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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.d_res_high 2.413 _refine_ls_shell.d_res_low 2.475 _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 58.000 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 3051 _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.371 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.405 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 332 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.number_reflns_all 3383 _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 3L7Z _struct.title 'Crystal structure of the S. solfataricus archaeal exosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3L7Z _struct_keywords.text ;Exosome, asymmetry, RNA processing, RNA degradation, conformation flexibility, thermal motion, hydrolase-RNA binding protein complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'hydrolase/RNA binding protein' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 4 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details 'biological unit is the same as asymmetric unit.' # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 PRO A 12 ? GLU A 24 ? PRO A 12 GLU A 24 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 2 GLU A 105 ? SER A 121 ? GLU A 105 SER A 121 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 3 LEU A 126 ? LYS A 128 ? LEU A 126 LYS A 128 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 4 ASN A 152 ? THR A 168 ? ASN A 152 THR A 168 1 ? 17 HELX_P HELX_P5 5 ASP A 210 ? MET A 217 ? ASP A 210 MET A 217 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 6 LEU A 244 ? GLY A 270 ? LEU A 244 GLY A 270 1 ? 27 HELX_P HELX_P7 7 PRO B 63 ? SER B 67 ? PRO B 63 SER B 67 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 8 SER B 94 ? GLU B 109 ? SER B 94 GLU B 109 1 ? 16 HELX_P HELX_P9 9 LEU B 113 ? PHE B 117 ? LEU B 113 PHE B 117 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 10 GLY B 134 ? ASP B 149 ? GLY B 134 ASP B 149 1 ? 16 HELX_P HELX_P11 11 ASN B 175 ? GLY B 182 ? ASN B 175 GLY B 182 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 12 THR B 207 ? SER B 235 ? THR B 207 SER B 235 1 ? 29 HELX_P HELX_P13 13 ALA C 102 ? GLY C 107 ? ALA C 102 GLY C 107 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 14 MET C 160 ? VAL C 162 ? MET C 160 VAL C 162 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 15 LYS C 163 ? GLY C 169 ? LYS C 163 GLY C 169 1 ? 7 HELX_P HELX_P16 16 LYS C 172 ? THR C 177 ? LYS C 172 THR C 177 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 17 LEU C 207 ? GLU C 217 ? LEU C 207 GLU C 217 1 ? 11 HELX_P HELX_P18 18 ILE D 13 ? GLU D 24 ? ILE D 13 GLU D 24 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 19 GLU D 105 ? ASP D 120 ? GLU D 105 ASP D 120 1 ? 16 HELX_P HELX_P20 20 ASP D 125 ? LYS D 128 ? ASP D 125 LYS D 128 5 ? 4 HELX_P HELX_P21 21 ASN D 152 ? ASN D 167 ? ASN D 152 ASN D 167 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 22 ASP D 210 ? MET D 217 ? ASP D 210 MET D 217 1 ? 8 HELX_P HELX_P23 23 LEU D 244 ? LEU D 269 ? LEU D 244 LEU D 269 1 ? 26 HELX_P HELX_P24 24 PRO E 63 ? SER E 67 ? PRO E 63 SER E 67 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 SER E 94 ? SER E 110 ? SER E 94 SER E 110 1 ? 17 HELX_P HELX_P26 26 LEU E 113 ? PHE E 117 ? LEU E 113 PHE E 117 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 27 GLY E 134 ? ALA E 150 ? GLY E 134 ALA E 150 1 ? 