data_5MPS # _entry.id 5MPS # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.333 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 5MPS WWPDB D_1200002805 EMDB EMD-3539 # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of a spliceosome remodeled for exon ligation' _pdbx_database_related.db_id EMD-3539 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 5MPS _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2016-12-18 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Fica, S.M.' 1 ? 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US ? ? 1 Science SCIEAS 0038 1095-9203 ? ? 349 ? 1191 1198 'Structural basis of pre-mRNA splicing.' 2015 ? 10.1126/science.aac8159 26292705 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 2 Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 523 ? 47 52 'The architecture of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP.' 2015 ? 10.1038/nature14548 26106855 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 3 Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 530 ? 298 302 'Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 A resolution.' 2016 ? 10.1038/nature16940 26829225 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 4 Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 537 ? 197 201 'Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.' 2016 ? 10.1038/nature19316 27459055 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Fica, S.M.' 1 ? primary 'Oubridge, C.' 2 ? primary 'Galej, W.P.' 3 ? primary 'Wilkinson, M.E.' 4 ? primary 'Bai, X.C.' 5 ? primary 'Newman, A.J.' 6 ? primary 'Nagai, K.' 7 ? 1 'Hang, J.' 8 ? 1 'Wan, R.' 9 ? 1 'Yan, C.' 10 ? 1 'Shi, Y.' 11 ? 2 'Nguyen, T.H.' 12 ? 2 'Galej, W.P.' 13 ? 2 'Bai, X.C.' 14 ? 2 'Savva, C.G.' 15 ? 2 'Newman, A.J.' 16 ? 2 'Scheres, S.H.' 17 ? 2 'Nagai, K.' 18 ? 3 'Nguyen, T.H.' 19 ? 3 'Galej, W.P.' 20 ? 3 'Bai, X.C.' 21 ? 3 'Oubridge, C.' 22 ? 3 'Newman, A.J.' 23 ? 3 'Scheres, S.H.' 24 ? 3 'Nagai, K.' 25 ? 4 'Galej, W.P.' 26 ? 4 'Wilkinson, M.E.' 27 ? 4 'Fica, S.M.' 28 ? 4 'Oubridge, C.' 29 ? 4 'Newman, A.J.' 30 ? 4 'Nagai, K.' 31 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 5MPS _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.000 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.000 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.000 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5MPS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Yeast UBC4 gene for ubiquitin-conjugating enzyme' 30200.730 1 ? ? ? 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UUGGUCUACAAUAAGAGUGUUCCAUUGUUAACGUGCUGGCGUCUUUUACUAUAUUUUUUUUCCCAGUUUAUUUUGUGCUU AUUUUCUCAUUGAGGAGAAGGAGCUCUUCUCGCAGGAUAUAAAUGGAGGUUUGCUAAAGGGGAGGAGAUGUGUUUGUGAG AAUACUGCUGAGAGAGUUCUGGAAGAGAAAAAAAGGAGGCAAUGGAAGGCGUUUGCUGGGAAAAGAGAAGAGCCAUGACU GCAUCUGUUGUUUCAAGGCCAGUUUUAUUAACCGCCUAUGUCAUAGAGGCGUUUUUUUUGGAGGGAUUUGAAGAAUGCCG GCGGCAUCAAGAAACGGACUUGAUGGUUGACGCCUGUUUUUAAAGUUAGAGACGUCGCGACCCUCGCACUUGUGGAGUCG UUCUUGACUUUUACUUUGGUCGCUUGAUGUUUCUCUCGUCUUCCCGUUCGCUCUU ; ;ACGAAUCUCUUUGCCUUUUGGCUUAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUUUCAGUGUAACAACUGAAAUGACCUCAAUGAG GCUCAUUACCUUUUAAUUUGUUACAAUACACAUUUUUUGGCACCCAAAAUAAUAAAAUGGACGGGAAGAGACUUUUUAAG CAAGUUGUUUUCCGCUAAUGUCAGGUCUCACUACUUUUUGCUGCUAUUUUUCUUCGCUCAUGGUUUCUUCAUAAGGCGUU UUUAUGAUGGUUUUUCGAAAUUGGUUUUUGAGACGACGGUUGCUCAAGGUUAUUGUUUUUGUUUUCUUCUGGUUGUUUUC UAUUUUCUUUUUUUUAGCUUUCUGUUUCUCCCUUAGUUUGGCUUUUUGCUUCAUACUCUUCCCUGUCUUUCCGAGCCGUU