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THR h 48 THR h 58 1 ? 11 HELX_P HELX_P201 AW3 HIS Q 62 ? HIS Q 84 ? HIS h 62 HIS h 84 1 ? 23 HELX_P HELX_P202 AW4 ARG Q 100 ? ALA Q 105 ? ARG h 100 ALA h 105 1 ? 6 HELX_P HELX_P203 AW5 THR Q 110 ? HIS Q 120 ? THR h 110 HIS h 120 1 ? 11 HELX_P HELX_P204 AW6 PRO Q 125 ? SER Q 146 ? PRO h 125 SER h 146 1 ? 22 HELX_P HELX_P205 AW7 SER Q 149 ? ILE Q 153 ? SER h 149 ILE h 153 5 ? 5 HELX_P HELX_P206 AW8 PRO Q 160 ? GLU Q 175 ? PRO h 160 GLU h 175 1 ? 16 HELX_P HELX_P207 AW9 SER Q 178 ? ASN Q 193 ? SER h 178 ASN h 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P208 AX1 ASN Q 195 ? LEU Q 205 ? ASN h 195 LEU h 205 1 ? 11 HELX_P HELX_P209 AX2 THR Q 210 ? CYS Q 218 ? THR h 210 CYS h 218 1 ? 9 HELX_P HELX_P210 AX3 SER R 16 ? ALA R 31 ? SER Z 16 ALA Z 31 1 ? 16 HELX_P HELX_P211 AX4 GLU R 35 ? SER R 44 ? GLU Z 35 SER Z 44 1 ? 10 HELX_P HELX_P212 AX5 THR R 48 ? THR R 58 ? THR Z 48 THR Z 58 1 ? 11 HELX_P HELX_P213 AX6 HIS R 62 ? HIS R 84 ? HIS Z 62 HIS Z 84 1 ? 23 HELX_P HELX_P214 AX7 ARG R 100 ? ALA R 105 ? ARG Z 100 ALA Z 105 1 ? 6 HELX_P HELX_P215 AX8 THR R 110 ? HIS R 120 ? THR Z 110 HIS Z 120 1 ? 11 HELX_P HELX_P216 AX9 PRO R 125 ? SER R 146 ? PRO Z 125 SER Z 146 1 ? 22 HELX_P HELX_P217 AY1 SER R 149 ? ILE R 153 ? SER Z 149 ILE Z 153 5 ? 5 HELX_P HELX_P218 AY2 PRO R 160 ? GLU R 175 ? PRO Z 160 GLU Z 175 1 ? 16 HELX_P HELX_P219 AY3 SER R 178 ? ASN R 193 ? SER Z 178 ASN Z 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P220 AY4 ASN R 195 ? LEU R 205 ? ASN Z 195 LEU Z 205 1 ? 11 HELX_P HELX_P221 AY5 THR R 210 ? CYS R 218 ? THR Z 210 CYS Z 218 1 ? 9 HELX_P HELX_P222 AY6 SER S 16 ? ALA S 31 ? SER c 16 ALA c 31 1 ? 16 HELX_P HELX_P223 AY7 GLU S 35 ? SER S 44 ? GLU c 35 SER c 44 1 ? 10 HELX_P HELX_P224 AY8 THR S 48 ? THR S 58 ? THR c 48 THR c 58 1 ? 11 HELX_P HELX_P225 AY9 HIS S 62 ? HIS S 84 ? HIS c 62 HIS c 84 1 ? 23 HELX_P HELX_P226 AZ1 ARG S 100 ? ALA S 105 ? ARG c 100 ALA c 105 1 ? 6 HELX_P HELX_P227 AZ2 THR S 110 ? HIS S 120 ? THR c 110 HIS c 120 1 ? 11 HELX_P HELX_P228 AZ3 PRO S 125 ? SER S 146 ? 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PRO f 160 GLU f 175 1 ? 16 HELX_P HELX_P243 BA9 SER T 178 ? ASN T 193 ? SER f 178 ASN f 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P244 BB1 ASN T 195 ? LEU T 205 ? ASN f 195 LEU f 205 1 ? 11 HELX_P HELX_P245 BB2 THR T 210 ? CYS T 218 ? 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ASN 121 R PRO 122 D ? PRO 122 R 1 -8.31 5 ASN 121 E . ? ASN 121 S PRO 122 E ? PRO 122 S 1 -8.11 6 ASN 121 F . ? ASN 121 T PRO 122 F ? PRO 122 T 1 -8.29 7 ASN 121 G . ? ASN 121 P PRO 122 G ? PRO 122 P 1 -0.44 8 ASN 121 H . ? ASN 121 Q PRO 122 H ? PRO 122 Q 1 -0.40 9 ASN 121 I . ? ASN 121 M PRO 122 I ? PRO 122 M 1 -0.44 10 ASN 121 J . ? ASN 121 N PRO 122 J ? PRO 122 N 1 -0.41 11 ASN 121 K . ? ASN 121 O PRO 122 K ? PRO 122 O 1 -0.32 12 ASN 121 L . ? ASN 121 G PRO 122 L ? PRO 122 G 1 -8.30 13 ASN 121 M . ? ASN 121 d PRO 122 M ? PRO 122 d 1 -8.06 14 ASN 121 N . ? ASN 121 g PRO 122 N ? PRO 122 g 1 -8.18 15 ASN 121 O . ? ASN 121 b PRO 122 O ? PRO 122 b 1 -8.17 16 ASN 121 P . ? ASN 121 e PRO 122 P ? PRO 122 e 1 -8.17 17 ASN 121 Q . ? ASN 121 h PRO 122 Q ? PRO 122 h 1 -8.03 18 ASN 121 R . ? ASN 121 Z PRO 122 R ? PRO 122 Z 1 -8.25 19 ASN 121 S . ? ASN 121 c PRO 122 S ? PRO 122 c 1 -8.19 20 ASN 121 T . ? ASN 121 f PRO 122 T ? 