data_5GAO # _entry.id 5GAO # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.315 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 5GAO WWPDB D_1001300040 EMDB EMD-8013 # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details . _pdbx_database_related.db_id EMD-8013 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 5GAO _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2015-12-15 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Nguyen, T.H.D.' 1 'Galej, W.P.' 2 'Bai, X.C.' 3 'Oubridge, C.' 4 'Scheres, S.H.W.' 5 'Newman, A.J.' 6 'Nagai, K.' 7 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? primary Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 530 ? 298 302 'Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.' 2016 ? 10.1038/nature16940 26829225 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 1 Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 523 ? 47 52 'The architecture of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP.' 2015 ? 10.1038/nature14548 26106855 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Nguyen, T.H.' 1 ? primary 'Galej, W.P.' 2 ? primary 'Bai, X.C.' 3 ? primary 'Oubridge, C.' 4 ? primary 'Newman, A.J.' 5 ? primary 'Scheres, S.H.' 6 ? primary 'Nagai, K.' 7 ? 1 'Nguyen, T.H.D.' 8 ? 1 'Galej, W.' 9 ? 1 'Bai, X.C.' 10 ? 1 'Savva, C.G.' 11 ? 1 'Newman, A.J.' 12 ? 1 'Scheres, S.H.W.' 13 ? 1 'Nagai, K.' 14 ? # _cell.angle_alpha 90.0 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.0 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.0 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 5GAO _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.0 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.0 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.0 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5GAO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B' 22426.990 1 ? ? ? 'The SmB protein from the U4 snRNP Sm protein ring. The C-terminus is disordered in this and other previously reported structures.' 2 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1' 16296.798 1 ? ? ? 'The SmD1 protein from the U4 snRNP Sm protein ring.' 3 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2' 12876.066 1 ? ? ? 'The SmD2 protein from the U4 snRNP Sm protein ring.' 4 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3' 11240.139 1 ? ? ? 'The SmD3 protein from the U4 snRNP Sm protein ring.' 5 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein E' 10385.098 1 ? ? ? 'The SmE protein from the U4 snRNP Sm protein ring.' 6 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein F' 9669.945 1 ? ? ? 'The SmF protein from the U4 snRNP Sm protein ring.' 7 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein G' 8490.809 1 ? ? ? 'The SmG protein from the U4 snRNP Sm protein ring.' 8 polymer nat Snu66 25078.721 1 ? ? ? ;NB: Snu66 protein has been mostly fitted as poly(Ala) into helices and extended polypeptide within the EM map. The authors do not believe the numbering to be accurate and it is likely incorrect. ; 9 polymer nat 'Pre-mRNA-splicing helicase BRR2' 246470.266 1 3.6.4.13 ? ? ;Brr2 RNA helicase loaded onto U4 snRNA strand of the U4/U6 duplex between Stem 1 duplex and the 3' stem loop. ; 10 polymer nat 'Saccharomyces cerevisiae strain UOA_M2 chromosome 5 sequence' 30615.994 1 ? ? ? ;This U4 snRNA region has a disordered region between stem 1 of the U4/U6 snRNA duplex and where the RNA is loaded into Brr2 protein. The apical part of the 3' stem loop and the region following the Sm site are also disordered. ; 11 polymer nat 'Pre-mRNA-splicing factor 8' 30231.008 1 ? ? ? 