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;MAEPGIDKLFGMVDSKYRLTVVVAKRAQQLLRHGFKNTVLEPEERPKMQTLEGLFDDPNAVTWAMKELLTGRLVFGENLV PEDRLQKEMERLYPVEREE ; E ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MKKSKRKNAQAQEAQETEVLVQEEAEELPEFPEGEPDPDLEDPDLTLEDDLLDLPEEGEGLDLEEEEEDLPIPKISTSDP VRQYLHEIGQVPLLTLEEEVELARKVEEGMEAIKKLSEITGLDPDLIREVVRAKILGSARVRHIPGLKETLDPKTVEEID QKLKSLPKEHKRYLHIAREGEAARQHLIEANLRLVVSIAKKYTGRGLSFLDLIQEGNQGLIRAVEKFEYKRRFKFSTYAT WWIRQAINRAIADQARTIRIPVHMVETINKLSRTARQLQQELGREPTYEEIAEAMGPGWDAKRVEETLKIAQEPVSLETP IGDEKDSFYGDFIPDEHLPSPVDAATQSLLSEELEKALSKLSEREAMVLKLRKGLIDGREHTLEEVGAFFGVTRERIRQI ENKALRKLKYHESRTRKLRDFLD ; ;MKKSKRKNAQAQEAQETEVLVQEEAEELPEFPEGEPDPDLEDPDLTLEDDLLDLPEEGEGLDLEEEEEDLPIPKISTSDP VRQYLHEIGQVPLLTLEEEVELARKVEEGMEAIKKLSEITGLDPDLIREVVRAKILGSARVRHIPGLKETLDPKTVEEID QKLKSLPKEHKRYLHIAREGEAARQHLIEANLRLVVSIAKKYTGRGLSFLDLIQEGNQGLIRAVEKFEYKRRFKFSTYAT WWIRQAINRAIADQARTIRIPVHMVETINKLSRTARQLQQELGREPTYEEIAEAMGPGWDAKRVEETLKIAQEPVSLETP IGDEKDSFYGDFIPDEHLPSPVDAATQSLLSEELEKALSKLSEREAMVLKLRKGLIDGREHTLEEVGAFFGVTRERIRQI ENKALRKLKYHESRTRKLRDFLD ; F ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC)(DA) ; CCTGCATCCGTGAGTGCAGCCA G ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) ; TATAATGGGAGCTGTCACGGATGCAGG H ? 8 polyribonucleotide no no CUCAC CUCAC I ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 9 'MAGNESIUM ION' MG 10 'ZINC ION' ZN 11 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 LEU n 1 3 ASP n 1 4 SER n 1 5 LYS n 1 6 LEU n 1 7 LYS n 1 8 ALA n 1 9 PRO n 1 10 VAL n 1 11 PHE n 1 12 THR n 1 13 VAL n 1 14 ARG n 1 15 THR n 1 16 GLN n 1 17 GLY n 1 18 ARG n 1 19 GLU n 1 20 TYR n 1 21 GLY n 1 22 GLU n 1 23 PHE n 1 24 VAL n 1 25 LEU n 1 26 GLU n 1 27 PRO n 1 28 LEU n 1 29 GLU n 1 30 ARG n 1 31 GLY n 1 32 PHE n 1 33 GLY n 1 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1 123 MET n 1 124 ASN n 1 125 PRO n 1 126 ASP n 1 127 LEU n 1 128 HIS n 1 129 ILE n 1 130 ALA n 1 131 THR n 1 132 LEU n 1 133 GLU n 1 134 GLU n 1 135 GLY n 1 136 GLY n 1 137 ARG n 1 138 LEU n 1 139 ASN n 1 140 MET n 1 141 GLU n 1 142 VAL n 1 143 ARG n 1 144 VAL n 1 145 ASP n 1 146 ARG n 1 147 GLY n 1 148 VAL n 1 149 GLY n 1 150 TYR n 1 151 VAL n 1 152 PRO n 1 153 ALA n 1 154 GLU n 1 155 LYS n 1 156 HIS n 1 157 GLY n 1 158 ILE n 1 159 LYS n 1 160 ASP n 1 161 ARG n 1 162 ILE n 1 163 ASN n 1 164 ALA n 1 165 ILE n 1 166 PRO n 1 167 VAL n 1 168 ASP n 1 169 ALA n 1 170 VAL n 1 171 PHE n 1 172 SER n 1 173 PRO n 1 174 VAL n 1 175 ARG n 1 176 ARG n 1 177 VAL n 1 178 ALA n 1 179 PHE n 1 180 GLN n 1 181 VAL n 1 182 GLU n 1 183 ASP n 1 184 THR n 1 185 ARG n 1 186 LEU n 1 187 GLY n 1 188 GLN n 1 189 ARG n 1 190 THR n 1 191 ASP n 1 192 LEU n 1 193 ASP n 1 194 LYS n 1 195 LEU n 1 196 THR n 1 197 LEU n 1 198 ARG n 1 199 ILE n 1 200 TRP n 1 201 THR n 1 202 ASP n 1 203 GLY n 1 204 SER n 1 205 VAL n 1 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'X-RAY DIFFRACTION' . 7.0438 41.9814 8410 0.1788 97.00 0.1972 . . 