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G LEU 20 CG 3289 1 Y 1 N LEU 185 ? CD1 ? G LEU 20 CD1 3290 1 Y 1 N LEU 185 ? CD2 ? G LEU 20 CD2 3291 1 Y 1 N GLU 186 ? CG ? G GLU 21 CG 3292 1 Y 1 N GLU 186 ? CD ? G GLU 21 CD 3293 1 Y 1 N GLU 186 ? OE1 ? G GLU 21 OE1 3294 1 Y 1 N GLU 186 ? OE2 ? G GLU 21 OE2 3295 1 Y 1 N SER 187 ? OG ? G SER 22 OG 3296 1 Y 1 N LEU 188 ? CG ? G LEU 23 CG 3297 1 Y 1 N LEU 188 ? CD1 ? G LEU 23 CD1 3298 1 Y 1 N LEU 188 ? CD2 ? G LEU 23 CD2 3299 1 Y 1 N TYR 189 ? CG ? G TYR 24 CG 3300 1 Y 1 N TYR 189 ? CD1 ? G TYR 24 CD1 3301 1 Y 1 N TYR 189 ? CD2 ? G TYR 24 CD2 3302 1 Y 1 N TYR 189 ? CE1 ? G TYR 24 CE1 3303 1 Y 1 N TYR 189 ? CE2 ? G TYR 24 CE2 3304 1 Y 1 N TYR 189 ? CZ ? G TYR 24 CZ 3305 1 Y 1 N TYR 189 ? OH ? G TYR 24 OH 3306 1 Y 1 N ASP 190 ? CG ? G ASP 25 CG 3307 1 Y 1 N ASP 190 ? OD1 ? G ASP 25 OD1 3308 1 Y 1 N ASP 190 ? OD2 ? G ASP 25 OD2 # _cell.entry_id 3J1O _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 3J1O _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? # _exptl.entry_id 3J1O _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 5560 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 5560 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # _database_PDB_matrix.entry_id 3J1O _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 3J1O _struct.title 'Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3J1O _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION _struct_keywords.text 'RNA polymerase II, mediator head module, preinitiation complex, TRANSCRIPTION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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G N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP A0A0D3YMY9_YEASX A0A0D3YMY9 1 ;MQVLNTKSETKQENETMQPPYIQERLKSLNDIETQLCSMLQEASQVTFIFGELKRGNESVKPQFENHVKQFYERLDKSTT QLRKEIQLLDENVGTRLLPINVNKKALGQDTEKMEEQLDLLSAILDPSKSK ; 1 ? 2 UNP MED17_YEAST P32569 2 ;QEQFVKRRRDMLEHINLAMNESSLALEFVSLLLSSVKESTGMSSMSPFLRKVVKPSSLNSDKIPYVAPTKKEYIELDILN KGWKLQSLNESKDLLRASFNKLSSILQNEHDYWNKIMQSISNKDVIFKIRDRTSGQKLLAIKYGYEDSGSTYKHDRGIAN IRNNIESQNLDLIPHSSSVFKGTDFVHSVKKFLRVRIFTKIESEDDYILSGESVMDRDSESEEAETKDIRKQIQLLKKII FEKELMYQIKKECALLISYGVSIENENKVIIELPNEKFEIELLSLDDDSIVNHEQDLPKINDKRANLMLVMLRLLLVVIF KKTLRSRISSPHGLINLNVDDDILIIRPILGKVRFANYKLLLKKIIKDYVLDIVPGSSITETEVEREQPQENKNIDDENI TKLNKEIRAFDKLLNIPRRE ; 197 ? 3 UNP MED17_YEAST P32569 2 EVEDFLHFIVAEYIQQKKV 669 ? 4 UNP MED8_YEAST P38304 3 ;MSQSTASLVPEGNQGSLQEDVSFDFNGVPGQALDAVRMRLAQLTHSLRRIRDEMSKAELPQWYTLQSQLNVTLSQLVSVT STLQHFQETLDSTVVYPLPKFPTTSHESLVTTLLRKKNIPEVDEWMKYVRETSGVTTALLKDEEIEKLLQQDREITNWAR TTFRNEYGKHDFKNEESLSEEHASLLVRDSKPSKPFNVDDVLKFTFTGEKPIITGSTSTSSSN ; 1 ? 5 UNP MED22_YEAST P32570 4 ;MSNQALYEKLEQTRTILSVKLAELINMTTIADRNDDDEGSFAQENSELAVATTSVMMVNNQTMQLIKNVQDLLILTRSIK EKWLLNQIPVTEHSKVTRFDEKQIEELLDNCIETFVAEKTT ; 1 ? 6 UNP MED18_YEAST P32585 5 ;MVQQLSLFGSIGDDGYDLLISTLTTISGNPPLLYNSLCTVWKPNPSYDVENVNSRNQLVEPNRIKLSKEVPFSYLIDETM MDKPLNFRILKSFTNDKIPLNYAMTRNI ; 1 ? 7 UNP MED18_YEAST P32585 5 ;NSDDIIDVDMDASPAPSNESCSPWSLQISDIPAAGNNRSVSMQTIAETIILSSAGKNSSVSSLMNGLGYVFEFQYLTIGV KFFMKHGLILELQKIWQIEEAGNSQITSGGFLLKAYINVSRGTDIDRINYTETALMNLKKELQGYIELSVPDRQSMDSRV AHGNILI ; 141 ? 8 UNP MED20_YEAST P34162 6 ;MGKSAVIFVERATPATLTELKDALSNSILSVRDPWSIDFRTYRCSIKNLPADVSKLMYSITFHHHGRQTVLIKDNSAMVT TAAAADIPPALVFNGSSTGVPESIDTILSSKLSNIWMQRQLIKGDAGETLILDGLTVRLVNLFSSTGFKGLLIELQADEA GEFETKIAGIEGHLAEIRAKEYKTSSDSLGPDTSNEICDLAYQYVRALEL ; 1 ? 