UAUGUCCAACGCGGGAUUUGGUUUUUCUUUAUCGAUGGGAAGAAAUGGUGCUAUAGUAGGUUGGGAGAUAAUAUUUAUGG UAUGGGGUGCUAGUGCGGAUGGGGCGCUCUUAUUGUUGAUUUCUUCGCUCGUCUUCUUUUUCUGGUGGCGCUGCAAGAGG AAGUUUUUCGACUUUGUUAUGAUUUUUGGUUUGCAAGGAAAGGUGUCUUACGAUUCUUUUUUUGAUGUAAUAGGAUAAGC UUGCUUAUCCCCCAAGUAUCGGCCAAAGUUGUUGAUUUUCCUUUUGAAGUGUCCUCGGUUUGAGGGGGUGUAGGGUGGGG UUGGUCUACAAUAAGAGUGUUCCAUUGUUAACGUGCUGGCGUCUUUUACUAUAUUUUUUUUCCCAGUUUAUUUUGUGCUU AUUUUCUCAUUGAGGAGAAGGAGCUCUUCUCGCAGGAUAUAAAUGGAGGUUUGCUAAAGGGGAGGAGAUGUGUUUGUGAG AAUACUGCUGAGAGAGUUCUGGAAGAGAAAAAAAGGAGGCAAUGGAAGGCGUUUGCUGGGAAAAGAGAAGAGCCAUGACU GCAUCUGUUGUUUCAAGGCCAGUUUUAUUAACCGCCUAUGUCAUAGAGGCGUUUUUUUUGGAGGGAUUUGAAGAAUGCCG GCGGCAUCAAGAAACGGACUUGAUGGUUGACGCCUGUUUUUAAAGUUAGAGACGUCGCGACCCUCGCACUUGUGGAGUCG UUCUUGACUUUUACUUUGGUCGCUUGAUGUUUCUCUCGUCUUCCCGUUCGCUCUU ; 2 ? 4 polyribonucleotide no no ;GUUCGCGAAGUAACCCUUCGUGGACAUUUGGUCAAUUUGAAACAAUACAGAGAUGAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGAU GAACCGUUUUACAAAGAGAUUUAUUUCGUUUU ; ;GUUCGCGAAGUAACCCUUCGUGGACAUUUGGUCAAUUUGAAACAAUACAGAGAUGAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGAU GAACCGUUUUACAAAGAGAUUUAUUUCGUUUU ; 6 ? 5 polyribonucleotide no no ;AAGCAGCUUUACAGAUCAAUGGCGGAGGGAGGUCAACAUCAAGAACUGUGGGCCUUUUAUUGCCUAUAGAACUUAUAACG AACAUGGUUCUUGCCUUUUACCAGAACCAUCCGGGUGUUGUCUCCAUAGAAACAGGUAAAGCUGUCCGUUACUGUGGGCU UGCCAUAUUUUUUGGAACU ; ;AAGCAGCUUUACAGAUCAAUGGCGGAGGGAGGUCAACAUCAAGAACUGUGGGCCUUUUAUUGCCUAUAGAACUUAUAACG AACAUGGUUCUUGCCUUUUACCAGAACCAUCCGGGUGUUGUCUCCAUAGAAACAGGUAAAGCUGUCCGUUACUGUGGGCU UGCCAUAUUUUUUGGAACU ; 5 ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSGLPPPPPGFEEDSDLALPPPPPPPPGYEIEELDNPMVPSSVNEDTFLPPPPPPPSNFEINAEEIVDFTLPPPPPPPGL DELETKAEKKVELHGKRKLDIGKDTFVTRKSRKRAKKMTKKAKRSNLYTPKAEMPPEHLRKIINTHSDMASKMYNTDKKA FLGALKYLPHAILKLLENMPHPWEQAKEVKVLYHTSGAITFVNETPRVIEPVYTAQWSATWIAMRREKRDRTHFKRMRFP PFDDDEPPLSYEQHIENIEPLDPINLPLDSQDDEYVKDWLYDSRPLEEDSKKVNGTSYKKWSFDLPEMSNLYRLSTPLRD EVTDKNYYYLFDKKSFFNGKALNNAIPGGPKFEPLYPREEEEDYNEFNSIDRVIFRVPIRSEYKVAFPHLYNSRPRSVRI PWYNNPVSCIIQNDEEYDTPALFFDPSLNPIPHFIDNNSSLNVSNTKENGDFTLPEDFAPLLAEEEELILPNTKDAMSLY HSPFPFNRTKGKMVRAQDVALAKKWFLQHPDEEYPVKVKVSYQKLLKNYVLNELHPTLPTNHNKTKLLKSLKNTKYFQQT 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LKMKKVLESNMLIDSASVSHEEGNINFVAAATSHAPNSHTLTQSTSSYSINPDEIELDIXXXXXXXXXXXXXXXXXX ; T ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MDLDLASILKGEISKKKKELANSKGVQPPCTEKFQPHESANIDETPRQVEQESTDEENLSDNQSDDIRTTISKLENRPER IQEAIAQDKTISVIIDPSQIGSTEGKPLLSMKCNLYIHEILSRWKASLEAYHPELFLDTKKALFPLLLQLRRNQLAPDLL ISLATVLYHLQQPKEINLAVQSYMKLSIGNVAWPIGVTSVGIHARSAHSKIQGGRNAANIMIDERTRLWITSIKRLITFE EWYTSNHDSLA ; ;MDLDLASILKGEISKKKKELANSKGVQPPCTEKFQPHESANIDETPRQVEQESTDEENLSDNQSDDIRTTISKLENRPER IQEAIAQDKTISVIIDPSQIGSTEGKPLLSMKCNLYIHEILSRWKASLEAYHPELFLDTKKALFPLLLQLRRNQLAPDLL ISLATVLYHLQQPKEINLAVQSYMKLSIGNVAWPIGVTSVGIHARSAHSKIQGGRNAANIMIDERTRLWITSIKRLITFE EWYTSNHDSLA ; a ? 20 'polypeptide(L)' no no ;MNNNSRNNENRSTINRNKRQLQQAKEKNENIHIPRYIRNQPWYYKDTPKEQEGKKPGNDDTSTAEGGEKSDYLVHHRQKA KGGALDIDNNSEPKIGMGIKDEFKLIRPQKMSVRDSHSLSFCRNCGEAGHKEKDCMEKPRKMQKLVPDLNSQKNNGTVLV RATDDDWDSRKDRWYGYSGKEYNELISKWERDKRNKIKGKDKSQTDETLWDTDEEIELMKLELYKDSVGSLKKDDADNSQ LYRTSTRLREDKAAYLNDINSTESNYDPKSRLYKTETLGAVDEKSKMFRRHLTGEGLKLNELNQFARSHAKEMGIRDEIE DKEKVQHVLVANPTKYEYLKKKREQEETKQPKIVSIGDLEARKVDGTKQSEEQRNHLKDLYG ; ;MNNNSRNNENRSTINRNKRQLQQAKEKNENIHIPRYIRNQPWYYKDTPKEQEGKKPGNDDTSTAEGGEKSDYLVHHRQKA KGGALDIDNNSEPKIGMGIKDEFKLIRPQKMSVRDSHSLSFCRNCGEAGHKEKDCMEKPRKMQKLVPDLNSQKNNGTVLV RATDDDWDSRKDRWYGYSGKEYNELISKWERDKRNKIKGKDKSQTDETLWDTDEEIELMKLELYKDSVGSLKKDDADNSQ LYRTSTRLREDKAAYLNDINSTESNYDPKSRLYKTETLGAVDEKSKMFRRHLTGEGLKLNELNQFARSHAKEMGIRDEIE DKEKVQHVLVANPTKYEYLKKKREQEETKQPKIVSIGDLEARKVDGTKQSEEQRNHLKDLYG ; c ? 