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N VAL A 3 O VAL A 11 ? O VAL A 11 AA2 1 2 N VAL B 3 ? N VAL B 3 O VAL B 11 ? O VAL B 11 AA3 1 2 N VAL C 3 ? N VAL F 3 O VAL C 11 ? O VAL F 11 AA4 1 2 N VAL D 3 ? N VAL R 3 O VAL D 11 ? O VAL R 11 AA5 1 2 N VAL E 3 ? N VAL S 3 O VAL E 11 ? O VAL S 11 AA6 1 2 N VAL F 3 ? N VAL T 3 O VAL F 11 ? O VAL T 11 AA7 1 2 N VAL G 3 ? N VAL P 3 O VAL G 11 ? O VAL P 11 AA8 1 2 N VAL H 3 ? N VAL Q 3 O VAL H 11 ? O VAL Q 11 AA9 1 2 N VAL I 3 ? N VAL M 3 O VAL I 11 ? O VAL M 11 AB1 1 2 N VAL J 3 ? N VAL N 3 O VAL J 11 ? O VAL N 11 AB2 1 2 N VAL K 3 ? N VAL O 3 O VAL K 11 ? O VAL O 11 AB3 1 2 N VAL L 3 ? N VAL G 3 O VAL L 11 ? O VAL G 11 AB4 1 2 N VAL M 3 ? N VAL d 3 O VAL M 11 ? O VAL d 11 AB5 1 2 N VAL N 3 ? N VAL g 3 O VAL N 11 ? O VAL g 11 AB6 1 2 N VAL O 3 ? N VAL b 3 O VAL O 11 ? O VAL b 11 AB7 1 2 N VAL P 3 ? N VAL e 3 O VAL P 11 ? O VAL e 11 AB8 1 2 N VAL Q 3 ? N VAL h 3 O VAL Q 11 ? O VAL h 11 AB9 1 2 N VAL R 3 ? N VAL Z 3 O VAL R 11 ? O VAL Z 11 AC1 1 2 N VAL S 3 ? N VAL c 3 O VAL S 11 ? 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Tomograms were reconstructed using IMOD. ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 2.2 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower 0 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? IMOD ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? MDFF ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? NAMD ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? AV3 ? 1 ? ? 13 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 'TOM Toolbox' ? 1 ? ? 14 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 15 RECONSTRUCTION ? AV3 ? 1 ? ? 16 RECONSTRUCTION ? 'TOM Toolbox' ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'Viral particles were purified from cell culture supernatant by iodixanol gradient centrifugation.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 9606 _em_virus_natural_host.organism 'Homo sapiens' _em_virus_natural_host.strain ? # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details 'Subtomograms were extracted in the pentamerically-coordinated positions of the mature CA hexameric lattice.' _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 103 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 2191 _em_volume_selection.reference_model 'reference free' # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'German Research Foundation' Germany 'BR 3635/2-1' 1 'German Research Foundation' Germany 'KR 906/7-1' 2 #