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'Deinococcus radiodurans' 243230 ? ? R1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? ? 'Deinococcus radiodurans' 243230 ? ? R1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 GB AE000513 11612676 1 ;GGUCAAGAUAGUAAGGGUCCACGGUGGAUGCCCUGGCGCUGGAGCCGAUGAAGGACGCGAUUACCUGCGAAAAGCCCCGA CGAGCUGGAGAUACGCUUUGACUCGGGGAUGUCCGAAUGGGGAAACCCACCUCGUAAGAGGUAUCCGCAAGGAUGGGAAC UCAGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCUGAAGGAGAAGAAAGAGAAUUCGAUUCCGUUAGUAGCGGCGAGCGAACCCGGAU CAGCCCAAACCGAAACGCUUGCGUUUCGGGGUUGUAGGACCAGUUUUUAAGAUUCAACCCCUCAAGCCGAAGUGGCUGGA AAGCUACACCUCAGAAGGUGAGAGUCCUGUAGGCGAACGAGCGGUUGACUGUACUGGCACCUGAGUAGGUCGUUGUUCGU GAAACGAUGACUGAAUCCGCGCGGACCACCGCGCAAGGCUAAAUACUCCCAGUGACCGAUAGCGCAUAGUACCGUGAGGG AAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAGAGAACCUGAAACCGUGGACUUACAAGCAGUCAUGGCACCUUAUGCG UGUUAUGGCGUGCCUAUUGAAGCAUGAGCCGGCGACUUAGACCUGACGUGCGAGCUUAAGUUGAAAAACGGAGGCGGAGC GAAAGCGAGUCCGAAUAGGGCGGCAUUAGUACGUCGGGCUAGACUCGAAACCAGGUGAGCUAAGCAUGACCAGGUUGAAA CCCCCGUGACAGGGGGCGGAGGACCGAACCGGUGCCUGCUGAAACAGUCUCGGAUGAGUUGUGUUUAGGAGUGAAAAGCU AACCGAACCUGGAGAUAGCUAGUUCUCCCCGAAAUGUAUUGAGGUACAGCCUCGGAUGUUGACCAUGUCCUGUAGAGCAC UCACAAGGCUAGGGGGCCUACCAGCUUACCAAACCUUAUGAAACUCCGAAGGGGCACGCGUUUAGUCCGGGAGUGAGGCU GCGAGAGCUAACUUCCGUAGCCGAGAGGGAAACAACCCAGACCAUCAGCUAAGGUCCCUAAAUGAUCGCUCAGUGGUUAA GGAUGUGUCGUCGCAUAGACAGCCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCCUUCAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUC GAGUGACGAUGCGCCGAAAAUGAUCGGGGCUCAAGUGAUCUACCGAAGCUAUGGAUUCAACUCGCGAAGCGAGUUGUCUG GUAGGGGAGCGUUCAGUCCGCGGAGAAGCCAUACCGGAAGGAGUGGUGGAGCCGACUGAAGUGCGGAUGCCGGCAUGAGU AACGAUAAAAGAAGUGAGAAUCUUCUUCGCCGUAAGGACAAGGGUUCCUGGGGAAGGGUCGUCCGCCCAGGGAAAGUCGG GACCUAAGGUGAGGCCGAACGGCGCAGCCGAUGGACAGCAGGUCAAGAUUCCUGCACCGAUCAUGUGGAGUGAUGGAGGG ACGCAUUACGCUAUCCAAUGCCAAGCUAUGGCUAUGCUGGUUGGUACGCUCAAGGGCGAUCGGGUCAGAAAAUCUACCGG UCACAUGCCUCAGACGUAUCGGGAGCUUCCUCGGAAGCGAAGUUGGAAACGCGACGGUGCCAAGAAAAGCUUCUAAACGU UGAAACAUGAUUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGUCCGAGUGUCAAUGCACUAAGGCGCGCGAGAGAACCCUCGUU AAGGAACUUUGCAAUCUCACCCCGUAACUUCGGAAGAAGGGGUCCCCACGCUUCGCGUGGGGCGCAGUGAAUAGGCCCAG GCGACUGUUUACCAAAAUCACAGCACUCUGCCAACACGAACAGUGGACGUAUAGGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAA GGUCAAGUGGAGCGGUGCAAGCUGCGAAAUGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAA AUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAGGCGUAACGAUCUGGGCGCUGUCUCAACGAGGGACUCGGUGAAAUU GAAUUGGCUGUAAAGAUGCGGCCUACCCGUAGCAGGACGAAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUAUAGUCUGGCAUUGGGAU UCGGGUUUCUCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGCGAAACUGGCCUUUUGGGGUCGGUGGAGGCAACGGUGAAAUACCAC CCUGAGAAACUUGGAUUUCUAACCUGAAAAAUCACUUUCGGGGACCGUGCUUGGCGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCGCC UCCCAAAAUGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUCACCUCAAGACGGUUGGAAAUCGUCUGUAGAGCGCAAAGGUAGAAGGUGG CUUGACUGCGAGACUGACACGUCGAGCAGGGAGGAAACUCGGGCUUAGUGAACCGGUGGUACCGUGUGGAAGGGCCAUCG AUCAACGGAUAAAAGUUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGAGUCCAUAUCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUC GAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUG GGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCUCUAUCCGCUACGGGCGCAGGAGAAUUGAGGGGAGUUGCUCCUAGUACGAG AGGACCGGAGUGAACGGACCGCUGGUCUCCCUGCUGUCGUACCAACGGCACAUGCAGGGUAGCUAUGUCCGGAACGGAUA ACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCAGCCCCAAGAUGAGUUCUCCCACUGUUUAUCAGGUAAGACUCCCGGAAGACC ACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCGAGGUCUUGACCACUC ; 2587937 ? 