21 'polypeptide(L)' no no ;MGLVDGYDTSSDSDLNFDEGKSVHEKKNGNLHEDTSYEPSSNNIHKRKSHFTKSELKRRRKTRKGDGPWGSWSSSDDETS QASETQKEDQDIFVHALAEDNLDSEQIEVEEVSHFYGKSEKDYQGRGYLYPPNDVDVDLREERISFRCYLPKKVIRNYPG HPEGTTALKFLPKTGHLILSGGNDHTIKIWDFYHDYECLRDFQGHNKPIKALRFTEDCQSFLSSSFDRSVKIWDTETGKV KTRLHLNSTPADVESRPTNPHEFIVGLSNSKILHYDDRVSENQGLVQTYDHHLSSILALKYFPDGSKFISSSEDKTVRIW ENQINVPIKQISDTAQHSMPFLNVHPSQNYFCAQSMDNRIYSFSLKPKYKRHPKKIFKGHSSAGYGISLAFSGDGRYICS GDSKSRLFTWDWNTSRLLNNIKIPGNKPITQVDWHPQETSKVICSGAAGKIYVCD ; ;MGLVDGYDTSSDSDLNFDEGKSVHEKKNGNLHEDTSYEPSSNNIHKRKSHFTKSELKRRRKTRKGDGPWGSWSSSDDETS QASETQKEDQDIFVHALAEDNLDSEQIEVEEVSHFYGKSEKDYQGRGYLYPPNDVDVDLREERISFRCYLPKKVIRNYPG HPEGTTALKFLPKTGHLILSGGNDHTIKIWDFYHDYECLRDFQGHNKPIKALRFTEDCQSFLSSSFDRSVKIWDTETGKV KTRLHLNSTPADVESRPTNPHEFIVGLSNSKILHYDDRVSENQGLVQTYDHHLSSILALKYFPDGSKFISSSEDKTVRIW ENQINVPIKQISDTAQHSMPFLNVHPSQNYFCAQSMDNRIYSFSLKPKYKRHPKKIFKGHSSAGYGISLAFSGDGRYICS GDSKSRLFTWDWNTSRLLNNIKIPGNKPITQVDWHPQETSKVICSGAAGKIYVCD ; o ? 22 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX X ? 23 'polypeptide(L)' no no ;MDFYKLDEKLKELKRKRVDVSIKSRKLADREIQEVSANRKPRVYSMEDVNDADESVGDTESPEKEKAFHYTVQEYDAWER RHPQGKTGQSQRGGISYDQLAKLSYEKTLRNLATQTQNSSKQDSSADEEDNKNVPKKGRIGKVQKDTKTGKITIADDDKL VNKLAVSLQSESKKRYEARKRQMQNAKTLYGVESFINDKNKQFNEKLSRESKGSE ; ;MDFYKLDEKLKELKRKRVDVSIKSRKLADREIQEVSANRKPRVYSMEDVNDADESVGDTESPEKEKAFHYTVQEYDAWER RHPQGKTGQSQRGGISYDQLAKLSYEKTLRNLATQTQNSSKQDSSADEEDNKNVPKKGRIGKVQKDTKTGKITIADDDKL VNKLAVSLQSESKKRYEARKRQMQNAKTLYGVESFINDKNKQFNEKLSRESKGSE ; y ? 24 'polypeptide(L)' no no ;MSKIQVAHSSRLANLIDYKLRVLTQDGRVYIGQLMAFDKHMNLVLNECIEERVPKTQLDKLRPRKDSKDGTTLNIKVEKR VLGLTILRGEQILSTVVEDKPLLSKKERLVRDKKEKKQAQKQTKLRKEKEKKPGKIAKPNTANAKHTSSNSREIAQPSSS RYNGGNDNIGANRSRFNNEAPPQTRKFQPPPGFKRK ; ;MSKIQVAHSSRLANLIDYKLRVLTQDGRVYIGQLMAFDKHMNLVLNECIEERVPKTQLDKLRPRKDSKDGTTLNIKVEKR VLGLTILRGEQILSTVVEDKPLLSKKERLVRDKKEKKQAQKQTKLRKEKEKKPGKIAKPNTANAKHTSSNSREIAQPSSS RYNGGNDNIGANRSRFNNEAPPQTRKFQPPPGFKRK ; b ? 25 'polypeptide(L)' no no ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; d ? 26 'polypeptide(L)' no no ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; e ? 27 'polypeptide(L)' no no ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; f ? 28 'polypeptide(L)' no no MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI g ? 29 'polypeptide(L)' no no ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; h ? 30 'polypeptide(L)' no no ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; j ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 G n 1 2 U n 1 3 A n 1 4 U n 1 5 G n 1 6 U n 1 7 C n 1 8 U n 1 9 A n 1 10 A n 1 11 A n 1 12 G n 1 13 U n 1 14 U n 1 15 A n 1 16 U n 1 17 G n 1 18 G n 1 19 C n 1 20 C n 1 21 A n 1 22 C n 1 23 G n 1 24 U n 1 25 U n 1 26 U n 1 27 C n 1 28 A n 1 29 A n 1 30 A n 1 31 U n 1 32 G n 1 33 C n 1 34 G n 1 35 U n 1 36 G n 1 37 C n 1 38 U n 1 39 U n 1 40 U n 1 41 U n 1 42 U n 1 43 U n 1 44 U n 1 45 U n 1 46 U n 1 47 A n 1 48 A n 1 49 A n 1 50 A n 1 51 C n 1 52 U n 1 53 U n 1 54 A n 1 55 U n 1 56 G n 1 57 C n 1 58 U n 1 59 C n 1 60 U n 1 61 U n 1 62 A n 1 63 U n 1 64 U n 1 65 U n 1 66 A n 1 67 C n 1 68 U n 1 69 A n 1 70 A n 1 71 C n 1 72 A n 1 73 A n 1 74 A n 1 75 A n 1 76 U