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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 24 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num 42 _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'Thermus thermophilus' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 300852 _pdbx_entity_src_syn.details ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB AP008226.1 55771382 ? 1 ;UUUGUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGU UUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUC GGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAU CAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUG AGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCU UGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUA AUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGG GCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGAC GGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCC ACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAA CGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAG GCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUU ACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUG GCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUC GGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCC UGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCC AGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUA CGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGG CGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU CU ; 131300 2 UNP RS2_THET8 P80371 ? 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SER D 52 GLY D 69 1 ? 18 HELX_P HELX_P20 AC2 SER D 71 ? LYS D 85 ? SER D 71 LYS D 85 1 ? 15 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY D 90 ? SER D 99 ? GLY D 90 SER D 99 1 ? 10 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG D 100 ? LEU D 108 ? ARG D 100 LEU D 108 1 ? 9 HELX_P HELX_P23 AC5 SER D 113 ? HIS D 123 ? SER D 113 HIS D 123 1 ? 11 HELX_P HELX_P24 AC6 GLU D 150 ? ARG D 153 ? GLU D 150 ARG D 153 5 ? 4 HELX_P HELX_P25 AC7 LEU D 155 ? LYS D 166 ? LEU D 155 LYS D 166 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN D 199 ? SER D 208 ? ASN D 199 SER D 208 1 ? 10 HELX_P HELX_P27 AC9 GLU E 50 ? ASN E 65 ? GLU E 50 ASN E 65 1 ? 16 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY E 103 ? GLY E 114 ? GLY E 103 GLY E 114 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN E 127 ? LEU E 142 ? ASN E 127 LEU E 142 1 ? 16 HELX_P HELX_P30 AD3 THR E 144 ? ARG E 152 ? THR E 144 ARG E 152 1 ? 9 HELX_P HELX_P31 AD4 GLN F 16 ? GLY F 34 ? GLN F 16 GLY F 34 1 ? 19 HELX_P HELX_P32 AD5 PRO F 68 ? ASP F 70 ? PRO F 68 ASP F 70 5 ? 3 HELX_P HELX_P33 AD6 ARG F 71 ? ARG F 82 ? ARG F 71 ARG F 82 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP G 20 ? MET G 31 ? ASP G 20 MET G 31 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 LYS G 35 ? THR G 54 ? LYS G 35 THR G 54 1 ? 20 HELX_P HELX_P36 AD9 GLU G 57 ? LYS G 70 ? GLU G 57 LYS G 70 1 ? 14 HELX_P HELX_P37 AE1 SER G 92 ? ARG G 111 ? SER G 92 ARG G 111 1 ? 20 HELX_P HELX_P38 AE2 ARG G 115 ? GLY G 130 ? ARG G 115 GLY G 130 1 ? 16 HELX_P HELX_P39 AE3 GLY G 133 ? ALA G 145 ? GLY G 133 ALA G 145 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 AE4 ALA G 150 ? TYR G 154 ? ALA G 150 TYR G 154 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 PRO H 5 ? TYR H 20 ? PRO H 5 TYR H 20 1 ? 16 HELX_P HELX_P42 AE6 SER H 29 ? GLY H 43 ? SER H 29 GLY H 43 1 ? 