17 HELX_P HELX_P28 28 ASN E 175 ? GLY E 182 ? ASN E 175 GLY E 182 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 29 THR E 207 ? LEU E 233 ? THR E 207 LEU E 233 1 ? 27 HELX_P HELX_P30 30 ALA F 102 ? GLY F 107 ? ALA F 102 GLY F 107 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 31 ILE F 206 ? GLU F 215 ? ILE F 206 GLU F 215 1 ? 10 HELX_P HELX_P32 32 ILE F 231 ? GLY F 236 ? ILE F 231 GLY F 236 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 33 ILE G 14 ? PHE G 23 ? ILE G 14 PHE G 23 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 34 GLU G 105 ? ASP G 120 ? GLU G 105 ASP G 120 1 ? 16 HELX_P HELX_P35 35 ASN G 152 ? THR G 168 ? ASN G 152 THR G 168 1 ? 17 HELX_P HELX_P36 36 ASP G 210 ? MET G 217 ? ASP G 210 MET G 217 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 37 LEU G 244 ? HIS G 268 ? LEU G 244 HIS G 268 1 ? 25 HELX_P HELX_P38 38 PRO H 63 ? SER H 67 ? PRO H 63 SER H 67 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 39 SER H 94 ? GLU H 109 ? SER H 94 GLU H 109 1 ? 16 HELX_P HELX_P40 40 LEU H 113 ? PHE H 117 ? LEU H 113 PHE H 117 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 41 GLY H 134 ? ASP H 149 ? GLY H 134 ASP H 149 1 ? 16 HELX_P HELX_P42 42 ASN H 175 ? GLY H 182 ? ASN H 175 GLY H 182 1 ? 8 HELX_P HELX_P43 43 THR H 207 ? SER H 235 ? THR H 207 SER H 235 1 ? 29 HELX_P HELX_P44 44 ALA I 102 ? LEU I 106 ? ALA I 102 LEU I 106 1 ? 5 HELX_P HELX_P45 45 VAL I 164 ? ILE I 168 ? VAL I 164 ILE I 168 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 46 LYS I 172 ? SER I 180 ? LYS I 172 SER I 180 1 ? 9 HELX_P HELX_P47 47 ARG I 212 ? GLU I 217 ? ARG I 212 GLU I 217 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 48 SER I 218 ? ILE I 220 ? SER I 218 ILE I 220 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_conn.id disulf1 _struct_conn.conn_type_id disulf _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ? _struct_conn.pdbx_PDB_id ? _struct_conn.ptnr1_label_asym_id F _struct_conn.ptnr1_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 184 _struct_conn.ptnr1_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id ? _struct_conn.ptnr1_symmetry 1_555 _struct_conn.ptnr2_label_asym_id F _struct_conn.ptnr2_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 198 _struct_conn.ptnr2_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code ? _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id F _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id 184 _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id F _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id 198 _struct_conn.ptnr2_symmetry 1_555 _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code ? _struct_conn.details ? _struct_conn.pdbx_dist_value 2.028 _struct_conn.pdbx_value_order ? _struct_conn.pdbx_role ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 182 C . ? SER 182 C GLY 183 C ? GLY 183 C 1 14.42 2 CYS 184 C . ? CYS 184 C SER 185 C ? SER 185 C 1 7.02 3 PRO 199 C . ? PRO 199 C SER 200 C ? SER 200 C 1 -4.28 4 ARG 201 C . ? ARG 201 C PHE 202 C ? PHE 202 C 1 -1.75 5 LYS 221 C . ? LYS 221 C GLY 222 C ? GLY 222 C 1 -1.30 6 ASN 7 D . ? ASN 7 D GLN 8 D ? GLN 8 D 1 -15.28 7 ARG 6 E . ? ARG 6 E PRO 7 E ? PRO 7 E 1 2.61 8 LEU 126 G . ? LEU 126 G THR 127 G ? THR 127 G 1 10.87 9 THR 127 G . ? THR 127 G LYS 128 G ? LYS 128 G 1 1.57 10 GLN 175 G . ? GLN 175 G ILE 176 G ? ILE 176 G 1 -10.86 11 GLN 29 I . ? GLN 29 I ILE 30 I ? ILE 30 I 1 9.99 12 GLY 169 I . ? GLY 169 I LYS 170 I ? LYS 170 I 1 23.09 13 ILE 208 I . ? ILE 208 I GLU 209 I ? GLU 209 I 1 26.25 14 LYS 221 I . ? LYS 221 I GLY 222 I ? GLY 222 I 1 -0.58 15 THR 224 I . ? THR 224 I ASP 225 I ? ASP 225 I 1 6.50 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 6 ? B ? 