n 1 77 C n 1 78 A n 1 79 A n 1 80 C n 1 81 A n 1 82 U n 1 83 G n 1 84 C n 1 85 U n 1 86 A n 1 87 U n 1 88 U n 1 89 G n 1 90 A n 1 91 A n 1 92 C n 1 93 U n 1 94 A n 1 95 G n 2 1 G n 2 2 A n 2 3 A n 2 4 G n 2 5 U n 2 6 A n 2 7 A n 2 8 G n 2 9 U n 2 10 G n 2 11 A n 2 12 U n 2 13 C n 2 14 U n 2 15 A n 2 16 G n 2 17 A n 2 18 A n 2 19 A n 2 20 G n 3 1 A n 3 2 C n 3 3 G n 3 4 A n 3 5 A n 3 6 U n 3 7 C n 3 8 U n 3 9 C n 3 10 U n 3 11 U n 3 12 U n 3 13 G n 3 14 C n 3 15 C n 3 16 U n 3 17 U n 3 18 U n 3 19 U n 3 20 G n 3 21 G n 3 22 C n 3 23 U n 3 24 U n 3 25 A n 3 26 G n 3 27 A n 3 28 U n 3 29 C n 3 30 A n 3 31 A n 3 32 G n 3 33 U n 3 34 G n 3 35 U n 3 36 A n 3 37 G n 3 38 U n 3 39 A n 3 40 U n 3 41 C n 3 42 U n 3 43 G n 3 44 U n 3 45 U n 3 46 C n 3 47 U n 3 48 U n 3 49 U n 3 50 U n 3 51 C n 3 52 A n 3 53 G n 3 54 U n 3 55 G n 3 56 U n 3 57 A n 3 58 A n 3 59 C n 3 60 A n 3 61 A n 3 62 C n 3 63 U n 3 64 G n 3 65 A n 3 66 A n 3 67 A n 3 68 U n 3 69 G n 3 70 A n 3 71 C n 3 72 C n 3 73 U n 3 74 C n 3 75 A n 3 76 A n 3 77 U n 3 78 G n 3 79 A n 3 80 G n 3 81 G n 3 82 C n 3 83 U n 3 84 C n 3 85 A n 3 86 U n 3 87 U n 3 88 A n 3 89 C n 3 90 C n 3 91 U n 3 92 U n 3 93 U n 3 94 U n 3 95 A n 3 96 A n 3 97 U n 3 98 U n 3 99 U n 3 100 G n 3 101 U n 3 102 U n 3 103 A n 3 104 C n 3 105 A n 3 106 A n 3 107 U n 3 108 A n 3 109 C n 3 110 A n 3 111 C n 3 112 A n 3 113 U n 3 114 U n 3 115 U n 3 116 U n 3 117 U n 3 118 U n 3 119 G n 3 120 G n 3 121 C n 3 122 A n 3 123 C n 3 124 C n 3 125 C n 3 126 A n 3 127 A n 3 128 A n 3 129 A n 3 130 U n 3 131 A n 3 132 A n 3 133 U n 3 134 A n 3 135 A n 3 136 A n 3 137 A n 3 138 U n 3 139 G n 3 140 G n 3 141 A n 3 142 C n 3 143 G n 3 144 G n 3 145 G n 3 146 A n 3 147 A n 3 148 G n 3 149 A n 3 150 G n 3 151 A n 3 152 C n 3 153 U n 3 154 U n 3 155 U n 3 156 U n 3 157 U n 3 158 A n 3 159 A n 3 160 G n 3 161 C n 3 162 A n 3 163 A n 3 164 G n 3 165 U n 3 166 U n 3 167 G n 3 168 U n 3 169 U n 3 170 U n 3 171 U n 3 172 C n 3 173 C n 3 174 G n 3 175 C n 3 176 U n 3 177 A n 3 178 A n 3 179 U n 3 180 G n 3 181 U n 3 182 C n 3 183 A n 3 184 G n 3 185 G n 3 186 U n 3 187 C n 3 188 U n 3 189 C n 3 190 A n 3 191 C n 3 192 U n 3 193 A n 3 194 C n 3 195 U n 3 196 U n 3 197 U n 3 198 U n 3 199 U n 3 200 G n 3 201 C n 3 202 U n 3 203 G n 3 204 C n 3 205 U n 3 206 A n 3 207 U n 3 208 U n 3 209 U n 3 210 U n 3 211 U n 3 212 C n 3 213 U n 3 214 U n 3 215 C n 3 216 G n 3 217 C n 3 218 U n 3 219 C n 3 220 A n 3 221 U n 3 222 G n 3 223 G n 3 224 U n 3 225 U n 3 226 U n 3 227 C n 3 228 U n 3 229 U n 3 230 C n 3 231 A n 3 232 U n 3 233 A n 3 234 A n 3 235 G n 3 236 G n 3 237 C n 3 238 G n 3 239 U n 3 240 U n 3 241 U n 3 242 U n 3 243 U n 3 244 A n 3 245 U n 3 246 G n 3 247 A n 3 248 U n 3 249 G n 3 250 G n 3 251 U n 3 252 U n 3 253 U n 3 254 U n 3 255 U n 3 256 C n 3 257 G n 3 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29 ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; 1 30 UNP SMD2_YEAST Q06217 ? 30 ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; 1 31 PDB 5MPS 5MPS ? 18 ? 860 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5MPS I 1 ? 95 ? 4718 594 ? 688 ? 1 95 2 2 5MPS E 1 ? 20 ? 5MPS -20 ? -1 ? -20 -1 3 3 5MPS 2 1 ? 1175 ? 536627 2641 ? 1467 ? 1 1175 4 4 5MPS 6 1 ? 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P33334 1 ? 2413 ? 1 2413 7 7 5MPS C 1 ? 1008 ? P36048 1 ? 1008 ? 1 1008 8 8 5MPS H 1 ? 577 ? P53333 1 ? 577 ? 1 577 9 9 5MPS J 1 ? 