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US ? ? 1 Science SCIEAS 0038 1095-9203 ? ? 349 ? 1191 1198 'Structural basis of pre-mRNA splicing.' 2015 ? 10.1126/science.aac8159 26292705 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 2 Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 523 ? 47 52 'The architecture of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP.' 2015 ? 10.1038/nature14548 26106855 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 3 Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 530 ? 298 302 'Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 A resolution.' 2016 ? 10.1038/nature16940 26829225 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 4 Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 537 ? 197 201 'Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.' 2016 ? 10.1038/nature19316 27459055 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Fica, S.M.' 1 ? primary 'Oubridge, C.' 2 ? primary 'Galej, W.P.' 3 ? primary 'Wilkinson, M.E.' 4 ? primary 'Bai, X.C.' 5 ? primary 'Newman, A.J.' 6 ? primary 'Nagai, K.' 7 ? 1 'Hang, J.' 8 ? 1 'Wan, R.' 9 ? 1 'Yan, C.' 10 ? 1 'Shi, Y.' 11 ? 2 'Nguyen, T.H.' 12 ? 2 'Galej, W.P.' 13 ? 2 'Bai, X.C.' 14 ? 2 'Savva, C.G.' 15 ? 2 'Newman, A.J.' 16 ? 2 'Scheres, S.H.' 17 ? 2 'Nagai, K.' 18 ? 3 'Nguyen, T.H.' 19 ? 3 'Galej, W.P.' 20 ? 3 'Bai, X.C.' 21 ? 3 'Oubridge, C.' 22 ? 3 'Newman, A.J.' 23 ? 3 'Scheres, S.H.' 24 ? 3 'Nagai, K.' 25 ? 4 'Galej, W.P.' 26 ? 4 'Wilkinson, M.E.' 27 ? 4 'Fica, S.M.' 28 ? 4 'Oubridge, C.' 29 ? 4 'Newman, A.J.' 30 ? 4 'Nagai, K.' 31 ? # _cell.angle_alpha 90.00 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;GUUCGCGAAGUAACCCUUCGUGGACAUUUGGUCAAUUUGAAACAAUACAGAGAUGAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGAU GAACCGUUUUACAAAGAGAUUUAUUUCGUUUU ; 6 ? 5 polyribonucleotide no no ;AAGCAGCUUUACAGAUCAAUGGCGGAGGGAGGUCAACAUCAAGAACUGUGGGCCUUUUAUUGCCUAUAGAACUUAUAACG AACAUGGUUCUUGCCUUUUACCAGAACCAUCCGGGUGUUGUCUCCAUAGAAACAGGUAAAGCUGUCCGUUACUGUGGGCU UGCCAUAUUUUUUGGAACU ; ;AAGCAGCUUUACAGAUCAAUGGCGGAGGGAGGUCAACAUCAAGAACUGUGGGCCUUUUAUUGCCUAUAGAACUUAUAACG AACAUGGUUCUUGCCUUUUACCAGAACCAUCCGGGUGUUGUCUCCAUAGAAACAGGUAAAGCUGUCCGUUACUGUGGGCU UGCCAUAUUUUUUGGAACU ; 5 ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSGLPPPPPGFEEDSDLALPPPPPPPPGYEIEELDNPMVPSSVNEDTFLPPPPPPPSNFEINAEEIVDFTLPPPPPPPGL DELETKAEKKVELHGKRKLDIGKDTFVTRKSRKRAKKMTKKAKRSNLYTPKAEMPPEHLRKIINTHSDMASKMYNTDKKA