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_reflns.d_resolution_low 30.00 _reflns.d_resolution_high 4.00 _reflns.number_obs 17075 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 98.2 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.09 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 8.85 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 178.27 _reflns.pdbx_redundancy 4.3 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 4.00 _reflns_shell.d_res_low 4.22 _reflns_shell.percent_possible_all 96.8 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.97 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.82 _reflns_shell.pdbx_redundancy 3.5 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 4AV6 _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 17061 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 2.01 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 29.832 _refine.ls_d_res_high 4.000 _refine.ls_percent_reflns_obs 98.88 _refine.ls_R_factor_obs 0.2988 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.2952 _refine.ls_R_factor_R_free 0.3650 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.1 _refine.ls_number_reflns_R_free 863 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 239 _refine.aniso_B[1][1] 35.4610 _refine.aniso_B[2][2] -24.6168 _refine.aniso_B[3][3] -10.8441 _refine.aniso_B[1][2] 0.0000 _refine.aniso_B[1][3] -23.7725 _refine.aniso_B[2][3] 0.0000 _refine.solvent_model_details 'FLAT BULK SOLVENT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.235 _refine.solvent_model_param_bsol 154.483 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 0.80 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.49 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;SOME DISORDERED REGIONS AND SOME SIDE CHAINS WERE MODELLED BASED ON HIGH RESOLUTION RESTING TMPPASE STRUCTURE USED AS THE SEARCH MODEL. ; _refine.pdbx_starting_model 'HIGH RESOLUTION RESTING STATE TMPPASE STRUCTURE' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 1.70 _refine.pdbx_overall_phase_error 43.81 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 9376 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 30 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 9406 _refine_hist.d_res_high 4.000 _refine_hist.d_res_low 29.832 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.010 ? ? 9606 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_angle_d 2.169 ? ? 13080 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_dihedral_angle_d 16.051 ? ? 3190 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_chiral_restr 0.111 ? ? 1599 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_plane_restr 0.011 ? ? 1611 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight 1 A 1833 ? ? POSITIONAL 1 1 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 B 1833 0.046 ? POSITIONAL 1 2 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.R_factor_all 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.0000 4.2499 2659 0.3650 98.00 0.3949 . . 147 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.2499 4.5770 2680 0.3140 99.00 0.3795 . . 136 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.5770 5.0356 2717 0.3006 99.00 0.4248 . . 133 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.0356 5.7598 2682 0.3371 99.00 0.4344 . . 157 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.7598 7.2395 2729 0.2833 99.00 0.3761 . . 139 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 7.2395 29.8323 2731 0.2727 99.00 0.3237 . . 151 . . # _struct_ncs_oper.id 1 _struct_ncs_oper.code given _struct_ncs_oper.details ? _struct_ncs_oper.matrix[1][1] 0.876530 _struct_ncs_oper.matrix[1][2] -0.025310 _struct_ncs_oper.matrix[1][3] 0.480680 _struct_ncs_oper.matrix[2][1] -0.026300 _struct_ncs_oper.matrix[2][2] -0.999640 _struct_ncs_oper.matrix[2][3] -0.004680 _struct_ncs_oper.matrix[3][1] 0.480630 _struct_ncs_oper.matrix[3][2] -0.008540 _struct_ncs_oper.matrix[3][3] -0.876880 _struct_ncs_oper.vector[1] -12.81174 _struct_ncs_oper.vector[2] 32.84422 _struct_ncs_oper.vector[3] 52.47643 # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 ? 1 2 ? 1 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id 1 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 'CHAIN A AND (RESSEQ 5:28 OR RESSEQ 38:113 OR RESSEQ 119:148 OR RESSEQ 600:726 )' ? ? 2 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 'CHAIN B AND (RESSEQ 5:28 OR RESSEQ 38:113 OR RESSEQ 119:148 OR RESSEQ 600:726 )' ? ? # _struct_ncs_ens.id 1 _struct_ncs_ens.details ? # _database_PDB_matrix.entry_id 4AV6 _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 4AV6 _struct.title ;Crystal structure of Thermotoga maritima sodium pumping membrane integral pyrophosphatase at 4 A in complex with phosphate and magnesium ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4AV6 _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE _struct_keywords.text 'HYDROLASE, SODIUM PUMP, MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 4 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code HPPA_THEMA _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin ? _struct_ref.pdbx_db_accession Q9S5X0 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 4AV6 A 11 ? 