451 ? Q12417 1 ? 451 ? 1 451 10 10 5MPS K 1 ? 379 ? P28004 1 ? 379 ? 1 379 11 11 5MPS L 1 ? 157 ? P25337 1 ? 157 ? 1 157 12 12 5MPS M 1 ? 339 ? Q12046 1 ? 339 ? 1 339 13 13 5MPS N 1 ? 364 ? P38241 1 ? 364 ? 1 364 14 14 5MPS O 1 ? 590 ? Q03654 1 ? 590 ? 1 590 15 15 5MPS P 1 ? 175 ? Q03772 1 ? 175 ? 1 175 16 16 5MPS R 1 ? 135 ? Q03375 1 ? 135 ? 1 135 17 17 5MPS S 1 ? 687 ? Q12309 1 ? 687 ? 1 687 18 18 5MPS T 1 ? 859 ? Q04048 1 ? 859 ? 1 859 19 19 5MPS a 1 ? 251 ? P33411 1 ? 251 ? 1 251 20 20 5MPS c 1 ? 382 ? Q02775 1 ? 382 ? 1 382 21 21 5MPS o 1 ? 455 ? P40968 1 ? 455 ? 1 455 22 22 5MPS X 1 ? 68 ? 5MPS 4 ? 129 ? 4 129 23 23 5MPS y 1 ? 215 ? P53277 1 ? 215 ? 1 215 24 24 5MPS b 1 ? 196 ? P40018 1 ? 196 ? 1 196 25 25 5MPS d 1 ? 101 ? P43321 1 ? 101 ? 1 101 26 26 5MPS e 1 ? 94 ? Q12330 1 ? 94 ? 1 94 27 27 5MPS f 1 ? 86 ? 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'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 IHP non-polymer . 'INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE' 'MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE; INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE' 'C6 H18 O24 P6' 660.035 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 K non-polymer . 'POTASSIUM ION' ? 'K 1' 39.098 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5MPS _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] 0.00 _refine.aniso_B[1][2] 0.34 _refine.aniso_B[1][3] -0.53 _refine.aniso_B[2][2] -0.26 _refine.aniso_B[2][3] -0.07 _refine.aniso_B[3][3] 0.26 _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 170.644 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.952 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details 'HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS' _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 5MPS _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? 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_refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R 0.868 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 0.020 53354 ? r_bond_other_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.287 1.859 84337 ? r_angle_refined_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.012 3.000 122254 ? r_angle_other_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.753 5.183 6844 ? r_dihedral_angle_1_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 32.320 23.485 2126 ? r_dihedral_angle_2_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 14.397 15.000 8722 ? r_dihedral_angle_3_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 14.129 15.000 340 ? r_dihedral_angle_4_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.083 0.202 9725 ? r_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 0.020 63652 ? r_gen_planes_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 0.020 13902 ? r_gen_planes_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.467 17.899 27134 ? r_mcbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.467 17.898 27133 ? r_mcbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.580 26.797 33767 ? r_mcangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.580 26.798 33768 ? r_mcangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.401 18.173 34084 ? r_scbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.401 18.173 34085 ? r_scbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.749 27.208 50571 ? r_scangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 19.018 ? 