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_citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 535 _citation.language ? _citation.page_first 252 _citation.page_last 257 _citation.title 'A novel cereblon modulator recruits GSPT1 to the CRL4(CRBN) ubiquitin ligase.' _citation.year 2016 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/nature18611 _citation.pdbx_database_id_PubMed 27338790 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Matyskiela, M.E.' 1 ? primary 'Lu, G.' 2 ? 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_entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSGPIRLPIVDKYKDMGTVVLGKLESGSICKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDVETDTVAPGENLKIRLKGIEEEEILPG FILCDPNNLCHSGRTFDAQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALICLVDKKSGEKSKTRPRFVKQDQVCIARL RTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVP ; ;GSGPIRLPIVDKYKDMGTVVLGKLESGSICKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDVETDTVAPGENLKIRLKGIEEEEILPG FILCDPNNLCHSGRTFDAQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALICLVDKKSGEKSKTRPRFVKQDQVCIARL RTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVP ; X,A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFIL TAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLE ELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYH 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'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ERF3A_HUMAN P15170 P15170-2 1 ;GPIRLPIVDKYKDMGTVVLGKLESGSICKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDVETDTVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFI LCDPNNLCHSGRTFDAQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALICLVDKKSGEKSKTRPRFVKQDQVCIARLRT AGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVP ; 437 2 UNP DDB1_HUMAN Q16531 ? 2 ;MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFIL TAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLE ELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYH NGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNG VVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHA SIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVS QEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHEVACLDITPLGDSNGLSPLCAIGL WTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRT FRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYES PRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFE VLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKL LASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEIL DDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLV TSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGM KREATADDLIKVVEELTRIH ; 1 3 UNP CRBN_HUMAN Q96SW2 Q96SW2-2 3 ;EAKKPNIINFDTSLPTSHTYLGADMEEFHGRTLHDDDSCQVIPVLPQVMMILIPGQTLPLQLFHPQEVSMVRNLIQKDRT FAVLAYSNVQEREAQFGTTAEIYAYREEQDFGIEIVKVKAIGRQRFKVLELRTQSDGIQQAKVQILPECVLPSTMSAVQL ESLNKCQIFPSKPVSREDQCSYKWWQKYQKRKFHCANLTSWPRWLYSLYDAETLMDRIKKQLREWDENLKDDSLPSNPID FSYRVAACLPIDDVLRIQLLKIGSAIQRLRCELDIMNKCTSLCCKQCQETEITTKNEIFSLSLCGPMAAYVNPHGYVHET LTVYKACNLNLIGRPSTEHSWFPGYAWTVAQCKICASHIGWKFTATKKDMSPQKFWGLTRSALLPTIPDTEDEISPDKVI LCL ; 39 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5HXB X 3 ? 199 ? P15170 437 ? 633 ? 438 634 2 2 5HXB Y 1 ? 1140 ? Q16531 1 ? 1140 ? 1 1140 3 3 5HXB Z 4 ? 406 ? Q96SW2 39 ? 441 ? 40 442 4 2 5HXB B 1 ? 1140 ? Q16531 1 ? 1140 ? 1 1140 5 3 5HXB C 4 ? 406 ? Q96SW2 39 ? 441 ? 40 442 6 1 5HXB A 3 ? 199 ? P15170 437 ? 633 ? 438 634 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 5HXB GLY X 1 ? UNP P15170 ? ? 'expression tag' 436 1 1 5HXB SER X 2 ? UNP P15170 ? ? 'expression tag' 437 2 3 5HXB GLY Z 1 ? UNP Q96SW2 ? ? 'expression tag' 37 3 3 5HXB SER Z 2 ? UNP Q96SW2 ? ? 'expression tag' 38 4 3 5HXB MET Z 3 ? UNP Q96SW2 ? ? 'expression tag' 39 5 5 5HXB GLY C 1 ? UNP Q96SW2 ? ? 'expression tag' 37 6 5 5HXB SER C 2 ? UNP Q96SW2 ? ? 'expression tag' 38 7 5 5HXB MET C 3 ? UNP Q96SW2 ? ? 'expression tag' 39 8 6 5HXB GLY A 1 ? UNP P15170 ? ? 'expression tag' 436 9 6 5HXB SER A 2 ? UNP P15170 ? ? 'expression tag' 437 10 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 85C non-polymer . '1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea' ? 