152 . . . . # _database_PDB_matrix.entry_id 4Q5S _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 4Q5S _struct.title 'Thermus thermophilus RNA polymerase initially transcribing complex containing 6-mer RNA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4Q5S _struct_keywords.pdbx_keywords transcription/DNA/rna _struct_keywords.text 'transcription, transcription-DNA-rna complex' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 9 ? K N N 10 ? L N N 10 ? 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GLU C 210 ? ASP C 203 GLU C 210 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 17 LEU C 217 ? MET C 222 ? LEU C 217 MET C 222 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 18 ASP C 223 ? ALA C 228 ? ASP C 223 ALA C 228 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 19 ARG C 230 ? ARG C 243 ? ARG C 230 ARG C 243 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 20 LYS C 249 ? ILE C 261 ? LYS C 249 ILE C 261 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 21 GLY C 270 ? GLY C 282 ? GLY C 270 GLY C 282 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 22 VAL C 302 ? ALA C 312 ? VAL C 302 ALA C 312 1 ? 11 HELX_P HELX_P23 23 THR C 335 ? LEU C 360 ? THR C 335 LEU C 360 1 ? 26 HELX_P HELX_P24 24 THR C 368 ? VAL C 373 ? THR C 368 VAL C 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 25 SER C 375 ? ARG C 388 ? SER C 375 ARG C 388 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 26 ASN C 399 ? ARG C 408 ? ASN C 399 ARG C 408 1 ? 10 HELX_P HELX_P27 27 THR C 419 ? ALA C 423 ? THR C 419 ALA C 423 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 28 HIS C 431 ? TYR C 435 ? HIS C 431 TYR C 435 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 29 THR C 487 ? ASP C 492 ? THR C 487 ASP C 492 1 ? 6 HELX_P HELX_P30 30 SER C 535 ? PHE C 540 ? 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'DG-C PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 SG ? 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D ASP 739 ? 1_555 MG ? J MG . ? D MG 2001 ? 1_555 OD2 ? D ASP 743 ? D ASP 743 ? 1_555 74.6 ? 11 OD1 ? D ASP 741 ? D ASP 741 ? 1_555 MG ? J MG . ? D MG 2001 ? 1_555 OD2 ? D ASP 743 ? D ASP 743 ? 1_555 127.7 ? 12 OD1 ? D ASP 743 ? D ASP 743 ? 1_555 MG ? J MG . ? D MG 2001 ? 1_555 OD2 ? D ASP 743 ? D ASP 743 ? 1_555 49.8 ? 13 OD1 ? D ASP 739 ? D ASP 739 ? 1_555 MG ? J MG . ? D MG 2001 ? 1_555 "O3'" ? I A 4 ? I A 5 ? 1_555 150.9 ? 14 OD1 ? D ASP 741 ? D ASP 741 ? 1_555 MG ? J MG . ? D MG 2001 ? 1_555 "O3'" ? I A 4 ? I A 5 ? 1_555 101.6 ? 15 OD1 ? D ASP 743 ? D ASP 743 ? 1_555 MG ? J MG . ? D MG 2001 ? 1_555 "O3'" ? I A 4 ? I A 5 ? 1_555 112.5 ? 16 OD2 ? D ASP 743 ? D ASP 743 ? 1_555 MG ? J MG . ? D MG 2001 ? 1_555 "O3'" ? I A 4 ? I A 5 ? 1_555 108.5 ? 17 OD1 ? D ASP 739 ? D ASP 739 ? 1_555 MG ? J MG . ? D MG 2001 ? 1_555 OP1 ? I C 5 ? I C 6 ? 1_555 97.4 ? 18 OD1 ? D ASP 741 ? D ASP 741 ? 1_555 MG ? J MG . ? D MG 2001 ? 1_555 OP1 ? I C 5 ? I C 6 ? 1_555 92.6 ? 19 OD1 ? D ASP 743 ? 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D CYS 1204 ? 1_555 107.8 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 26 A . ? GLU 26 A PRO 27 A ? PRO 27 A 1 -1.47 2 GLU 26 B . ? GLU 26 B PRO 27 B ? PRO 27 B 1 -2.75 3 PHE 52 C . ? PHE 52 C PRO 53 C ? PRO 53 C 1 0.34 4 VAL 108 D . ? VAL 108 D PRO 109 D ? PRO 109 D 1 -1.46 5 ALA 705 D . ? ALA 705 D PRO 706 D ? PRO 706 D 1 -0.43 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 4 ? B ? 