2 GB AE000513 11612676 2 ;CCCCCGUGCCCAUAGCACUGUGGAACCACCCCACCCCAUGCCGAACUGGGUCGUGAAACACAGCAGCGCCAAUGAUACUC GGACCGCAGGGUCCCGGAAAAGUCGGUCAGCGCGGGGG ; 254395 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3JQ4 A 1 ? 2880 ? 11612676 2587937 ? 2585058 ? 1 2880 2 2 3JQ4 B 1 ? 118 ? 11612676 254395 ? 254512 ? 4 121 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 LC2 non-polymer . ;N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide ; 'Lankacidin C' 'C25 H33 N O7' 459.532 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 # _exptl.entry_id 3JQ4 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 2 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.98 _exptl_crystal.density_percent_sol 64 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 298 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.8 _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'ETHANOL, DIMETHYL HEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # loop_ _diffrn.id _diffrn.ambient_temp _diffrn.ambient_temp_details _diffrn.crystal_id 1 100 ? 1 2 100 ? 1 # loop_ _diffrn_detector.diffrn_id _diffrn_detector.detector _diffrn_detector.type _diffrn_detector.pdbx_collection_date _diffrn_detector.details 1 CCD 'ADSC QUANTUM 315' ? ? 2 CCD 'MARMOSAIC 225 mm CCD' ? ? # loop_ _diffrn_radiation.diffrn_id _diffrn_radiation.wavelength_id _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l _diffrn_radiation.monochromator _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type 1 1 M ? 'SINGLE WAVELENGTH' x-ray 2 1 M ? 'SINGLE WAVELENGTH' x-ray # loop_ _diffrn_radiation_wavelength.id _diffrn_radiation_wavelength.wavelength _diffrn_radiation_wavelength.wt 1 1.033201 1.0 2 0.873 1.0 # loop_ _diffrn_source.diffrn_id _diffrn_source.source _diffrn_source.type _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline _diffrn_source.pdbx_wavelength _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1 SYNCHROTRON 'APS BEAMLINE 19-ID' APS 19-ID ? 1.033201 2 SYNCHROTRON 'ESRF BEAMLINE ID23-2' ESRF ID23-2 ? 0.873 # _reflns.entry_id 3JQ4 _reflns.observed_criterion_sigma_I -3.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 40.0 _reflns.d_resolution_high 3.5 _reflns.number_obs 271411 _reflns.number_all 293734 _reflns.percent_possible_obs 92.4 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value 0.163 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 7.7 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 5.3 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1,2 # _refine.entry_id 3JQ4 _refine.ls_number_reflns_obs 248571 _refine.ls_number_reflns_all 276846 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F -2.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF 11982034.28 _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF 0.000000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 8.0 _refine.ls_d_res_high 3.52 _refine.ls_percent_reflns_obs 89.8 _refine.ls_R_factor_obs 0.268 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.268 _refine.ls_R_factor_R_free 0.325 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.003 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 12314 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 111.5 _refine.aniso_B[1][1] -32.14 _refine.aniso_B[2][2] 81.81 _refine.aniso_B[3][3] -49.67 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.15 _refine.solvent_model_param_bsol -12.7962 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details 'BULK SOLVENT MODEL USED' _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 