'Prp8 Jab1/MPN domain is connected to the rest of the Prp8 protein by a flexible linker peptide.' # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'snRNP-B,Sm protein B,SmB' 2 'Sm-D1,snRNP core protein D1' 3 'Sm-D2,snRNP core protein D2' 4 'Sm-D3,snRNP core protein D3, U4 SmD3' 5 'snRNP-E,Sm protein E,SmE' 6 'snRNP-F,Sm protein F, U4 SmF' 7 'snRNP-G,Sm protein G, U4 SmG' 9 'Protein Snu246, Brr2 RNA helicase' 11 'Prp8 Jab1/MPN domain' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSKIQVAHSSRLANLIDYKLRVLTQDGRVYIGQLMAFDKHMNLVLNECIEERVPKTQLDKLRPRKDSKDGTTLNIKVEKR VLGLTILRGEQILSTVVEDKPLLSKKERLVRDKKEKKQAQKQTKLRKEKEKKPGKIAKPNTANAKHTSSNSREIAQPSSS RYNGGNDNIGANRSRFNNEAPPQTRKFQPPPGFKRK ; ;MSKIQVAHSSRLANLIDYKLRVLTQDGRVYIGQLMAFDKHMNLVLNECIEERVPKTQLDKLRPRKDSKDGTTLNIKVEKR VLGLTILRGEQILSTVVEDKPLLSKKERLVRDKKEKKQAQKQTKLRKEKEKKPGKIAKPNTANAKHTSSNSREIAQPSSS RYNGGNDNIGANRSRFNNEAPPQTRKFQPPPGFKRK ; k ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; l ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; m ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; n ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; p ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; q ? 7 'polypeptide(L)' no no MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI r ? 8 'polypeptide(L)' no no ;AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAARAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTK EAYKKLSQKFHGTKSNKK ; ;AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAARAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTK EAYKKLSQKFHGTKSNKK ; E ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MTEHETKDKAKKIREIYRYDEMSNKVLKVDKRFMNTSQNPQRDAEISQPKSMSGRISAKDMGQGLCNNINKGLKENDVAV EKTGKSASLKKIQQHNTILNSSSDFRLHYYPKDPSNVETYEQILQWVTEVLGNDIPHDLIIGTADIFIRQLKENEENEDG NIEERKEKIQHELGINIDSLKFNELVKLMKNITDYETHPDNSNKQAVAILADDEKSDEEEVTEMSNNANVLGGEINDNED DDEEYDYNDVEVNSKKKNKRALPNIENDIIKLSDSKTSNIESVPIYSIDEFFLQRKLRSELGYKDTSVIQDLSEKILNDI ETLEHNPVALEQKLVDLLKFENISLAEFILKNRSTIFWGIRLAKSTENEIPNLIEKMVAKGLNDLVEQYKFRETTHSKRE LDSGDDQPQSSEAKRTKFSNPAIPPVIDLEKIKFDESSKLMTVTKVSLPEGSFKRVKPQYDEIHIPAPSKPVIDYELKEI TSLPDWCQEAFPSSETTSLNPIQSKVFHAAFEGDSNMLICAPTGSGKTNIALLTVLKALSHHYNPKTKKLNLSAFKIVYI APLKALVQEQVREFQRRLAFLGIKVAELTGDSRLSRKQIDETQVLVSTPEKWDITTRNSNNLAIVELVRLLIIDEIHLLH DDRGPVLESIVARTFWASKYGQEYPRIIGLSATLPNYEDVGRFLRVPKEGLFYFDSSFRPCPLSQQFCGIKERNSLKKLK AMNDACYEKVLESINEGNQIIVFVHSRKETSRTATWLKNKFAEENITHKLTKNDAGSKQILKTEAANVLDPSLRKLIESG IGTHHAGLTRSDRSLSEDLFADGLLQVLVCTATLAWGVNLPAHTVIIKGTDVYSPEKGSWEQLSPQDVLQMLGRAGRPRY DTFGEGIIITDQSNVQYYLSVLNQQLPIESQFVSKLVDNLNAEVVAGNIKCRNDAVNWLAYTYLYVRMLASPMLYKVPDI SSDGQLKKFRESLVHSALCILKEQELVLYDAENDVIEATDLGNIASSFYINHASMDVYNRELDEHTTQIDLFRIFSMSEE FKYVSVRYEEKRELKQLLEKAPIPIREDIDDPLAKVNVLLQSYFSQLKFEGFALNSDIVFIHQNAGRLLRAMFEICLKRG WGHPTRMLLNLCKSATTKMWPTNCPLRQFKTCPVEVIKRLEASTVPWGDYLQLETPAEVGRAIRSEKYGKQVYDLLKRFP