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'ELECTRON MICROSCOPY' f_angle_d 17960 1.035 ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' f_chiral_restr 2115 0.045 ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' f_plane_restr 2235 0.004 ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' f_dihedral_angle_d 4270 9.419 ? ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso 1 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 1 TORSIONAL A 7395 0.234 ? ? ? ? ? 2 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 2 TORSIONAL B 7395 0.234 ? ? ? ? ? 3 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 3 TORSIONAL C 7395 0.234 ? ? ? ? ? 4 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 4 TORSIONAL D 7395 0.234 ? ? ? ? ? 5 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 5 TORSIONAL E 7395 0.234 ? ? ? ? ? # loop_ _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs 3.9000 3.9443 30 100.0000 25635 . 0.6425 0.6373 . 1314 . 26949 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 3.9443 3.9907 30 100.0000 25327 . 0.5036 0.4867 . 1263 . 26590 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 3.9907 4.0394 30 100.0000 25331 . 0.4698 0.4819 . 1327 . 26658 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.0394 4.0905 30 100.0000 25221 . 0.4576 0.4651 . 1348 . 26569 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.0905 4.1443 30 100.0000 25328 . 0.4481 0.4560 . 1327 . 26655 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.1443 4.2010 30 100.0000 25179 . 0.4466 0.4604 . 1258 . 26437 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.2010 4.2610 30 100.0000 25449 . 0.4520 0.4315 . 1379 . 26828 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.2610 4.3246 30 100.0000 24934 . 0.4385 0.4339 . 1341 . 26275 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.3246 4.3921 30 100.0000 25713 . 0.4067 0.4104 . 1380 . 27093 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.3921 4.4641 30 100.0000 24986 . 0.3775 0.3866 . 1319 . 26305 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.4641 4.5410 30 100.0000 25055 . 0.3627 0.3634 . 1352 . 26407 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.5410 4.6235 30 100.0000 25317 . 0.3527 0.3491 . 1344 . 26661 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.6235 4.7124 30 100.0000 25765 . 0.3210 0.3211 . 1380 . 27145 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.7124 4.8085 30 100.0000 25167 . 0.3143 0.3220 . 1309 . 26476 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.8085 4.9130 30 100.0000 25197 . 0.3242 0.3097 . 1320 . 26517 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.9130 5.0271 30 100.0000 25174 . 0.3290 0.3353 . 1287 . 26461 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 5.0271 5.1527 30 100.0000 25139 . 0.3263 0.3281 . 1349 . 26488 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 5.1527 5.2919 30 100.0000 25392 . 0.3209 0.3280 . 1357 . 26749 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 5.2919 5.4474 30 100.0000 25195 . 0.3437 0.3412 . 1329 . 26524 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 5.4474 5.6231 30 100.0000 25302 . 0.3580 0.3620 . 1263 . 26565 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 5.6231 5.8237 30 100.0000 25183 . 0.3474 0.3527 . 1257 . 26440 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 5.8237 6.0565 30 100.0000 25495 . 0.3112 0.3110 . 1309 . 26804 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 6.0565 6.3317 30 100.0000 25289 . 0.3099 0.3101 . 1361 . 26650 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 6.3317 6.6648 30 100.0000 25436 . 