735 ? Q9S5X0 2 ? 726 ? 2 726 2 1 4AV6 B 11 ? 735 ? Q9S5X0 2 ? 726 ? 2 726 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 4AV6 MET A 1 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -8 1 1 4AV6 ARG A 2 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -7 2 1 4AV6 GLY A 3 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -6 3 1 4AV6 SER A 4 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -5 4 1 4AV6 HIS A 5 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -4 5 1 4AV6 HIS A 6 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -3 6 1 4AV6 HIS A 7 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -2 7 1 4AV6 HIS A 8 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -1 8 1 4AV6 HIS A 9 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' 0 9 1 4AV6 HIS A 10 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' 1 10 1 4AV6 LEU A 362 ? UNP Q9S5X0 VAL 353 'engineered mutation' 353 11 1 4AV6 GLY A 404 ? UNP Q9S5X0 SER 395 'engineered mutation' 395 12 2 4AV6 MET B 1 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -8 13 2 4AV6 ARG B 2 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -7 14 2 4AV6 GLY B 3 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -6 15 2 4AV6 SER B 4 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -5 16 2 4AV6 HIS B 5 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -4 17 2 4AV6 HIS B 6 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -3 18 2 4AV6 HIS B 7 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -2 19 2 4AV6 HIS B 8 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' -1 20 2 4AV6 HIS B 9 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' 0 21 2 4AV6 HIS B 10 ? UNP Q9S5X0 ? ? 'expression tag' 1 22 2 4AV6 LEU B 362 ? UNP Q9S5X0 VAL 353 'engineered mutation' 353 23 2 4AV6 GLY B 404 ? UNP Q9S5X0 SER 395 'engineered mutation' 395 24 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 8020 ? 1 MORE -184.8 ? 1 'SSA (A^2)' 40470 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ALA A 14 ? ARG A 36 ? ALA A 5 ARG A 27 1 ? 23 HELX_P HELX_P2 2 TYR A 50 ? THR A 81 ? TYR A 41 THR A 72 1 ? 32 HELX_P HELX_P3 3 TRP A 83 ? THR A 121 ? TRP A 74 THR A 112 1 ? 39 HELX_P HELX_P4 4 LEU A 128 ? PHE A 157 ? LEU A 119 PHE A 148 1 ? 30 HELX_P HELX_P5 5 GLY A 162 ? LEU A 167 ? GLY A 153 LEU A 158 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 6 VAL A 179 ? ASP A 215 ? VAL A 170 ASP A 206 1 ? 37 HELX_P HELX_P7 7 ALA A 236 ? VAL A 246 ? ALA A 227 VAL A 237 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 8 VAL A 246 ? VAL A 276 ? VAL A 237 VAL A 267 1 ? 31 HELX_P HELX_P9 9 PRO A 288 ? LYS A 320 ? PRO A 279 LYS A 311 1 ? 33 HELX_P HELX_P10 10 ASN A 325 ? TYR A 352 ? ASN A 316 TYR A 343 1 ? 28 HELX_P HELX_P11 11 GLY A 358 ? GLY A 363 ? GLY A 349 GLY A 354 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 12 ILE A 369 ? SER A 394 ? ILE A 360 SER A 385 1 ? 26 HELX_P HELX_P13 13 LYS A 398 ? SER A 407 ? LYS A 389 SER A 398 1 ? 10 HELX_P HELX_P14 14 ILE A 408 ? GLY A 410 ? ILE A 399 GLY A 401 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 15 THR A 411 ? VAL A 426 ? 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THR B 697 HIS B 724 1 ? 28 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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O1 ? ? ? 1_555 H MG . MG ? ? A PO4 1728 A MG 1732 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.940 ? ? metalc20 metalc ? ? D PO4 . O4 ? ? ? 1_555 I K . K ? ? A PO4 1728 A K 1733 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? ? metalc21 metalc ? ? B ASP 211 OD1 ? ? ? 1_555 L MG . MG ? ? B ASP 202 B MG 1729 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? ? metalc22 metalc ? ? B ASP 211 OD2 ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? B ASP 202 B MG 1731 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? ? metalc23 metalc ? ? B ASP 215 OD2 ? ? ? 1_555 L MG . MG ? ? B ASP 206 B MG 1729 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? ? metalc24 metalc ? ? B ASP 241 OD2 ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? B ASP 232 B MG 1732 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? ? metalc25 metalc ? ? B ASP 241 OD1 ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? B ASP 232 B MG 1732 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? ? metalc26 metalc ? ? B ASN 501 O ? ? ? 1_555 P K . K ? ? B ASN 492 B K 1733 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.324 ? ? metalc27 metalc ? ? B ASP 669 OD2 ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? B ASP 660 B MG 1731 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? ? metalc28 metalc ? ? 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