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L N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP RPOA_ECOLI P0A7Z4 1 ;MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILE ILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIH SEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQP EVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLEN WPPASIADE ; 1 ? 2 UNP RPOB_ECOLI P0A8V2 2 ;MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVF DVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSD KGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQME LVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLD LLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAV GRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLS LGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCP IETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKG ESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKR GGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNM RVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGG DILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDL SEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGD DLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMA AKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLK LGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEA YGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE ; 1 ? 3 UNP RPOC_ECOLI P0A8T7 3 ;MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKH RGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQIL TEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILT VLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSN KRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKM VEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEA RALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDAN GELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVG IDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFN SIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRL VDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAV KVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKL SNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDM IDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDT LARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFE GERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQV EYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAG TGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDNE ; 1 ? 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7 PDB 3IYD 3IYD 7 ;CGCAATAAATGTGATCTAGATCACATTTTAGGCAAAAAAGGCTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATAATCGCACCTT ATGTGAGCGGATAACAAG ; 1 ? 8 PDB 3IYD 3IYD 8 ;CTTGTTATCCGCTCACAATTCCACACTAATTACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTTTTTTGCCTAAAATGTGATC TAGATCACATTTATTGCG ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3IYD A 1 ? 329 ? 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'expression tag' 1409 2 4 3IYD HIS D 1410 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1410 3 4 3IYD HIS D 1411 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1411 4 4 3IYD HIS D 1412 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1412 5 4 3IYD HIS D 1413 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1413 6 6 3IYD ASN F 149 ? UNP P00579 ASP 149 conflict 149 7 6 3IYD HIS F 571 ? UNP P00579 TYR 571 conflict 571 8 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 PHE A 35 ? 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ALA B 155 ARG B 158 1 ? 4 HELX_P HELX_P16 16 PRO B 213 ? VAL B 232 ? PRO B 213 VAL B 232 1 ? 20 HELX_P HELX_P17 17 LEU C 28 ? ILE C 39 ? LEU C 28 ILE C 39 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 18 GLY C 48 ? VAL C 56 ? GLY C 48 VAL C 56 1 ? 9 HELX_P HELX_P19 19 VAL C 82 ? ARG C 88 ? VAL C 82 ARG C 88 1 ? 7 HELX_P HELX_P20 20 ALA C 206 ? ALA C 212 ? ALA C 206 ALA C 212 1 ? 7 HELX_P HELX_P21 21 GLU C 218 ? GLU C 226 ? GLU C 218 GLU C 226 1 ? 9 HELX_P HELX_P22 22 ASP C 320 ? LYS C 324 ? ASP C 320 LYS C 324 1 ? 5 HELX_P HELX_P23 23 LEU C 363 ? MET C 369 ? LEU C 363 MET C 369 1 ? 7 HELX_P HELX_P24 24 LEU C 384 ? GLU C 386 ? LEU C 384 GLU C 386 1 ? 3 HELX_P HELX_P25 25 ASP C 396 ? LEU C 409 ? ASP C 396 LEU C 409 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 26 ILE C 425 ? ASN C 437 ? ILE C 425 ASN C 437 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 27 LEU C 448 ? ASN C 450 ? LEU C 448 ASN C 450 1 ? 3 HELX_P HELX_P28 28 VAL C 456 ? LEU C 481 ? VAL C 456 LEU C 481 1 ? 26 HELX_P HELX_P29 29 LYS C 496 ? GLY C 507 ? 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'DC-DA MISPAIR' ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TRP 321 A . ? TRP 321 A PRO 322 A ? PRO 322 A 1 -1.08 2 PHE 57 C . ? PHE 57 C PRO 58 C ? PRO 58 C 1 -1.50 3 ARG 371 C . ? ARG 371 C PRO 372 C ? PRO 372 C 1 -1.70 4 LEU 120 D . ? LEU 120 D PRO 121 D ? 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GLN C 798 PHE C 804 43 1 SER C 815 ? SER C 819 ? SER C 815 SER C 819 44 1 HIS C 832 ? ARG C 841 ? HIS C 832 ARG C 841 45 1 VAL C 887 ? PRO C 889 ? VAL C 887 PRO C 889 46 1 VAL C 913 ? ASP C 915 ? VAL C 913 ASP C 915 47 1 THR C 927 ? PHE C 934 ? THR C 927 PHE C 934 48 1 VAL C 1046 ? VAL C 1056 ? VAL C 1046 VAL C 1056 49 1 LYS C 1065 ? GLY C 1068 ? LYS C 1065 GLY C 1068 50 1 LYS C 1073 ? ASN C 1080 ? LYS C 1073 ASN C 1080 51 1 ILE C 1096 ? LEU C 1098 ? ILE C 1096 LEU C 1098 52 1 MET C 1180 ? ALA C 1183 ? MET C 1180 ALA C 1183 53 1 VAL C 1227 ? LYS C 1234 ? VAL C 1227 LYS C 1234 54 1 ALA D 19 ? LYS D 21 ? ALA D 19 LYS D 21 55 1 GLY D 103 ? GLU D 106 ? GLY D 103 GLU D 106 56 1 VAL D 241 ? VAL D 244 ? VAL D 241 VAL D 244 57 1 VAL D 253 ? ASP D 256 ? VAL D 253 ASP D 256 58 1 ARG D 259 ? ALA D 261 ? ARG D 259 ALA D 261 59 1 SER D 350 ? VAL D 357 ? SER D 350 VAL D 357 60 1 GLN D 365 ? PRO D 369 ? GLN D 365 PRO D 369 61 1 VAL D 421 ? ASN D 424 ? VAL D 421 ASN D 424 62 1 ILE D 434 ? ILE D 442 ? 