0.3020 0.2915 . 1304 . 26740 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 6.6648 7.0812 30 100.0000 25153 . 0.2947 0.2860 . 1320 . 26473 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 7.0812 7.6262 30 100.0000 25342 . 0.2918 0.2978 . 1324 . 26666 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 7.6262 8.3904 30 100.0000 25128 . 0.2662 0.2630 . 1370 . 26498 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 8.3904 9.5971 30 100.0000 25266 . 0.2300 0.2324 . 1364 . 26630 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 9.5971 12.0632 30 99.0000 24952 . 0.1989 0.2046 . 1339 . 26291 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 12.0632 49.9965 30 99.0000 25100 . 0.3221 0.3187 . 1350 . 26450 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details 1 1 'chain A and segid A' 1 2 'chain B and segid A' 1 3 'chain C and segid A' 1 4 'chain D and segid A' 1 5 'chain E and segid A' # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id 1 1 1 ? A 0 A 0 'chain A and segid A' ? ? ? ? ? ? ? ? 1 2 1 ? B 0 B 0 'chain B and segid A' ? ? ? ? ? ? ? ? 1 3 1 ? C 0 C 0 'chain C and segid A' ? ? ? ? ? ? ? ? 1 4 1 ? D 0 D 0 'chain D and segid A' ? ? ? ? ? ? ? ? 1 5 1 ? E 0 E 0 'chain E and segid A' ? ? ? ? ? ? ? ? # _struct_ncs_ens.id 1 _struct_ncs_ens.details ? # _struct.entry_id 3JAD _struct.title 'Structure of alpha-1 glycine receptor by single particle electron cryo-microscopy, strychnine-bound state' _struct.pdbx_descriptor 'zebra fish alpha1 glycine receptor' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3JAD _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN/ANTAGONIST' _struct_keywords.text 'cys loop receptor, alpha-1 glycine receptor, strychnine, SIGNALING PROTEIN-ANTAGONIST complex' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? 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ALA A 267 LEU A 290 1 ? 24 HELX_P HELX_P6 6 LYS A 273 ? ARG A 301 ? LYS A 297 ARG A 325 1 ? 29 HELX_P HELX_P7 7 LEU A 306 ? LYS A 338 ? LEU A 330 LYS A 362 1 ? 33 HELX_P HELX_P8 8 PRO B 2 ? GLY B 11 ? PRO B 26 GLY B 35 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 9 SER B 80 ? SER B 84 ? SER B 104 SER B 108 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 10 MET B 212 ? MET B 219 ? MET B 236 MET B 243 1 ? 8 HELX_P HELX_P11 11 MET B 219 ? TRP B 235 ? MET B 243 TRP B 259 1 ? 17 HELX_P HELX_P12 12 ALA B 243 ? LEU B 266 ? ALA B 267 LEU B 290 1 ? 24 HELX_P HELX_P13 13 LYS B 273 ? ARG B 301 ? LYS B 297 ARG B 325 1 ? 29 HELX_P HELX_P14 14 LEU B 306 ? LYS B 338 ? LEU B 330 LYS B 362 1 ? 33 HELX_P HELX_P15 15 PRO C 2 ? GLY C 11 ? PRO C 26 GLY C 35 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 16 SER C 80 ? SER C 84 ? SER C 104 SER C 108 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 17 MET C 212 ? MET C 219 ? MET C 236 MET C 243 1 ? 8 HELX_P HELX_P18 18 MET C 219 ? TRP C 235 ? MET C 243 TRP C 259 1 ? 17 HELX_P HELX_P19 19 ALA C 243 ? LEU C 266 ? ALA C 267 LEU C 290 1 ? 24 HELX_P HELX_P20 20 LYS C 273 ? ARG C 301 ? LYS C 297 ARG C 325 1 ? 29 HELX_P HELX_P21 21 LEU C 306 ? LYS C 338 ? LEU C 330 LYS C 362 1 ? 33 HELX_P HELX_P22 22 PRO D 2 ? GLY D 11 ? PRO D 26 GLY D 35 1 ? 10 HELX_P HELX_P23 23 SER D 80 ? SER D 84 ? SER D 104 SER D 108 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 24 MET D 212 ? MET D 219 ? MET D 236 MET D 243 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 25 MET D 219 ? TRP D 235 ? MET D 243 TRP D 259 1 ? 17 HELX_P HELX_P26 26 ALA D 243 ? LEU D 266 ? ALA D 267 LEU D 290 1 ? 24 HELX_P HELX_P27 27 LYS D 273 ? ARG D 301 ? LYS D 297 ARG D 325 1 ? 