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'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 5A5T _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 5A5T _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 6.00 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 25432 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 25432 _refine_hist.d_res_high 6.00 _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 5A5T _struct.title 'Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex' _struct.pdbx_descriptor ;EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT A, EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT C, EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT E, EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT F (E.C.3.4.19.12), EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT H, EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT K, UNCHARACTERIZED PROTEIN, EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT M ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 5A5T _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE _struct_keywords.text 'HYDROLASE, EIF3, EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 3, PREINITIATION COMPLEX, PCI/MPN CORE, EIF3G/I/B, EIF3D' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ARG A 7 ? VAL A 21 ? ARG A 7 VAL A 21 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 2 LYS A 23 ? SER A 37 ? LYS A 23 SER A 37 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 3 ILE A 46 ? LYS A 63 ? ILE A 46 LYS A 63 1 ? 18 HELX_P HELX_P4 4 LEU A 66 ? ILE A 77 ? LEU A 66 ILE A 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 5 VAL A 81 ? ASP A 117 ? VAL A 81 ASP A 117 1 ? 37 HELX_P HELX_P6 6 LEU A 118 ? ILE A 121 ? LEU A 118 ILE A 121 5 ? 4 HELX_P HELX_P7 7 GLN A 122 ? VAL A 132 ? GLN A 122 VAL A 132 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 8 GLN A 138 ? LEU A 163 ? GLN A 138 LEU A 163 1 ? 26 HELX_P HELX_P9 9 ASN A 166 ? ARG A 172 ? ASN A 166 ARG A 172 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 10 ARG A 172 ? TYR A 188 ? ARG A 172 TYR A 188 1 ? 17 HELX_P HELX_P11 11 THR A 189 ? GLN A 209 ? THR A 189 GLN A 209 1 ? 21 HELX_P HELX_P12 12 SER A 215 ? ASN A 219 ? SER A 215 ASN A 219 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 13 LEU A 220 ? SER A 239 ? LEU A 220 SER A 239 1 ? 20 HELX_P HELX_P14 14 ILE A 241 ? LYS A 264 ? ILE A 241 LYS A 264 1 ? 24 HELX_P HELX_P15 15 PRO A 266 ? ASN A 288 ? PRO A 266 ASN A 288 1 ? 23 HELX_P HELX_P16 16 ASN A 288 ? THR A 311 ? ASN A 288 THR A 311 1 ? 24 HELX_P HELX_P17 17 GLU A 314 ? ILE A 329 ? GLU A 314 ILE A 329 1 ? 16 HELX_P HELX_P18 18 ASP A 337 ? ASP A 343 ? ASP A 337 ASP A 343 1 ? 7 HELX_P HELX_P19 19 MET A 344 ? GLY A 360 ? MET A 344 GLY A 360 1 ? 17 HELX_P HELX_P20 20 THR A 366 ? PHE A 377 ? THR A 366 PHE A 377 1 ? 12 HELX_P HELX_P21 21 ASN A 378 ? VAL A 383 ? ASN A 378 VAL A 383 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 22 VAL A 384 ? VAL A 396 ? VAL A 384 VAL A 396 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 23 LYS A 402 ? VAL A 414 ? LYS A 402 VAL A 414 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 24 GLU A 421 ? TYR A 447 ? GLU A 421 TYR A 447 1 ? 27 HELX_P HELX_P25 25 PHE A 452 ? VAL A 459 ? PHE A 452 VAL A 459 1 ? 8 HELX_P HELX_P26 26 ASP A 463 ? CYS A 478 ? ASP A 463 CYS A 478 1 ? 16 HELX_P HELX_P27 27 ALA A 500 ? ALA A 505 ? ALA A 500 ALA A 505 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 28 GLN A 522 ? LYS A 538 ? GLN A 522 LYS A 538 1 ? 17 HELX_P HELX_P29 29 ALA A 540 ? GLN A 602 ? ALA A 540 GLN A 602 1 ? 63 HELX_P HELX_P30 30 HIS B 256 ? GLY B 271 ? HIS C 326 GLY C 341 1 ? 16 HELX_P HELX_P31 31 ASP B 276 ? ALA B 291 ? ASP C 346 ALA C 361 1 ? 16 HELX_P HELX_P32 32 ASN B 295 ? ASN B 316 ? ASN C 365 ASN C 386 1 ? 22 HELX_P HELX_P33 33 PRO B 317 ? LEU B 319 ? PRO C 387 LEU C 389 5 ? 3 HELX_P HELX_P34 34 LYS B 324 ? ASN B 345 ? LYS C 394 ASN C 415 1 ? 