'C22 H21 Cl N4 O4' 440.880 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5HXB _exptl.crystals_number 1 _exptl.details ? _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.method_details ? # _exptl_crystal.colour ? _exptl_crystal.density_diffrn ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.89 _exptl_crystal.density_method ? _exptl_crystal.density_percent_sol 68.37 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.preparation ? _exptl_crystal.size_max ? _exptl_crystal.size_mid ? _exptl_crystal.size_min ? _exptl_crystal.size_rad ? _exptl_crystal.colour_lustre ? _exptl_crystal.colour_modifier ? _exptl_crystal.colour_primary ? _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_meas_esd ? _exptl_crystal.density_meas_gt ? _exptl_crystal.density_meas_lt ? _exptl_crystal.density_meas_temp ? _exptl_crystal.density_meas_temp_esd ? _exptl_crystal.density_meas_temp_gt ? _exptl_crystal.density_meas_temp_lt ? _exptl_crystal.pdbx_crystal_image_url ? _exptl_crystal.pdbx_crystal_image_format ? _exptl_crystal.pdbx_mosaicity ? _exptl_crystal.pdbx_mosaicity_esd ? # _exptl_crystal_grow.apparatus ? _exptl_crystal_grow.atmosphere ? _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.details ? _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP' _exptl_crystal_grow.method_ref ? _exptl_crystal_grow.pH ? _exptl_crystal_grow.pressure ? _exptl_crystal_grow.pressure_esd ? _exptl_crystal_grow.seeding ? _exptl_crystal_grow.seeding_ref ? _exptl_crystal_grow.temp 280 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.temp_esd ? _exptl_crystal_grow.time ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range '8.4 - 8.6' # _diffrn.ambient_environment ? _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.ambient_temp_esd ? _diffrn.crystal_id 1 _diffrn.crystal_support ? _diffrn.crystal_treatment ? _diffrn.details ? _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_pressure ? _diffrn.ambient_pressure_esd ? _diffrn.ambient_pressure_gt ? _diffrn.ambient_pressure_lt ? _diffrn.ambient_temp_gt ? _diffrn.ambient_temp_lt ? # _diffrn_detector.details ? _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 315r' _diffrn_detector.area_resol_mean ? _diffrn_detector.dtime ? _diffrn_detector.pdbx_frames_total ? _diffrn_detector.pdbx_collection_time_total ? _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2015-07-17 # _diffrn_radiation.collimation ? _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.filter_edge ? _diffrn_radiation.inhomogeneity ? _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.polarisn_norm ? _diffrn_radiation.polarisn_ratio ? _diffrn_radiation.probe ? _diffrn_radiation.type ? _diffrn_radiation.xray_symbol ? _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.pdbx_wavelength_list ? _diffrn_radiation.pdbx_wavelength ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_analyzer ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.0 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.current ? _diffrn_source.details ? _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.power ? _diffrn_source.size ? _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.target ? _diffrn_source.type 'ALS BEAMLINE 5.0.2' _diffrn_source.voltage ? _diffrn_source.take-off_angle ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.0 _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 5.0.2 _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ALS # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 5HXB _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 50.000 _reflns.d_resolution_high 3.600 _reflns.number_obs 66582 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 94.6 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.19800 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 10.6000 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 4.800 # _reflns_shell.d_res_high 3.6 _reflns_shell.d_res_low 3.66 _reflns_shell.meanI_over_sigI_all ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.1 _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_possible ? _reflns_shell.number_unique_all 3343 _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.percent_possible_all 93.9 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.Rmerge_F_all ? _reflns_shell.Rmerge_F_obs ? _reflns_shell.Rmerge_I_all ? _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.796 _reflns_shell.meanI_over_sigI_gt ? _reflns_shell.meanI_over_uI_all ? _reflns_shell.meanI_over_uI_gt ? _reflns_shell.number_measured_gt ? _reflns_shell.number_unique_gt ? _reflns_shell.percent_possible_gt ? _reflns_shell.Rmerge_F_gt ? _reflns_shell.Rmerge_I_gt ? _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_netI_over_sigmaI_all ? _reflns_shell.pdbx_netI_over_sigmaI_obs ? _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all ? _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all ? _reflns_shell.pdbx_rejects ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_CC_half ? _reflns_shell.pdbx_R_split ? # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 5HXB _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 62827 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 50.00 _refine.ls_d_res_high 3.60 _refine.ls_percent_reflns_obs 94.4 _refine.ls_R_factor_obs 0.226 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.224 _refine.ls_R_factor_R_free 0.273 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.000 _refine.ls_number_reflns_R_free 3289 _refine.ls_number_parameters ? 