data_3JA6 # _entry.id 3JA6 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.387 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI RCSB RCSB160444 ? ? PDB 3JA6 pdb_00003ja6 10.2210/pdb3ja6/pdb WWPDB D_1000160444 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2015-12-09 2 'Structure model' 1 1 2024-02-21 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 2 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' chem_comp_atom 2 2 'Structure model' chem_comp_bond 3 2 'Structure model' database_2 4 2 'Structure model' em_3d_fitting_list 5 2 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 2 2 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 3 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 4 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 5 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 6 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _database_PDB_caveat.id 1 _database_PDB_caveat.text ;N- AND C-TERMINAL RESIDUES IN CHAINS G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, R, AND Q ARE MODELED OUTSIDE OF THE BOUNDARIES OF THE ASSOCIATED EM MAP. THIS REGION COMPRISES APPROXIMATELY RESIDUES 221 TO 275 AND 478 TO 529 IN ALL TWELVE TARCF CHAINS. ; # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 3JA6 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2015-04-21 _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.SG_entry ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type _pdbx_database_related.details EMDB EMD-6319 'associated EM volume' . EMDB EMD-6320 'other EM volume' . # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Cassidy, C.K.' 1 'Himes, B.A.' 2 'Alvarez, F.J.' 3 'Ma, J.' 4 'Zhao, G.' 5 'Perilla, J.R.' 6 'Schulten, K.' 7 'Zhang, P.' 8 # _citation.id primary _citation.title 'CryoEM and computer simulations reveal a novel kinase conformational switch in bacterial chemotaxis signaling.' _citation.journal_abbrev Elife _citation.journal_volume 4 _citation.page_first e08419 _citation.page_last e08419 _citation.year 2015 _citation.journal_id_ASTM ? _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 2050-084X _citation.journal_id_CSD ? _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 26583751 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.7554/eLife.08419 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cassidy, C.K.' 1 ? primary 'Himes, B.A.' 2 ? primary 'Alvarez, F.J.' 3 ? primary 'Ma, J.' 4 ? primary 'Zhao, G.' 5 ? primary 'Perilla, J.R.' 6 ? primary 'Schulten, K.' 7 ? primary 'Zhang, P.' 8 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Chemotaxis protein CheW' 15718.318 4 ? ? 