15 HELX_P HELX_P43 AE7 GLY H 96 ? ILE H 100 ? GLY H 96 ILE H 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 AE8 ARG H 102 ? LEU H 107 ? ARG H 102 LEU H 107 5 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 THR H 120 ? GLY H 128 ? THR H 120 GLY H 128 1 ? 9 HELX_P HELX_P46 AF1 PHE I 33 ? PHE I 37 ? PHE I 33 PHE I 37 1 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 VAL I 41 ? ALA I 46 ? 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A A 116 A MG 1644 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? metalc10 metalc ? ? A G 111 OP2 ? ? ? 1_555 QB MG . MG ? ? A G 117 A MG 1644 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc11 metalc ? ? A C 115 O2 ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? A C 121 A MG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? metalc12 metalc ? ? A G 118 O6 ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? A G 124 A MG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.660 ? metalc13 metalc ? ? A U 119 O4 ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? A U 125 A MG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc14 metalc ? ? A A 167 OP2 ? ? ? 1_555 AA MG . MG ? ? A A 172 A MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? metalc15 metalc ? ? A U 175 O4 ? ? ? 1_555 FA MG . MG ? ? A U 180 A MG 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? metalc16 metalc ? ? A A 202 OP2 ? ? ? 1_555 FA MG . MG ? ? A A 195 A MG 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc17 metalc ? ? A G 254 O6 ? ? ? 1_555 IC MG . MG ? ? A G 258 A MG 1662 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc18 metalc ? ? A G 285 OP2 ? ? ? 1_555 QB MG . MG ? ? A G 289 A MG 1644 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc19 metalc ? ? A G 295 O6 ? ? ? 1_555 GC MG . MG ? ? A G 299 A MG 1660 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc20 metalc ? ? A A 311 OP1 ? ? ? 1_555 Z MG . MG ? ? A A 315 A MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.880 ? metalc21 metalc ? ? A G 313 OP2 ? ? ? 1_555 Z MG . MG ? ? A G 317 A MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc22 metalc ? ? A G 320 O6 ? ? ? 1_555 HB MG . MG ? ? A G 324 A MG 1635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc23 metalc ? ? A G 327 OP2 ? ? ? 1_555 IB MG . MG ? ? A G 331 A MG 1636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.430 ? metalc24 metalc ? ? A C 348 OP1 ? ? ? 1_555 DB MG . MG ? ? A C 352 A MG 1631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? metalc25 metalc ? ? A U 383 OP1 ? ? ? 1_555 QA MG . MG ? ? A U 387 A MG 1618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.717 ? metalc26 metalc ? ? A C 488 OP1 ? ? ? 1_555 KA MG . MG ? ? A C 504 A MG 1612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc27 metalc ? ? A C 520 OP2 ? ? ? 1_555 HC MG . MG ? ? A C 536 A MG 1661 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.930 ? metalc28 metalc ? ? A A 531 OP1 ? ? ? 1_555 UB MG . MG ? ? A A 547 A MG 1648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc29 metalc ? ? A A 547 "O2'" ? ? ? 1_555 LA MG . MG ? ? A A 563 A MG 1613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? metalc30 metalc ? ? A C 548 OP2 ? ? ? 1_555 LA MG . MG ? ? A C 564 A MG 1613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc31 metalc ? ? A G 551 "O5'" ? ? ? 1_555 LA MG . MG ? ? A G 567 A MG 1613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc32 metalc ? ? A C 553 OP1 ? ? ? 1_555 NB MG . MG ? ? A C 569 A MG 1641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? metalc33 metalc ? ? A A 556 OP2 ? ? ? 