29 HELX_P HELX_P28 28 LEU D 306 ? LYS D 338 ? LEU D 330 LYS D 362 1 ? 33 HELX_P HELX_P29 29 PRO E 2 ? GLY E 11 ? PRO E 26 GLY E 35 1 ? 10 HELX_P HELX_P30 30 SER E 80 ? SER E 84 ? SER E 104 SER E 108 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 31 MET E 212 ? MET E 219 ? MET E 236 MET E 243 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 32 MET E 219 ? TRP E 235 ? MET E 243 TRP E 259 1 ? 17 HELX_P HELX_P33 33 ALA E 243 ? LEU E 266 ? ALA E 267 LEU E 290 1 ? 24 HELX_P HELX_P34 34 LYS E 273 ? ARG E 301 ? LYS E 297 ARG E 325 1 ? 29 HELX_P HELX_P35 35 LEU E 306 ? LYS E 338 ? LEU E 330 LYS E 362 1 ? 33 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 190 SG ? ? ? 1_555 A CYS 201 SG ? ? A CYS 214 A CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 190 SG ? ? ? 1_555 B CYS 201 SG ? ? B CYS 214 B CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 190 SG ? ? ? 1_555 C CYS 201 SG ? ? C CYS 214 C CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 190 SG ? ? ? 1_555 D CYS 201 SG ? ? D CYS 214 D CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 190 SG ? ? ? 1_555 E CYS 201 SG ? ? E CYS 214 E CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? covale1 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? ? covale2 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? ? covale3 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? ? covale4 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? ? covale5 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 5 ? B ? 5 ? C ? 4 ? D ? 5 ? E ? 5 ? F ? 4 ? G ? 5 ? H ? 5 ? I ? 4 ? J ? 5 ? K ? 5 ? L ? 4 ? M ? 5 ? N ? 5 ? O ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel B 4 5 ? parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel D 4 5 ? parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel E 4 5 ? parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel G 4 5 ? parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel H 4 5 ? parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel K 4 5 ? parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel L 3 4 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel M 3 4 ? anti-parallel M 4 5 ? parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? anti-parallel N 4 5 ? parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel O 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 GLU A 95 ? 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ASP B 73 ASN B 85 E 4 VAL B 29 ? ALA B 44 ? VAL B 53 ALA B 68 E 5 VAL B 168 ? VAL B 170 ? VAL B 192 VAL B 194 F 1 LEU B 90 ? PHE B 92 ? LEU B 114 PHE B 116 F 2 VAL B 141 ? SER B 150 ? VAL B 165 SER B 174 F 3 GLY B 197 ? ARG B 210 ? GLY B 221 ARG B 234 F 4 PHE B 179 ? TYR B 194 ? PHE B 203 TYR B 218 G 1 GLU C 95 ? PHE C 100 ? GLU C 119 PHE C 124 G 2 ASN C 117 ? LEU C 128 ? ASN C 141 LEU C 152 G 3 ASP C 49 ? ASN C 61 ? ASP C 73 ASN C 85 G 4 VAL C 29 ? ALA C 44 ? VAL C 53 ALA C 68 G 5 LEU C 158 ? GLU C 161 ? LEU C 182 GLU C 185 H 1 LEU C 109 ? ILE C 112 ? LEU C 133 ILE C 136 H 2 ASN C 117 ? LEU C 128 ? ASN C 141 LEU C 152 H 3 ASP C 49 ? ASN C 61 ? ASP C 73 ASN C 85 H 4 VAL C 29 ? ALA C 44 ? VAL C 53 ALA C 68 H 5 VAL C 168 ? VAL C 170 ? VAL C 192 VAL C 194 I 1 LEU C 90 ? PHE C 92 ? LEU C 114 PHE C 116 I 2 VAL C 141 ? SER C 150 ? VAL C 165 SER C 174 I 3 GLY C 197 ? ARG C 210 ? GLY C 221 ARG C 234 I 4 PHE C 179 ? TYR C 194 ? PHE C 203 TYR C 218 J 1 GLU D 95 ? PHE D 100 ? GLU D 119 PHE D 124 J 2 ASN D 117 ? LEU D 128 ? ASN D 141 LEU D 152 J 3 ASP D 49 ? ASN D 61 ? ASP D 73 ASN D 85 J 4 VAL D 29 ? ALA D 44 ? VAL D 53 ALA D 68 J 5 LEU D 158 ? GLU D 161 ? LEU D 182 GLU D 185 K 1 LEU