1NKW' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'FOURIER SYNTHESIS' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model GROUP _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_diffrn_id 1,2 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 61852 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 33 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 61885 _refine_hist.d_res_high 3.52 _refine_hist.d_res_low 8.0 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.007 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.3 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file 'X-RAY DIFFRACTION' 1 protein_rep.param protein.top 'X-RAY DIFFRACTION' 2 dna-rna_rep.param LAN_2007082nd_iter.top 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ion.param dna-rna-allatom.top 'X-RAY DIFFRACTION' 4 LAN_2007082nd_iter.par ion.top # _struct_ncs_dom.id 1 _struct_ncs_dom.details ? _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 # _struct_ncs_ens.id 1 _struct_ncs_ens.details ? # _struct.entry_id 3JQ4 _struct.title 'The structure of the complex of the large ribosomal subunit from D. Radiodurans with the antibiotic lankacidin' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3JQ4 _struct_keywords.pdbx_keywords RNA _struct_keywords.text 'Ribosome structure, antibiotics, lankacidin, lankamycin, protein synthesis, inhibitors, synergism, macrolide, RNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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A C 4 N4 ? ? ? 1_555 A G 2873 O6 ? ? A C 4 A G 2873 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A C 4 O2 ? ? ? 1_555 A G 2873 N2 ? ? A C 4 A G 2873 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A A 5 N1 ? ? ? 1_555 A U 2872 N3 ? ? A A 5 A U 2872 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A A 5 N6 ? ? ? 1_555 A U 2872 O4 ? ? A A 5 A U 2872 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? A A 6 N1 ? ? ? 1_555 A U 2871 N3 ? ? A A 6 A U 2871 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? A A 6 N6 ? ? ? 1_555 A U 2871 O4 ? ? A A 6 A U 2871 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? A G 7 N1 ? ? ? 1_555 A C 2870 N3 ? ? A G 7 A C 2870 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? A G 7 N2 ? ? ? 1_555 A C 2870 O2 ? ? A G 7 A C 2870 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? A G 7 O6 ? ? ? 1_555 A C 2870 N4 ? ? A G 7 A C 2870 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog250 hydrog ? ? A C 175 O2 ? ? ? 1_555 A G 225 N2 ? ? A C 175 A G 225 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog251 hydrog ? ? A A 176 N6 ? ? ? 1_555 A U 2410 O2 ? ? A A 176 A U 2410 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? ? hydrog252 hydrog ? ? A G 192 N2 ? ? ? 1_555 A A 445 N1 ? ? A G 192 A A 445 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog253 hydrog ? ? A G 197 N2 ? ? ? 1_555 A A 210 N1 ? ? A G 197 A A 210 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog254 hydrog ? ? A A 198 N6 ? ? ? 1_555 A U 440 O2 ? ? A A 198 A U 440 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog255 hydrog ? ? A A 198 N7 ? ? ? 1_555 A U 440 N3 ? ? A A 198 A U 440 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog256 hydrog ? ? A A 200 N3 ? ? ? 1_555 A G 433 N2 ? ? A A 200 A G 433 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog257 hydrog ? ? A G 201 N1 ? ? ? 1_555 A C 208 N3 ? ? A G 201 A C 208 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog258 hydrog ? ? A G 201 N2 ? ? ? 1_555 A C 208 O2 ? ? 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