1_555 TA MG . MG ? ? A A 572 A MG 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc34 metalc ? ? A A 557 OP2 ? ? ? 1_555 TA MG . MG ? ? A A 573 A MG 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc35 metalc ? ? A A 558 OP1 ? ? ? 1_555 TA MG . MG ? ? A A 574 A MG 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.788 ? metalc36 metalc ? ? A A 558 OP2 ? ? ? 1_555 TA MG . MG ? ? A A 574 A MG 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? metalc37 metalc ? ? A G 560 OP2 ? ? ? 1_555 CC MG . MG ? ? A G 576 A MG 1656 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.797 ? metalc38 metalc ? ? A G 572 OP2 ? ? ? 1_555 SB MG . MG ? ? A G 588 A MG 1646 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? metalc39 metalc ? ? A G 581 OP2 ? ? ? 1_555 ZA MG . MG ? ? A G 597 A MG 1627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.834 ? metalc40 metalc ? ? A U 582 O4 ? ? ? 1_555 ZA MG . MG ? ? A U 598 A MG 1627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc41 metalc ? ? A A 592 OP1 ? ? ? 1_555 AC MG . MG ? ? A A 608 A MG 1654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.980 ? metalc42 metalc ? ? A A 592 OP2 ? ? ? 1_555 AC MG . MG ? ? A A 608 A MG 1654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.846 ? metalc43 metalc ? ? A C 629 OP2 ? ? ? 1_555 SB MG . MG ? ? A C 645 A MG 1646 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? metalc44 metalc ? ? A G 714 OP1 ? ? ? 1_555 RA MG . MG ? ? A G 730 A MG 1619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.661 ? metalc45 metalc ? ? A C 733 OP2 ? ? ? 1_555 GA MG . MG ? ? A C 749 A MG 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? metalc46 metalc ? ? A G 734 OP2 ? ? ? 1_555 GA MG . MG ? ? A G 750 A MG 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc47 metalc ? ? A U 735 OP1 ? ? ? 1_555 RB MG . MG ? ? A U 751 A MG 1645 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? metalc48 metalc ? ? A U 735 OP2 ? ? ? 1_555 RB MG . MG ? ? A U 751 A MG 1645 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc49 metalc ? ? A A 737 OP1 ? ? ? 1_555 TB MG . MG ? ? A A 753 A MG 1647 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc50 metalc ? ? A A 737 OP2 ? ? ? 1_555 TB MG . MG ? ? A A 753 A MG 1647 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc51 metalc ? ? A G 742 OP1 ? ? ? 1_555 NA MG . MG ? ? A G 758 A MG 1615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc52 metalc ? ? A U 756 OP2 ? ? ? 1_555 SA MG . MG ? ? A U 772 A MG 1620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? metalc53 metalc ? ? A C 763 OP2 ? ? ? 1_555 DC MG . MG ? ? A C 779 A MG 1657 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc54 metalc ? ? A A 766 OP2 ? ? ? 1_555 XA MG . MG ? ? A A 782 A MG 1625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.903 ? metalc55 metalc ? ? A U 777 OP1 ? ? ? 1_555 BA MG . MG ? ? A U 793 A MG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc56 metalc ? ? A A 778 OP2 ? ? ? 1_555 XA MG . MG ? ? A A 794 A MG 1625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc57 metalc ? ? A A 838 OP2 ? ? ? 1_555 LB MG . MG ? ? A A 860 A MG 1639 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc58 metalc ? ? A G 881 OP1 ? ? ? 1_555 UA MG . MG ? ? A G 903 A MG 1622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? metalc59 metalc ? ? A A 1477 OP2 ? ? ? 1_555 BC MG . MG ? ? A A 1499 A MG 1655 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? metalc60 metalc ? ? A A 1478 OP1 ? ? ? 1_555 DA MG . MG ? ? A A 1500 A MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? metalc61 metalc ? ? A G 1482 "O3'" ? ? ? 