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_citation.page_first 3462 _citation.page_last 3462 _citation.year 2014 _citation.journal_id_ASTM ? _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_id_CSD ? _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 24637564 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/ncomms4462 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Adhireksan, Z.' 1 ? primary 'Davey, G.E.' 2 ? primary 'Campomanes, P.' 3 ? primary 'Groessl, M.' 4 ? primary 'Clavel, C.M.' 5 ? primary 'Yu, H.' 6 ? primary 'Nazarov, A.A.' 7 ? primary 'Yeo, C.H.' 8 ? primary 'Ang, W.H.' 9 ? primary 'Droge, P.' 10 ? primary 'Rothlisberger, U.' 11 ? primary 'Dyson, P.J.' 12 ? primary 'Davey, C.A.' 13 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone 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;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 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(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATACTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGATTCAGCTG AACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGTATCTGCAGGTGGATATTGAT ; J ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 7 "(ethane-1,2-diamine-kappa~2~N,N')[(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)cyclohexane-1,2,3,4,5,6-hexayl]ruthenium" HRU 8 'SULFATE ION' SO4 9 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 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E ARG 135 NH2 # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal RemDAq 'data collection' . ? 1 REFMAC refinement 5.5.0109 ? 2 MOSFLM 'data reduction' . ? 3 SCALA 'data scaling' . ? 4 # _cell.entry_id 4KGC _cell.length_a 106.620 _cell.length_b 109.710 _cell.length_c 181.940 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 4KGC _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? # _exptl.entry_id 4KGC _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.67 _exptl_crystal.density_percent_sol 53.93 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 291 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.0 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 90 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'MARMOSAIC 225 mm CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2011-07-02 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'Bartels Monochromator' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.50 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SLS BEAMLINE X06DA' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X06DA _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.50 # _reflns.entry_id 4KGC _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 60.6 _reflns.d_resolution_high 2.69 _reflns.number_obs 55781 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs ? _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy ? _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.69 _reflns_shell.d_res_low 2.84 _reflns_shell.percent_possible_all ? _reflns_shell.Rmerge_I_obs ? _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_rejects ? _reflns_shell.pdbx_netI_over_sigmaI_obs ? _reflns_shell.number_possible ? _reflns_shell.Rmerge_F_all ? _reflns_shell.Rmerge_F_obs ? _reflns_shell.Rmerge_I_all ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_all ? _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all ? _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 4KGC _refine.ls_number_reflns_obs 54577 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 60.6 _refine.ls_d_res_high 2.69 _refine.ls_percent_reflns_obs 92.89 _refine.ls_R_factor_obs 0.24835 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.24764 _refine.ls_R_factor_R_free 0.28234 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 2.1 _refine.ls_number_reflns_R_free 1143 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.930 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.900 _refine.B_iso_mean 84.444 _refine.aniso_B[1][1] 1.04 _refine.aniso_B[2][2] -3.86 _refine.aniso_B[3][3] 2.82 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details MASK _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.40 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 0.80 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.80 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details 'HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS' _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? 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'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 2.690 _refine_ls_shell.d_res_low 2.760 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 2646 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.331 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 61.26 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.363 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 41 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? # _database_PDB_matrix.entry_id 4KGC _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 4KGC _struct.title 'Nucleosome Core Particle Containing (ETA6-P-CYMENE)-(1, 2-ETHYLENEDIAMINE)-RUTHENIUM' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4KGC _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN/DNA' _struct_keywords.text 'DNA-protein complex, nucleosome, Ruthenium agents, STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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UNP P02281 SER 33 'SEE REMARK 999' 29 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 58080 ? 