FLGALKYLPHAILKLLENMPHPWEQAKEVKVLYHTSGAITFVNETPRVIEPVYTAQWSATWIAMRREKRDRTHFKRMRFP PFDDDEPPLSYEQHIENIEPLDPINLPLDSQDDEYVKDWLYDSRPLEEDSKKVNGTSYKKWSFDLPEMSNLYRLSTPLRD EVTDKNYYYLFDKKSFFNGKALNNAIPGGPKFEPLYPREEEEDYNEFNSIDRVIFRVPIRSEYKVAFPHLYNSRPRSVRI 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LYRTSTRLREDKAAYLNDINSTESNYDPKSRLYKTETLGAVDEKSKMFRRHLTGEGLKLNELNQFARSHAKEMGIRDEIE DKEKVQHVLVANPTKYEYLKKKREQEETKQPKIVSIGDLEARKVDGTKQSEEQRNHLKDLYG ; ;MNNNSRNNENRSTINRNKRQLQQAKEKNENIHIPRYIRNQPWYYKDTPKEQEGKKPGNDDTSTAEGGEKSDYLVHHRQKA KGGALDIDNNSEPKIGMGIKDEFKLIRPQKMSVRDSHSLSFCRNCGEAGHKEKDCMEKPRKMQKLVPDLNSQKNNGTVLV RATDDDWDSRKDRWYGYSGKEYNELISKWERDKRNKIKGKDKSQTDETLWDTDEEIELMKLELYKDSVGSLKKDDADNSQ LYRTSTRLREDKAAYLNDINSTESNYDPKSRLYKTETLGAVDEKSKMFRRHLTGEGLKLNELNQFARSHAKEMGIRDEIE DKEKVQHVLVANPTKYEYLKKKREQEETKQPKIVSIGDLEARKVDGTKQSEEQRNHLKDLYG ; c ? 21 'polypeptide(L)' no no ;MGLVDGYDTSSDSDLNFDEGKSVHEKKNGNLHEDTSYEPSSNNIHKRKSHFTKSELKRRRKTRKGDGPWGSWSSSDDETS QASETQKEDQDIFVHALAEDNLDSEQIEVEEVSHFYGKSEKDYQGRGYLYPPNDVDVDLREERISFRCYLPKKVIRNYPG HPEGTTALKFLPKTGHLILSGGNDHTIKIWDFYHDYECLRDFQGHNKPIKALRFTEDCQSFLSSSFDRSVKIWDTETGKV KTRLHLNSTPADVESRPTNPHEFIVGLSNSKILHYDDRVSENQGLVQTYDHHLSSILALKYFPDGSKFISSSEDKTVRIW ENQINVPIKQISDTAQHSMPFLNVHPSQNYFCAQSMDNRIYSFSLKPKYKRHPKKIFKGHSSAGYGISLAFSGDGRYICS GDSKSRLFTWDWNTSRLLNNIKIPGNKPITQVDWHPQETSKVICSGAAGKIYVCD ; ;MGLVDGYDTSSDSDLNFDEGKSVHEKKNGNLHEDTSYEPSSNNIHKRKSHFTKSELKRRRKTRKGDGPWGSWSSSDDETS QASETQKEDQDIFVHALAEDNLDSEQIEVEEVSHFYGKSEKDYQGRGYLYPPNDVDVDLREERISFRCYLPKKVIRNYPG HPEGTTALKFLPKTGHLILSGGNDHTIKIWDFYHDYECLRDFQGHNKPIKALRFTEDCQSFLSSSFDRSVKIWDTETGKV KTRLHLNSTPADVESRPTNPHEFIVGLSNSKILHYDDRVSENQGLVQTYDHHLSSILALKYFPDGSKFISSSEDKTVRIW ENQINVPIKQISDTAQHSMPFLNVHPSQNYFCAQSMDNRIYSFSLKPKYKRHPKKIFKGHSSAGYGISLAFSGDGRYICS GDSKSRLFTWDWNTSRLLNNIKIPGNKPITQVDWHPQETSKVICSGAAGKIYVCD ; o ? 22 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX X ? 23 'polypeptide(L)' no no ;MDFYKLDEKLKELKRKRVDVSIKSRKLADREIQEVSANRKPRVYSMEDVNDADESVGDTESPEKEKAFHYTVQEYDAWER RHPQGKTGQSQRGGISYDQLAKLSYEKTLRNLATQTQNSSKQDSSADEEDNKNVPKKGRIGKVQKDTKTGKITIADDDKL VNKLAVSLQSESKKRYEARKRQMQNAKTLYGVESFINDKNKQFNEKLSRESKGSE ; ;MDFYKLDEKLKELKRKRVDVSIKSRKLADREIQEVSANRKPRVYSMEDVNDADESVGDTESPEKEKAFHYTVQEYDAWER RHPQGKTGQSQRGGISYDQLAKLSYEKTLRNLATQTQNSSKQDSSADEEDNKNVPKKGRIGKVQKDTKTGKITIADDDKL VNKLAVSLQSESKKRYEARKRQMQNAKTLYGVESFINDKNKQFNEKLSRESKGSE ; y ? 