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_refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # _refine_hist.cycle_id final _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.d_res_high 8.5000 _refine_hist.d_res_low 143.89 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 15410 _refine_hist.pdbx_number_residues_total 3129 _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 15410 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.d_res_high 8.5 _refine_ls_shell.d_res_low ? _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_work ? _refine_ls_shell.percent_reflns_obs ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used ? _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? # _struct.entry_id 5EZK _struct.title ;RNA polymerase model placed by Molecular replacement into X-ray diffraction map of DNA-bound RNA Polymerase-Sigma 54 holoenzyme complex. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 5EZK _struct_keywords.text 'RNA Polymerase, transferase' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RPOA_ECO57 P0A7Z6 ? 1 ;MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILE ILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIH SEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQP EVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLEN WPPASIADE ; 1 2 UNP RPOB_ECO57 P0A8V4 ? 2 ;MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVF DVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSD KGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQME LVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLD LLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAV GRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLS LGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCP IETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKG ESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKR GGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNM RVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGG DILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDL SEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGD DLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMA AKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLK LGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEA YGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE ; 1 3 UNP RPOC_ECO57 P0A8T8 ? 3 ;MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKH RGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQIL TEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILT VLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSN KRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKM VEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEA RALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDAN GELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVG IDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFN SIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRL VDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAV KVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKL SNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDM IDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDT LARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFE GERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQV EYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAG TGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDNE ; 1 4 UNP RPOZ_ECOLI P0A800 ? 4 ;MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAEL QAVTAIAEGRR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5EZK A 1 ? 329 ? P0A7Z6 1 ? 329 ? 1 329 2 1 5EZK B 1 ? 329 ? P0A7Z6 1 ? 329 ? 1 329 3 2 5EZK C 1 ? 1342 ? P0A8V4 1 ? 1342 ? 1 1342 4 3 5EZK D 1 ? 1407 ? P0A8T8 1 ? 1407 ? 1 1407 5 4 5EZK E 1 ? 91 ? P0A800 1 ? 91 ? 1 91 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 34 ? LEU A 48 ? GLY A 34 LEU A 48 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 77 ? GLY A 87 ? ASP A 77 GLY A 87 1 ? 11 HELX_P HELX_P3 AA3 ALA A 113 ? ILE A 115 ? ALA A 113 ILE A 115 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 212 ? GLU A 229 ? ASP A 212 GLU A 229 1 ? 18 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 230 ? VAL A 232 ? ALA A 230 VAL A 232 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 250 ? ARG A 255 ? ASP A 250 ARG A 255 5 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO A 256 ? GLU A 261 ? PRO A 256 GLU A 261 5 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 THR A 263 ? GLU A 273 ? THR A 263 GLU A 273 1 ? 11 HELX_P HELX_P9 AA9 TYR A 277 ? GLN A 283 ? TYR A 277 GLN A 283 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 THR A 285 ? THR A 292 ? THR A 285 THR A 292 1 ? 8 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY A 296 ? GLY A 311 ? GLY A 296 GLY A 311 1 ? 16 HELX_P HELX_P12 AB3 GLY B 34 ? LEU B 48 ? GLY B 34 LEU B 48 1 ? 15 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP B 77 ? GLY B 87 ? ASP B 77 GLY B 87 1 ? 11 HELX_P HELX_P14 AB5 ALA B 113 ? ILE B 115 ? ALA B 113 ILE B 115 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP B 212 ? GLN B 227 ? ASP B 212 GLN B 227 1 ? 16 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU B 228 ? VAL B 232 ? LEU B 228 VAL B 232 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU C 28 ? PHE C 38 ? LEU C 28 PHE C 38 1 ? 11 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY C 45 ? GLU C 50 ? GLY C 45 GLU C 50 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP C 81 ? ARG C 88 ? ASP C 81 ARG C 88 1 ? 8 HELX_P HELX_P20 AC2 ALA C 206 ? LEU C 213 ? ALA C 206 LEU C 213 1 ? 8 HELX_P HELX_P21 AC3 THR C 216 ? PHE C 225 ? THR C 216 PHE C 225 1 ? 10 HELX_P HELX_P22 AC4 VAL C 242 ? ARG C 247 ? VAL C 242 ARG C 247 5 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 THR C 270 ? ASP C 281 ? THR C 270 ASP C 281 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 PRO C 288 ? LYS C 295 ? PRO C 288 LYS C 295 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 AC7 SER C 318 ? GLY C 329 ? SER C 318 GLY C 329 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO C 345 ? VAL C 353 ? PRO C 345 VAL C 353 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP C 358 ? ARG C 371 ? ASP C 358 ARG C 371 1 ? 14 HELX_P HELX_P28 AD1 THR C 377 ? PHE C 390 ? THR C 377 PHE C 390 1 ? 14 HELX_P HELX_P29 AD2 LEU C 397 ? LEU C 409 ? LEU C 397 LEU C 409 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 AD3 SER C 421 ? GLY C 438 ? SER C 421 GLY C 438 1 ? 18 HELX_P HELX_P31 AD4 HIS C 447 ? ARG C 451 ? HIS C 447 ARG C 451 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 SER C 455 ? GLY C 482 ? SER C 455 GLY C 482 1 ? 28 HELX_P HELX_P33 AD6 MET C 488 ? ILE C 493 ? MET C 488 ILE C 493 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 ALA C 495 ? GLY C 507 ? ALA C 495 GLY C 507 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN C 519 ? ARG C 528 ? ASN C 519 ARG C 528 1 ? 10 HELX_P HELX_P36 AD9 THR C 553 ? VAL C 558 ? THR C 553 VAL C 558 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 GLU C 565 ? ILE C 569 ? GLU C 565 ILE C 569 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 SER C 607 ? TYR C 614 ? SER C 607 TYR C 614 1 ? 8 HELX_P HELX_P39 AE3 SER C 662 ? LEU C 667 ? SER C 662 LEU C 667 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP C 675 ? GLN C 686 ? ASP C 675 GLN C 686 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 AE5 MET C 704 ? SER C 712 ? MET C 704 SER C 712 1 ? 9 HELX_P HELX_P42 AE6 SER C 819 ? ASP C 826 ? SER C 819 ASP C 826 1 ? 8 HELX_P HELX_P43 AE7 GLU C 859 ? LEU C 865 ? 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