KMSVTCNAQPITRSVMRFNIEIIADWIWDMNVHGSLEPFLLMLEDTDGDSILYYDVLFITPDIVGHEFTLSFTYELKQHN QNNLPPNFFLTLISENWWHSEFEIPVSFNGFKLPKKFPPPTPLLENISISTSELGNDDFSEVFEFKTFNKIQSQVFESLY NSNDSVFVGSGKGTGKTAMAELALLNHWRQNKGRAVYINPSGEKIDFLLSDWNKRFSHLAGGKIINKLGNDPSLNLKLLA KSHVLLATPVQFELLSRRWRQRKNIQSLELMIYDDAHEISQGVYGAVYETLISRMIFIATQLEKKIRFVCLSNCLANARD FGEWAGMTKSNIYNFSPSERIEPLEINIQSFKDVEHISFNFSMLQMAFEASAAAAGNRNSSSVFLPSRKDCMEVASAFMK FSKAIEWDMLNVEEEQIVPYIEKLTDGHLRAPLKHGVGILYKGMASNDERIVKRLYEYGAVSVLLISKDCSAFACKTDEV IILGTNLYDGAEHKYMPYTINELLEMVGLASGNDSMAGKVLILTSHNMKAYYKKFLIEPLPTESYLQYIIHDTLNNEIAN SIIQSKQDCVDWFTYSYFYRRIHVNPSYYGVRDTSPHGISVFLSNLVETCLNDLVESSFIEIDDTEAEVTAEVNGGDDEA TEIISTLSNGLIASHYGVSFFTIQSFVSSLSNTSTLKNMLYVLSTAVEFESVPLRKGDRALLVKLSKRLPLRFPEHTSSG SVSFKVFLLLQAYFSRLELPVDFQNDLKDILEKVVPLINVVVDILSANGYLNATTAMDLAQMLIQGVWDVDNPLRQIPHF NNKILEKCKEINVETVYDIMALEDEERDEILTLTDSQLAQVAAFVNNYPNVELTYSLNNSDSLISGVKQKITIQLTRDVE PENLQVTSEKYPFDKLESWWLVLGEVSKKELYAIKKVTLNKETQQYELEFDTPTSGKHNLTIWCVCDSYLDADKELSFEI NVK ; ;MTEHETKDKAKKIREIYRYDEMSNKVLKVDKRFMNTSQNPQRDAEISQPKSMSGRISAKDMGQGLCNNINKGLKENDVAV EKTGKSASLKKIQQHNTILNSSSDFRLHYYPKDPSNVETYEQILQWVTEVLGNDIPHDLIIGTADIFIRQLKENEENEDG NIEERKEKIQHELGINIDSLKFNELVKLMKNITDYETHPDNSNKQAVAILADDEKSDEEEVTEMSNNANVLGGEINDNED DDEEYDYNDVEVNSKKKNKRALPNIENDIIKLSDSKTSNIESVPIYSIDEFFLQRKLRSELGYKDTSVIQDLSEKILNDI ETLEHNPVALEQKLVDLLKFENISLAEFILKNRSTIFWGIRLAKSTENEIPNLIEKMVAKGLNDLVEQYKFRETTHSKRE LDSGDDQPQSSEAKRTKFSNPAIPPVIDLEKIKFDESSKLMTVTKVSLPEGSFKRVKPQYDEIHIPAPSKPVIDYELKEI TSLPDWCQEAFPSSETTSLNPIQSKVFHAAFEGDSNMLICAPTGSGKTNIALLTVLKALSHHYNPKTKKLNLSAFKIVYI APLKALVQEQVREFQRRLAFLGIKVAELTGDSRLSRKQIDETQVLVSTPEKWDITTRNSNNLAIVELVRLLIIDEIHLLH DDRGPVLESIVARTFWASKYGQEYPRIIGLSATLPNYEDVGRFLRVPKEGLFYFDSSFRPCPLSQQFCGIKERNSLKKLK AMNDACYEKVLESINEGNQIIVFVHSRKETSRTATWLKNKFAEENITHKLTKNDAGSKQILKTEAANVLDPSLRKLIESG IGTHHAGLTRSDRSLSEDLFADGLLQVLVCTATLAWGVNLPAHTVIIKGTDVYSPEKGSWEQLSPQDVLQMLGRAGRPRY DTFGEGIIITDQSNVQYYLSVLNQQLPIESQFVSKLVDNLNAEVVAGNIKCRNDAVNWLAYTYLYVRMLASPMLYKVPDI SSDGQLKKFRESLVHSALCILKEQELVLYDAENDVIEATDLGNIASSFYINHASMDVYNRELDEHTTQIDLFRIFSMSEE FKYVSVRYEEKRELKQLLEKAPIPIREDIDDPLAKVNVLLQSYFSQLKFEGFALNSDIVFIHQNAGRLLRAMFEICLKRG WGHPTRMLLNLCKSATTKMWPTNCPLRQFKTCPVEVIKRLEASTVPWGDYLQLETPAEVGRAIRSEKYGKQVYDLLKRFP KMSVTCNAQPITRSVMRFNIEIIADWIWDMNVHGSLEPFLLMLEDTDGDSILYYDVLFITPDIVGHEFTLSFTYELKQHN QNNLPPNFFLTLISENWWHSEFEIPVSFNGFKLPKKFPPPTPLLENISISTSELGNDDFSEVFEFKTFNKIQSQVFESLY NSNDSVFVGSGKGTGKTAMAELALLNHWRQNKGRAVYINPSGEKIDFLLSDWNKRFSHLAGGKIINKLGNDPSLNLKLLA KSHVLLATPVQFELLSRRWRQRKNIQSLELMIYDDAHEISQGVYGAVYETLISRMIFIATQLEKKIRFVCLSNCLANARD FGEWAGMTKSNIYNFSPSERIEPLEINIQSFKDVEHISFNFSMLQMAFEASAAAAGNRNSSSVFLPSRKDCMEVASAFMK FSKAIEWDMLNVEEEQIVPYIEKLTDGHLRAPLKHGVGILYKGMASNDERIVKRLYEYGAVSVLLISKDCSAFACKTDEV IILGTNLYDGAEHKYMPYTINELLEMVGLASGNDSMAGKVLILTSHNMKAYYKKFLIEPLPTESYLQYIIHDTLNNEIAN SIIQSKQDCVDWFTYSYFYRRIHVNPSYYGVRDTSPHGISVFLSNLVETCLNDLVESSFIEIDDTEAEVTAEVNGGDDEA TEIISTLSNGLIASHYGVSFFTIQSFVSSLSNTSTLKNMLYVLSTAVEFESVPLRKGDRALLVKLSKRLPLRFPEHTSSG SVSFKVFLLLQAYFSRLELPVDFQNDLKDILEKVVPLINVVVDILSANGYLNATTAMDLAQMLIQGVWDVDNPLRQIPHF NNKILEKCKEINVETVYDIMALEDEERDEILTLTDSQLAQVAAFVNNYPNVELTYSLNNSDSLISGVKQKITIQLTRDVE PENLQVTSEKYPFDKLESWWLVLGEVSKKELYAIKKVTLNKETQQYELEFDTPTSGKHNLTIWCVCDSYLDADKELSFEI NVK ; B ? 