122798 ? r_long_range_B_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 19.018 ? 122798 ? r_long_range_B_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_rigid_bond_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_free ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_bonded ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.d_res_high 3.850 _refine_ls_shell.d_res_low 3.950 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 26341 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.599 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? # _struct.entry_id 5MPS _struct.title 'Structure of a spliceosome remodeled for exon ligation' _struct.pdbx_descriptor ;Pre-mRNA-splicing factor 8, Pre-mRNA-splicing factor SNU114, Pre-mRNA-splicing factor CWC22, Pre-mRNA-splicing factor PRP46, Pre-mRNA-processing protein 45, Pre-mRNA-splicing factor BUD31, Pre-mRNA-splicing factor CWC2, Pre-mRNA-splicing factor SLT11, Pre-mRNA-splicing factor CEF1, Pre-mRNA-splicing factor CWC15, Pre-mRNA-splicing factor CWC21, Pre-mRNA-splicing factor CLF1, Pre-mRNA-splicing factor SYF1, Pre-mRNA-splicing factor 18, Pre-mRNA-splicing factor SLU7, Pre-mRNA-processing factor 17, Unknown, Pre-mRNA-splicing factor SYF2, Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3, Small nuclear ribonucleoprotein E, Small nuclear ribonucleoprotein F, Small nuclear ribonucleoprotein G, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5MPS _struct_keywords.text 'pre-mRNA splicing, trans-esterification, lariat intermediate, complex C-star, SPLICING' _struct_keywords.pdbx_keywords SPLICING # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? C C 2 N4 ? ? ? 1_555 D A 103 N1 ? ? 2 C 2 6 A 103 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-A MISPAIR' ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? C G 3 N1 ? ? ? 1_555 D U 102 O2 ? ? 2 G 3 6 U 102 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? C G 3 O6 ? ? ? 1_555 D U 102 N3 ? ? 2 G 3 6 U 102 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? C A 4 N1 ? ? ? 1_555 D U 101 N3 ? ? 2 A 4 6 U 101 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? C A 4 N6 ? ? ? 1_555 D U 101 O4 ? ? 2 A 4 6 U 101 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? C A 5 N1 ? ? ? 1_555 D U 100 N3 ? ? 2 A 5 6 U 100 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? C A 5 N6 ? ? ? 1_555 D U 100 O4 ? ? 2 A 5 6 U 100 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? C U 6 N3 ? ? ? 1_555 D A 99 N1 ? ? 2 U 6 6 A 99 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? C U 6 O4 ? ? ? 1_555 D A 99 N6 ? ? 2 U 6 6 A 99 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? 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_software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name REFMAC _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 5.8.0124 _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.entry_id 5MPS _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details 'Used secondary structure restraints generated in ProSMART and LibG.' _em_3d_fitting.overall_b_value 330 _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Fourier Shell Correlation' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5MPS _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 4 _em_3d_reconstruction.num_particles 65824 _em_3d_reconstruction.resolution 3.85 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? 