1_555 DA MG . MG ? ? A G 1504 A MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? metalc62 metalc ? ? A G 1482 "O2'" ? ? ? 1_555 BC MG . MG ? ? A G 1504 A MG 1655 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc63 metalc ? ? A G 1483 OP1 ? ? ? 1_555 DA MG . MG ? ? A G 1505 A MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? metalc64 metalc ? ? A G 1483 OP2 ? ? ? 1_555 BC MG . MG ? ? A G 1505 A MG 1655 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc65 metalc ? ? A G 1486 OP1 ? ? ? 1_555 DA MG . MG ? ? A G 1508 A MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? metalc66 metalc ? ? D CYS 9 SG ? ? ? 1_555 KC ZN . ZN ? ? D CYS 9 D ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc67 metalc ? ? N CYS 24 SG ? ? ? 1_555 LC ZN . ZN ? ? N CYS 24 N ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc68 metalc ? ? N CYS 27 N ? ? ? 1_555 LC ZN . ZN ? ? N CYS 27 N ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? metalc69 metalc ? ? N CYS 27 SG ? ? ? 1_555 LC ZN . ZN ? ? N CYS 27 N ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc70 metalc ? ? N CYS 43 SG ? ? ? 1_555 LC ZN . ZN ? ? N CYS 43 N ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc71 metalc ? ? V THR 7 O ? ? ? 1_555 MC MG . MG ? ? W THR 6 W MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.410 ? metalc72 metalc ? ? V THR 7 OG1 ? ? ? 1_555 MC MG . MG ? ? W THR 6 W MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? covale1 covale both ? Y G 7 "O3'" ? ? ? 1_555 Y 4SU 8 P ? ? Z G 7 Z 4SU 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.616 ? covale2 covale both ? Y 4SU 8 "O3'" ? ? ? 1_555 Y G 9 P ? ? Z 4SU 8 Z G 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.642 ? covale3 covale both ? Y G 32 "O3'" ? ? ? 1_555 Y OMC 33 P ? ? Z G 31 Z OMC 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.614 ? covale4 covale both ? Y OMC 33 "O3'" ? ? ? 1_555 Y U 34 P ? ? Z OMC 32 Z U 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.619 ? covale5 covale both ? Y G 46 "O3'" ? ? ? 1_555 Y G7M 47 P ? ? Z G 45 Z G7M 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.618 ? covale6 covale both ? Y G7M 47 "O3'" ? ? ? 1_555 Y U 48 P ? ? Z G7M 46 Z U 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.636 ? covale7 covale both ? Y G 54 "O3'" ? ? ? 1_555 Y 5MU 55 P ? ? Z G 53 Z 5MU 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.643 ? covale8 covale both ? Y 5MU 55 "O3'" ? ? ? 1_555 Y PSU 56 P ? ? Z 5MU 54 Z PSU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.619 ? covale9 covale both ? Y PSU 56 "O3'" ? ? ? 1_555 Y C 57 P ? ? Z PSU 55 Z C 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.613 ? hydrog1 hydrog ? ? A G 8 N2 ? ? ? 1_555 A U 544 O4 ? ? A G 7 A U 560 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-U MISPAIR' ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 10 N1 ? ? ? 1_555 A C 26 N3 ? ? A G 9 A C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 10 N2 ? ? ? 1_555 A C 26 O2 ? ? A G 9 A C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog4 hydrog ? ? A G 10 O6 ? ? ? 1_555 A C 26 N4 ? ? A G 9 A C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog5 hydrog ? ? A A 11 N1 ? ? ? 1_555 A U 25 N3 ? ? A A 10 A U 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog6 hydrog ? ? A A 11 N6 ? ? ? 1_555 A U 25 O4 ? ? A A 10 A U 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog7 hydrog ? ? A G 12 N1 ? ? ? 1_555 A C 24 N3 ? ? A G 11 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog8 hydrog ? ? A G 12 N2 ? ? ? 