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_refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details 'Random selection' _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.30 _refine.pdbx_overall_phase_error 26.97 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 11582 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 1044 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 56 _refine_hist.number_atoms_solvent 63 _refine_hist.number_atoms_total 12745 _refine_hist.d_res_high 2.5964 _refine_hist.d_res_low 43.047 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.008 ? 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'X-RAY DIFFRACTION' . 2.6614 2.7333 5738 0.2576 80.00 0.2876 . . 123 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.7333 2.8137 6121 0.2662 84.00 0.3004 . . 147 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.8137 2.9045 6292 0.2708 88.00 0.3252 . . 143 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.9045 3.0083 6434 0.2621 89.00 0.3066 . . 139 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.0083 3.1287 6406 0.2514 90.00 0.3189 . . 147 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.1287 3.2711 6512 0.2494 89.00 0.2703 . . 147 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.2711 3.4435 6459 0.2343 89.00 0.2778 . . 145 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.4435 3.6591 6429 0.2177 90.00 0.2379 . . 150 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.6591 3.9415 6521 0.1991 91.00 0.2557 . . 147 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.9415 4.3378 6659 0.1851 92.00 0.2001 . . 148 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.3378 4.9647 6933 0.1728 96.00 0.1822 . . 162 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.9647 6.2519 7041 0.1959 98.00 0.2175 . . 158 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 6.2519 43.0532 7016 0.2026 97.00 0.2031 . . 161 . . . . # _struct.entry_id 5HR4 _struct.title ;Structure of Type IIL restriction-modification enzyme MmeI in complex with DNA has implications for engineering of new specificities ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 5HR4 _struct_keywords.text 'DNA-protein complex, Restriction-Modification enzyme, Hydrolase-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords Hydrolase/DNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 6 ? L N N 6 ? M N N 6 ? N N N 6 ? O N N 6 ? P N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP B2MU09_METME B2MU09 ? 