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WATSON-CRICK ? ? hydrog39 hydrog ? ? A C 12 N4 ? ? ? 1_555 B C 69 N3 ? ? V C 12 W C 69 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-C MISPAIR' ? ? hydrog40 hydrog ? ? A G 13 N1 ? ? ? 1_555 B C 68 N3 ? ? V G 13 W C 68 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog41 hydrog ? ? A G 13 N2 ? ? ? 1_555 B C 68 O2 ? ? V G 13 W C 68 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog42 hydrog ? ? A G 13 O6 ? ? ? 1_555 B C 68 N4 ? ? V G 13 W C 68 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog43 hydrog ? ? A G 14 N1 ? ? ? 1_555 B C 67 N3 ? ? V G 14 W C 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog44 hydrog ? ? A G 14 N2 ? ? ? 1_555 B C 67 O2 ? ? V G 14 W C 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog45 hydrog ? ? A G 14 O6 ? ? ? 1_555 B C 67 N4 ? ? V G 14 W C 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog46 hydrog ? ? A G 15 N1 ? ? ? 1_555 B C 66 N3 ? ? V G 15 W C 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog47 hydrog ? ? A G 15 N2 ? ? ? 1_555 B C 66 O2 ? ? V G 15 W C 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog48 hydrog ? ? A G 15 O6 ? ? ? 1_555 B C 66 N4 ? ? V G 15 W C 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog49 hydrog ? ? A A 16 N1 ? ? ? 1_555 B U 65 N3 ? ? V A 16 W U 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog50 hydrog ? ? A A 16 N6 ? ? ? 1_555 B U 65 O4 ? ? V A 16 W U 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog51 hydrog ? ? A A 17 N1 ? ? ? 1_555 B U 64 N3 ? ? V A 17 W U 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog52 hydrog ? ? A A 17 N6 ? ? ? 1_555 B U 64 O4 ? ? V A 17 W U 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog53 hydrog ? ? A A 18 N1 ? ? ? 1_555 B G 63 N1 ? ? V A 18 W G 63 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? hydrog54 hydrog ? ? A A 18 N6 ? ? ? 1_555 B G 63 O6 ? ? V A 18 W G 63 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? hydrog55 hydrog ? ? A A 20 N1 ? ? ? 1_555 A U 53 N3 ? ? V A 20 V U 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog56 hydrog ? ? A A 20 N6 ? ? ? 1_555 A U 53 O4 ? ? V A 20 V U 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog57 hydrog ? ? A C 21 N3 ? ? ? 1_555 A G 52 N1 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LYS 1014 E . ? LYS 1014 A PRO 1015 E ? PRO 1015 A 1 2.75 2 ILE 1488 E . ? ILE 1488 A PRO 1489 E ? PRO 1489 A 1 -5.23 3 GLU 404 F . ? GLU 404 H ASP 405 F ? ASP 405 H 1 8.53 4 THR 239 G . ? THR 239 J ASN 240 G ? ASN 240 J 1 13.13 5 ALA 254 G . ? ALA 254 J ARG 255 G ? ARG 255 J 1 14.57 6 SER 61 I . ? SER 61 F PRO 62 I ? PRO 62 F 1 8.27 7 LEU 95 I . ? LEU 95 F PRO 96 I ? PRO 96 F 1 14.07 8 PHE 9 K . ? PHE 9 K PRO 10 K ? PRO 10 K 1 5.14 9 GLU 59 K . ? GLU 59 K PRO 60 K ? PRO 60 K 1 9.38 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 2 ? 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TYR K 78 VAL K 81 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O SER E 983 ? 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RELION 1.4 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.2 _em_specimen.details '3.5 microlitre of sample was applied to grid.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5GAP 'double helix' 5GAP 'a-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A A 1 1_555 B U 80 1_555 -0.046 -0.133 0.523 3.620 -4.295 -1.769 1 V_A1:U80_W V 1 ? W 80 ? 20 1 1 A U 2 1_555 B A 79 1_555 -0.107 -0.115 0.360 -0.650 -7.137 -0.507 2 V_U2:A79_W V 2 ? W 79 ? 20 1 1 A C 3 1_555 B G 78 1_555 0.576 -0.192 -0.371 3.755 -6.189 -1.064 3 V_C3:G78_W V 3 ? W 78 ? 19 1 1 A C 4 1_555 B G 77 1_555 -0.116 -0.067 -0.240 -0.040 0.195 -1.141 4 V_C4:G77_W V 4 ? W 77 ? 19 1 1 A U 5 1_555 B A 76 1_555 -0.617 -0.079 0.305 2.479 -0.848 -1.795 5 V_U5:A76_W V 5 ? W 76 ? 20 1 1 A U 6 1_555 B A 75 1_555 0.384 -0.182 0.031 4.950 -5.910 -0.515 6 V_U6:A75_W V 6 ? W 75 ? 20 1 1 A A 7 1_555 B U 74 1_555 0.219 -0.114 0.312 2.592 -14.357 -1.429 7 V_A7:U74_W V 7 ? W 74 ? 20 1 1 A U 8 1_555 B A 73 1_555 0.491 -0.046 0.312 8.747 -21.576 -4.184 8 V_U8:A73_W V 8 ? W 73 ? 20 1 1 A G 9 1_555 B C 72 1_555 -0.280 -0.108 -0.096 -0.978 -4.213 -0.935 9 V_G9:C72_W V 9 ? W 72 ? 19 1 1 A C 10 1_555 B G 71 1_555 -0.140 -0.057 0.172 -1.955 9.353 -0.611 10 V_C10:G71_W V 10 ? W 71 ? 19 1 1 A A 11 1_555 B U 70 1_555 0.105 -0.108 0.071 5.101 -14.468 0.265 11 V_A11:U70_W V 11 ? 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U 101 ? ? ? # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 A A 1 1_555 B U 80 1_555 A U 2 1_555 B A 79 1_555 -0.857 -2.000 3.248 -0.854 4.727 31.913 -4.400 1.398 2.950 8.537 1.542 32.263 1 VV_A1U2:A79U80_WW V 1 ? 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