10 polyribonucleotide no no ;GAAAUUUAAUUAUAAACCAGACCGUCUCCUCAUGGUCAAUUCGGUGUUCGCUUUUGAAUACUUCAAGACUAUGUAGGGAA UUUUUGGAAUACCUUU ; ;GAAAUUUAAUUAUAAACCAGACCGUCUCCUCAUGGUCAAUUCGGUGUUCGCUUUUGAAUACUUCAAGACUAUGUAGGGAA UUUUUGGAAUACCUUU ; V ? 11 'polypeptide(L)' no no ;SSKNEWRKSAIANTLLYLRLKNIYVSADDFVEEQNVYVLPKNLLKKFIEISDVKIQVAAFIYGMSAKDHPKVKEIKTVVL VPQLGHVGSVQISNIPDIGDLPDTEGLELLGWIHTQTEELKFMAASEVATHSKLFADKKRDCIDISIFSTPGSVSLSAYN LTDEGYQWGEENKDIMNVLSEGFEPTFSTHAQLLLSDRITGNFIIPSGNVWNYTFMGTAFNQEGDYNFKYGIPLEFYNEM HRPVHFLQFSELAGDEELEAEQIDVFS ; ;SSKNEWRKSAIANTLLYLRLKNIYVSADDFVEEQNVYVLPKNLLKKFIEISDVKIQVAAFIYGMSAKDHPKVKEIKTVVL VPQLGHVGSVQISNIPDIGDLPDTEGLELLGWIHTQTEELKFMAASEVATHSKLFADKKRDCIDISIFSTPGSVSLSAYN LTDEGYQWGEENKDIMNVLSEGFEPTFSTHAQLLLSDRITGNFIIPSGNVWNYTFMGTAFNQEGDYNFKYGIPLEFYNEM HRPVHFLQFSELAGDEELEAEQIDVFS ; A ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 LYS n 1 4 ILE n 1 5 GLN n 1 6 VAL n 1 7 ALA n 1 8 HIS n 1 9 SER n 1 10 SER n 1 11 ARG n 1 12 LEU n 1 13 ALA n 1 14 ASN n 1 15 LEU n 1 16 ILE n 1 17 ASP n 1 18 TYR n 1 19 LYS n 1 20 LEU n 1 21 ARG n 1 22 VAL n 1 23 LEU n 1 24 THR n 1 25 GLN n 1 26 ASP n 1 27 GLY n 1 28 ARG n 1 29 VAL n 1 30 TYR n 1 31 ILE n 1 32 GLY n 1 33 GLN n 1 34 LEU n 1 35 MET n 1 36 ALA n 1 37 PHE n 1 38 ASP n 1 39 LYS n 1 40 HIS n 1 41 MET n 1 42 ASN n 1 43 LEU n 1 44 VAL n 1 45 LEU n 1 46 ASN n 1 47 GLU n 1 48 CYS n 1 49 ILE n 1 50 GLU n 1 51 GLU n 1 52 ARG n 1 53 VAL n 1 54 PRO n 1 55 LYS n 1 56 THR n 1 57 GLN n 1 58 LEU n 1 59 ASP n 1 60 LYS n 1 61 LEU n 1 62 ARG n 1 63 PRO n 1 64 ARG n 1 65 LYS n 1 66 ASP n 1 67 SER n 1 68 LYS n 1 69 ASP n 1 70 GLY n 1 71 THR n 1 72 THR n 1 73 LEU n 1 74 ASN n 1 75 ILE n 1 76 LYS n 1 77 VAL n 1 78 GLU n 1 79 LYS n 1 80 ARG n 1 81 VAL n 1 82 LEU n 1 83 GLY n 1 84 LEU n 1 85 THR n 1 86 ILE n 1 87 LEU n 1 88 ARG n 1 89 GLY n 1 90 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BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 1 267 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? BCY123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RSMB_YEAST P40018 ? 1 ;MSKIQVAHSSRLANLIDYKLRVLTQDGRVYIGQLMAFDKHMNLVLNECIEERVPKTQLDKLRPRKDSKDGTTLNIKVEKR VLGLTILRGEQILSTVVEDKPLLSKKERLVRDKKEKKQAQKQTKLRKEKEKKPGKIAKPNTANAKHTSSNSREIAQPSSS RYNGGNDNIGANRSRFNNEAPPQTRKFQPPPGFKRK ; 1 2 UNP SMD1_YEAST Q02260 ? 2 ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; 1 3 UNP SMD2_YEAST Q06217 ? 3 ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; 1 4 UNP SMD3_YEAST P43321 ? 4 ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; 1 5 UNP RUXE_YEAST Q12330 ? 5 ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; 1 6 UNP RUXF_YEAST P54999 ? 6 ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; 1 7 UNP RUXG_YEAST P40204 ? 7 MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI 1 8 PDB 5GAO 5GAO ? 8 ? 1 9 UNP BRR2_YEAST P32639 ? 