1_555 A C 24 O2 ? ? A G 11 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog9 hydrog ? ? A G 12 O6 ? ? ? 1_555 A C 24 N4 ? ? A G 11 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog10 hydrog ? ? A U 13 N3 ? ? ? 1_555 A G 23 O6 ? ? A U 12 A G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog11 hydrog ? ? A U 13 O2 ? ? ? 1_555 A G 23 N1 ? ? A U 12 A G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog12 hydrog ? ? A U 14 O4 ? ? ? 1_555 A U 21 N3 ? ? A U 13 A U 20 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-U MISPAIR' ? ? hydrog13 hydrog ? ? A U 14 O4 ? ? ? 1_555 A A 893 N6 ? ? A U 13 A A 915 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? hydrog14 hydrog ? ? A G 16 N1 ? ? ? 1_555 A U 898 O2 ? ? A G 15 A U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog15 hydrog ? ? A G 16 O6 ? ? ? 1_555 A U 898 N3 ? ? A G 15 A U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog16 hydrog ? ? A G 16 N1 ? ? ? 1_555 A U 899 O2 ? ? A G 15 A U 921 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog17 hydrog ? ? A G 16 O6 ? ? ? 1_555 A U 899 N3 ? ? A G 15 A U 921 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog18 hydrog ? ? A A 17 N1 ? ? ? 1_555 A U 898 N3 ? ? A A 16 A U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog19 hydrog ? ? A A 17 N6 ? ? ? 1_555 A U 898 O4 ? ? A A 16 A U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog20 hydrog ? ? A U 18 N3 ? ? ? 1_555 A A 896 N1 ? ? A U 17 A A 918 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog21 hydrog ? ? A U 18 O4 ? ? ? 1_555 A A 896 N6 ? ? A U 17 A A 918 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog22 hydrog ? ? A C 19 N3 ? ? ? 1_555 A G 895 N1 ? ? A C 18 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog23 hydrog ? ? A C 19 N4 ? ? ? 1_555 A G 895 O6 ? ? A C 18 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog24 hydrog ? ? A C 19 O2 ? ? ? 1_555 A G 895 N2 ? ? A C 18 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog25 hydrog ? ? A C 20 N3 ? ? ? 1_555 A G 894 N1 ? ? A C 19 A G 916 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog26 hydrog ? ? A C 20 N4 ? ? ? 1_555 A G 894 O6 ? ? A C 19 A G 916 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog27 hydrog ? ? A C 20 O2 ? ? ? 1_555 A G 894 N2 ? ? A C 19 A G 916 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog28 hydrog ? ? A C 20 N3 ? ? ? 1_555 A G 895 N1 ? ? A C 19 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog29 hydrog ? ? A C 20 N4 ? ? ? 1_555 A G 895 O6 ? ? A C 19 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog30 hydrog ? ? A C 20 O2 ? ? ? 1_555 A G 895 N2 ? ? A C 19 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog31 hydrog ? ? A G 22 N2 ? ? ? 1_555 A A 892 N7 ? ? A G 21 A A 914 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog32 hydrog ? ? A G 22 N3 ? ? ? 1_555 A A 892 N6 ? ? A G 21 A A 914 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog33 hydrog ? ? A C 24 N4 ? ? ? 1_555 A U 545 O4 ? ? A C 23 A U 561 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-U MISPAIR' ? ? hydrog34 hydrog ? ? A C 26 N4 ? ? ? 1_555 A A 543 N1 ? ? A C 25 A A 559 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-A MISPAIR' ? ? hydrog35 hydrog ? ? A A 27 N6 ? ? ? 1_555 A G 542 N3 ? ? A A 26 A G 558 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog36 hydrog ? ? A A 27 N7 ? ? ? 1_555 A G 542 N2 ? ? A A 26 A G 558 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog37 hydrog ? ? A G 28 N1 ? ? ? 