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_refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 0.644 _refine.overall_SU_ML 0.536 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 64.833 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 25025 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 64 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 25089 _refine_hist.d_res_high 3.60 _refine_hist.d_res_low 50.00 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.017 0.019 ? 25592 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d 0.004 0.020 ? 24215 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_refined_deg 1.796 1.963 ? 34776 'X-RAY DIFFRACTION' ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight 'X-RAY DIFFRACTION' 1 1 1 ? 0.11 0.05 ? ? X 22592 'interatomic distance' ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' 2 1 2 ? 0.11 0.05 ? ? A 22592 'interatomic distance' ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' 1 2 3 ? 0.05 0.05 ? ? Y 129340 'interatomic distance' ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' 2 2 4 ? 0.05 0.05 ? ? B 129340 'interatomic distance' ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' 1 3 5 ? 0.07 0.05 ? ? Z 42544 'interatomic distance' ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' 2 3 6 ? 0.07 0.05 ? ? C 42544 'interatomic distance' ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.60 _refine_ls_shell.d_res_low 3.69 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 4579 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.3880 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 93.87 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.4020 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 233 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 X 1 2 A 1 1 Y 2 2 B 2 1 Z 3 2 C 3 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 1 0 A ILE 5 . A VAL 198 . X ILE 440 X VAL 633 0 ? 1 2 0 F ILE 5 . F VAL 198 . A ILE 440 A VAL 633 0 ? 2 1 0 B SER 2 . B HIS 1140 . Y SER 2 Y HIS 1140 0 ? 2 2 0 D SER 2 . D HIS 1140 . B SER 2 B HIS 1140 0 ? 3 1 0 C ASN 12 . C LEU 406 . Z ASN 48 Z LEU 442 0 ? 3 2 0 E ASN 12 . E LEU 406 . C ASN 48 C LEU 442 0 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? # _struct.entry_id 5HXB _struct.title 'Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 5HXB _struct_keywords.text 'E3, Ligase, ubiquitin, DCAF, cereblon, DDB1, CRL4, cullin, IMiD, GSPT1, CRBN' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 1 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 4 ? J N N 5 ? # _struct_biol.details 'trimeric as determined by electron microscopy' _struct_biol.id 1 _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? _struct_biol.pdbx_formula_weight ? _struct_biol.pdbx_formula_weight_method ? _struct_biol.pdbx_aggregation_state ? _struct_biol.pdbx_assembly_method ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO B 250 ? LYS B 254 ? PRO Y 250 LYS Y 254 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 ALA B 381 ? 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SER B 1101 VAL B 1109 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 AD3 THR D 1125 ? ARG D 1138 ? THR B 1125 ARG B 1138 1 ? 14 HELX_P HELX_P31 AD4 LEU E 17 ? GLY E 25 ? LEU C 53 GLY C 61 5 ? 9 HELX_P HELX_P32 AD5 HIS E 67 ? LYS E 80 ? HIS C 103 LYS C 116 1 ? 14 HELX_P HELX_P33 AD6 LEU E 163 ? GLN E 170 ? LEU C 199 GLN C 206 5 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 TYR E 185 ? PHE E 196 ? TYR C 221 PHE C 232 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 HIS E 197 ? THR E 202 ? HIS C 233 THR C 238 5 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO E 205 ? SER E 210 ? PRO C 241 SER C 246 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 ASP E 213 ? GLU E 227 ? ASP C 249 GLU C 263 1 ? 15 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN E 240 ? LEU E 252 ? ASN C 276 LEU C 288 1 ? 13 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP E 255 ? ILE E 265 ? ASP C 291 ILE C 301 1 ? 11 HELX_P HELX_P40 AE4 SER E 267 ? CYS E 282 ? SER C 303 CYS C 318 1 ? 16 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN E 299 ? ILE E 301 ? 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anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD3 5 6 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE3 1 2 ? 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