9 ;MTEHETKDKAKKIREIYRYDEMSNKVLKVDKRFMNTSQNPQRDAEISQPKSMSGRISAKDMGQGLCNNINKGLKENDVAV EKTGKSASLKKIQQHNTILNSSSDFRLHYYPKDPSNVETYEQILQWVTEVLGNDIPHDLIIGTADIFIRQLKENEENEDG NIEERKEKIQHELGINIDSLKFNELVKLMKNITDYETHPDNSNKQAVAILADDEKSDEEEVTEMSNNANVLGGEINDNED DDEEYDYNDVEVNSKKKNKRALPNIENDIIKLSDSKTSNIESVPIYSIDEFFLQRKLRSELGYKDTSVIQDLSEKILNDI ETLEHNPVALEQKLVDLLKFENISLAEFILKNRSTIFWGIRLAKSTENEIPNLIEKMVAKGLNDLVEQYKFRETTHSKRE LDSGDDQPQSSEAKRTKFSNPAIPPVIDLEKIKFDESSKLMTVTKVSLPEGSFKRVKPQYDEIHIPAPSKPVIDYELKEI TSLPDWCQEAFPSSETTSLNPIQSKVFHAAFEGDSNMLICAPTGSGKTNIALLTVLKALSHHYNPKTKKLNLSAFKIVYI APLKALVQEQVREFQRRLAFLGIKVAELTGDSRLSRKQIDETQVLVSTPEKWDITTRNSNNLAIVELVRLLIIDEIHLLH DDRGPVLESIVARTFWASKYGQEYPRIIGLSATLPNYEDVGRFLRVPKEGLFYFDSSFRPCPLSQQFCGIKERNSLKKLK AMNDACYEKVLESINEGNQIIVFVHSRKETSRTATWLKNKFAEENITHKLTKNDAGSKQILKTEAANVLDPSLRKLIESG IGTHHAGLTRSDRSLSEDLFADGLLQVLVCTATLAWGVNLPAHTVIIKGTDVYSPEKGSWEQLSPQDVLQMLGRAGRPRY DTFGEGIIITDQSNVQYYLSVLNQQLPIESQFVSKLVDNLNAEVVAGNIKCRNDAVNWLAYTYLYVRMLASPMLYKVPDI SSDGQLKKFRESLVHSALCILKEQELVLYDAENDVIEATDLGNIASSFYINHASMDVYNRELDEHTTQIDLFRIFSMSEE FKYVSVRYEEKRELKQLLEKAPIPIREDIDDPLAKVNVLLQSYFSQLKFEGFALNSDIVFIHQNAGRLLRAMFEICLKRG WGHPTRMLLNLCKSATTKMWPTNCPLRQFKTCPVEVIKRLEASTVPWGDYLQLETPAEVGRAIRSEKYGKQVYDLLKRFP KMSVTCNAQPITRSVMRFNIEIIADWIWDMNVHGSLEPFLLMLEDTDGDSILYYDVLFITPDIVGHEFTLSFTYELKQHN QNNLPPNFFLTLISENWWHSEFEIPVSFNGFKLPKKFPPPTPLLENISISTSELGNDDFSEVFEFKTFNKIQSQVFESLY NSNDSVFVGSGKGTGKTAMAELALLNHWRQNKGRAVYINPSGEKIDFLLSDWNKRFSHLAGGKIINKLGNDPSLNLKLLA KSHVLLATPVQFELLSRRWRQRKNIQSLELMIYDDAHEISQGVYGAVYETLISRMIFIATQLEKKIRFVCLSNCLANARD FGEWAGMTKSNIYNFSPSERIEPLEINIQSFKDVEHISFNFSMLQMAFEASAAAAGNRNSSSVFLPSRKDCMEVASAFMK FSKAIEWDMLNVEEEQIVPYIEKLTDGHLRAPLKHGVGILYKGMASNDERIVKRLYEYGAVSVLLISKDCSAFACKTDEV IILGTNLYDGAEHKYMPYTINELLEMVGLASGNDSMAGKVLILTSHNMKAYYKKFLIEPLPTESYLQYIIHDTLNNEIAN SIIQSKQDCVDWFTYSYFYRRIHVNPSYYGVRDTSPHGISVFLSNLVETCLNDLVESSFIEIDDTEAEVTAEVNGGDDEA TEIISTLSNGLIASHYGVSFFTIQSFVSSLSNTSTLKNMLYVLSTAVEFESVPLRKGDRALLVKLSKRLPLRFPEHTSSG SVSFKVFLLLQAYFSRLELPVDFQNDLKDILEKVVPLINVVVDILSANGYLNATTAMDLAQMLIQGVWDVDNPLRQIPHF NNKILEKCKEINVETVYDIMALEDEERDEILTLTDSQLAQVAAFVNNYPNVELTYSLNNSDSLISGVKQKITIQLTRDVE PENLQVTSEKYPFDKLESWWLVLGEVSKKELYAIKKVTLNKETQQYELEFDTPTSGKHNLTIWCVCDSYLDADKELSFEI NVK ; 1 10 GB CP011083.1 807071957 ? 10 ;GAAAUUUAAUUAUAAACCAGACCGUCUCCUCAUGGUCAAUUCGGUGUUCGCUUUUGAAUACUUCAAGACUAUGUAGGGAA UUUUUGGAAUACCUUU ; 164431 11 UNP PRP8_YEAST P33334 ? 11 ;SSKNEWRKSAIANTLLYLRLKNIYVSADDFVEEQNVYVLPKNLLKKFIEISDVKIQVAAFIYGMSAKDHPKVKEIKTVVL VPQLGHVGSVQISNIPDIGDLPDTEGLELLGWIHTQTEELKFMAASEVATHSKLFADKKRDCIDISIFSTPGSVSLSAYN LTDEGYQWGEENKDIMNVLSEGFEPTFSTHAQLLLSDRITGNFIIPSGNVWNYTFMGTAFNQEGDYNFKYGIPLEFYNEM HRPVHFLQFSELAGDEELEAEQIDVFS ; 2147 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5GAO k 1 ? 196 ? P40018 1 ? 196 ? 1 196 2 2 5GAO l 1 ? 146 ? Q02260 1 ? 146 ? 1 146 3 3 5GAO m 1 ? 110 ? Q06217 1 ? 110 ? 1 110 4 4 5GAO n 1 ? 101 ? P43321 1 ? 101 ? 1 101 5 5 5GAO p 1 ? 94 ? Q12330 1 ? 94 ? 1 94 6 6 5GAO q 1 ? 86 ? P54999 1 ? 86 ? 1 86 7 7 5GAO r 1 ? 77 ? P40204 1 ? 77 ? 1 77 8 8 5GAO E 1 ? 338 ? 5GAO 5 ? 560 ? 5 560 9 9 5GAO B 1 ? 2163 ? P32639 1 ? 2163 ? 1 2163 10 10 5GAO V 1 ? 96 ? 807071957 164431 ? 164336 ? 65 160 11 11 5GAO A 1 ? 267 ? P33334 2147 ? 2413 ? 