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? -81.99 33.19 234 1 LEU C 1291 ? ? -147.92 -32.10 235 1 THR C 1292 ? ? -104.80 -99.79 236 1 SER C 1295 ? ? -172.44 -79.82 237 1 ASN C 1312 ? ? -103.49 -150.93 238 1 ASP C 1341 ? ? -80.08 -135.65 239 1 ASP D 18 ? ? -107.62 -108.56 240 1 THR D 43 ? ? -89.44 -105.77 241 1 ARG D 47 ? ? -75.31 -85.84 242 1 PHE D 57 ? ? -97.24 34.15 243 1 CYS D 70 ? ? -73.37 -158.35 244 1 ARG D 101 ? ? 58.74 159.53 245 1 ASP D 129 ? ? 76.51 -18.75 246 1 PRO D 131 ? ? -53.32 -98.74 247 1 LEU D 132 ? ? -157.01 -32.99 248 1 ARG D 133 ? ? -154.57 -30.47 249 1 ILE D 135 ? ? -162.52 -33.38 250 1 GLU D 136 ? ? -97.38 42.68 251 1 ARG D 137 ? ? -152.67 -30.19 252 1 PHE D 141 ? ? -78.16 -126.64 253 1 SER D 143 ? ? -51.12 109.02 254 1 MET D 151 ? ? -77.14 -78.27 255 1 ASN D 153 ? ? 60.57 75.30 256 1 LEU D 169 ? ? -105.40 -60.90 257 1 GLU D 170 ? ? -70.48 -94.19 258 1 PHE D 172 ? ? 69.48 -12.30 259 1 ASP D 174 ? ? -102.20 -134.09 260 1 PHE D 176 ? ? 62.06 100.27 261 1 ASP D 177 ? ? -69.31 85.11 262 1 MET D 180 ? ? -73.59 -134.63 263 1 ALA D 184 ? ? -116.14 79.32 264 1 ILE D 185 ? ? -166.61 -27.27 265 1 SER D 191 ? ? -108.43 46.84 266 1 GLU D 204 ? ? -108.90 66.10 267 1 GLU D 211 ? ? -166.95 -36.23 268 1 LYS D 213 ? ? -138.80 -47.05 269 1 ASN D 232 ? ? -115.81 -167.01 270 1 GLU D 235 ? ? -82.96 49.40 271 1 LEU D 255 ? ? -83.30 -79.53 272 1 ALA D 261 ? ? -161.27 114.01 273 1 LEU D 279 ? ? -90.13 49.01 274 1 LYS D 280 ? ? -138.37 -42.20 275 1 LEU D 282 ? ? -164.82 -44.07 276 1 LEU D 285 ? ? -168.69 12.60 277 1 ALA D 286 ? ? -140.19 -55.96 278 1 PRO D 288 ? ? -52.47 -82.14 279 1 ASP D 289 ? ? -173.80 -22.09 280 1 ASN D 320 ? ? 38.66 100.20 281 1 LYS D 321 ? ? -49.71 -103.48 282 1 ARG D 322 ? ? 62.61 136.62 283 1 PRO D 323 ? ? -49.45 103.57 284 1 SER D 326 ? ? -125.79 -134.18 285 1 LEU D 327 ? ? -101.46 -76.39 286 1 ILE D 331 ? ? -64.82 -80.40 287 1 PHE D 338 ? ? 72.10 -62.28 288 1 LEU D 342 ? ? -85.60 32.80 289 1 ARG D 388 ? ? -82.31 -149.43 290 1 VAL D 401 ? ? -90.72 48.85 291 1 GLU D 402 ? ? -73.68 -102.00 292 1 ARG D 403 ? ? -146.07 57.95 293 1 GLU D 405 ? ? -97.29 36.65 294 1 ASP D 410 ? ? -163.81 -110.39 295 1 ARG D 417 ? ? -131.16 -55.71 296 1 LEU D 429 ? ? -75.92 -75.71 297 1 HIS D 430 ? ? -76.00 -132.12 298 1 ASN D 458 ? ? 30.99 52.77 299 1 PHE D 461 ? ? -91.52 57.82 300 1 ASP D 464 ? ? -69.09 -164.95 301 1 ASN D 489 ? ? -111.00 68.03 302 1 ALA D 494 ? ? -61.35 -75.89 303 1 ASN D 495 ? ? -85.31 -86.68 304 1 SER D 503 ? ? -99.08 -99.97 305 1 ASP D 516 ? ? -116.12 -127.96 306 1 CYS D 517 ? ? -163.64 -14.48 307 1 VAL D 518 ? ? 38.97 -154.27 308 1 VAL D 526 ? ? 