'SEE REMARK 999' ? 2 polymer man 'Chemotaxis protein CheA' 42489.328 2 ? ? 'dimerization domain, kinase domain, and regulatory domain (SEE REMARK 999)' ? 3 polymer man 'Methyl-accepting chemotaxis protein 2' 33398.828 6 ? ? 'cytoplasmic domain (SEE REMARK 999)' ? 4 polymer man 'Methyl-accepting chemotaxis protein 2' 33225.594 6 ? ? 'cytoplasmic domain (SEE REMARK 999)' ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;KEFEVLSFEIDEQALAFDVDNIEMVIEKSDITPVPKSRHFVEGVINLRGRIIPVVNLAKILGISFDEQKMKSIIVARTKD VEVGFLVDRVLGVLRITENQLDLTNVSDKFGKKSKGLVKTDGRLIIYLDIDKIIEEITV ; ;KEFEVLSFEIDEQALAFDVDNIEMVIEKSDITPVPKSRHFVEGVINLRGRIIPVVNLAKILGISFDEQKMKSIIVARTKD VEVGFLVDRVLGVLRITENQLDLTNVSDKFGKKSKGLVKTDGRLIIYLDIDKIIEEITV ; A,B,D,F ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SQTVRVDIEKLDNLMDLMGELVIARSRILETLKKYNIKELDESLSHLSRITLDLQNVVMKIRMVPISFVFNRFPRMVRDL AKKMNKEVNFIMRGEDTELDRTFVEEIGEPLLHLLRNAIDHGIEPKEERIAKGKPPIGTLILSARHEGNNVVIEVEDDGR GIDKEKIIRKAIEKGLIDESKAATLSDQEILNFLFVPGFSTKEKVSEVSGRGVGMDVVKNVVESLNGSMGIESEKDKGTK VTIRLPLTLAIIQALLVKVNNLVYAIPIANIDTILSISKEDIQRVQDRDVIVIRGEVIPVYRLWEVLQIEHKEELEEMEA VIVRVGNRKYGIVVDDLLGQDDIVIKSLGKVFSEVKEFSGAAILGDGSIALIINVSGIV ; ;SQTVRVDIEKLDNLMDLMGELVIARSRILETLKKYNIKELDESLSHLSRITLDLQNVVMKIRMVPISFVFNRFPRMVRDL AKKMNKEVNFIMRGEDTELDRTFVEEIGEPLLHLLRNAIDHGIEPKEERIAKGKPPIGTLILSARHEGNNVVIEVEDDGR GIDKEKIIRKAIEKGLIDESKAATLSDQEILNFLFVPGFSTKEKVSEVSGRGVGMDVVKNVVESLNGSMGIESEKDKGTK VTIRLPLTLAIIQALLVKVNNLVYAIPIANIDTILSISKEDIQRVQDRDVIVIRGEVIPVYRLWEVLQIEHKEELEEMEA VIVRVGNRKYGIVVDDLLGQDDIVIKSLGKVFSEVKEFSGAAILGDGSIALIINVSGIV ; C,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMKDVQTETFSVAESIEEISKANEEITNQLLGISKEMDNISTRIESISASVQETTAGSEEISSATKNIADSAQQAASF ADQSTQLAKEAGDALKKVIEVTRMISNSAKDVERVVESFQKGAEEITSFVETINAIAEQTNLLALNAAIEAARAGEAGRG FAVVADEIRKLAEESQQASENVRRVVNEIRSIAEDAGKVSSEITARVEEGTKLADEADEKLNSIVGAVERINEMLQNIAA AIEEQTAAVDEITTAMTENAKNAEEITNSVKEVNARLQEISASTEEVTSRVQTIRENVQMLKEIVARYK ; ;GSHMKDVQTETFSVAESIEEISKANEEITNQLLGISKEMDNISTRIESISASVQETTAGSEEISSATKNIADSAQQAASF ADQSTQLAKEAGDALKKVIEVTRMISNSAKDVERVVESFQKGAEEITSFVETINAIAEQTNLLALNAAIEAARAGEAGRG FAVVADEIRKLAEESQQASENVRRVVNEIRSIAEDAGKVSSEITARVEEGTKLADEADEKLNSIVGAVERINEMLQNIAA AIEEQTAAVDEITTAMTENAKNAEEITNSVKEVNARLQEISASTEEVTSRVQTIRENVQMLKEIVARYK ; G,I,K,M,O,Q ? 