22 HELX_P HELX_P35 35 GLN B 366 ? THR B 392 ? GLN C 436 THR C 462 1 ? 27 HELX_P HELX_P36 36 SER B 396 ? ARG B 418 ? SER C 466 ARG C 488 1 ? 23 HELX_P HELX_P37 37 GLU B 421 ? HIS B 439 ? GLU C 491 HIS C 509 1 ? 19 HELX_P HELX_P38 38 PHE B 444 ? THR B 454 ? PHE C 514 THR C 524 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 39 GLN B 464 ? TYR B 486 ? GLN C 534 TYR C 556 1 ? 23 HELX_P HELX_P40 40 THR B 491 ? SER B 510 ? THR C 561 SER C 580 1 ? 20 HELX_P HELX_P41 41 ARG B 511 ? HIS B 523 ? ARG C 581 HIS C 593 1 ? 13 HELX_P HELX_P42 42 LEU B 524 ? HIS B 530 ? LEU C 594 HIS C 600 1 ? 7 HELX_P HELX_P43 43 ALA B 531 ? GLN B 553 ? ALA C 601 GLN C 623 1 ? 23 HELX_P HELX_P44 44 LEU B 555 ? LEU B 563 ? LEU C 625 LEU C 633 1 ? 9 HELX_P HELX_P45 45 LEU B 563 ? SER B 568 ? LEU C 633 SER C 638 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 46 ARG B 571 ? LEU B 576 ? ARG C 641 LEU C 646 1 ? 6 HELX_P HELX_P47 47 ASN B 589 ? ARG B 597 ? 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PRO H 154 ALA H 158 5 ? 5 HELX_P HELX_P90 90 THR E 170 ? VAL E 176 ? THR H 170 VAL H 176 1 ? 7 HELX_P HELX_P91 91 GLU E 185 ? ALA E 190 ? GLU H 185 ALA H 190 1 ? 6 HELX_P HELX_P92 92 ILE E 211 ? GLU E 219 ? ILE H 211 GLU H 219 1 ? 9 HELX_P HELX_P93 93 ALA E 225 ? LEU E 243 ? ALA H 225 LEU H 243 1 ? 19 HELX_P HELX_P94 94 GLN E 244 ? GLN E 276 ? GLN H 244 GLN H 276 1 ? 33 HELX_P HELX_P95 95 GLN E 276 ? SER E 290 ? GLN H 276 SER H 290 1 ? 15 HELX_P HELX_P96 96 GLU E 298 ? LEU E 304 ? GLU H 298 LEU H 304 1 ? 7 HELX_P HELX_P97 97 MET E 314 ? ASN E 351 ? MET H 314 ASN H 351 1 ? 38 HELX_P HELX_P98 98 ALA F 2 ? LEU F 15 ? ALA K 2 LEU K 15 1 ? 14 HELX_P HELX_P99 99 ILE F 18 ? ASN F 22 ? ILE K 18 ASN K 22 5 ? 5 HELX_P HELX_P100 100 ASN F 22 ? GLU F 24 ? ASN K 22 GLU K 24 5 ? 3 HELX_P HELX_P101 101 ASN F 25 ? GLU F 39 ? ASN K 25 GLU K 39 1 ? 15 HELX_P HELX_P102 102 ASP F 43 ? ASN F 57 ? ASP K 43 ASN K 57 1 ? 15 HELX_P HELX_P103 103 PRO F 58 ? PHE F 61 ? 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THR M 341 SER M 367 1 ? 27 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 495 A . ? SER 495 A ASP 496 A ? ASP 496 A 1 -24.13 2 ALA 505 A . ? ALA 505 A PRO 506 A ? PRO 506 A 1 -1.13 3 ALA 320 B . ? ALA 390 C THR 321 B ? THR 391 C 1 2.61 4 THR 321 B . ? 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GLY H 65 VAL H 71 HA 4 HIS E 116 ? GLN E 121 ? HIS H 116 GLN H 121 HA 5 VAL E 148 ? TYR E 152 ? VAL H 148 TYR H 152 HA 6 LEU E 164 ? TYR E 167 ? LEU H 164 TYR H 167 HB 1 HIS E 87 ? THR E 88 ? HIS H 87 THR H 88 HB 2 ALA E 92 ? ASP E 93 ? ALA H 92 ASP H 93 KA 1 HIS F 152 ? ILE F 153 ? HIS K 152 ILE K 153 KA 2 ILE F 187 ? PHE F 188 ? ILE K 187 PHE K 188 KA 3 SER F 180 ? ALA F 181 ? SER K 180 ALA K 181 LA 1 THR G 469 ? PRO G 471 ? THR L 469 PRO L 471 LA 2 GLU G 512 ? SER G 515 ? GLU L 512 SER L 515 LA 3 SER G 504 ? ILE G 506 ? SER L 504 ILE L 506 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA 1 2 N ILE A 450 ? 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(DEPOSITION ID: 13501).' _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'EIF3 OCTAMER CORE OF RABBIT EIF3' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 5A5T _em_imaging.id 1 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2013-11-01 _em_imaging.temperature 100 _em_imaging.microscope_model 'FEI/PHILIPS CM300FEG/HE' _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 4500 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification 30120 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details CARBON _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 5A5T _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV,' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5A5T _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 5A5T _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O E PRO 251 ? ? 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