33.90 97.01 309 1 PRO D 530 ? ? -59.08 -101.43 310 1 ALA D 533 ? ? 53.49 -125.33 311 1 ARG D 538 ? ? -61.67 -78.49 312 1 LEU D 541 ? ? 57.38 -138.54 313 1 GLU D 554 ? ? -158.11 -50.55 314 1 TYR D 555 ? ? -74.05 -105.61 315 1 GLU D 556 ? ? 56.72 -93.60 316 1 ASP D 558 ? ? 58.63 90.94 317 1 THR D 567 ? ? 33.70 55.57 318 1 ASN D 593 ? ? -59.45 95.49 319 1 TYR D 609 ? ? -141.44 -7.09 320 1 SER D 638 ? ? -141.05 -153.08 321 1 MET D 644 ? ? -97.32 43.52 322 1 ASP D 684 ? ? -85.79 48.07 323 1 ILE D 685 ? ? -167.00 -33.40 324 1 GLN D 702 ? ? -141.24 28.04 325 1 THR D 703 ? ? -124.90 -94.51 326 1 ASP D 710 ? ? -123.05 -136.51 327 1 GLN D 712 ? ? -132.22 -109.70 328 1 GLU D 713 ? ? -164.75 73.50 329 1 GLN D 716 ? ? -165.65 -90.73 330 1 VAL D 717 ? ? -159.40 -13.93 331 1 SER D 718 ? ? -74.05 -139.83 332 1 PHE D 719 ? ? 176.24 169.84 333 1 ASN D 720 ? ? -61.36 -170.66 334 1 SER D 721 ? ? 46.04 83.74 335 1 ALA D 730 ? ? -80.50 -78.22 336 1 MET D 747 ? ? -91.96 -157.51 337 1 ASP D 751 ? ? -77.52 -70.31 338 1 GLU D 756 ? ? -68.07 -77.33 339 1 LEU D 783 ? ? -89.78 45.84 340 1 ALA D 791 ? ? -66.57 -77.53 341 1 ASN D 792 ? ? -164.38 91.03 342 1 VAL D 803 ? ? -138.37 -54.25 343 1 CYS D 814 ? ? -73.36 -91.59 344 1 HIS D 817 ? ? -80.87 -115.45 345 1 GLU D 818 ? ? -145.97 -12.04 346 1 MET D 821 ? ? -152.53 -122.86 347 1 PRO D 824 ? ? -60.19 97.85 348 1 GLU D 827 ? ? -105.96 77.89 349 1 VAL D 831 ? ? -136.19 -48.98 350 1 LYS D 832 ? ? -175.24 74.87 351 1 ARG D 842 ? ? -172.79 122.78 352 1 ALA D 845 ? ? -103.89 -87.04 353 1 ASN D 861 ? ? -156.24 55.55 354 1 GLU D 873 ? ? -83.13 48.30 355 1 GLU D 874 ? ? -134.18 -39.17 356 1 SER D 876 ? ? -58.30 -72.66 357 1 ASP D 878 ? ? -123.64 -154.29 358 1 ASP D 889 ? ? -113.57 63.65 359 1 PHE D 892 ? ? 58.85 95.15 360 1 CYS D 895 ? ? -64.78 -178.83 361 1 TYR D 899 ? ? -89.69 -96.76 362 1 LEU D 903 ? ? 72.29 -39.68 363 1 ARG D 905 ? ? -126.98 -122.11 364 1 LEU D 930 ? ? -106.19 -143.15 365 1 THR D 931 ? ? 47.93 80.66 366 1 ARG D 933 ? ? 55.58 -111.54 367 1 PHE D 935 ? ? -144.79 -155.80 368 1 SER D 942 ? ? -140.75 -157.80 369 1 ARG D 943 ? ? -111.66 -116.80 370 1 ALA D 946 ? ? -157.66 -149.11 371 1 GLU D 947 ? ? 62.27 106.10 372 1 ASN D 979 ? ? -143.25 38.57 373 1 ALA D 1012 ? ? -127.68 -164.81 374 1 ASP D 1039 ? ? 29.54 57.97 375 1 THR D 1045 ? ? -142.99 -31.36 376 1 LEU D 1053 ? ? -96.01 -71.00 377 1 THR D 1068 ? ? -82.02 -144.08 378 1 ASP D 1082 ? ? -85.70 -131.25 379 1 ALA D 1097 ? ? -91.07 56.11 380 1 PRO D 1102 ? ? -57.97 176.22 381 1 SER D 1117 ? ? -66.77 96.40 382 1 ALA D 1122 ? ? -162.84 -167.16 383 1 GLU D 1127 ? ? -118.03 -123.57 384 1 ALA D 1142 ? ? -78.59 33.74 385 1 ALA D 1154 ? ? -153.99 80.17 386 1 ARG D 1173 ? ? -115.70 -114.97 387 1 ARG D 1174 ? ? 52.86 -148.75 388 1 VAL D 1176 ? ? 31.31 64.03 389 1 ILE D 1177 ? ? 