2147 2413 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5GAO _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] 0.41 _refine.aniso_B[1][2] 4.49 _refine.aniso_B[1][3] 0.78 _refine.aniso_B[2][2] 1.53 _refine.aniso_B[2][3] 2.47 _refine.aniso_B[3][3] -1.94 _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 379.613 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.967 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details 'HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS' _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 5GAO _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.60 _refine.ls_d_res_low 154.44 _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs 141936 _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs 100.00 _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs 0.31528 _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.31528 _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 0.020 22280 ? r_bond_other_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.301 1.912 32285 ? r_angle_refined_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.960 3.000 51151 ? r_angle_other_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.782 5.265 3081 ? r_dihedral_angle_1_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 35.002 24.624 917 ? r_dihedral_angle_2_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 17.557 15.000 3715 ? r_dihedral_angle_3_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 11.677 15.000 105 ? r_dihedral_angle_4_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.077 0.200 3771 ? r_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 0.020 25887 ? r_gen_planes_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 0.020 5267 ? r_gen_planes_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 21.107 37.244 11441 ? r_mcbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 21.099 37.245 11440 ? r_mcbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 33.984 55.752 14251 ? r_mcangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 33.983 55.752 14252 ? r_mcangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 21.114 38.882 12171 ? r_scbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 21.098 38.884 12169 ? r_scbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 36.329 57.639 18033 ? r_scangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 49.736 ? 34449 ? r_long_range_B_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 49.735 ? 34450 ? r_long_range_B_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_rigid_bond_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_free ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_bonded ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.d_res_high 3.600 _refine_ls_shell.d_res_low 3.693 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 10577 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 3.956 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? # _struct.entry_id 5GAO _struct.title 'Head region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP' _struct.pdbx_descriptor ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3, Small nuclear ribonucleoprotein E, Small nuclear ribonucleoprotein F, Small nuclear ribonucleoprotein G, Snu66, Pre-mRNA-splicing helicase BRR2, Pre-mRNA-splicing factor 8/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 5GAO _struct_keywords.text 'Transcription, pre-mRNA splicing, snRNP, GTPase, spliceosome' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 12 ? ILE A 16 ? LEU k 12 ILE k 16 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 LEU B 3 ? LEU B 10 ? LEU l 3 LEU l 10 1 ? 