1 ;MALSWNEIRRKAIEFSKRWEDASDENSQAKPFLIDFFEVFGITNKRVATFEHAVKKFAKAHKEQSRGFVDLFWPGILLIE MKSRGKDLDKAYDQALDYFSGIAERDLPRYVLVCDFQRFRLTDLITKESVEFLLKDLYQNVRSFGFIAGYQTQVIKPQDP INIKAAERMGKLHDTLKLVGYEGHALELYLVRLLFCLFAEDTTIFEKSLFQEYIETKTLEDGSDLAHHINTLFYVLNTPE QKRLKNLDEHLAAFPYINGKLFEEPLPPAQFDKAMREALLDLCSLDWSRISPAIFGSLFQSIMDAKKRRNLGAHYTSEAN ILKLIKPLFLDELWVEFEKVKNNKNKLLAFHKKLRGLTFFDPACGCGNFLVITYRELRLLEIEVLRGLHRGGQQVLDIEH LIQINVDQFFGIEIEEFPAQIAQVALWLTDHQMNMKISDEFGNYFARIPLKSTPHILNANALQIDWNDVLEAKKCCFILG NPPFVGKSKQTPGQKADLLSVFGNLKSASDLDLVAAWYPKAAHYIQTNANIRCAFVSTNSITQGEQVSLLWPLLLSLGIK INFAHRTFSWTNEASGVAAVHCVIIGFGLKDSDEKIIYEYESINGEPLAIKAKNINPYLRDGVDVIACKRQQPISKLPSM RYGNKPTDDGNFLFTDEEKNQFITNEPSSEKYFRRFVGGDEFINNTSRWCLWLDGADISEIRAMPLVLARIKKVQEFRLK SSAKPTRQSASTPMKFFYISQPDTDYLLIPETSSENRQFIPIGFVDRNVISSNATYHIPSAEPLIFGLLSSTMHNCWMRN VGGRLESRYRYSASLVYNTFPWIQPNEKQSKAIEEAAFAILKARSNYPNESLAGLYDPKTMPSELLKAHQKLDKAVDSVY GFKGPNTEIARIAFLFETYQKMTSLLPPEKEIKKSKGKN ; 1 2 PDB 5HR4 5HR4 ? 2 ? 1 3 PDB 5HR4 5HR4 ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5HR4 C 1 ? 919 ? B2MU09 1 ? 919 ? 1 919 2 2 5HR4 H 1 ? 13 ? 5HR4 1 ? 13 ? 1 13 3 3 5HR4 I 1 ? 13 ? 5HR4 17 ? 29 ? 17 29 4 1 5HR4 J 1 ? 919 ? B2MU09 1 ? 919 ? 1 919 5 2 5HR4 K 1 ? 13 ? 5HR4 1 ? 13 ? 1 13 6 3 5HR4 L 1 ? 13 ? 5HR4 17 ? 29 ? 17 29 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 2 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 5870 ? 1 MORE -35 ? 1 'SSA (A^2)' 31780 ? 2 'ABSA (A^2)' 5800 ? 2 MORE -39 ? 2 'SSA (A^2)' 32100 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,G,H,K,L,M 2 1 D,E,F,I,J,N,O,P # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 162 ? VAL A 179 ? ASN C 162 VAL C 179 1 ? 18 HELX_P HELX_P2 AA2 GLU A 182 ? ASP A 201 ? GLU C 182 ASP C 201 1 ? 20 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 208 ? THR A 218 ? SER C 208 THR C 218 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 224 ? LEU A 236 ? ASP C 224 LEU C 236 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 237 ? THR A 238 ? ASN C 237 THR C 238 5 ? 2 HELX_P HELX_P6 AA6 PRO A 239 ? ARG A 243 ? PRO C 239 ARG C 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP A 248 ? ALA A 253 ? ASP C 248 ALA C 253 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN A 258 ? GLU A 263 ? ASN C 258 GLU C 263 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP A 272 ? SER A 284 ? ASP C 272 SER C 284 1 ? 13 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 291 ? ILE A 302 ? SER C 291 ILE C 302 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP A 304 ? LEU A 311 ? ASP C 304 LEU C 311 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 SER A 317 ? PHE A 329 ? SER C 317 PHE C 329 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 PHE A 329 ? LYS A 341 ? PHE C 329 LYS C 341 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN A 343 ? GLY A 356 ? ASN C 343 GLY C 356 1 ? 14 HELX_P HELX_P15 AB6 GLY A 367 ? HIS A 389 ? GLY C 367 HIS C 389 1 ? 23 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP A 397 ? ILE A 402 ? ASP C 397 ILE C 402 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN A 405 ? ASP A 407 ? ASN C 405 ASP C 407 5 ? 3 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU A 415 ? PHE A 441 ? GLU C 415 PHE C 441 1 ? 