60.50 69.18 390 1 ASP D 1181 ? ? -107.64 -148.51 391 1 SER D 1183 ? ? -130.88 -115.81 392 1 GLU D 1188 ? ? -138.71 -137.53 393 1 PRO D 1191 ? ? -49.75 156.77 394 1 TRP D 1193 ? ? -81.46 38.70 395 1 ASN D 1197 ? ? -127.51 -55.64 396 1 SER D 1211 ? ? -90.95 -128.73 397 1 LEU D 1223 ? ? -124.44 -54.25 398 1 VAL D 1226 ? ? -134.68 -54.20 399 1 ALA D 1269 ? ? -79.13 -84.02 400 1 SER D 1271 ? ? -140.56 -20.09 401 1 ASP D 1273 ? ? -101.73 -131.14 402 1 PHE D 1274 ? ? -143.80 -12.15 403 1 GLU D 1278 ? ? -119.60 -145.43 404 1 TYR D 1282 ? ? -151.49 34.21 405 1 VAL D 1285 ? ? -153.81 -39.19 406 1 ARG D 1290 ? ? -133.66 -43.80 407 1 GLU D 1291 ? ? -145.69 -27.84 408 1 GLU D 1293 ? ? -60.14 -87.12 409 1 ALA D 1315 ? ? -85.36 38.10 410 1 PHE D 1325 ? ? -125.91 -127.81 411 1 GLU D 1327 ? ? 61.31 90.87 412 1 LEU D 1347 ? ? -126.18 -59.39 413 1 PRO D 1358 ? ? -74.24 28.40 414 1 ALA D 1359 ? ? -166.23 -160.86 415 1 MET D 1370 ? ? -140.33 -147.61 416 1 ARG D 1371 ? ? -167.14 51.00 417 1 ARG D 1372 ? ? -115.88 -98.87 418 1 ALA D 1380 ? ? -107.76 40.56 419 1 THR E 5 ? ? 34.09 62.91 420 1 ALA E 24 ? ? -124.25 -72.62 421 1 LYS E 35 ? ? -169.07 -11.87 422 1 GLU E 55 ? ? -135.12 -158.62 423 1 GLU E 56 ? ? 55.52 -138.18 424 1 LEU E 58 ? ? 53.55 -147.23 425 1 ILE E 59 ? ? -166.65 -142.72 426 1 LEU E 64 ? ? -147.35 -56.55 427 1 GLU E 68 ? ? -84.39 -90.83 428 1 GLN E 70 ? ? -139.72 -105.45 429 1 GLN E 72 ? ? -59.56 -105.93 430 1 GLN E 73 ? ? -169.67 -12.00 431 1 ILE E 86 ? ? 57.03 146.98 432 1 ALA E 87 ? ? -171.46 -153.47 433 1 GLU F 114 ? ? -161.02 -114.41 434 1 GLU F 116 ? ? -144.64 -6.81 435 1 GLU F 154 ? ? 62.33 85.07 436 1 GLU F 155 ? ? -134.07 -31.96 437 1 ALA F 156 ? ? -128.66 -134.53 438 1 ASP F 160 ? ? -96.69 30.90 439 1 LEU F 161 ? ? -143.67 -32.04 440 1 ASN F 169 ? ? -117.76 55.01 441 1 ALA F 170 ? ? -125.96 -110.97 442 1 GLU F 172 ? ? 63.41 168.83 443 1 ASP F 173 ? ? -165.16 -18.21 444 1 ALA F 175 ? ? -40.39 108.01 445 1 HIS F 180 ? ? -100.41 51.15 446 1 GLN F 227 ? ? -151.92 -23.71 447 1 LYS F 238 ? ? 37.69 -150.02 448 1 CYS F 291 ? ? -131.41 -33.58 449 1 LYS F 296 ? ? 57.59 87.46 450 1 LEU F 305 ? ? -128.16 -58.42 451 1 GLU F 310 ? ? 38.83 42.17 452 1 THR F 311 ? ? -121.87 -66.68 453 1 ASP F 313 ? ? -83.86 37.19 454 1 ASN F 323 ? ? 36.80 47.98 455 1 GLU F 328 ? ? -89.31 30.82 456 1 VAL F 333 ? ? -151.57 0.50 457 1 THR F 395 ? ? -75.00 -114.67 458 1 ARG F 397 ? ? -146.17 -49.15 459 1 LYS F 426 ? ? -79.08 -162.98 460 1 ASP F 445 ? ? -138.93 -55.87 461 1 ALA F 447 ? ? -93.15 -62.19 462 1 PRO F 453 ? ? -56.20 171.02 463 1 GLU F 473 ? ? -100.17 -70.36 464 1 PRO F 480 ? ? -70.53 48.17 465 1 PRO F 490 ? ? -57.09 -94.63 466 1 GLU F 491 ? ? -172.73 -24.32 467 1 SER F 506 ? ? -75.56 -156.69 468 1 MET F 507 ? ? -135.19 -44.88 469 1 ILE F 511 ? ? -114.51 -73.29 470 1 GLU F 515 ? ? -135.80 -57.68 471 1 ARG F 541 ? ? -168.51 35.98 472 1 ALA F 542 ? ? -174.58 57.70 473 1 ALA F 543 ? ? -166.18 -8.99 474 1 THR F 552 ? ? -39.83 121.10 475 1 ARG F 554 ? ? -56.47 -70.22 476 1 ARG F 562 ? ? -151.16 -58.69 477 1 ASP F 566 ? ? -112.27 -148.72 478 1 ASN F 568 ? ? 