9 UNP MED6_YEAST P38782 7 IFKIVQSRLMSTSYHLNSTLESLYD 166 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3J1O H 1 ? 131 ? A0A0D3YMY9 1 ? 131 ? 1 131 2 2 3J1O I 1 ? 420 ? P32569 197 ? 616 ? 197 616 3 3 3J1O I 466 ? 484 ? P32569 669 ? 687 ? 669 687 4 4 3J1O J 1 ? 223 ? P38304 1 ? 223 ? 1 223 5 5 3J1O K 1 ? 121 ? P32570 1 ? 121 ? 1 121 6 6 3J1O L 1 ? 108 ? P32585 1 ? 108 ? 1 140 7 7 3J1O L 109 ? 275 ? P32585 141 ? 307 ? 141 307 8 8 3J1O M 1 ? 210 ? P34162 1 ? 210 ? 1 210 9 9 3J1O N 1 ? 25 ? P38782 166 ? 190 ? 166 190 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 3J1O GLY H 16 ? UNP A0A0D3YMY9 THR 16 'engineered mutation' 16 1 1 3J1O SER H 17 ? UNP A0A0D3YMY9 MET 17 'engineered mutation' 17 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 TYR A 21 ? LEU A 26 ? TYR H 21 LEU H 26 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 2 LEU A 36 ? GLN A 41 ? LEU H 36 GLN H 41 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 3 SER A 44 ? LEU A 53 ? SER H 44 LEU H 53 1 ? 10 HELX_P HELX_P4 4 VAL A 60 ? GLU A 73 ? VAL H 60 GLU H 73 1 ? 14 HELX_P HELX_P5 5 ARG A 74 ? ASP A 76 ? ARG H 74 ASP H 76 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 6 GLU A 112 ? GLU A 116 ? GLU H 112 GLU H 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 7 LEU A 118 ? LYS A 129 ? LEU H 118 LYS H 129 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 8 GLN B 3 ? LEU B 12 ? GLN I 199 LEU I 208 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 9 MET B 19 ? LEU B 33 ? MET I 215 LEU I 229 1 ? 15 HELX_P HELX_P10 10 GLU B 75 ? ASN B 80 ? GLU I 271 ASN I 276 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 11 GLU B 90 ? SER B 104 ? GLU I 286 SER I 300 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 12 ILE B 105 ? ILE B 116 ? ILE I 301 ILE I 312 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 13 ASP B 228 ? ILE B 233 ? ASP I 424 ILE I 429 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 14 LYS B 238 ? SER B 258 ? LYS I 434 SER I 454 1 ? 21 HELX_P HELX_P15 15 ASP B 288 ? ASN B 292 ? ASP I 484 ASN I 488 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 16 ASN B 306 ? 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CA M PRO 101 ? ? 128.62 119.30 9.32 1.50 Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 SER H 44 ? ? -96.85 -66.06 2 1 LYS H 54 ? ? -70.70 -169.81 3 1 ARG H 55 ? ? 63.31 70.61 4 1 GLU H 65 ? ? -94.80 -64.85 5 1 LYS H 113 ? ? -53.96 -8.86 6 1 GLU I 198 ? ? 66.31 -119.46 7 1 LEU I 229 ? ? 32.21 -127.72 8 1 SER I 230 ? ? 35.69 -169.25 9 1 SER I 231 ? ? 68.08 -129.75 10 1 VAL I 232 ? ? -132.11 -65.06 11 1 THR I 236 ? ? -134.79 -61.25 12 1 LYS I 267 ? ? -55.54 -72.04 13 1 ILE I 459 ? ? 61.62 -137.04 14 1 LEU I 479 ? ? 68.09 -135.45 15 1 ASN I 497 ? ? 136.19 -46.55 16 1 ARG I 500 ? ? -58.94 -8.80 17 1 VAL I 514 ? ? -55.35 -75.35 18 1 ARG I 615 ? ? -137.18 -69.05 19 1 UNK I 1034 ? ? 179.52 167.77 20 1 UNK I 1035 ? ? 178.93 175.70 21 1 UNK I 1723 ? ? 53.30 -160.40 22 1 ARG J 48 ? ? -45.83 -71.16 23 1 TRP J 62 ? ? 40.34 71.39 24 1 SER J 92 ? ? -108.76 -62.11 25 1 VAL J 94 ? ? 78.29 -17.98 26 1 VAL J 95 ? ? 63.05 -0.71 27 1 TYR J 96 ? ? -58.75 -174.67 28 1 PRO J 97 ? ? -61.69 65.08 29 1 THR J 103 ? ? 60.58 68.92 30 1 GLU J 107 ? ? -42.58 -10.78 31 1 LYS J 117 ? ? 58.67 -120.59 32 1 ASN J 118 ? ? 76.74 -164.83 33 1 PRO J 120 ? ? -78.88 -164.96 34 1 VAL J 122 ? ? -32.25 -26.97 35 1 THR J 136 ? ? 79.30 -178.58 36 1 LEU J 140 ? ? -149.87 -67.71 37 1 GLU J 143 ? ? 