27 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP A 465 ? VAL A 469 ? ASP C 465 VAL C 469 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 GLU A 471 ? CYS A 475 ? GLU C 471 CYS C 475 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 THR A 491 ? GLY A 503 ? THR C 491 GLY C 503 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 AC4 SER A 507 ? LEU A 511 ? SER C 507 LEU C 511 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP A 512 ? ALA A 515 ? ASP C 512 ALA C 515 5 ? 4 HELX_P HELX_P24 AC6 ALA A 516 ? ILE A 525 ? ALA C 516 ILE C 525 1 ? 10 HELX_P HELX_P25 AC7 GLN A 526 ? ASN A 528 ? GLN C 526 ASN C 528 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 SER A 540 ? THR A 542 ? SER C 540 THR C 542 5 ? 3 HELX_P HELX_P27 AC9 GLN A 543 ? LEU A 557 ? GLN C 543 LEU C 557 1 ? 15 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP A 656 ? GLU A 666 ? ASP C 656 GLU C 666 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO A 667 ? LYS A 671 ? PRO C 667 LYS C 671 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY A 678 ? ASN A 684 ? GLY C 678 ASN C 684 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP A 697 ? MET A 704 ? ASP C 697 MET C 704 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 MET A 704 ? LYS A 720 ? MET C 704 LYS C 720 1 ? 17 HELX_P HELX_P33 AD6 ALA A 723 ? ALA A 730 ? ALA C 723 ALA C 730 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 GLU A 782 ? SER A 791 ? GLU C 782 SER C 791 1 ? 10 HELX_P HELX_P35 AD8 SER A 791 ? GLY A 802 ? SER C 791 GLY C 802 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 AD9 VAL A 816 ? PHE A 820 ? VAL C 816 PHE C 820 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN A 826 ? ASN A 846 ? ASN C 826 ASN C 846 1 ? 21 HELX_P HELX_P38 AE2 SER A 851 ? ASP A 857 ? SER C 851 ASP C 857 1 ? 7 HELX_P HELX_P39 AE3 PRO A 862 ? GLY A 881 ? PRO C 862 GLY C 881 1 ? 20 HELX_P HELX_P40 AE4 THR A 887 ? SER A 904 ? THR C 887 SER C 904 1 ? 18 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN D 162 ? GLY D 180 ? ASN J 162 GLY J 180 1 ? 19 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY D 183 ? THR D 202 ? GLY J 183 THR J 202 1 ? 20 HELX_P HELX_P43 AE7 SER D 208 ? THR D 218 ? SER J 208 THR J 218 1 ? 11 HELX_P HELX_P44 AE8 ASP D 224 ? ASN D 237 ? ASP J 224 ASN J 237 1 ? 14 HELX_P HELX_P45 AE9 THR D 238 ? ARG D 243 ? THR J 238 ARG J 243 5 ? 6 HELX_P HELX_P46 AF1 ASP D 248 ? ALA D 253 ? ASP J 248 ALA J 253 1 ? 6 HELX_P HELX_P47 AF2 ASN D 258 ? GLU D 263 ? ASN J 258 GLU J 263 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 ASP D 272 ? SER D 284 ? ASP J 272 SER J 284 1 ? 13 HELX_P HELX_P49 AF4 SER D 291 ? SER D 301 ? SER J 291 SER J 301 1 ? 11 HELX_P HELX_P50 AF5 ASP D 304 ? LEU D 311 ? ASP J 304 LEU J 311 1 ? 8 HELX_P HELX_P51 AF6 SER D 317 ? PHE D 329 ? SER J 317 PHE J 329 1 ? 13 HELX_P HELX_P52 AF7 PHE D 329 ? LYS D 341 ? PHE J 329 LYS J 341 1 ? 13 HELX_P HELX_P53 AF8 ASN D 343 ? GLY D 356 ? ASN J 343 GLY J 356 1 ? 14 HELX_P HELX_P54 AF9 GLY D 367 ? HIS D 389 ? GLY J 367 HIS J 389 1 ? 