66.78 136.12 479 1 ASP F 570 ? ? 62.59 94.88 480 1 THR F 572 ? ? 63.90 -89.46 481 1 PHE F 580 ? ? 55.22 72.33 482 1 ASP F 581 ? ? -156.62 -99.38 483 1 VAL F 582 ? ? -78.99 -167.17 484 1 THR F 583 ? ? -100.34 -144.82 485 1 PRO F 601 ? ? -60.04 95.78 486 1 SER F 602 ? ? -94.19 -63.21 487 1 VAL F 606 ? ? -148.35 -50.19 488 1 SER F 609 ? ? -171.61 -30.10 489 1 TRP G 13 ? ? 57.11 82.85 490 1 PHE G 14 ? ? -175.10 -37.28 491 1 LEU G 15 ? ? -97.66 32.54 492 1 CYS G 18 ? ? -117.29 -159.35 493 1 HIS G 21 ? ? -133.48 -44.05 494 1 LYS G 22 ? ? 66.57 133.05 495 1 PRO G 24 ? ? -58.86 175.43 496 1 ASP G 53 ? ? -112.76 -142.35 497 1 GLU G 55 ? ? -88.85 -88.70 498 1 LEU G 61 ? ? -90.44 -67.24 499 1 ASN G 65 ? ? -84.06 -156.69 500 1 ASN G 109 ? ? -157.25 80.74 501 1 ALA G 135 ? ? -135.38 -35.38 502 1 PHE G 136 ? ? -94.16 -67.65 503 1 PRO H 24 ? ? -58.29 170.47 504 1 ASP H 53 ? ? -100.79 -144.62 505 1 GLU H 55 ? ? -86.70 -81.10 506 1 MET H 59 ? ? -160.21 97.46 507 1 SER H 83 ? ? -71.23 -70.63 508 1 ASN H 109 ? ? -157.24 81.98 509 1 ALA H 135 ? ? -154.68 -18.52 510 1 PHE H 136 ? ? -121.57 -50.40 # loop_ _pdbx_database_remark.id _pdbx_database_remark.text 650 ;HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED ; 700 ;SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 3IYD _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria 'map-derived potential energy' _em_3d_fitting.details ;REFINEMENT PROTOCOL--rigid body, Yup.scx simulated annealing DETAILS--A complete ternary complex model was generated using multiple PDB entries, with a homology modelling step for RNAP. The model was regularized with PHENIX and the refined against the EM map with Yup.scx using default parameters. ; _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 1LB2 ? ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 1LB2 1 2 1BDF ? ? 2 ? ? ? PDB 'experimental model' 1BDF 1 3 2AUK A ? 3 ? ? ? PDB 'experimental model' 2AUK 1 4 1SIG A ? 4 ? ? ? PDB 'experimental model' 1SIG 1 5 3DXJ ? ? 5 ? ? ? PDB 'experimental model' 3DXJ # _em_3d_reconstruction.entry_id 3IYD _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.5 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'projection matching' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 19.8 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;EMAN interleaved with SPIDER correspondence analysis ( Details about the particle: 32816 particles were automatically selected by the Appion DoGpicker initially ) ; _em_3d_reconstruction.num_particles 14097 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 280 _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP' _em_buffer.pH 8 _em_buffer.details '25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP' # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 ;E. coli RNA polymerase holoenzyme (sigma70) and E. coli catabolite activator protein (CAP) bound to 98-mer DNA containing the lac promoter and engineered open transcription bubble ; COMPLEX 0 ? ;One molecule of RNAP (containing six subunits) and one CAP homodimer bound to a DNA duplex. Complex formation was verified by gel shift ; ? 