1_555 A C 540 N3 ? ? A G 27 A C 556 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog38 hydrog ? ? A G 28 N2 ? ? ? 1_555 A C 540 O2 ? ? A G 27 A C 556 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog39 hydrog ? ? A G 28 O6 ? ? ? 1_555 A C 540 N4 ? ? A G 27 A C 556 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog40 hydrog ? ? A G 29 N1 ? ? ? 1_555 A C 539 N3 ? ? A G 28 A C 555 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog41 hydrog ? ? A G 29 N2 ? ? ? 1_555 A C 539 O2 ? ? A G 28 A C 555 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog42 hydrog ? ? A G 29 O6 ? ? ? 1_555 A C 539 N4 ? ? A G 28 A C 555 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog43 hydrog ? ? A G 29 N1 ? ? ? 1_555 A C 540 N3 ? ? A G 28 A C 556 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog44 hydrog ? ? A G 29 N2 ? ? ? 1_555 A C 540 O2 ? ? A G 28 A C 556 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog45 hydrog ? ? A G 29 O6 ? ? ? 1_555 A C 540 N4 ? ? A G 28 A C 556 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog46 hydrog ? ? A G 30 N1 ? ? ? 1_555 A C 538 N3 ? ? A G 29 A C 554 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog47 hydrog ? ? A G 30 N2 ? ? ? 1_555 A C 538 O2 ? ? A G 29 A C 554 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog48 hydrog ? ? A G 30 O6 ? ? ? 1_555 A C 538 N4 ? ? A G 29 A C 554 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog49 hydrog ? ? A U 31 N3 ? ? ? 1_555 A A 537 N1 ? ? A U 30 A A 553 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog50 hydrog ? ? A U 31 O4 ? ? ? 1_555 A A 537 N6 ? ? A U 30 A A 553 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog51 hydrog ? ? A A 33 N1 ? ? ? 1_555 A U 536 N3 ? ? A A 32 A U 552 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog52 hydrog ? ? A A 33 N6 ? ? ? 1_555 A U 536 O4 ? ? A A 32 A U 552 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog53 hydrog ? ? A A 34 N1 ? ? ? 1_555 A U 535 N3 ? ? A A 33 A U 551 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog54 hydrog ? ? A A 34 N6 ? ? ? 1_555 A U 535 O4 ? ? A A 33 A U 551 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog55 hydrog ? ? A C 35 N3 ? ? ? 1_555 A G 534 N1 ? ? A C 34 A G 550 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog56 hydrog ? ? A C 35 N4 ? ? ? 1_555 A G 534 O6 ? ? 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SER Q 12 ? VAL Q 5 SER Q 12 AC6 1 THR S 48 ? TYR S 52 ? THR S 48 TYR S 52 AC6 2 HIS S 57 ? TYR S 61 ? HIS S 57 TYR S 61 AC7 1 ILE V 8 ? VAL V 14 ? ILE W 7 VAL W 13 AC7 2 THR V 22 ? LEU V 27 ? THR W 21 LEU W 26 AC7 3 GLU V 32 ? TYR V 36 ? GLU W 31 TYR W 35 AC7 4 ARG V 65 ? ILE V 68 ? ARG W 64 ILE W 67 AC7 5 ARG V 53 ? ILE V 58 ? ARG W 52 ILE W 57 AC7 6 ILE V 8 ? VAL V 14 ? ILE W 7 VAL W 13 AC8 1 LEU W 5 ? THR W 6 ? LEU X 6 THR X 7 AC8 2 ASP W 43 ? GLY W 48 ? ASP X 44 GLY X 49 AC8 3 VAL W 55 ? MET W 59 ? VAL X 56 MET X 60 AC9 1 GLN W 14 ? VAL W 17 ? GLN X 15 VAL X 18 AC9 2 GLY W 26 ? ASP W 29 ? GLY X 27 ASP X 30 AD1 1 VAL W 84 ? ARG W 90 ? VAL X 85 ARG X 91 AD1 2 LYS W 114 ? MET W 120 ? LYS X 115 MET X 121 AD1 3 ASP W 159 ? PRO W 166 ? ASP X 160 PRO X 167 AD1 4 ALA W 147 ? MET W 155 ? 