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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 4HE8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.66 _exptl_crystal.density_percent_sol 66.38 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 290 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 4.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '100 mM phosphate-citrate pH 4.5, 26% (v/v) PEG300, 5 mM CHAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 210' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2009-10-24 _diffrn_detector.details mirrors # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'Si(311)' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.973 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE ID29' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ID29 _diffrn_source.pdbx_wavelength ? 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_reflns_shell.number_unique_all 13892 _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 4HE8 _refine.ls_number_reflns_obs 89170 _refine.ls_number_reflns_all 89170 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 25.725 _refine.ls_d_res_high 3.300 _refine.ls_percent_reflns_obs 86.73 _refine.ls_R_factor_obs 0.2099 _refine.ls_R_factor_all 0.2099 _refine.ls_R_factor_R_work 0.2088 _refine.ls_R_factor_R_free 0.2634 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 2.04 _refine.ls_number_reflns_R_free 1816 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 84.30 _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details 'FLAT BULK SOLVENT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.20 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.80 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;The data set was anisotropically scaled and truncated to 3.6, 3.4 and 3.3 A resolution along the a*, b* and c* axes, respectively, using the Diffraction Anisotropy Server (http://services.mbi.ucla.edu/anisoscale/) ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB entry 3RKO' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model 'TLS and isotropic' _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.44 _refine.pdbx_overall_phase_error 28.51 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 32514 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 136 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 32650 _refine_hist.d_res_high 3.300 _refine_hist.d_res_low 25.725 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function _refine_ls_restr.pdbx_refine_id f_bond_d 0.005 ? ? 33576 ? 'X-RAY DIFFRACTION' f_angle_d 1.060 ? ? 45830 ? 'X-RAY DIFFRACTION' f_dihedral_angle_d 15.392 ? ? 11248 ? 'X-RAY DIFFRACTION' f_chiral_restr 0.071 ? ? 5404 ? 'X-RAY DIFFRACTION' f_plane_restr 0.006 ? ? 5562 ? 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight 1 L 4638 ? ? POSITIONAL 1 1 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 F 4638 0.012 ? POSITIONAL 1 2 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 M 3489 ? ? POSITIONAL 2 3 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 G 3489 0.018 ? POSITIONAL 2 4 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 N 3154 ? ? POSITIONAL 3 5 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 I 3154 0.015 ? POSITIONAL 3 6 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 A 724 ? ? POSITIONAL 4 7 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 B 724 0.012 ? POSITIONAL 4 8 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 J 1217 ? ? POSITIONAL 5 9 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 D 1217 0.014 ? POSITIONAL 5 10 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 K 703 ? ? POSITIONAL 6 11 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 E 703 0.013 ? POSITIONAL 6 12 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 H 2379 ? ? POSITIONAL 7 13 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 C 2379 0.013 ? POSITIONAL 7 14 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.pdbx_refine_id . 3.3000 3.3890 2172 0.3233 28.00 0.3704 . . 53 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.3890 3.4885 4503 0.3045 58.00 0.3631 . . 94 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.4885 3.6008 6480 0.2862 84.00 0.3431 . . 144 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.6008 3.7292 7378 0.2684 95.00 0.3167 . . 149 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7292 3.8780 7401 0.2448 96.00 0.3064 . . 