4 'polypeptide(L)' no no ;SHMKDVQTETFSVAESIEEISKANEEITNQLLGISKEMDNISTRIESISASVQETTAGSEEISSATKNIADSAQQAASFA DQSTQLAKEAGDALKKVIEVTRMISNSAKDVERVVESFQKGAEEITSFVETINAIAEQTNLLALNAAIEAARAGEAGRGF AVVADEIRKLAEESQQASENVRRVVNEIRSIAEDAGKVSSEITARVEEGTKLADEADEKLNSIVGAVERINEMLQNIAAA IEEQNAAVDEITTAMTENAKNAEEITNSVKEVNARLQEISASTEEVTSRVQTIRENVQMLKEIVARY ; ;SHMKDVQTETFSVAESIEEISKANEEITNQLLGISKEMDNISTRIESISASVQETTAGSEEISSATKNIADSAQQAASFA DQSTQLAKEAGDALKKVIEVTRMISNSAKDVERVVESFQKGAEEITSFVETINAIAEQTNLLALNAAIEAARAGEAGRGF AVVADEIRKLAEESQQASENVRRVVNEIRSIAEDAGKVSSEITARVEEGTKLADEADEKLNSIVGAVERINEMLQNIAAA IEEQNAAVDEITTAMTENAKNAEEITNSVKEVNARLQEISASTEEVTSRVQTIRENVQMLKEIVARY ; H,J,L,N,P,R ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 LYS n 1 2 GLU n 1 3 PHE n 1 4 GLU n 1 5 VAL n 1 6 LEU n 1 7 SER n 1 8 PHE n 1 9 GLU n 1 10 ILE n 1 11 ASP n 1 12 GLU n 1 13 GLN n 1 14 ALA n 1 15 LEU n 1 16 ALA n 1 17 PHE n 1 18 ASP n 1 19 VAL n 1 20 ASP n 1 21 ASN n 1 22 ILE n 1 23 GLU n 1 24 MET n 1 25 VAL n 1 26 ILE n 1 27 GLU n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ASP n 1 31 ILE n 1 32 THR n 1 33 PRO n 1 34 VAL n 1 35 PRO n 1 36 LYS n 1 37 SER n 1 38 ARG n 1 39 HIS n 1 40 PHE n 1 41 VAL n 1 42 GLU n 1 43 GLY n 1 44 VAL n 1 45 ILE n 1 46 ASN n 1 47 LEU n 1 48 ARG n 1 49 GLY n 1 50 ARG n 1 51 ILE n 1 52 ILE n 1 53 PRO n 1 54 VAL n 1 55 VAL n 1 56 ASN n 1 57 LEU n 1 58 ALA n 1 59 LYS n 1 60 ILE n 1 61 LEU n 1 62 GLY n 1 63 ILE n 1 64 SER n 1 65 PHE n 1 66 ASP n 1 67 GLU n 1 68 GLN n 1 69 LYS n 1 70 MET n 1 71 LYS n 1 72 SER n 1 73 ILE n 1 74 ILE n 1 75 VAL n 1 76 ALA n 1 77 ARG n 1 78 THR n 1 79 LYS n 1 80 ASP n 1 81 VAL n 1 82 GLU n 1 83 VAL n 1 84 GLY n 1 85 PHE n 1 86 LEU n 1 87 VAL n 1 88 ASP n 1 89 ARG n 1 90 VAL n 1 91 LEU n 1 92 GLY n 1 93 VAL n 1 94 LEU n 1 95 ARG n 1 96 ILE n 1 97 THR n 1 98 GLU n 1 99 ASN n 1 100 GLN n 1 101 LEU n 1 102 ASP n 1 103 LEU n 1 104 THR n 1 105 ASN n 1 106 VAL n 1 107 SER n 1 108 ASP n 1 109 LYS n 1 110 PHE n 1 111 GLY n 1 112 LYS n 1 113 LYS n 1 114 SER n 1 115 LYS n 1 116 GLY n 1 117 LEU n 1 118 VAL n 1 119 LYS n 1 120 THR n 1 121 ASP n 1 122 GLY n 1 123 ARG n 1 124 LEU n 1 125 ILE n 1 126 ILE n 1 127 TYR n 1 128 LEU n 1 129 ASP n 1 130 ILE n 1 131 ASP n 1 132 LYS n 1 133 ILE n 1 134 ILE n 1 135 GLU n 1 136 GLU n 1 137 ILE n 1 138 THR n 1 139 VAL n 2 1 SER n 2 2 GLN n 2 3 THR n 2 4 VAL n 2 5 ARG n 2 6 VAL n 2 7 ASP n 2 8 ILE n 2 9 GLU n 2 10 LYS n 2 11 LEU n 2 12 ASP n 2 13 ASN n 2 14 LEU n 2 15 MET n 2 16 ASP n 2 17 LEU n 2 18 MET n 2 19 GLY n 2 20 GLU n 2 21 LEU n 2 22 VAL n 2 23 ILE n 2 24 ALA n 2 25 ARG n 2 26 SER n 2 27 ARG n 2 28 ILE n 2 29 