2 'Catabolite Activator Protein' ? 1 ? ? ? 3 'lac(ICAP)UP-UV5-bubble' ? 1 ? ? ? 4 'RNA polymerase holoenzyme (sigma70)' ? 1 ? ? ? # _em_imaging.entry_id 3IYD _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2008-11-04 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.temperature 293 _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI F20' _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 1500 _em_imaging.tilt_angle_min 0.0 _em_imaging.tilt_angle_max 0.0 _em_imaging.nominal_cs 2.0 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 50000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 120 _em_imaging.details '15 um pixel size on detector' _em_imaging.specimen_holder_type 'standard side-entry room-temperature stage' _em_imaging.specimen_holder_model 'SIDE ENTRY, EUCENTRIC' _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.detector_distance 0.0 _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.citation_id ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '400-mesh copper 2.0x0.5 hole pattern C-flat grids (Protochips, Inc.) with a thin layer of continuous carbon floated on top' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? # _em_experiment.entry_id 3IYD _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3IYD _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A HIS 160 ? A HIS 160 3 1 Y 1 A SER 161 ? A SER 161 4 1 Y 1 A GLU 162 ? A GLU 162 5 1 Y 1 A GLU 163 ? A GLU 163 6 1 Y 1 A ASP 164 ? A ASP 164 7 1 Y 1 A GLU 329 ? A GLU 329 8 1 Y 1 B ASP 236 ? B ASP 236 9 1 Y 1 B VAL 237 ? B VAL 237 10 1 Y 1 B ARG 238 ? B ARG 238 11 1 Y 1 B GLN 239 ? B GLN 239 12 1 Y 1 B PRO 240 ? B PRO 240 13 1 Y 1 B GLU 241 ? B GLU 241 14 1 Y 1 B VAL 242 ? B VAL 242 15 1 Y 1 B LYS 243 ? B LYS 243 16 1 Y 1 B GLU 244 ? B GLU 244 17 1 Y 1 B GLU 245 ? B GLU 245 18 1 Y 1 B LYS 246 ? B LYS 246 19 1 Y 1 B PRO 247 ? B PRO 247 20 1 Y 1 B GLU 248 ? B GLU 248 21 1 Y 1 B PHE 249 ? B PHE 249 22 1 Y 1 B ASP 250 ? B ASP 250 23 1 Y 1 B PRO 251 ? B PRO 251 24 1 Y 1 B ILE 252 ? B ILE 252 25 1 Y 1 B LEU 253 ? B LEU 253 26 1 Y 1 B LEU 254 ? B LEU 254 27 1 Y 1 B ARG 255 ? B ARG 255 28 1 Y 1 B PRO 256 ? B PRO 256 29 1 Y 1 B VAL 257 ? B VAL 257 30 1 Y 1 B ASP 258 ? B ASP 258 31 1 Y 1 B ASP 259 ? B ASP 259 32 1 Y 1 B LEU 260 ? B LEU 260 33 1 Y 1 B GLU 261 ? B GLU 261 34 1 Y 1 B LEU 262 ? B LEU 262 35 1 Y 1 B THR 263 ? B THR 263 36 1 Y 1 B VAL 264 ? B VAL 264 37 1 Y 1 B ARG 265 ? B ARG 265 38 1 Y 1 B SER 266 ? B SER 266 