D 109 ? ILE D 112 ? LEU D 133 ILE D 136 K 2 ASN D 117 ? LEU D 128 ? ASN D 141 LEU D 152 K 3 ASP D 49 ? ASN D 61 ? ASP D 73 ASN D 85 K 4 VAL D 29 ? ALA D 44 ? VAL D 53 ALA D 68 K 5 VAL D 168 ? VAL D 170 ? VAL D 192 VAL D 194 L 1 LEU D 90 ? PHE D 92 ? LEU D 114 PHE D 116 L 2 VAL D 141 ? SER D 150 ? VAL D 165 SER D 174 L 3 GLY D 197 ? ARG D 210 ? GLY D 221 ARG D 234 L 4 PHE D 179 ? TYR D 194 ? PHE D 203 TYR D 218 M 1 GLU E 95 ? PHE E 100 ? GLU E 119 PHE E 124 M 2 ASN E 117 ? LEU E 128 ? ASN E 141 LEU E 152 M 3 ASP E 49 ? ASN E 61 ? ASP E 73 ASN E 85 M 4 VAL E 29 ? ALA E 44 ? VAL E 53 ALA E 68 M 5 LEU E 158 ? GLU E 161 ? LEU E 182 GLU E 185 N 1 LEU E 109 ? ILE E 112 ? LEU E 133 ILE E 136 N 2 ASN E 117 ? LEU E 128 ? ASN E 141 LEU E 152 N 3 ASP E 49 ? ASN E 61 ? ASP E 73 ASN E 85 N 4 VAL E 29 ? ALA E 44 ? VAL E 53 ALA E 68 N 5 VAL E 168 ? VAL E 170 ? VAL E 192 VAL E 194 O 1 LEU E 90 ? PHE E 92 ? LEU E 114 PHE E 116 O 2 VAL E 141 ? SER E 150 ? VAL E 165 SER E 174 O 3 GLY E 197 ? ARG E 210 ? GLY E 221 ARG E 234 O 4 PHE E 179 ? TYR E 194 ? PHE E 203 TYR E 218 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 N GLY A 97 ? 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N ASN B 62 E 4 5 N ILE B 35 ? N ILE B 59 O GLN B 169 ? O GLN B 193 F 1 2 N PHE B 91 ? N PHE B 115 O GLU B 149 ? O GLU B 173 F 2 3 N GLN B 142 ? N GLN B 166 O LEU B 208 ? O LEU B 232 F 3 4 O GLY B 197 ? O GLY B 221 N TYR B 194 ? N TYR B 218 G 1 2 N GLY C 97 ? N GLY C 121 O VAL C 127 ? O VAL C 151 G 2 3 O TYR C 120 ? O TYR C 144 N GLN C 58 ? N GLN C 82 G 3 4 O ASN C 53 ? O ASN C 77 N ASN C 38 ? N ASN C 62 G 4 5 N VAL C 29 ? N VAL C 53 O ILE C 159 ? O ILE C 183 H 1 2 N LEU C 109 ? N LEU C 133 O SER C 121 ? O SER C 145 H 2 3 O TYR C 120 ? O TYR C 144 N GLN C 58 ? N GLN C 82 H 3 4 O ASN C 53 ? O ASN C 77 N ASN C 38 ? N ASN C 62 H 4 5 N ILE C 35 ? N ILE C 59 O GLN C 169 ? O GLN C 193 I 1 2 N PHE C 91 ? N PHE C 115 O GLU C 149 ? O GLU C 173 I 2 3 N GLN C 142 ? N GLN C 166 O LEU C 208 ? O LEU C 232 I 3 4 O GLY C 197 ? O GLY C 221 N TYR C 194 ? N TYR C 218 J 1 2 N GLY D 97 ? N GLY D 121 O VAL D 127 ? O VAL D 151 J 2 3 O TYR D 120 ? O TYR D 144 N GLN D 58 ? N GLN D 82 J 3 4 O ASN D 53 ? 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E . n E 1 342 ARG 342 366 ? ? ? E . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 3 SY9 1 503 402 SY9 SY9 A . L 3 SY9 1 401 402 SY9 SY9 B . M 3 SY9 1 401 402 SY9 SY9 C . N 3 SY9 1 401 402 SY9 SY9 D . O 3 SY9 1 401 402 SY9 SY9 E . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2015-09-09 2 'Structure model' 1 1 2015-09-23 3 'Structure model' 1 2 2015-10-14 4 'Structure model' 1 3 2018-07-18 5 'Structure model' 2 0 2020-07-29 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 5 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 5 'Structure model' Advisory 5 5 'Structure model' 'Atomic model' 6 5 'Structure model' 'Data collection' 7 5 'Structure model' 'Derived calculations' 8 5 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' em_software 2 5 'Structure model' atom_site 3 5 'Structure model' chem_comp 4 5 'Structure model' entity 5 5 'Structure model' pdbx_branch_scheme 6 5 'Structure model' pdbx_chem_comp_identifier 7 5 'Structure model' pdbx_entity_branch 8 5 'Structure model' pdbx_entity_branch_descriptor 9 5 'Structure model' pdbx_entity_branch_link 10 5 'Structure model' pdbx_entity_branch_list 11 5 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 12 5 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 13 5 'Structure model' pdbx_struct_assembly_gen 14 5 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms 15 5 