1 MORE -449 ? 1 'SSA (A^2)' 73100 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLY A 45 ? SER A 58 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 2 ARG A 64 ? ASP A 78 ? ARG A 63 ASP A 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 3 GLN A 86 ? ALA A 115 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 4 MET A 121 ? ARG A 132 ? MET A 120 ARG A 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 5 ASP B 25 ? ILE B 30 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 6 THR B 31 ? GLY B 42 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 7 LEU B 50 ? ALA B 77 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 8 THR B 83 ? GLN B 94 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 9 THR C 17 ? GLY C 23 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 10 PRO C 27 ? GLY C 38 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 11 GLY C 47 ? ASN C 74 ? GLY C 46 ASN C 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P12 12 ILE C 80 ? ASP C 91 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 13 ASP C 91 ? LEU C 98 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 14 GLN C 113 ? LEU C 117 ? GLN C 112 LEU C 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 TYR D 38 ? HIS D 50 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 16 SER D 56 ? ASN D 85 ? SER D 52 ASN D 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 17 THR D 91 ? LEU D 103 ? THR D 87 LEU D 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 18 PRO D 104 ? LYS D 126 ? PRO D 100 LYS D 122 1 ? 23 HELX_P HELX_P19 19 GLY E 45 ? SER E 58 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 20 ARG E 64 ? LYS E 80 ? ARG E 63 LYS E 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P21 21 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 22 MET E 121 ? ARG E 132 ? MET E 120 ARG E 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 23 ASP F 25 ? ILE F 30 ? ASP F 24 ILE F 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P24 24 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 25 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P26 26 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 27 THR G 17 ? GLY G 23 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 28 PRO G 27 ? LYS G 37 ? PRO G 26 LYS G 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 29 GLY G 47 ? ASN G 74 ? GLY G 46 ASN G 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P30 30 ILE G 80 ? ASN G 90 ? ILE G 79 ASN G 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P31 31 ASP G 91 ? LEU G 98 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 32 GLN G 113 ? LEU G 117 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 33 TYR H 38 ? HIS H 50 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 34 SER H 56 ? ASN H 85 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 35 THR H 91 ? LEU H 103 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 36 PRO H 104 ? SER H 124 ? PRO H 100 SER H 120 1 ? 21 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? E ASP 78 OD1 ? ? ? 1_555 M MG . MG ? ? E ASP 77 E MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? ? metalc2 metalc ? ? G GLU 65 OE2 ? ? ? 1_555 N HRU . RU1 ? ? G GLU 64 G HRU 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? ? metalc3 metalc ? ? J DG 58 N7 ? ? ? 1_555 R HRU . RU1 ? ? J DG -15 J HRU 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? ? hydrog1 hydrog ? ? I DA 1 N1 ? ? ? 1_555 J DT 145 N3 ? ? I DA -72 J DT 72 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? I DA 1 N6 ? ? ? 1_555 J DT 145 O4 ? ? I DA -72 J DT 72 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? I DT 2 N3 ? ? ? 1_555 J DA 144 N1 ? ? I DT -71 J DA 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? I DT 2 O4 ? ? ? 1_555 J DA 144 N6 ? ? I DT -71 J DA 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? I DC 3 N3 ? ? ? 1_555 J DG 143 N1 ? ? I DC -70 J DG 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? I DC 3 N4 ? ? ? 1_555 J DG 143 O6 ? ? I DC -70 J DG 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? I DC 3 O2 ? ? ? 1_555 J DG 143 N2 ? ? I DC -70 J DG 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? I DA 4 N1 ? ? ? 1_555 J DT 142 N3 ? ? I DA -69 J DT 69 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? I DA 4 N6 ? ? ? 1_555 J DT 142 O4 ? ? I DA -69 J DT 69 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? I DA 5 N1 ? ? ? 1_555 J DT 141 N3 ? ? I DA -68 J DT 68 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? I DA 5 N6 ? ? ? 1_555 J DT 141 O4 ? ? I DA -68 J DT 68 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? I DT 6 N3 ? ? ? 1_555 J DA 140 N1 ? ? I DT -67 J DA 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? I DT 6 O4 ? ? ? 