55.25 -133.51 38 1 GLU J 144 ? ? -20.70 -13.68 39 1 GLN K 103 ? ? 63.22 -127.96 40 1 LEU K 107 ? ? -97.97 -69.82 41 1 ILE K 112 ? ? -106.70 -61.11 42 1 ASP L 48 ? ? 59.21 70.95 43 1 LYS L 68 ? ? 174.79 166.13 44 1 MET L 81 ? ? 62.72 62.08 45 1 LYS L 83 ? ? 68.64 160.56 46 1 LEU L 85 ? ? 176.73 174.56 47 1 ASN L 86 ? ? -105.27 -63.18 48 1 THR L 94 ? ? -131.40 -70.32 49 1 TYR L 102 ? ? 91.28 -9.93 50 1 MET L 104 ? ? 64.06 -132.33 51 1 ARG L 106 ? ? 53.47 -138.50 52 1 SER L 179 ? ? -81.02 -72.45 53 1 LEU L 191 ? ? -133.43 -69.71 54 1 SER L 199 ? ? -67.60 -176.95 55 1 MET L 204 ? ? -92.62 -61.12 56 1 GLU L 212 ? ? -93.53 -60.43 57 1 ALA M 5 ? ? 179.90 159.01 58 1 ALA M 12 ? ? 177.74 175.14 59 1 LEU M 20 ? ? -58.49 -8.56 60 1 ASN M 48 ? ? 56.70 -124.92 61 1 VAL M 100 ? ? -118.08 69.18 62 1 ILE M 115 ? ? -96.60 -75.17 63 1 LYS M 123 ? ? -173.09 -178.49 64 1 THR M 193 ? ? 41.35 71.25 65 1 TYR M 204 ? ? -105.05 -61.75 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 UNK I 1722 ? ? UNK I 1723 ? ? 142.76 2 1 TYR J 96 ? ? PRO J 97 ? ? -148.10 3 1 PHE J 101 ? ? PRO J 102 ? ? -149.63 4 1 THR J 104 ? ? SER J 105 ? ? -122.46 5 1 GLU J 143 ? ? GLU J 144 ? ? -147.97 6 1 GLU L 69 ? ? 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N I UNK 1094 ? ? 12.88 2 1 C I UNK 1101 ? ? N I UNK 1028 ? ? 37.71 3 1 C I UNK 1038 ? ? N I UNK 1316 ? ? 4.44 4 1 C I UNK 1323 ? ? N I UNK 1619 ? ? 14.40 5 1 C I UNK 1627 ? ? N I UNK 1719 ? ? 26.03 6 1 C I UNK 1727 ? ? N I GLU 669 ? ? 41.03 # _pdbx_entry_details.entry_id 3J1O _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;THE ARRANGEMENT OF RESIDUES 617-668 OF CHAIN I IS UNCLEAR. THESE RESIDUES HAVE BEEN DEFINED AS UNK (UNKNOWN RESIDUE) IN THE COORDINATES AND NUMBERED 1094-1101, 1028-1038, 1316-1323, 1619-1627, AND 1719-1727 IN ANALOGY TO PDB ENTRY 3RJ1. ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # loop_ _em_3d_fitting.id _em_3d_fitting.entry_id _em_3d_fitting.ref_protocol _em_3d_fitting.ref_space _em_3d_fitting.overall_b_value _em_3d_fitting.target_criteria _em_3d_fitting.details _em_3d_fitting.method 1 3J1O 'RIGID BODY FIT' REAL ? ? ;REFINEMENT PROTOCOL--Rigid body fitting of individual RNA polymerase II structural modules DETAILS--Fitted individual structural modules previously identified by X-ray crystallographic studies of RNA polymerase II under different crystallization conditions ; ? 2 3J1O 'RIGID BODY FIT' REAL ? ? ;REFINEMENT PROTOCOL--Rigid body fitting of individual Mediator Head structural modules DETAILS--Fitted individual structural modules previously identified by EM and X-ray crystallographic studies of the Head module ; ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 3RJ1 A ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 3RJ1 1 2 3RJ1 B ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 3RJ1 1 3 3RJ1 C ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 3RJ1 1 4 3RJ1 D ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 3RJ1 1 5 3RJ1 E ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 3RJ1 1 6 3RJ1 F ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 3RJ1 1 7 3RJ1 G ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 3RJ1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 3J1O _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.5 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'projection matching' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 