8 HELX_P HELX_P3 AA3 LEU B 106 ? ASN B 114 ? LEU l 106 ASN l 114 1 ? 9 HELX_P HELX_P4 AA4 ALA C 16 ? LEU C 21 ? ALA m 16 LEU m 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 GLU C 23 ? 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'U-C MISPAIR' ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 81 D . ? ALA 81 n PRO 82 D ? PRO 82 n 1 0.00 2 LEU 448 I . ? LEU 448 B PRO 449 I ? PRO 449 B 1 -1.87 3 SER 1370 I . ? SER 1370 B GLY 1371 I ? GLY 1371 B 1 5.41 4 THR 1625 I . ? THR 1625 B ASP 1626 I ? ASP 1626 B 1 2.57 5 THR 186 K . ? THR 2332 A PHE 187 K ? PHE 2333 A 1 15.71 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 7 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 7 ? AB3 ? 6 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 6 ? AB9 ? 6 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA7 6 7 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? parallel AB2 3 4 ? parallel AB2 4 5 ? parallel AB2 5 6 ? parallel AB2 6 7 ? parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? parallel AB3 3 4 ? parallel AB3 4 5 ? parallel AB3 5 6 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB8 4 5 ? parallel AB8 5 6 ? parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? parallel AB9 4 5 ? parallel AB9 5 6 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? parallel AC8 4 5 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 44 ? LEU A 45 ? VAL k 44 LEU k 45 AA1 2 TYR A 30 ? ALA A 36 ? TYR k 30 ALA k 36 AA1 3 LYS A 19 ? THR A 24 ? LYS k 19 THR k 24 AA1 4 ILE A 92 ? VAL A 97 ? ILE k 92 VAL k 97 AA1 5 ILE B 85 ? ILE B 87 ? ILE l 85 ILE l 87 AA1 6 ILE B 39 ? LEU B 40 ? ILE l 39 LEU l 40 AA2 1 LEU A 84 ? LEU A 87 ? LEU k 84 LEU k 87 AA2 2 ILE D 69 ? VAL D 74 ? ILE n 69 VAL n 74 AA2 3 ILE D 18 ? LEU D 23 ? ILE n 18 LEU n 23 AA2 4 THR D 28 ? LYS D 32 ? THR n 28 LYS n 32 AA2 5 ILE D 48 ? THR D 50 ? ILE n 48 THR n 50 AA2 6 THR D 57 ? HIS D 58 ? THR n 57 HIS n 58 AA3 1 GLN B 14 ? THR B 16 ? GLN l 14 THR l 16 AA3 2 TRP B 26 ? THR B 28 ? TRP l 26 THR l 28 AA4 1 GLU B 18 ? LEU B 19 ? GLU l 18 LEU l 19 AA4 2 ILE B 92 ? GLN B 94 ? ILE l 92 GLN l 94 AA5 1 PRO C 43 ? SER C 47 ? PRO m 43 SER m 47 AA5 2 LYS C 53 ? ALA C 60 ? LYS m 53 ALA m 60 AA5 3 VAL C 68 ? THR C 77 ? VAL m 68 THR m 77 AA5 4 ASN C 86 ? ILE C 91 ? ASN m 86 ILE m 91 AA6 1 VAL C 103 ? LEU C 105 ? VAL m 103 LEU m 105 AA6 2 VAL F 63 ? ILE F 73 ? VAL q 63 ILE q 73 AA6 3 LEU F 51 ? VAL F 60 ? LEU q 51 VAL q 60 AA6 4 GLU F 37 ? LEU F 42 ? GLU q 37 LEU q 42 AA6 5 ARG F 26 ? LEU F 31 ? ARG q 26 LEU q 31 AA6 6 VAL F 78 ? ARG F 82 ? VAL q 78 ARG q 82 AA7 1 VAL D 42 ? ARG D 45 ? VAL n 42 ARG n 45 AA7 2 GLN D 61 ? VAL D 64 ? GLN n 61 VAL n 64 AA7 3 SER G 70 ? ALA G 73 ? SER r 70 ALA r 73 AA7 4 LYS G 14 ? ASN G 18 ? LYS r 14 ASN r 18 AA7 5 ALA G 26 ? GLY G 31 ? ALA r 26 GLY r 31 AA7 6 VAL G 39 ? LEU G 40 ? VAL r 39 LEU r 40 AA7 7 THR G 61 ? VAL G 62 ? THR r 61 VAL r 62 AA8 1 ILE E 37 ? ILE E 43 ? ILE p 37 ILE p 43 AA8 2 VAL E 52 ? PRO E 61 ? VAL p 52 PRO p 61 AA8 3 ILE E 80 ? LEU E 82 ? ILE p 80 LEU p 82 AA9 1 MET G 44 ? GLU G 45 ? MET r 44 GLU r 45 AA9 2 HIS G 55 ? GLN G 56 ? HIS r 55 GLN r 56 AB1 1 ILE I 463 ? HIS I 464 ? ILE B 463 HIS B 464 AB1 2 GLN I 706 ? PHE I 707 ? GLN B 706 PHE B 707 AB2 1 VAL I 585 ? GLU I 587 ? VAL B 585 GLU B 587 AB2 2 VAL I 604 ? SER I 607 ? VAL B 604 SER B 607 AB2 3 LYS I 556 ? ILE I 560 ? LYS B 556 ILE B 560 AB2 4 VAL I 628 ? ILE I 633 ? VAL B 628 ILE B 633 AB2 5 ARG I 666 ? SER I 671 ? ARG B 666 SER B 671 AB2 6 MET I 517 ? CYS I 520 ? MET B 517 CYS B 520 AB2 7 LEU I 691 ? TYR I 693 ? LEU B 691 TYR B 693 AB3 1 LEU I 703 ? SER I 704 ? LEU B 703 SER B 704 AB3 2 GLY I 884 ? GLY I 886 ? GLY B 884 GLY B 886 AB3 3 THR I 844 ? ILE I 847 ? THR B 844 ILE B 847 AB3 4 ILE I 740 ? PHE I 743 ? ILE B 740 PHE B 743 AB3 5 VAL I 827 ? CYS I 830 ? VAL B 827 CYS B 830 AB3 6 THR I 803 ? HIS I 804 ? THR B 803 HIS B 804 AB4 1 TYR I 853 ? SER I 854 ? TYR B 853 SER B 854 AB4 2 SER I 859 ? TRP I 860 ? SER B 859 TRP B 860 AB5 1 VAL I 987 ? LEU I 988 ? VAL B 987 LEU B 988 AB5 2 GLU I 997 ? ALA I 998 ? GLU B 997 ALA B 998 AB6 1 THR I 1205 ? GLN I 1209 ? THR B 1205 GLN B 1209 AB6 2 MET I 1216 ? ILE I 1222 ? MET B 1216 ILE B 1222 AB6 3 PHE I 1268 ? TYR I 1274 ? PHE B 1268 TYR B 1274 AB7 1 ILE I 1251 ? ILE I 1259 ? ILE B 1251 ILE B 1259 AB7 2 GLU I 1237 ? GLU I 1244 ? GLU B 1237 GLU B 1244 AB7 3 ASN I 1287 ? LEU I 1292 ? ASN B 1287 LEU B 1292 AB7 4 PHE I 1302 ? SER I 1307 ? PHE B 1302 SER B 1307 AB8 1 VAL I 1366 ? GLY I 1369 ? VAL B 1366 GLY B 1369 AB8 2 ARG I 1507 ? LEU I 1511 ? ARG B 1507 LEU B 1511 AB8 3 LEU I 1470 ? TYR I 1473 ? LEU B 1470 TYR B 1473 AB8 4 ALA I 1395 ? ILE I 1398 ? ALA B 1395 ILE B 1398 AB8 5 VAL I 1444 ? LEU I 1446 ? VAL B 1444 LEU B 1446 AB8 6 ILE I 1425 ? LYS I 1427 ? ILE B 1425 LYS B 1427 AB9 1 LEU I 1544 ? PHE I 1551 ? LEU B 1544 PHE B 1551 AB9 2 GLY I 1718 ? SER I 1725 ? GLY B 1718 SER B 1725 AB9 3 GLU I 1679 ? LEU I 1683 ? GLU B 1679 LEU B 1683 AB9 4 SER I 1581 ? LEU I 1585 ? SER B 1581 LEU B 1585 AB9 5 LEU I 1664 ? SER I 1667 ? LEU B 1664 SER B 1667 AB9 6 GLY I 1638 ? LEU I 1640 ? GLY B 1638 LEU B 1640 AC1 1 TYR I 1688 ? ASP I 1689 ? TYR B 1688 ASP B 1689 AC1 2 LYS I 1694 ? TYR I 1695 ? LYS B 1694 TYR B 1695 AC2 1 ILE I 1820 ? ASP I 1823 ? ILE B 1820 ASP B 1823 AC2 2 ILE I 1843 ? THR I 1846 ? ILE B 1843 THR B 1846 AC3 1 GLU I 2052 ? LEU I 2057 ? GLU B 2052 LEU B 2057 AC3 2 ILE I 2071 ? THR I 2076 ? ILE B 2071 THR B 2076 AC3 3 THR I 2123 ? GLU I 2127 ? THR B 2123 GLU B 2127 AC4 1 LYS I 2068 ? GLN I 2069 ? LYS B 2068 GLN B 2069 AC4 2 PHE I 2130 ? ASP I 2131 ? PHE B 2130 ASP B 2131 AC5 1 GLN I 2085 ? VAL I 2086 ? GLN B 2085 VAL B 2086 AC5 2 LYS I 2095 ? LEU I 2096 ? LYS B 2095 LEU B 2096 AC6 1 GLU I 2110 ? VAL I 2117 ? GLU B 2110 VAL B 2117 AC6 2 TRP I 2099 ? GLU I 2105 ? TRP B 2099 GLU B 2105 AC6 3 GLY I 2136 ? CYS I 2146 ? GLY B 2136 CYS B 2146 AC6 4 LEU I 2156 ? VAL I 2162 ? LEU B 2156 VAL B 2162 AC7 1 ASN K 22 ? ILE K 23 ? ASN A 2168 ILE A 2169 AC7 2 SER K 153 ? TYR K 159 ? SER A 2299 TYR A 2305 AC7 3 ASP K 144 ? THR K 150 ? ASP A 2290 THR A 2296 AC7 4 HIS K 114 ? GLN K 116 ? HIS A 2260 GLN A 2262 AC8 1 GLU K 108 ? TRP K 112 ? GLU A 2254 TRP A 2258 AC8 2 PHE K 60 ? MET K 64 ? PHE A 2206 MET A 2210 AC8 3 LYS K 73 ? VAL K 79 ? LYS A 2219 VAL A 2225 AC8 4 VAL K 36 ? 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SER A 2235 ILE A 2238 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O VAL A 44 ? 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