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Q1AHV0 1 ? 660 ? 1 660 2 1 3IYO B 1 ? 660 ? Q1AHV0 1 ? 660 ? 1 660 3 1 3IYO D 1 ? 660 ? Q1AHV0 1 ? 660 ? 1 660 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 180-MERIC 180 2 'icosahedral asymmetric unit' ? trimeric 3 3 'icosahedral pentamer' ? pentadecameric 15 4 'icosahedral 23 hexamer' ? octadecameric 18 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? trimeric 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C 2 1 A,B,C 3 '(1-5)' A,B,C 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C 5 P A,B,C # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901700 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901700 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 0.80901700 0.00000 0.50000000 -0.80901700 -0.30901700 0.00000 0.80901699 0.30901700 0.50000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 0.50000000 0.80901700 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901700 0.00000 0.80901700 -0.30901699 0.50000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901700 0.00000 -0.80901699 0.30901700 0.50000000 0.00000 0.30901700 -0.50000000 0.80901699 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901700 0.50000001 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.49999999 0.80901700 0.30901699 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.80901700 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901700 0.30901699 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901700 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901700 -0.50000000 0.80901699 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 0.30901700 0.00000 0.80901699 -0.30901700 0.50000000 0.00000 -0.30901700 0.50000000 0.80901699 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901700 0.30901699 -0.49999999 0.00000 0.30901700 -0.50000001 -0.80901699 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? -0.80901700 0.30901700 0.50000000 0.00000 -0.30901700 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901700 -0.30901699 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901700 0.00000 -0.50000000 0.80901700 -0.30901699 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 -0.30901700 0.00000 -0.80901699 -0.30901700 -0.50000000 0.00000 0.30901700 0.50000000 -0.80901699 0.00000 16 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.49999999 -0.80901700 0.00000 0.50000001 -0.80901699 -0.30901700 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 17 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 -0.80901700 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901700 -0.50000000 0.00000 18 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 -0.30901700 0.00000 -0.80901700 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 19 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 20 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 -0.30901700 0.00000 0.80901699 0.30901700 -0.50000000 0.00000 -0.30901700 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 21 'point symmetry operation' ? ? -0.49999999 -0.80901700 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901700 -0.50000001 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 22 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 23 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901700 -0.30901699 0.00000 -0.80901700 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 24 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901700 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 25 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901700 0.00000 0.80901699 -0.30901700 0.50000000 0.00000 26 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 27 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 -0.80901700 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901700 0.30901699 -0.50000000 0.00000 28 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901700 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901700 0.00000 0.50000000 -0.80901700 -0.30901700 0.00000 29 'point symmetry operation' ? ? -0.80901700 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901700 -0.50000000 -0.80901700 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901700 0.00000 30 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901700 0.00000 -0.80901699 0.30901700 0.50000000 0.00000 31 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.49999999 0.80901700 0.00000 0.50000001 -0.80901699 -0.30901700 0.00000 32 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.30901700 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901700 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 33 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901700 0.00000 -0.80901700 0.30901699 0.50000000 0.00000 34 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 35 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901700 0.00000 0.80901699 0.30901700 -0.50000000 0.00000 36 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 0.50000001 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901700 0.30901699 -0.49999999 0.00000 37 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901700 0.30901699 0.00000 0.80901700 -0.30901700 -0.50000000 0.00000 -0.30901700 0.50000000 -0.80901699 0.00000 38 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 39 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901700 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901700 0.00000 40 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901700 0.00000 -0.80901699 -0.30901700 -0.50000000 0.00000 41 'point symmetry operation' ? ? -0.50000001 0.80901699 0.30901700 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.49999999 0.80901700 0.00000 42 'point symmetry operation' ? 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_em_3d_fitting.target_criteria cross-correlation _em_3d_fitting.details ;REFINEMENT PROTOCOL--Rigid Body DETAILS--Monomer C were divided into Shell and Spike domains and separately fitted by manual docking using program O and followed by Situs ; _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 2ZZQ _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id A _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 2ZZQ # _em_3d_reconstruction.entry_id 3IYO _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.5 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'Polar Fourier Transform (PFT)' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 10.5 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.num_particles 4348 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name 'MES-K buffer' _em_buffer.pH 6.2 _em_buffer.details '20mM MES-K' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'Hepatitis E capsid' _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 3IYO _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'JEOL 2100F' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min 0.0 _em_imaging.tilt_angle_max 0.0 _em_imaging.nominal_cs 2.0 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 50000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type single-tilt _em_imaging.specimen_holder_model 'GATAN LIQUID NITROGEN' _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.detector_distance 0.0 _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.citation_id ? # _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category VERTEBRATES _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.virus_type 'VIRUS-LIKE PARTICLE' _em_virus_entity.virus_isolate STRAIN _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.entry_id 3IYO _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.details ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp 93 _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.specimen_id 1 # _em_experiment.entry_id 3IYO _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3IYO _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry I _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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A ALA 70 71 1 Y 1 A GLY 71 ? A GLY 71 72 1 Y 1 A ALA 72 ? A ALA 72 73 1 Y 1 A GLY 73 ? A GLY 73 74 1 Y 1 A PRO 74 ? A PRO 74 75 1 Y 1 A ARG 75 ? A ARG 75 76 1 Y 1 A VAL 76 ? A VAL 76 77 1 Y 1 A ARG 77 ? A ARG 77 78 1 Y 1 A GLN 78 ? A GLN 78 79 1 Y 1 A PRO 79 ? A PRO 79 80 1 Y 1 A ALA 80 ? A ALA 80 81 1 Y 1 A ARG 81 ? A ARG 81 82 1 Y 1 A PRO 82 ? A PRO 82 83 1 Y 1 A LEU 83 ? A LEU 83 84 1 Y 1 A GLY 84 ? A GLY 84 85 1 Y 1 A SER 85 ? A SER 85 86 1 Y 1 A ALA 86 ? A ALA 86 87 1 Y 1 A TRP 87 ? A TRP 87 88 1 Y 1 A ARG 88 ? A ARG 88 89 1 Y 1 A ASP 89 ? A ASP 89 90 1 Y 1 A GLN 90 ? A GLN 90 91 1 Y 1 A ALA 91 ? A ALA 91 92 1 Y 1 A GLN 92 ? A GLN 92 93 1 Y 1 A ARG 93 ? A ARG 93 94 1 Y 1 A PRO 94 ? A PRO 94 95 1 Y 1 A ALA 95 ? A ALA 95 96 1 Y 1 A VAL 96 ? A VAL 96 97 1 Y 1 A ALA 97 ? A ALA 97 98 1 Y 1 A SER 98 ? A SER 98 99 1 Y 1 A ARG 99 ? A ARG 99 100 1 Y 1 A ARG 100 ? A ARG 100 101 1 Y 1 A ARG 101 ? A ARG 101 102 1 Y 1 A PRO 102 ? A PRO 102 103 1 Y 1 A THR 103 ? A THR 103 104 1 Y 1 A THR 104 ? 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