LEU n 2 30 GLU n 2 31 THR n 2 32 LEU n 2 33 LYS n 2 34 LYS n 2 35 TYR n 2 36 ASN n 2 37 ILE n 2 38 LYS n 2 39 GLU n 2 40 LEU n 2 41 ASP n 2 42 GLU n 2 43 SER n 2 44 LEU n 2 45 SER n 2 46 HIS n 2 47 LEU n 2 48 SER n 2 49 ARG n 2 50 ILE n 2 51 THR n 2 52 LEU n 2 53 ASP n 2 54 LEU n 2 55 GLN n 2 56 ASN n 2 57 VAL n 2 58 VAL n 2 59 MET n 2 60 LYS n 2 61 ILE n 2 62 ARG n 2 63 MET n 2 64 VAL n 2 65 PRO n 2 66 ILE n 2 67 SER n 2 68 PHE n 2 69 VAL n 2 70 PHE n 2 71 ASN n 2 72 ARG n 2 73 PHE n 2 74 PRO n 2 75 ARG n 2 76 MET n 2 77 VAL n 2 78 ARG n 2 79 ASP n 2 80 LEU n 2 81 ALA n 2 82 LYS n 2 83 LYS n 2 84 MET n 2 85 ASN n 2 86 LYS n 2 87 GLU n 2 88 VAL n 2 89 ASN n 2 90 PHE n 2 91 ILE n 2 92 MET n 2 93 ARG n 2 94 GLY n 2 95 GLU n 2 96 ASP n 2 97 THR n 2 98 GLU n 2 99 LEU n 2 100 ASP n 2 101 ARG n 2 102 THR n 2 103 PHE n 2 104 VAL n 2 105 GLU n 2 106 GLU n 2 107 ILE n 2 108 GLY n 2 109 GLU n 2 110 PRO n 2 111 LEU n 2 112 LEU n 2 113 HIS n 2 114 LEU n 2 115 LEU n 2 116 ARG n 2 117 ASN n 2 118 ALA n 2 119 ILE n 2 120 ASP n 2 121 HIS n 2 122 GLY n 2 123 ILE n 2 124 GLU n 2 125 PRO n 2 126 LYS n 2 127 GLU n 2 128 GLU n 2 129 ARG n 2 130 ILE n 2 131 ALA n 2 132 LYS n 2 133 GLY n 2 134 LYS n 2 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VAL n 2 219 LYS n 2 220 ASN n 2 221 VAL n 2 222 VAL n 2 223 GLU n 2 224 SER n 2 225 LEU n 2 226 ASN n 2 227 GLY n 2 228 SER n 2 229 MET n 2 230 GLY n 2 231 ILE n 2 232 GLU n 2 233 SER n 2 234 GLU n 2 235 LYS n 2 236 ASP n 2 237 LYS n 2 238 GLY n 2 239 THR n 2 240 LYS n 2 241 VAL n 2 242 THR n 2 243 ILE n 2 244 ARG n 2 245 LEU n 2 246 PRO n 2 247 LEU n 2 248 THR n 2 249 LEU n 2 250 ALA n 2 251 ILE n 2 252 ILE n 2 253 GLN n 2 254 ALA n 2 255 LEU n 2 256 LEU n 2 257 VAL n 2 258 LYS n 2 259 VAL n 2 260 ASN n 2 261 ASN n 2 262 LEU n 2 263 VAL n 2 264 TYR n 2 265 ALA n 2 266 ILE n 2 267 PRO n 2 268 ILE n 2 269 ALA n 2 270 ASN n 2 271 ILE n 2 272 ASP n 2 273 THR n 2 274 ILE n 2 275 LEU n 2 276 SER n 2 277 ILE n 2 278 SER n 2 279 LYS n 2 280 GLU n 2 281 ASP n 2 282 ILE n 2 283 GLN n 2 284 ARG n 2 285 VAL n 2 286 GLN n 2 287 ASP n 2 288 ARG n 2 289 ASP n 2 290 VAL n 2 291 ILE n 2 292 VAL n 2 293 ILE n 2 294 ARG n 2 295 GLY n 2 296 GLU n 2 297 VAL n 2 298 ILE n 2 299 PRO n 2 300 VAL n 2 301 TYR 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ASP E 470 LEU E 477 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 30 SER E 186 ? LEU E 191 ? SER E 478 LEU E 483 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 31 ASN E 192 ? VAL E 196 ? ASN E 484 VAL E 488 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 32 MET E 215 ? LEU E 225 ? MET E 507 LEU E 517 1 ? 