23 HELX_P HELX_P55 AG1 ASP D 397 ? ILE D 402 ? ASP J 397 ILE J 402 1 ? 6 HELX_P HELX_P56 AG2 ASN D 405 ? ASP D 407 ? ASN J 405 ASP J 407 5 ? 3 HELX_P HELX_P57 AG3 GLU D 415 ? GLY D 442 ? GLU J 415 GLY J 442 1 ? 28 HELX_P HELX_P58 AG4 ASP D 465 ? VAL D 469 ? ASP J 465 VAL J 469 5 ? 5 HELX_P HELX_P59 AG5 GLU D 471 ? CYS D 475 ? GLU J 471 CYS J 475 5 ? 5 HELX_P HELX_P60 AG6 THR D 491 ? GLY D 503 ? THR J 491 GLY J 503 1 ? 13 HELX_P HELX_P61 AG7 SER D 507 ? LEU D 511 ? SER J 507 LEU J 511 5 ? 5 HELX_P HELX_P62 AG8 ASP D 512 ? ALA D 515 ? ASP J 512 ALA J 515 5 ? 4 HELX_P HELX_P63 AG9 ALA D 516 ? GLN D 526 ? ALA J 516 GLN J 526 1 ? 11 HELX_P HELX_P64 AH1 SER D 540 ? GLU D 545 ? SER J 540 GLU J 545 5 ? 6 HELX_P HELX_P65 AH2 GLN D 546 ? LEU D 557 ? GLN J 546 LEU J 557 1 ? 12 HELX_P HELX_P66 AH3 THR D 655 ? GLU D 666 ? THR J 655 GLU J 666 1 ? 12 HELX_P HELX_P67 AH4 PRO D 667 ? LYS D 671 ? PRO J 667 LYS J 671 5 ? 5 HELX_P HELX_P68 AH5 GLY D 678 ? ASN D 684 ? GLY J 678 ASN J 684 1 ? 7 HELX_P HELX_P69 AH6 ASP D 697 ? ALA D 703 ? ASP J 697 ALA J 703 1 ? 7 HELX_P HELX_P70 AH7 MET D 704 ? LYS D 720 ? MET J 704 LYS J 720 1 ? 17 HELX_P HELX_P71 AH8 ALA D 723 ? ALA D 730 ? ALA J 723 ALA J 730 1 ? 8 HELX_P HELX_P72 AH9 GLU D 782 ? SER D 791 ? GLU J 782 SER J 791 1 ? 10 HELX_P HELX_P73 AI1 SER D 791 ? GLY D 802 ? SER J 791 GLY J 802 1 ? 12 HELX_P HELX_P74 AI2 VAL D 816 ? PHE D 820 ? VAL J 816 PHE J 820 5 ? 5 HELX_P HELX_P75 AI3 ASN D 826 ? ASN D 846 ? ASN J 826 ASN J 846 1 ? 21 HELX_P HELX_P76 AI4 SER D 851 ? TYR D 856 ? SER J 851 TYR J 856 1 ? 6 HELX_P HELX_P77 AI5 ASP D 857 ? MET D 861 ? ASP J 857 MET J 861 5 ? 5 HELX_P HELX_P78 AI6 PRO D 862 ? GLY D 881 ? PRO J 862 GLY J 881 1 ? 20 HELX_P HELX_P79 AI7 THR D 887 ? LEU D 905 ? THR J 887 LEU J 905 1 ? 19 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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N N 315 ILE CG2 HG22 sing N N 316 ILE CG2 HG23 sing N N 317 ILE CD1 HD11 sing N N 318 ILE CD1 HD12 sing N N 319 ILE CD1 HD13 sing N N 320 ILE OXT HXT sing N N 321 LEU N CA sing N N 322 LEU N H sing N N 323 LEU N H2 sing N N 324 LEU CA C sing N N 325 LEU CA CB sing N N 326 LEU CA HA sing N N 327 LEU C O doub N N 328 LEU C OXT sing N N 329 LEU CB CG sing N N 330 LEU CB HB2 sing N N 331 LEU CB HB3 sing N N 332 LEU CG CD1 sing N N 333 LEU CG CD2 sing N N 334 LEU CG HG sing N N 335 LEU CD1 HD11 sing N N 336 LEU CD1 HD12 sing N N 337 LEU CD1 HD13 sing N N 338 LEU CD2 HD21 sing N N 339 LEU CD2 HD22 sing N N 340 LEU CD2 HD23 sing N N 341 LEU OXT HXT sing N N 342 LYS N CA sing N N 343 LYS N H sing N N 344 LYS N H2 sing N N 345 LYS CA C sing N N 346 LYS CA CB sing N N 347 LYS CA HA sing N N 348 LYS C O doub N N 349 LYS C OXT sing N N 350 LYS CB CG sing N N 351 LYS CB HB2 sing N N 352 LYS CB HB3 sing N N 353 LYS CG CD sing N N 354 LYS CG HG2 sing N N 355 LYS CG HG3 sing N N 356 LYS CD CE sing N N 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