39 1 Y 1 B ALA 267 ? B ALA 267 40 1 Y 1 B ASN 268 ? B ASN 268 41 1 Y 1 B CYS 269 ? B CYS 269 42 1 Y 1 B LEU 270 ? B LEU 270 43 1 Y 1 B LYS 271 ? B LYS 271 44 1 Y 1 B ALA 272 ? B ALA 272 45 1 Y 1 B GLU 273 ? B GLU 273 46 1 Y 1 B ALA 274 ? B ALA 274 47 1 Y 1 B ILE 275 ? B ILE 275 48 1 Y 1 B HIS 276 ? B HIS 276 49 1 Y 1 B TYR 277 ? B TYR 277 50 1 Y 1 B ILE 278 ? B ILE 278 51 1 Y 1 B GLY 279 ? B GLY 279 52 1 Y 1 B ASP 280 ? B ASP 280 53 1 Y 1 B LEU 281 ? B LEU 281 54 1 Y 1 B VAL 282 ? B VAL 282 55 1 Y 1 B GLN 283 ? B GLN 283 56 1 Y 1 B ARG 284 ? B ARG 284 57 1 Y 1 B THR 285 ? B THR 285 58 1 Y 1 B GLU 286 ? B GLU 286 59 1 Y 1 B VAL 287 ? B VAL 287 60 1 Y 1 B GLU 288 ? B GLU 288 61 1 Y 1 B LEU 289 ? B LEU 289 62 1 Y 1 B LEU 290 ? B LEU 290 63 1 Y 1 B LYS 291 ? B LYS 291 64 1 Y 1 B THR 292 ? B THR 292 65 1 Y 1 B PRO 293 ? B PRO 293 66 1 Y 1 B ASN 294 ? B ASN 294 67 1 Y 1 B LEU 295 ? B LEU 295 68 1 Y 1 B GLY 296 ? B GLY 296 69 1 Y 1 B LYS 297 ? B LYS 297 70 1 Y 1 B LYS 298 ? B LYS 298 71 1 Y 1 B SER 299 ? B SER 299 72 1 Y 1 B LEU 300 ? B LEU 300 73 1 Y 1 B THR 301 ? B THR 301 74 1 Y 1 B GLU 302 ? B GLU 302 75 1 Y 1 B ILE 303 ? B ILE 303 76 1 Y 1 B LYS 304 ? B LYS 304 77 1 Y 1 B ASP 305 ? B ASP 305 78 1 Y 1 B VAL 306 ? B VAL 306 79 1 Y 1 B LEU 307 ? B LEU 307 80 1 Y 1 B ALA 308 ? B ALA 308 81 1 Y 1 B SER 309 ? B SER 309 82 1 Y 1 B ARG 310 ? B ARG 310 83 1 Y 1 B GLY 311 ? B GLY 311 84 1 Y 1 B LEU 312 ? B LEU 312 85 1 Y 1 B SER 313 ? B SER 313 86 1 Y 1 B LEU 314 ? B LEU 314 87 1 Y 1 B GLY 315 ? B GLY 315 88 1 Y 1 B MET 316 ? B MET 316 89 1 Y 1 B ARG 317 ? B ARG 317 90 1 Y 1 B LEU 318 ? B LEU 318 91 1 Y 1 B GLU 319 ? B GLU 319 92 1 Y 1 B ASN 320 ? B ASN 320 93 1 Y 1 B TRP 321 ? B TRP 321 94 1 Y 1 B PRO 322 ? B PRO 322 95 1 Y 1 B PRO 323 ? B PRO 323 96 1 Y 1 B ALA 324 ? B ALA 324 97 1 Y 1 B SER 325 ? B SER 325 98 1 Y 1 B ILE 326 ? B ILE 326 99 1 Y 1 B ALA 327 ? B ALA 327 100 1 Y 1 B ASP 328 ? B ASP 328 101 1 Y 1 B GLU 329 ? B GLU 329 102 1 Y 1 C MET 1 ? C MET 1 103 1 Y 1 C VAL 2 ? C VAL 2 104 1 Y 1 C TYR 3 ? C TYR 3 105 1 Y 1 C SER 4 ? C SER 4 106 1 Y 1 C TYR 5 ? C TYR 5 107 1 Y 1 C THR 6 ? C THR 6 108 1 Y 1 C GLU 7 ? C GLU 7 109 1 Y 1 C LYS 8 ? C LYS 8 110 1 Y 1 C LYS 9 ? C LYS 9 111 1 Y 1 C ILE 229 ? C ILE 229 112 1 Y 1 C PHE 230 ? C PHE 230 113 1 Y 1 C GLU 231 ? C GLU 231 114 1 Y 1 C ILE 232 ? C ILE 232 115 1 Y 1 C ARG 233 ? C ARG 233 116 1 Y 1 C ASP 234 ? C ASP 234 117 1 Y 1 C ASN 235 ? C ASN 235 118 1 Y 1 C LYS 236 ? C LYS 236 119 1 Y 1 C LEU 237 ? C LEU 237 120 1 Y 1 C GLN 238 ? C GLN 238 121 1 Y 1 C MET 239 ? C MET 239 122 1 Y 1 C GLU 240 ? C GLU 240 123 1 Y 1 C LEU 241 ? C LEU 241 124 1 Y 1 C VAL 242 ? C VAL 242 125 1 Y 1 C PRO 243 ? C PRO 243 126 1 Y 1 C GLU 244 ? C GLU 244 127 1 Y 1 C ARG 245 ? C ARG 245 128 1 Y 1 C LEU 246 ? C LEU 246 129 1 Y 1 C ARG 247 ? 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