3 ? C ? 4 ? D ? 2 ? E ? 2 ? F ? 2 ? G ? 4 ? H ? 4 ? I ? 2 ? J ? 2 ? K ? 2 ? L ? 3 ? M ? 3 ? N ? 3 ? O ? 4 ? P ? 3 ? Q ? 2 ? R ? 2 ? S ? 2 ? T ? 6 ? U ? 2 ? V ? 3 ? W ? 4 ? X ? 2 ? Y ? 2 ? Z ? 8 ? AA ? 4 ? AB ? 2 ? AC ? 2 ? AD ? 3 ? AE ? 3 ? AF ? 3 ? AG ? 2 ? AH ? 4 ? AI ? 2 ? AJ ? 4 ? AK ? 3 ? AL ? 4 ? AM ? 3 ? AN ? 4 ? AO ? 2 ? AP ? 3 ? AQ ? 7 ? AR ? 2 ? AS ? 3 ? AT ? 2 ? AU ? 2 ? AV ? 2 ? AW ? 2 ? AX ? 4 ? AY ? 3 ? AZ ? 2 ? BA ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel L 1 2 ? parallel L 2 3 ? parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? parallel O 3 4 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel T 3 4 ? parallel T 4 5 ? anti-parallel T 5 6 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel W 3 4 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? anti-parallel Z 4 5 ? parallel Z 5 6 ? anti-parallel Z 6 7 ? parallel Z 7 8 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AE 1 2 ? parallel AE 2 3 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AH 2 3 ? anti-parallel AH 3 4 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AJ 1 2 ? anti-parallel AJ 2 3 ? anti-parallel AJ 3 4 ? anti-parallel AK 1 2 ? anti-parallel AK 2 3 ? anti-parallel AL 1 2 ? anti-parallel AL 2 3 ? anti-parallel AL 3 4 ? anti-parallel AM 1 2 ? anti-parallel AM 2 3 ? anti-parallel AN 1 2 ? anti-parallel AN 2 3 ? anti-parallel AN 3 4 ? anti-parallel AO 1 2 ? anti-parallel AP 1 2 ? anti-parallel AP 2 3 ? parallel AQ 1 2 ? parallel AQ 2 3 ? anti-parallel AQ 3 4 ? parallel AQ 4 5 ? anti-parallel AQ 5 6 ? anti-parallel AQ 6 7 ? anti-parallel AR 1 2 ? anti-parallel AS 1 2 ? parallel AS 2 3 ? anti-parallel AT 1 2 ? parallel AU 1 2 ? anti-parallel AV 1 2 ? anti-parallel AW 1 2 ? anti-parallel AX 1 2 ? anti-parallel AX 2 3 ? anti-parallel AX 3 4 ? anti-parallel AY 1 2 ? anti-parallel AY 2 3 ? anti-parallel AZ 1 2 ? anti-parallel BA 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 VAL A 10 ? 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THR B 96 GLU B 104 H 2 ARG B 137 ? GLY B 147 ? ARG B 137 GLY B 147 H 3 GLY B 50 ? ILE B 58 ? GLY B 50 ILE B 58 H 4 ILE B 165 ? PRO B 166 ? ILE B 165 PRO B 166 I 1 VAL B 87 ? PHE B 89 ? VAL B 87 PHE B 89 I 2 VAL B 120 ? ILE B 122 ? VAL B 120 ILE B 122 J 1 LYS B 107 ? LYS B 110 ? LYS B 107 LYS B 110 J 2 HIS B 128 ? LEU B 132 ? HIS B 128 LEU B 132 K 1 TYR B 150 ? VAL B 151 ? TYR B 150 VAL B 151 K 2 ALA B 169 ? VAL B 170 ? ALA B 169 VAL B 170 L 1 ILE C 3 ? ARG C 5 ? ILE C 3 ARG C 5 L 2 ARG C 900 ? ILE C 902 ? ARG C 900 ILE C 902 L 3 VAL C 579 ? MET C 580 ? VAL C 579 MET C 580 M 1 VAL C 65 ? LEU C 73 ? VAL C 65 LEU C 73 M 2 GLN C 91 ? ILE C 101 ? GLN C 91 ILE C 101 M 3 ILE C 108 ? PRO C 119 ? ILE C 108 PRO C 119 N 1 PHE C 127 ? ILE C 129 ? PHE C 127 ILE C 129 N 2 ALA C 132 ? ILE C 136 ? ALA C 132 ILE C 136 N 3 SER C 392 ? PHE C 394 ? SER C 392 PHE C 394 O 1 ARG C 331 ? ARG C 334 ? ARG C 331 ARG C 334 O 2 SER C 138 ? ARG C 142 ? SER C 138 ARG C 142 O 3 ARG C 409 ? SER C 411 ? 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