N 2 ? LA N N 2 ? MA N N 2 ? NA N N 2 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code LSRF_ECOLI _struct_ref.pdbx_db_accession P76143 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MADLDDIKDGKDFRTDQPQKNIPFTLKGCGALDWGMQSRLSRIFNPKTGKTVMLAFDHGYFQGPTTGLERIDINIAPLFE HADVLMCTRGILRSVVPPATNRPVVLRASGANSILAELSNEAVALSMDDAVRLNSCAVAAQVYIGSEYEHQSIKNIIQLV DAGMKVGMPTMAVTGVGKDMVRDQRYFSLATRIAAEMGAQIIKTYYVEKGFERIVAGCPVPIVIAGGKKLPEREALEMCW QAIDQGASGVDMGRNIFQSDHPVAMMKAVQAVVHHNETADRAYELYLSEKQ ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3GKF O 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 2 1 3GKF L 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 3 1 3GKF M 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 4 1 3GKF N 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 5 1 3GKF K 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 6 1 3GKF F 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 7 1 3GKF I 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 8 1 3GKF H 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 9 1 3GKF G 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 10 1 3GKF J 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 11 1 3GKF S 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 12 1 3GKF P 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 13 1 3GKF Q 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 14 1 3GKF R 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 15 1 3GKF T 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 16 1 3GKF E 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 17 1 3GKF B 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 18 1 3GKF C 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 19 1 3GKF D 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 20 1 3GKF A 3 ? 293 ? P76143 1 ? 291 ? 1 291 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 3GKF GLY O 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 1 1 3GKF SER O 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 2 2 3GKF GLY L 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 3 2 3GKF SER L 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 4 3 3GKF GLY M 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 5 3 3GKF SER M 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 6 4 3GKF GLY N 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 7 4 3GKF SER N 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 8 5 3GKF GLY K 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 9 5 3GKF SER K 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 10 6 3GKF GLY F 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 11 6 3GKF SER F 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 12 7 3GKF GLY I 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 13 7 3GKF SER I 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 14 8 3GKF GLY H 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 15 8 3GKF SER H 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 16 9 3GKF GLY G 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 17 9 3GKF SER G 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 18 10 3GKF GLY J 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 19 10 3GKF SER J 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 20 11 3GKF GLY S 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 21 11 3GKF SER S 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 22 12 3GKF GLY P 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 23 12 3GKF SER P 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 24 13 3GKF GLY Q 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 25 13 3GKF SER Q 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 26 14 3GKF GLY R 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 27 14 3GKF SER R 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 28 15 3GKF GLY T 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 29 15 3GKF SER T 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 30 16 3GKF GLY E 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 31 16 3GKF SER E 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 32 17 3GKF GLY B 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 33 17 3GKF SER B 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 34 18 3GKF GLY C 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 35 18 3GKF SER C 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 36 19 3GKF GLY D 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 37 19 3GKF SER D 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 38 20 3GKF GLY A 1 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' -1 39 20 3GKF SER A 2 ? UNP P76143 ? ? 'expression tag' 0 40 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA decameric 10 2 author_and_software_defined_assembly PISA decameric 10 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 52700 ? 1 MORE -213 ? 1 'SSA (A^2)' 80580 ? 2 'ABSA (A^2)' 52640 ? 2 MORE -213 ? 2 'SSA (A^2)' 80640 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D,E,U,V,W,X,Y 1 2 K,L,M,N,O,EA,FA,GA,HA,IA 2 1 F,G,H,I,J,P,Q,R,S,T,Z,AA,BA,CA,DA,JA,KA,LA,MA,NA # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'crystal symmetry operation' 1_455 x-1,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 -78.5010000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;biological unit is a decamer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (Chains ABCDEFGHIJ and chains KLMNOPQRST) ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP A 35 ? PHE A 46 ? ASP O 33 PHE O 44 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 2 HIS A 60 ? GLY A 65 ? HIS O 58 GLY O 63 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 3 ARG A 72 ? ILE A 77 ? ARG O 70 ILE O 75 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 4 ALA A 78 ? ALA A 84 ? ALA O 76 ALA O 82 5 ? 7 HELX_P HELX_P5 5 THR A 90 ? VAL A 98 ? 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