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'X-RAY DIFFRACTION' f_angle_d 34943 0.526 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' f_chiral_restr 4174 0.022 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' f_plane_restr 3612 0.002 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' f_dihedral_angle_d 9664 12.580 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.R_factor_obs 2.5000 2.5284 30 98.0000 4151 . 0.3414 0.3789 . 219 . 4370 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.5284 2.5582 30 98.0000 4100 . 0.3223 0.3575 . 216 . 4316 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.5582 2.5894 30 98.0000 4100 . 0.3180 0.3414 . 216 . 4316 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.5894 2.6221 30 98.0000 4091 . 0.3158 0.3573 . 215 . 4306 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.6221 2.6566 30 98.0000 4127 . 0.3124 0.3438 . 217 . 4344 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.6566 2.6930 30 98.0000 4068 . 0.2998 0.3239 . 215 . 4283 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.6930 2.7315 30 98.0000 4110 . 0.2951 0.3468 . 216 . 4326 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.7315 2.7723 30 98.0000 4128 . 0.2912 0.3449 . 217 . 4345 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.7723 2.8156 30 98.0000 4125 . 0.2887 0.3274 . 217 . 4342 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.8156 2.8617 30 98.0000 4109 . 0.2781 0.3203 . 217 . 4326 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.8617 2.9111 30 98.0000 4098 . 0.2932 0.3091 . 216 . 4314 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.9111 2.9640 30 98.0000 4169 . 0.2945 0.3288 . 219 . 4388 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 2.9640 3.0210 30 98.0000 4113 . 0.2877 0.3027 . 217 . 4330 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 3.0210 3.0826 30 99.0000 4151 . 0.2786 0.3069 . 218 . 4369 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 3.0826 3.1497 30 99.0000 4091 . 0.2666 0.3017 . 215 . 4306 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 3.1497 3.2229 30 99.0000 4156 . 0.2584 0.3039 . 219 . 4375 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 3.2229 3.3035 30 99.0000 4148 . 0.2487 0.2870 . 218 . 4366 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 3.3035 3.3928 30 99.0000 4085 . 0.2462 0.2745 . 215 . 4300 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 3.3928 3.4926 30 99.0000 4182 . 0.2434 0.2689 . 220 . 4402 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 3.4926 3.6053 30 99.0000 4134 . 0.2395 0.2652 . 218 . 4352 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 3.6053 3.7341 30 99.0000 4143 . 0.2204 0.2419 . 218 . 4361 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 3.7341 3.8835 30 99.0000 4132 . 0.2152 0.2595 . 217 . 4349 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 3.8835 4.0602 30 99.0000 4186 . 0.2075 0.2552 . 220 . 4406 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 4.0602 4.2741 30 99.0000 4154 . 0.1974 0.2368 . 219 . 4373 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 4.2741 4.5417 30 99.0000 4132 . 0.1907 0.2377 . 218 . 4350 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 4.5417 4.8920 30 99.0000 4152 . 0.1844 0.1994 . 218 . 4370 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 4.8920 5.3836 30 99.0000 4165 . 0.1881 0.2341 . 219 . 4384 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 5.3836 6.1612 30 100.0000 4171 . 0.1994 0.2253 . 220 . 4391 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 6.1612 7.7566 30 100.0000 4183 . 0.1949 0.2076 . 220 . 4403 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . 7.7566 46.7096 30 96.0000 4021 . 0.1657 0.1874 . 212 . 4233 . 'X-RAY DIFFRACTION' . . # _struct.entry_id 4OO8 _struct.title 'Crystal structure of Streptococcus pyogenes Cas9 in complex with guide RNA and target DNA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4OO8 _struct_keywords.text 'Hydrolase-DNA-RNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords Hydrolase/DNA/RNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 4 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP CAS9_STRP1 Q99ZW2 1 ;MDKKYSIGLDIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRIC YLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAH MIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGN LIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSAS MIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLR KQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEE VVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVT VKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYA HLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSL HEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHP VENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMK NYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKS KLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYS NIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLI ARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPK YSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRV ILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRI DLSQLGGD ; 1 ? 2 PDB 4OO8 4OO8 2 ? ? ? 3 PDB 4OO8 4OO8 3 ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 4OO8 A 5 ? 1372 ? Q99ZW2 1 ? 1368 ? 1 1368 2 1 4OO8 D 5 ? 1372 ? Q99ZW2 1 ? 1368 ? 1 1368 3 2 4OO8 B 1 ? 98 ? 4OO8 1 ? 98 ? 1 98 4 2 4OO8 E 1 ? 98 ? 4OO8 1 ? 98 ? 1 98 5 3 4OO8 C 1 ? 23 ? 4OO8 -2 ? 20 ? -2 20 6 3 4OO8 F 1 ? 23 ? 4OO8 -2 ? 20 ? -2 20 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 4OO8 GLY A 1 ? UNP Q99ZW2 ? ? 'expression tag' -3 1 1 4OO8 SER A 2 ? UNP Q99ZW2 ? ? 'expression tag' -2 2 1 4OO8 GLY A 3 ? UNP Q99ZW2 ? ? 'expression tag' -1 3 1 4OO8 HIS A 4 ? UNP Q99ZW2 ? ? 'expression tag' 0 4 1 4OO8 ALA A 14 ? UNP Q99ZW2 ASP 10 'engineered mutation' 10 5 1 4OO8 LEU A 84 ? UNP Q99ZW2 CYS 80 'engineered mutation' 80 6 1 4OO8 GLU A 578 ? UNP Q99ZW2 CYS 574 'engineered mutation' 574 7 1 4OO8 ALA A 844 ? UNP Q99ZW2 HIS 840 'engineered mutation' 840 8 2 4OO8 GLY D 1 ? UNP Q99ZW2 ? ? 'expression tag' -3 9 2 4OO8 SER D 2 ? UNP Q99ZW2 ? ? 'expression tag' -2 10 2 4OO8 GLY D 3 ? UNP Q99ZW2 ? ? 'expression tag' -1 11 2 4OO8 HIS D 4 ? UNP Q99ZW2 ? ? 'expression tag' 0 12 2 4OO8 ALA D 14 ? UNP Q99ZW2 ASP 10 'engineered mutation' 10 13 2 4OO8 LEU D 84 ? UNP Q99ZW2 CYS 80 'engineered mutation' 80 14 2 4OO8 GLU D 578 ? UNP Q99ZW2 CYS 574 'engineered mutation' 574 15 2 4OO8 ALA D 844 ? UNP Q99ZW2 HIS 840 'engineered mutation' 840 16 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 2 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 18170 ? 1 MORE -158 ? 1 'SSA (A^2)' 72230 ? 2 'ABSA (A^2)' 17020 ? 2 MORE -138 ? 2 'SSA (A^2)' 66610 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,G,H,I 2 1 D,E,F,J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ALA A 63 ? ASP A 98 ? ALA A 59 ASP A 94 1 ? 36 HELX_P HELX_P2 2 SER A 100 ? GLU A 106 ? SER A 96 GLU A 102 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 3 ASN A 125 ? TYR A 136 ? ASN A 121 TYR A 132 1 ? 12 HELX_P HELX_P4 4 THR A 138 ? SER A 149 ? THR A 134 SER A 145 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 5 ASP A 154 ? PHE A 168 ? ASP A 150 PHE A 164 1 ? 15 HELX_P HELX_P6 6 ASP A 184 ? PHE A 200 ? ASP A 180 PHE A 196 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 7 ASP A 211 ? SER A 217 ? ASP A 207 SER A 213 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 8 SER A 221 ? GLN A 232 ? SER A 217 GLN A 228 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 9 GLY A 240 ? GLY A 251 ? GLY A 236 GLY A 247 1 ? 12 HELX_P HELX_P10 10 THR A 274 ? GLY A 287 ? THR A 270 GLY A 283 1 ? 14 HELX_P HELX_P11 11 TYR A 290 ? LEU A 310 ? TYR A 286 LEU A 306 1 ? 21 HELX_P HELX_P12 12 ALA A 319 ? LEU A 347 ? ALA A 315 LEU A 343 1 ? 29 HELX_P HELX_P13 13 LYS A 350 ? PHE A 356 ? LYS A 346 PHE A 352 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 14 GLY A 362 ? ASP A 368 ? GLY A 358 ASP A 364 1 ? 7 HELX_P HELX_P15 15 SER A 372 ? MET A 387 ? 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'G-U MISPAIR' ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASN 672 A . ? ASN 668 A GLY 673 A ? GLY 669 A 1 -5.47 2 GLY 1156 A . ? GLY 1152 A LYS 1157 A ? LYS 1153 A 1 -0.63 3 ASN 672 D . ? ASN 668 D GLY 673 D ? GLY 669 D 1 -2.60 4 TYR 1246 D . ? 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VAL OXT HXT sing N N 674 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 4OO8 'double helix' 4OO8 'a-form double helix' 4OO8 'b-form double helix' 4OO8 'hairpin loop' 4OO8 tetraloop 4OO8 'bulge loop' 4OO8 'mismatched base pair' 4OO8 'internal loop' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id 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