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An in vitro transcribed yeast UBC4 pre-mRNA substrate (with 2 x MS2 bacteriophage coat protein-binding stem loops at the 5' end and with a 2'-deoxy substitution at the 3'-splice site sequence UAG sequence (UA-2'dG) was pre-bound to an MS2-maltose binding protein fusion protein. This substrate-protein complex was added to the splicing extract. The splicing reaction proceeded through the first step but the second step was blocked by the deoxy substitution. Substrate-bound spliceosomes from the splicing extract were purified on amylose resin and eluted with maltose. Subsequently the spliceosomes were captured on streptactin resin and eluted with desthiobiotin. Purified spliceosomes were concentrated in 20 mM HEPES KOH pH 7.9, 100 mM KCl, 0.25 mM EDTA. ; _em_entity_assembly.name 'Saccharomyces cerevisiae spliceosome. Complex C just after Prp16-mediated remodeling' _em_entity_assembly.source 'MULTIPLE SOURCES' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5MPS _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details 'GIF Quantum energy filter, 20 eV slit width' _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 4500 _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '3.5 microlitres sample were applied to the grid, left for 25 seconds and then blotted for 3.0-3.5 seconds before plunging.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK III' _em_vitrification.entry_id 5MPS _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5MPS _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 N1 5 A 45 ? ? 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Z THR 7 4658 1 Y 1 e LYS 8 ? Z LYS 8 4659 1 Y 1 e ALA 9 ? Z ALA 9 4660 1 Y 1 e ALA 65 ? Z ALA 65 4661 1 Y 1 e ASP 66 ? Z ASP 66 4662 1 Y 1 e GLY 67 ? Z GLY 67 4663 1 Y 1 e LYS 68 ? Z LYS 68 4664 1 Y 1 e GLU 69 ? Z GLU 69 4665 1 Y 1 e ASP 70 ? Z ASP 70 4666 1 Y 1 e VAL 71 ? Z VAL 71 4667 1 Y 1 e GLU 72 ? Z GLU 72 4668 1 Y 1 e ALA 93 ? Z ALA 93 4669 1 Y 1 e ASP 94 ? Z ASP 94 4670 1 Y 1 f MET 1 ? AA MET 1 4671 1 Y 1 f SER 2 ? AA SER 2 4672 1 Y 1 f GLU 3 ? AA GLU 3 4673 1 Y 1 f SER 4 ? AA SER 4 4674 1 Y 1 f SER 5 ? AA SER 5 4675 1 Y 1 f ASP 6 ? AA ASP 6 4676 1 Y 1 f ILE 7 ? AA ILE 7 4677 1 Y 1 f SER 8 ? AA SER 8 4678 1 Y 1 f ALA 9 ? AA ALA 9 4679 1 Y 1 f MET 10 ? AA MET 10 4680 1 Y 1 f GLN 11 ? AA GLN 11 4681 1 Y 1 f LEU 84 ? AA LEU 84 4682 1 Y 1 f PRO 85 ? AA PRO 85 4683 1 Y 1 f ASN 86 ? AA ASN 86 4684 1 Y 1 g MET 1 ? BA MET 1 4685 1 Y 1 g ASN 47 ? BA ASN 47 4686 1 Y 1 g GLY 48 ? BA GLY 48 4687 1 Y 1 g GLU 49 ? BA GLU 49 4688 1 Y 1 g ASP 50 ? BA ASP 50 4689 1 Y 1 g PRO 51 ? BA PRO 51 4690 1 Y 1 g ALA 52 ? BA ALA 52 4691 1 Y 1 g ILE 77 ? BA ILE 77 4692 1 Y 1 h GLN 49 ? CA GLN 49 4693 1 Y 1 h PRO 50 ? CA PRO 50 4694 1 Y 1 h ARG 51 ? CA ARG 51 4695 1 Y 1 h LEU 52 ? CA LEU 52 4696 1 Y 1 h ASN 53 ? CA ASN 53 4697 1 Y 1 h LYS 54 ? CA LYS 54 4698 1 Y 1 h LEU 55 ? CA LEU 55 4699 1 Y 1 h ASN 56 ? CA ASN 56 4700 1 Y 1 h SER 57 ? CA SER 57 4701 1 Y 1 h ASN 58 ? CA ASN 58 4702 1 Y 1 h GLY 59 ? CA GLY 59 4703 1 Y 1 h ILE 60 ? CA ILE 60 4704 1 Y 1 h ALA 61 ? CA ALA 61 4705 1 Y 1 h MET 62 ? CA MET 62 4706 1 Y 1 h ALA 63 ? CA ALA 63 4707 1 Y 1 h SER 64 ? CA SER 64 4708 1 Y 1 h LEU 65 ? CA LEU 65 4709 1 Y 1 h TYR 66 ? CA TYR 66 4710 1 Y 1 h LEU 67 ? CA LEU 67 4711 1 Y 1 h THR 68 ? CA THR 68 4712 1 Y 1 h GLY 69 ? CA GLY 69 4713 1 Y 1 h GLY 70 ? CA