16 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.num_particles 51000 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT' _em_buffer.pH 8 _em_buffer.details '25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT' # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 'Cryo-EM map of a complex including RNA polymerase II, Mediator Head module, TFIIF, TFIIB, TBP, and promoter DNA' COMPLEX 0 ? ;Although biochemical and functional evidence indicates the presence of all 6 original components (RNA polymerase II, Mediator Head, TFIIF, TFIIB, TBP, DNA), only 3 components (RNA polymerase II, Mediator Head, TFIIF) can be clearly identified in the cryo-EM map. ; ? 2 'mediator head module' ? 1 ? ? ? 3 'Head module' ? 1 ? ? ? # _em_imaging.entry_id 3J1O _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2008-07-30 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.temperature 115 _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI F20' _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 3800 _em_imaging.tilt_angle_min 0.0 _em_imaging.tilt_angle_max 0.0 _em_imaging.nominal_cs 2.0 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 50000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 120 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'GATAN LIQUID NITROGEN' _em_imaging.recording_temperature_minimum 77 _em_imaging.recording_temperature_maximum 120 _em_imaging.detector_distance 0.0 _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism 'Objective lens astigmatisma was corrected at 125,000X magnification' _em_imaging.citation_id ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '400 mesh Cu/Rh grids, coated with a perforated carbon film and glow discharged in the presence of amylamine' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? # _em_vitrification.entry_id 3J1O _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details 'Blot for approximately 2 seconds before plunging into liquid ethane.' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp 77 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.method 'Blot for ~2 sec before plunging' _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.specimen_id 1 # _em_experiment.entry_id 3J1O _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3J1O _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 H MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 H GLN 2 ? A GLN 2 3 1 Y 1 H VAL 3 ? A VAL 3 4 1 Y 1 H LEU 4 ? A LEU 4 5 1 Y 1 H ASN 5 ? A ASN 5 6 1 Y 1 H THR 6 ? A THR 6 7 1 Y 1 H LYS 7 ? A LYS 7 8 1 Y 1 H SER 8 ? A SER 8 9 1 Y 1 H GLU 9 ? A GLU 9 10 1 Y 1 H THR 10 ? A THR 10 11 1 Y 1 H LYS 11 ? A LYS 11 12 1 Y 1 H GLN 12 ? A GLN 12 13 1 Y 1 H GLU 13 ? A GLU 13 14 1 Y 1 H ASN 14 ? A ASN 14 15 1 Y 1 H GLU 15 ? A GLU 15 16 1 Y 1 H GLY 16 ? A GLY 16 17 1 Y 1 H SER 17 ? A SER 17 18 1 Y 1 H GLN 18 ? A GLN 18 19 1 Y 1 H PRO 19 ? A PRO 19 20 1 Y 1 H PRO 20 ? A PRO 20 21 1 Y 1 H GLY 94 ? A GLY 94 22 1 Y 1 H THR 95 ? A THR 95 23 1 Y 1 H ARG 96 ? A ARG 96 24 1 Y 1 H LEU 97 ? A LEU 97 25 1 Y 1 H LEU 98 ? A LEU 98 26 1 Y 1 H PRO 99 ? A PRO 99 27 1 Y 1 H ILE 100 ? A ILE 100 28 1 Y 1 H ASN 101 ? A ASN 101 29 1 Y 1 H VAL 102 ? A VAL 102 30 1 Y 1 H ASN 103 ? A ASN 103 31 1 Y 1 H LYS 104 ? A LYS 104 32 1 Y 1 H LYS 105 ? A LYS 105 33 1 Y 1 H ALA 106 ? A ALA 106 34 1 Y 1 H LEU 107 ? A LEU 107 35 1 Y 1 H GLY 108 ? 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