5 ? C ? 5 ? D ? 6 ? E ? 8 ? F ? 3 ? G ? 3 ? H ? 7 ? I ? 3 ? J ? 6 ? K ? 5 ? L ? 5 ? M ? 6 ? N ? 8 ? O ? 3 ? P ? 3 ? Q ? 5 ? R ? 2 ? S ? 3 ? T ? 5 ? U ? 5 ? V ? 6 ? W ? 8 ? X ? 5 ? Y ? 4 ? Z ? 3 ? AA ? 7 ? AB ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? anti-parallel A 5 6 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel B 4 5 ? parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel C 4 5 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel D 4 5 ? anti-parallel D 5 6 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel E 4 5 ? anti-parallel E 5 6 ? anti-parallel E 6 7 ? anti-parallel E 7 8 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? parallel H 4 5 ? anti-parallel H 5 6 ? anti-parallel H 6 7 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? anti-parallel J 5 6 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel K 4 5 ? parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel L 3 4 ? anti-parallel L 4 5 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel M 3 4 ? anti-parallel M 4 5 ? anti-parallel M 5 6 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? anti-parallel N 4 5 ? anti-parallel N 5 6 ? anti-parallel N 6 7 ? anti-parallel N 7 8 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel Q 3 4 ? anti-parallel Q 4 5 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel T 3 4 ? anti-parallel T 4 5 ? parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel U 3 4 ? anti-parallel U 4 5 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel V 3 4 ? anti-parallel V 4 5 ? anti-parallel V 5 6 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel W 3 4 ? anti-parallel W 4 5 ? anti-parallel W 5 6 ? anti-parallel W 6 7 ? anti-parallel W 7 8 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel X 3 4 ? anti-parallel X 4 5 ? parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Y 3 4 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? parallel AA 4 5 ? anti-parallel AA 5 6 ? anti-parallel AA 6 7 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 SER A 2 ? SER A 3 ? SER A 2 SER A 3 A 2 VAL B 73 ? MET B 80 ? VAL B 73 MET B 80 A 3 THR B 120 ? GLN B 130 ? THR B 120 GLN B 130 A 4 THR B 49 ? GLU B 60 ? THR B 49 GLU B 60 A 5 GLY B 40 ? MET B 46 ? GLY B 40 MET B 46 A 6 ILE B 28 ? LEU B 32 ? ILE B 28 LEU B 32 B 1 LEU A 40 ? LEU A 44 ? LEU A 40 LEU A 44 B 2 SER A 53 ? LEU A 58 ? SER A 53 LEU A 58 B 3 THR A 61 ? ASP A 72 ? THR A 61 ASP A 72 B 4 SER A 136 ? ASP A 148 ? SER A 136 ASP A 148 B 5 ASN A 83 ? LEU A 90 ? ASN A 83 LEU A 90 C 1 LEU A 40 ? LEU A 44 ? LEU A 40 LEU A 44 C 2 SER A 53 ? LEU A 58 ? SER A 53 LEU A 58 C 3 THR A 61 ? ASP A 72 ? THR A 61 ASP A 72 C 4 SER A 136 ? ASP A 148 ? SER A 136 ASP A 148 C 5 VAL A 130 ? GLU A 132 ? VAL A 130 GLU A 132 D 1 TYR A 204 ? VAL A 207 ? TYR A 204 VAL A 207 D 2 VAL A 194 ? VAL A 201 ? VAL A 194 VAL A 201 D 3 ALA A 219 ? THR A 226 ? ALA A 219 THR A 226 D 4 LYS A 230 ? SER A 237 ? LYS A 230 SER A 237 D 5 GLN B 196 ? GLY B 204 ? GLN B 196 GLY B 204 D 6 MET A 242 ? SER A 243 ? 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