164 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.8780 4.0539 7492 0.2175 96.00 0.2934 . . 136 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.0539 4.2667 7490 0.1981 97.00 0.2596 . . 160 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.2667 4.5326 7514 0.1796 97.00 0.2223 . . 147 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.5326 4.8804 7510 0.1698 97.00 0.2609 . . 150 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.8804 5.3675 7563 0.1832 97.00 0.2586 . . 149 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.3675 6.1350 7393 0.2070 96.00 0.2445 . . 165 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 6.1350 7.6950 7394 0.2108 95.00 0.2363 . . 153 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 7.6950 25.7260 7064 0.1876 91.00 0.2192 . . 152 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 ? 1 2 ? 1 1 ? 2 2 ? 2 1 ? 3 2 ? 3 1 ? 4 2 ? 4 1 ? 5 2 ? 5 1 ? 6 2 ? 6 1 ? 7 2 ? 7 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id 1 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 'chain L' ? ? 2 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 'chain F' ? ? 1 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 'chain M' ? ? 2 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 'chain G' ? ? 1 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 'chain N' ? ? 2 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 'chain I' ? ? 1 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 'chain A' ? ? 2 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 'chain B' ? ? 1 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 'chain J' ? ? 2 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 'chain D' ? ? 1 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 'chain K' ? ? 2 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 'chain E' ? ? 1 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 'chain H and resid 4:354' ? ? 2 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 'chain C and resid 4:354' ? ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? # _struct.entry_id 4HE8 _struct.title 'Crystal structure of the membrane domain of respiratory complex I from Thermus thermophilus' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4HE8 _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE _struct_keywords.text 'NADH-quinone oxidoreductase, complex I, oxidoreductase, proton pump, membrane protein, NADH, menaquinone, cytoplasmic membrane' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 7 ? O N N 8 ? P N N 8 ? Q N N 8 ? R N N 8 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ILE A 4 ? ALA A 29 ? ILE A 4 ALA A 29 1 ? 26 HELX_P HELX_P2 2 ARG A 56 ? SER A 84 ? ARG A 56 SER A 84 1 ? 29 HELX_P HELX_P3 3 LEU A 88 ? GLY A 114 ? LEU A 88 GLY A 114 1 ? 27 HELX_P HELX_P4 4 SER B 2 ? LEU B 22 ? SER J 2 LEU J 22 1 ? 21 HELX_P HELX_P5 5 ASN B 24 ? LEU B 46 ? ASN J 24 LEU J 46 1 ? 23 HELX_P HELX_P6 6 ALA B 48 ? VAL B 58 ? ALA J 48 VAL J 58 1 ? 11 HELX_P HELX_P7 7 ALA B 62 ? LEU B 74 ? ALA J 62 LEU J 74 1 ? 13 HELX_P HELX_P8 8 SER B 89 ? TRP B 109 ? SER J 89 TRP J 109 1 ? 21 HELX_P HELX_P9 9 LEU B 123 ? TYR B 132 ? LEU J 123 TYR J 132 1 ? 10 HELX_P HELX_P10 10 TRP B 135 ? LEU B 156 ? TRP J 135 LEU J 156 1 ? 22 HELX_P HELX_P11 11 SER C 2 ? ARG C 21 ? SER K 2 ARG K 21 1 ? 20 HELX_P HELX_P12 12 THR C 23 ? GLY C 50 ? THR K 23 GLY K 50 1 ? 28 HELX_P HELX_P13 13 LEU C 51 ? PHE C 79 ? LEU K 51 PHE K 79 1 ? 29 HELX_P HELX_P14 14 ALA C 86 ? LEU C 90 ? ALA K 86 LEU K 90 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 ALA D 2 ? GLY D 13 ? ALA L 2 GLY L 13 1 ? 12 HELX_P HELX_P16 16 GLY D 13 ? PHE D 20 ? GLY L 13 PHE L 20 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 17 PRO D 27 ? SER D 50 ? PRO L 27 SER L 50 1 ? 24 HELX_P HELX_P18 18 ASP D 70 ? MET D 95 ? 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TRP N 310 ? TYR C 302 TRP C 310 1 ? 9 HELX_P HELX_P201 201 PHE N 312 ? LEU N 330 ? PHE C 312 LEU C 330 1 ? 19 HELX_P HELX_P202 202 ARG N 334 ? ALA N 351 ? ARG C 334 ALA C 351 1 ? 18 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ILE 220 D . ? ILE 220 L PRO 221 D ? 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N ALA L 53 O LEU D 69 ? O LEU L 69 B 1 2 N ALA E 53 ? N ALA M 53 O TRP E 63 ? O TRP M 63 C 1 2 N PHE F 48 ? N PHE N 48 O VAL F 55 ? O VAL N 55 D 1 2 N ALA K 53 ? N ALA F 53 O LEU K 69 ? O LEU F 69 E 1 2 N ALA L 53 ? N ALA G 53 O TRP L 63 ? O TRP G 63 F 1 2 N PHE M 48 ? N PHE I 48 O VAL M 55 ? 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