11 HELX_P HELX_P33 33 LEU E 303 ? LEU E 307 ? LEU E 595 LEU E 599 1 ? 5 HELX_P HELX_P34 34 GLY E 349 ? SER E 353 ? GLY E 641 SER E 645 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 35 ASN E 374 ? VAL E 379 ? ASN E 666 VAL E 671 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 36 LEU F 57 ? GLY F 62 ? LEU F 65 GLY F 70 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 37 THR F 97 ? ASN F 99 ? THR F 105 ASN F 107 5 ? 3 HELX_P HELX_P38 38 ASP F 129 ? THR F 138 ? ASP F 137 THR F 146 1 ? 10 HELX_P HELX_P39 39 HIS G 3 ? ALA G 154 ? HIS G 223 ALA G 374 1 ? 152 HELX_P HELX_P40 40 ALA G 154 ? LYS G 309 ? ALA G 374 LYS G 529 1 ? 156 HELX_P HELX_P41 41 MET H 3 ? VAL H 13 ? MET H 224 VAL H 234 1 ? 11 HELX_P HELX_P42 42 VAL H 13 ? ALA H 93 ? VAL H 234 ALA H 314 1 ? 81 HELX_P HELX_P43 43 ALA H 93 ? ALA H 151 ? 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GLY L 378 TYR L 528 1 ? 151 HELX_P HELX_P58 58 HIS M 3 ? ALA M 154 ? HIS M 223 ALA M 374 1 ? 152 HELX_P HELX_P59 59 GLY M 158 ? LYS M 309 ? GLY M 378 LYS M 529 1 ? 152 HELX_P HELX_P60 60 MET N 3 ? PHE N 11 ? MET N 224 PHE N 232 1 ? 9 HELX_P HELX_P61 61 PHE N 11 ? ALA N 93 ? PHE N 232 ALA N 314 1 ? 83 HELX_P HELX_P62 62 ALA N 93 ? ALA N 151 ? ALA N 314 ALA N 372 1 ? 59 HELX_P HELX_P63 63 ALA N 153 ? TYR N 307 ? ALA N 374 TYR N 528 1 ? 155 HELX_P HELX_P64 64 SER O 2 ? ALA O 152 ? SER O 222 ALA O 372 1 ? 151 HELX_P HELX_P65 65 ALA O 157 ? LYS O 309 ? ALA O 377 LYS O 529 1 ? 153 HELX_P HELX_P66 66 HIS P 2 ? ALA P 151 ? HIS P 223 ALA P 372 1 ? 150 HELX_P HELX_P67 67 ALA P 153 ? TYR P 307 ? ALA P 374 TYR P 528 1 ? 155 HELX_P HELX_P68 68 HIS Q 3 ? ALA Q 154 ? HIS Q 223 ALA Q 374 1 ? 152 HELX_P HELX_P69 69 GLY Q 155 ? ALA Q 157 ? GLY Q 375 ALA Q 377 5 ? 3 HELX_P HELX_P70 70 GLY Q 158 ? ASP Q 195 ? GLY Q 378 ASP Q 415 1 ? 38 HELX_P HELX_P71 71 ALA Q 196 ? LYS Q 309 ? ALA Q 416 LYS Q 529 1 ? 114 HELX_P HELX_P72 72 HIS R 2 ? VAL R 13 ? HIS R 223 VAL R 234 1 ? 12 HELX_P HELX_P73 73 VAL R 13 ? ALA R 151 ? VAL R 234 ALA R 372 1 ? 139 HELX_P HELX_P74 74 ALA R 153 ? TYR R 307 ? ALA R 374 TYR R 528 1 ? 155 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 6 ? B ? 5 ? C ? 6 ? D ? 5 ? E ? 2 ? F ? 2 ? G ? 5 ? H ? 3 ? I ? 5 ? J ? 4 ? K ? 2 ? L ? 6 ? M ? 5 ? N ? 2 ? O ? 5 ? P ? 3 ? Q ? 4 ? R ? 4 ? S ? 3 ? T ? 6 ? 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