'Structure model' struct_asym 16 5 'Structure model' struct_conn 17 5 'Structure model' struct_site 18 5 'Structure model' struct_site_gen # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 2 4 'Structure model' '_em_software.name' 3 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 4 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 5 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 6 5 'Structure model' '_atom_site.auth_asym_id' 7 5 'Structure model' '_atom_site.auth_atom_id' 8 5 'Structure model' '_atom_site.auth_comp_id' 9 5 'Structure model' '_atom_site.auth_seq_id' 10 5 'Structure model' '_atom_site.label_asym_id' 11 5 'Structure model' '_atom_site.label_atom_id' 12 5 'Structure model' '_atom_site.label_comp_id' 13 5 'Structure model' '_atom_site.label_entity_id' 14 5 'Structure model' '_atom_site.type_symbol' 15 5 'Structure model' '_chem_comp.name' 16 5 'Structure model' '_chem_comp.type' 17 5 'Structure model' '_entity.formula_weight' 18 5 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 19 5 'Structure model' '_entity.pdbx_number_of_molecules' 20 5 'Structure model' '_entity.type' 21 5 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 22 5 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id' 23 5 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id' 24 5 'Structure model' '_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id' 25 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 26 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 27 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 28 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 29 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 30 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 31 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 3JAD _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--The model (3RHW) was fit into the density map using UCSF Chimera. Further de novo model building was done using COOT. ; _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details 1 1 3RHW A ? 1 2 3RHW B ? 1 3 3RHW C ? 1 4 3RHW D ? 1 5 3RHW E ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 3JAD _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 1.01 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.01 _em_3d_reconstruction.resolution 3.9 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;Particle picking, 2D classification, 3D classification, refinement, and reconstruction were done using Relion. Movies were aligned using motioncorr. (Single particle--Applied symmetry: C5) ; _em_3d_reconstruction.num_particles 37094 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, 1 mM C12M' _em_buffer.pH 8 _em_buffer.details '150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, 1 mM C12M' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'Zebra fish alpha-1 glycine receptor bound with strychnine' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details pentamer _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 3JAD _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 1829 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 3JAD _em_imaging.id 1 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2014-11-03 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.nominal_defocus_min -1500 _em_imaging.nominal_defocus_max -3000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.citation_id ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '200 mesh copper 1.2/1.3 Quantifoil carbon grid' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? 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