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R MET 1 116 1 Y 1 R SER 2 ? R SER 2 117 1 Y 1 R THR 3 ? R THR 3 118 1 Y 1 R LYS 4 ? R LYS 4 119 1 Y 1 R ASN 5 ? R ASN 5 120 1 Y 1 R ALA 6 ? R ALA 6 121 1 Y 1 R LYS 7 ? R LYS 7 122 1 Y 1 R PRO 8 ? R PRO 8 123 1 Y 1 R LYS 9 ? R LYS 9 124 1 Y 1 R LYS 10 ? R LYS 10 125 1 Y 1 R GLU 11 ? R GLU 11 126 1 Y 1 R ALA 12 ? R ALA 12 127 1 Y 1 R GLN 13 ? R GLN 13 128 1 Y 1 R ARG 14 ? R ARG 14 129 1 Y 1 R ARG 15 ? R ARG 15 130 1 Y 1 S MET 1 ? S MET 1 131 1 Y 1 S GLY 84 ? S GLY 84 132 1 Y 1 S LYS 85 ? S LYS 85 133 1 Y 1 S GLU 86 ? S GLU 86 134 1 Y 1 S ALA 87 ? S ALA 87 135 1 Y 1 S LYS 88 ? S LYS 88 136 1 Y 1 S ALA 89 ? S ALA 89 137 1 Y 1 S THR 90 ? S THR 90 138 1 Y 1 S LYS 91 ? S LYS 91 139 1 Y 1 S LYS 92 ? S LYS 92 140 1 Y 1 S LYS 93 ? S LYS 93 141 1 Y 1 T MET 1 ? T MET 1 142 1 Y 1 T ALA 2 ? T ALA 2 143 1 Y 1 T GLN 3 ? T GLN 3 144 1 Y 1 T LYS 4 ? T LYS 4 145 1 Y 1 T LYS 5 ? T LYS 5 146 1 Y 1 T PRO 6 ? T PRO 6 147 1 Y 1 T LYS 7 ? T LYS 7 148 1 Y 1 V MET 1 ? U MET 1 149 1 Y 1 V LYS 26 ? 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'Ammonium chloride' 1 5 6 mM ? 'Beta mercaptoethanol' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.8497 # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'FEI Falcon III' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 30 _em_image_recording.average_exposure_time 1.1 _em_image_recording.details ;Recorded in a FEI Falcon III direct electron detector. Images were collected in movie-mode at 32 frames per second ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model OTHER _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 5 _em_image_recording.num_real_images 4400 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 666610 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 1.4 1 ? ? 2 'PARTICLE SELECTION' ? EMAN ? 1 ? ? 3 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 4 MASKING ? ? ? ? ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 3 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.1 ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8 ? 1 ? 10 OTHER ? ? ? ? ? ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? RELION 1.4 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 1.4 1 ? ? 15 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC 5.8 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.08 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5LMQ 'double helix' 5LMQ 'a-form double helix' 5LMQ 'parallel strands' 5LMQ 'hairpin loop' 5LMQ tetraloop 5LMQ 'bulge loop' 5LMQ 'mismatched base pair' 5LMQ 'internal loop' 5LMQ 'triple helix' 5LMQ 'quadruple helix' 5LMQ 'three-way junction' 5LMQ 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 8 1_555 A U 544 1_555 4.937 2.397 -0.097 36.652 1.623 -62.782 1 A_G7:U560_A A 7 ? 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A 13 ? ? ? 1 A G 894 1_555 A C 20 1_555 0.632 -0.129 -1.015 -18.241 -7.170 0.235 11 A_G916:C19_A A 916 ? A 19 ? 19 1 1 A G 895 1_555 A C 19 1_555 -0.798 -0.271 -0.601 -15.248 -2.672 -0.881 12 A_G917:C18_A A 917 ? A 18 ? 19 1 1 A A 896 1_555 A U 18 1_555 0.197 -0.092 0.504 13.699 10.468 1.868 13 A_A918:U17_A A 918 ? A 17 ? 20 1 1 A A 897 1_555 A G 1062 1_555 0.554 -7.301 1.031 2.868 10.251 -102.788 14 A_A919:G1079_A A 919 ? A 1079 ? ? 6 1 A U 898 1_555 A G 16 1_555 2.338 -0.818 -0.870 5.297 10.188 -14.347 15 A_U920:G15_A A 920 ? A 15 ? 28 1 1 A U 899 1_555 A A 1379 1_555 -0.160 -0.110 -0.463 7.844 -8.234 1.451 16 A_U921:A1396_A A 921 ? A 1396 ? 20 1 1 A G 900 1_555 A C 1378 1_555 0.392 -0.059 -0.073 -7.203 -16.370 -0.621 17 A_G922:C1395_A A 922 ? A 1395 ? 19 1 1 A A 901 1_555 A U 1376 1_555 -0.474 -0.241 0.314 -5.400 -9.258 -1.208 18 A_A923:U1393_A A 923 ? A 1393 ? 20 1 1 A C 902 1_555 A G 1375 1_555 0.107 -0.112 0.393 -1.810 -8.021 -1.902 19 A_C924:G1392_A A 924 ? 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