GLY 70 4714 1 Y 1 h GLN 71 ? CA GLN 71 4715 1 Y 1 h GLN 72 ? CA GLN 72 4716 1 Y 1 h PRO 73 ? CA PRO 73 4717 1 Y 1 h THR 74 ? CA THR 74 4718 1 Y 1 h ALA 75 ? CA ALA 75 4719 1 Y 1 h GLN 110 ? CA GLN 110 4720 1 Y 1 h LYS 111 ? CA LYS 111 4721 1 Y 1 h GLN 112 ? CA GLN 112 4722 1 Y 1 h LEU 113 ? CA LEU 113 4723 1 Y 1 h ASN 114 ? CA ASN 114 4724 1 Y 1 h SER 115 ? CA SER 115 4725 1 Y 1 h LEU 116 ? CA LEU 116 4726 1 Y 1 h ARG 117 ? CA ARG 117 4727 1 Y 1 h ARG 118 ? CA ARG 118 4728 1 Y 1 h SER 119 ? CA SER 119 4729 1 Y 1 h GLY 120 ? CA GLY 120 4730 1 Y 1 h GLN 121 ? CA GLN 121 4731 1 Y 1 h ILE 122 ? CA ILE 122 4732 1 Y 1 h ALA 123 ? CA ALA 123 4733 1 Y 1 h ASN 124 ? CA ASN 124 4734 1 Y 1 h ASP 125 ? CA ASP 125 4735 1 Y 1 h PRO 126 ? CA PRO 126 4736 1 Y 1 h SER 127 ? CA SER 127 4737 1 Y 1 h LYS 128 ? CA LYS 128 4738 1 Y 1 h LYS 129 ? CA LYS 129 4739 1 Y 1 h ARG 130 ? CA ARG 130 4740 1 Y 1 h ARG 131 ? CA ARG 131 4741 1 Y 1 h ARG 132 ? CA ARG 132 4742 1 Y 1 h ASP 133 ? CA ASP 133 4743 1 Y 1 h PHE 134 ? CA PHE 134 4744 1 Y 1 h GLY 135 ? CA GLY 135 4745 1 Y 1 h ALA 136 ? CA ALA 136 4746 1 Y 1 h PRO 137 ? CA PRO 137 4747 1 Y 1 h ALA 138 ? CA ALA 138 4748 1 Y 1 h ASN 139 ? CA ASN 139 4749 1 Y 1 h LYS 140 ? CA LYS 140 4750 1 Y 1 h ARG 141 ? CA ARG 141 4751 1 Y 1 h PRO 142 ? CA PRO 142 4752 1 Y 1 h ARG 143 ? CA ARG 143 4753 1 Y 1 h ARG 144 ? CA ARG 144 4754 1 Y 1 h GLY 145 ? CA GLY 145 4755 1 Y 1 h LEU 146 ? CA LEU 146 4756 1 Y 1 j MET 1 ? DA MET 1 4757 1 Y 1 j SER 2 ? DA SER 2 4758 1 Y 1 j SER 3 ? DA SER 3 4759 1 Y 1 j GLN 4 ? DA GLN 4 4760 1 Y 1 j ILE 5 ? DA ILE 5 4761 1 Y 1 j ILE 6 ? DA ILE 6 4762 1 Y 1 j ASP 7 ? DA ASP 7 4763 1 Y 1 j ARG 8 ? DA ARG 8 4764 1 Y 1 j PRO 9 ? DA PRO 9 4765 1 Y 1 j LYS 10 ? DA LYS 10 4766 1 Y 1 j HIS 11 ? DA HIS 11 4767 1 Y 1 j GLU 12 ? DA GLU 12 4768 1 Y 1 j LEU 13 ? DA LEU 13 4769 1 Y 1 j SER 14 ? DA SER 14 4770 1 Y 1 j VAL 109 ? DA VAL 109 4771 1 Y 1 j GLU 110 ? DA GLU 110 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 millimolar ? 'Hepes.KOH pH 7.9' 1 2 100 millimolar KCl 'potassium chloride' 1 3 250 micromolar ? EDTA 1 4 1 '% v/v' ? glycerol 1 5 0.0025 '% v/v' ? 'Nonidet P-40 (NP-40)' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 2 _em_image_recording.average_exposure_time 0.8 _em_image_recording.details 'Total dose: 40 electrons/Angstrom^2 over 16 seconds. 20 movie frames collected at 1.25 frames per second.' _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 3596 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Selected initial particles automatically using C complex 2D class averages, low-pass filtered to 20 Angstrom for automatic particle picking. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 350000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 1.4 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ;Paul Emsley's experimental version. ; Coot 0.8.3 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 1.4 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 1.4 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ;Used "SOURCE EM" command to get correct electron form factors for refinement of electron microscopy structure. ; REFMAC 5.8 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5MPS 'double helix' 5MPS 'a-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A U 2 1_555 D A 51 1_555 3.854 -1.764 -1.097 14.591 -6.991 -103.593 1 I_U2:A51_6 I 2 ? 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