1_555 J DA 140 N6 ? ? I DT -67 J DA 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? I DA 7 N1 ? ? ? 1_555 J DT 139 N3 ? ? I DA -66 J DT 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? I DA 7 N6 ? ? ? 1_555 J DT 139 O4 ? ? I DA -66 J DT 66 1_555 ? ? ? ? ? ? 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I DA -62 J DT 62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? I DA 11 N6 ? ? ? 1_555 J DT 135 O4 ? ? I DA -62 J DT 62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? I DC 12 N3 ? ? ? 1_555 J DG 134 N1 ? ? I DC -61 J DG 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? I DC 12 N4 ? ? ? 1_555 J DG 134 O6 ? ? I DC -61 J DG 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? I DC 12 O2 ? ? ? 1_555 J DG 134 N2 ? ? I DC -61 J DG 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? I DC 13 N3 ? ? ? 1_555 J DG 133 N1 ? ? I DC -60 J DG 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? I DC 13 N4 ? ? ? 1_555 J DG 133 O6 ? ? I DC -60 J DG 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? I DC 13 O2 ? ? ? 1_555 J DG 133 N2 ? ? I DC -60 J DG 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? I DT 14 N3 ? ? ? 1_555 J DA 132 N1 ? ? I DT -59 J DA 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? I DT 14 O4 ? ? ? 1_555 J DA 132 N6 ? ? I DT -59 J DA 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? I DG 15 N1 ? ? ? 1_555 J DC 131 N3 ? ? I DG -58 J DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? I DG 15 N2 ? ? ? 1_555 J DC 131 O2 ? ? I DG -58 J DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? I DG 15 O6 ? ? ? 1_555 J DC 131 N4 ? ? I DG -58 J DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? I DC 16 N3 ? ? ? 1_555 J DG 130 N1 ? ? I DC -57 J DG 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? I DC 16 N4 ? ? ? 1_555 J DG 130 O6 ? ? I DC -57 J DG 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? I DC 16 O2 ? ? ? 1_555 J DG 130 N2 ? ? I DC -57 J DG 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? I DA 17 N1 ? ? ? 1_555 J DT 129 N3 ? ? I DA -56 J DT 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? I DA 17 N6 ? ? ? 1_555 J DT 129 O4 ? ? I DA -56 J DT 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? I DG 18 N1 ? ? ? 1_555 J DC 128 N3 ? ? I DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? I DG 18 N2 ? ? ? 1_555 J DC 128 O2 ? ? I DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? I DG 18 O6 ? ? ? 1_555 J DC 128 N4 ? ? I DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? I DA 19 N1 ? ? ? 1_555 J DT 127 N3 ? ? I DA -54 J DT 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? I DA 19 N6 ? ? ? 1_555 J DT 127 O4 ? ? I DA -54 J DT 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? I DT 20 N3 ? ? ? 1_555 J DA 126 N1 ? ? I DT -53 J DA 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? I DT 20 O4 ? ? ? 1_555 J DA 126 N6 ? ? I DT -53 J DA 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? I DA 21 N1 ? ? ? 1_555 J DT 125 N3 ? ? I DA -52 J DT 52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? I DA 21 N6 ? ? ? 1_555 J DT 125 O4 ? ? 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"H2''" sing N N 176 DG "C1'" N9 sing N N 177 DG "C1'" "H1'" sing N N 178 DG N9 C8 sing Y N 179 DG N9 C4 sing Y N 180 DG C8 N7 doub Y N 181 DG C8 H8 sing N N 182 DG N7 C5 sing Y N 183 DG C5 C6 sing N N 184 DG C5 C4 doub Y N 185 DG C6 O6 doub N N 186 DG C6 N1 sing N N 187 DG N1 C2 sing N N 188 DG N1 H1 sing N N 189 DG C2 N2 sing N N 190 DG C2 N3 doub N N 191 DG N2 H21 sing N N 192 DG N2 H22 sing N N 193 DG N3 C4 sing N N 194 DT OP3 P sing N N 195 DT OP3 HOP3 sing N N 196 DT P OP1 doub N N 197 DT P OP2 sing N N 198 DT P "O5'" sing N N 199 DT OP2 HOP2 sing N N 200 DT "O5'" "C5'" sing N N 201 DT "C5'" "C4'" sing N N 202 DT "C5'" "H5'" sing N N 203 DT "C5'" "H5''" sing N N 204 DT "C4'" "O4'" sing N N 205 DT "C4'" "C3'" sing N N 206 DT "C4'" "H4'" sing N N 207 DT "O4'" "C1'" sing N N 208 DT "C3'" "O3'" sing N N 209 DT "C3'" "C2'" sing N N 210 DT "C3'" "H3'" sing N N 211 DT "O3'" "HO3'" sing N N 212 DT "C2'" "C1'" sing N N 213 DT "C2'" "H2'" sing N N 214 DT "C2'" "H2''" sing N N 215 DT "C1'" 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N 513 TYR CD1 HD1 sing N N 514 TYR CD2 CE2 doub Y N 515 TYR CD2 HD2 sing N N 516 TYR CE1 CZ doub Y N 517 TYR CE1 HE1 sing N N 518 TYR CE2 CZ sing Y N 519 TYR CE2 HE2 sing N N 520 TYR CZ OH sing N N 521 TYR OH HH sing N N 522 TYR OXT HXT sing N N 523 VAL N CA sing N N 524 VAL N H sing N N 525 VAL N H2 sing N N 526 VAL CA C sing N N 527 VAL CA CB sing N N 528 VAL CA HA sing N N 529 VAL C O doub N N 530 VAL C OXT sing N N 531 VAL CB CG1 sing N N 532 VAL CB CG2 sing N N 533 VAL CB HB sing N N 534 VAL CG1 HG11 sing N N 535 VAL CG1 HG12 sing N N 536 VAL CG1 HG13 sing N N 537 VAL CG2 HG21 sing N N 538 VAL CG2 HG22 sing N N 539 VAL CG2 HG23 sing N N 540 VAL OXT HXT sing N N 541 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 4KGC 'double helix' 4KGC 'b-form double helix' 4KGC 'mismatched base pair' 4KGC 'quadruple helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id 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