24 'polypeptide(L)' no no ;MSKIQVAHSSRLANLIDYKLRVLTQDGRVYIGQLMAFDKHMNLVLNECIEERVPKTQLDKLRPRKDSKDGTTLNIKVEKR VLGLTILRGEQILSTVVEDKPLLSKKERLVRDKKEKKQAQKQTKLRKEKEKKPGKIAKPNTANAKHTSSNSREIAQPSSS RYNGGNDNIGANRSRFNNEAPPQTRKFQPPPGFKRK ; ;MSKIQVAHSSRLANLIDYKLRVLTQDGRVYIGQLMAFDKHMNLVLNECIEERVPKTQLDKLRPRKDSKDGTTLNIKVEKR VLGLTILRGEQILSTVVEDKPLLSKKERLVRDKKEKKQAQKQTKLRKEKEKKPGKIAKPNTANAKHTSSNSREIAQPSSS RYNGGNDNIGANRSRFNNEAPPQTRKFQPPPGFKRK ; b,k ? 25 'polypeptide(L)' no no ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; d,n ? 26 'polypeptide(L)' no no ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; e,p ? 27 'polypeptide(L)' no no ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; f,q ? 28 'polypeptide(L)' no no MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI g,r ? 29 'polypeptide(L)' no no ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; h,l ? 30 'polypeptide(L)' no no ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; j,m ? 31 'polypeptide(L)' no no ;MSDISKLIGAIVGSDDPVIIEFVLNIINKSGNLQEFIRNIQKLDAGISYEDSIKMYNAFLGKQEEEKVRNKVKSSPLSQK INQVLKDDVNLDDPVVTEFVLSILNKSKSITEFQEQLNLMQSGLDNETIFKIYQIASPPVMKEEVSVLPSTKIPAKIEAK IEEEVQKIESLDPSPVLHKVYEGKVRNITTFGCFVQIFGTRMKNCDGLVHISEMSDQRTLDPHDVVRQGQHIFVEVIKIQ NNGKISLSMKNIDQHSGEIRKRNTESVEDRGRSNDAHTSRNMKNKIKRRALTSPERWEIRQLIASGAASIDDYPELKDEI PINTSYLTAKRDDGSIVNGNTEKVDSKLEEQQRDETDEIDVELNTDDGPKFLKDQQVKGAKKYEMPKITKVPRGFMNRSA INGSNAIRDHREEKLRKKREIEQQIRKQQSFDDPTKNKKDSRNEIQMLKNQLIVTEWEKNRMNESISYGKRTSLPISAQR QTLPVYAMRSELIQAVRDNQFLVIVGETGSGKTTQITQYLDEEGFSNYGMIGCTQPRRVAAVSVAKRVAEEVGCKVGHDV GYTIRFEDVTGPDTRIKYMTDGMLQREALLDPEMSKYSVIMLDEAHERTVATDVLFALLKKAAIKRPELKVIVTSATLNS AKFSEYFLNCPIINIPGKTFPVEVLYSQTPQMDYIEAALDCVIDIHINEGPGDILVFLTGQEEIDSCCEILYDRVKTLGD SIGELLILPVYSALPSEIQSKIFEPTPKGSRKVVFATNIAETSITIDGIYYVVDPGFAKINIYNARAGIEQLIVSPISQA QANQRKGRAGRTGPGKCYRLYTESAFYNEMLENTVPEIQRQNLSHTILMLKAMGINDLLKFDFMDPPPKNLMLNALTELY HLQSLDDEGKLTNLGKEMSLFPMDPTLSRSLLSSVDNQCSDEIVTIISMLSVQNVFYRPKDRQLEADSKKAKFHHPYGDH LTLLNVYTRWQQANYSEQYCKTNFLHFRHLKRARDVKSQISMIFKKIGLKLISCHSDPDLIRKTFVSGFFMNAAKRDSQV GYKTINGGTEVGIHPSSSLYGKEYEYVMYHSIVLTSREYMSQVTSIEPQWLLEVAPHFYKAGDAESQSRKKAKIIPLHNK FAKDQNSWRLSSIRQSRERALGIKR ; ;MSDISKLIGAIVGSDDPVIIEFVLNIINKSGNLQEFIRNIQKLDAGISYEDSIKMYNAFLGKQEEEKVRNKVKSSPLSQK INQVLKDDVNLDDPVVTEFVLSILNKSKSITEFQEQLNLMQSGLDNETIFKIYQIASPPVMKEEVSVLPSTKIPAKIEAK IEEEVQKIESLDPSPVLHKVYEGKVRNITTFGCFVQIFGTRMKNCDGLVHISEMSDQRTLDPHDVVRQGQHIFVEVIKIQ NNGKISLSMKNIDQHSGEIRKRNTESVEDRGRSNDAHTSRNMKNKIKRRALTSPERWEIRQLIASGAASIDDYPELKDEI PINTSYLTAKRDDGSIVNGNTEKVDSKLEEQQRDETDEIDVELNTDDGPKFLKDQQVKGAKKYEMPKITKVPRGFMNRSA INGSNAIRDHREEKLRKKREIEQQIRKQQSFDDPTKNKKDSRNEIQMLKNQLIVTEWEKNRMNESISYGKRTSLPISAQR QTLPVYAMRSELIQAVRDNQFLVIVGETGSGKTTQITQYLDEEGFSNYGMIGCTQPRRVAAVSVAKRVAEEVGCKVGHDV GYTIRFEDVTGPDTRIKYMTDGMLQREALLDPEMSKYSVIMLDEAHERTVATDVLFALLKKAAIKRPELKVIVTSATLNS AKFSEYFLNCPIINIPGKTFPVEVLYSQTPQMDYIEAALDCVIDIHINEGPGDILVFLTGQEEIDSCCEILYDRVKTLGD SIGELLILPVYSALPSEIQSKIFEPTPKGSRKVVFATNIAETSITIDGIYYVVDPGFAKINIYNARAGIEQLIVSPISQA QANQRKGRAGRTGPGKCYRLYTESAFYNEMLENTVPEIQRQNLSHTILMLKAMGINDLLKFDFMDPPPKNLMLNALTELY HLQSLDDEGKLTNLGKEMSLFPMDPTLSRSLLSSVDNQCSDEIVTIISMLSVQNVFYRPKDRQLEADSKKAKFHHPYGDH LTLLNVYTRWQQANYSEQYCKTNFLHFRHLKRARDVKSQISMIFKKIGLKLISCHSDPDLIRKTFVSGFFMNAAKRDSQV GYKTINGGTEVGIHPSSSLYGKEYEYVMYHSIVLTSREYMSQVTSIEPQWLLEVAPHFYKAGDAESQSRKKAKIIPLHNK FAKDQNSWRLSSIRQSRERALGIKR ; V ? 32 'polypeptide(L)' no no ;MKFTPSIVIDAPQYYVDHFNGKYNVDKCVILRDLQLETDSESMPSSLKHLTKPTHILDLTNNDLIMIPDLSRRDDIHTLL LGRNNIVEVDGRLLPMNVQNLTLSNNSIRRFEDLQRLRRAPRTLKNLTLIGNQVCHLANYREHVLRLVPHLETLDFQNVT AEERKSAMSFPRQADGDTLGPVNTAIRDNGSRDKTMEIMNLVVSKMTVERRNELKKQLAEATSLEEIARLEKLLSGGV ; ;MKFTPSIVIDAPQYYVDHFNGKYNVDKCVILRDLQLETDSESMPSSLKHLTKPTHILDLTNNDLIMIPDLSRRDDIHTLL LGRNNIVEVDGRLLPMNVQNLTLSNNSIRRFEDLQRLRRAPRTLKNLTLIGNQVCHLANYREHVLRLVPHLETLDFQNVT AEERKSAMSFPRQADGDTLGPVNTAIRDNGSRDKTMEIMNLVVSKMTVERRNELKKQLAEATSLEEIARLEKLLSGGV ; W ? 33 'polypeptide(L)' no no ;MVEPARKKQRIDRDTHHTVAEPVTEAKNTLYVSQLNEKINMQRLRVNLFLLFATFGEVLKVSMNFKKQRGQAFITMRTID QASLAQISLNGERFFGKPLKVEFSKSETKTL ; ;MVEPARKKQRIDRDTHHTVAEPVTEAKNTLYVSQLNEKINMQRLRVNLFLLFATFGEVLKVSMNFKKQRGQAFITMRTID QASLAQISLNGERFFGKPLKVEFSKSETKTL ; Y ? 34 polyribonucleotide no no UUU UUU 3 ? 35 'polypeptide(L)' no no ;MDGLSFVDKGKIPDGYKNEIDQLVKKEFANIKREPVHPEIRGILAKRKGADNSVSTLTNALYTEYLKQRNNKKRRTPDFN DDDDTLFLEEYRRKYPRIDTSRYIPNESSEVSLLGIVDSYLKHQEIVLDTLLPQTVSNQWRINNDYIRQTCTIVEEMNIQ QRKQINDLEIYRKRL ; ;MDGLSFVDKGKIPDGYKNEIDQLVKKEFANIKREPVHPEIRGILAKRKGADNSVSTLTNALYTEYLKQRNNKKRRTPDFN DDDDTLFLEEYRRKYPRIDTSRYIPNESSEVSLLGIVDSYLKHQEIVLDTLLPQTVSNQWRINNDYIRQTCTIVEEMNIQ QRKQINDLEIYRKRL ; s ? 36 'polypeptide(L)' no no ;MLCAISGKVPRRPVLSPKSRTIFEKSLLEQYVKDTGNDPITNEPLSIEEIVEIVPSAQQASLTESTNSATLKANYSIPNL LTSLQNEWDAIMLENFKLRSTLDSLTKKLSTVMYERDAAKLVAAQLLMEKNEDSKDLPKSSQQAVAITREEFLQGLLQSS RDFVARGKLKAPKWPILKNLELLQAQNYSRNIKTFPYKELNKSMYYDKWVCMCRCEDGALHFTQLKDSKTITTITTPNPR TGGEHPAIISRGPCNRLLLLYPGNQITILDSKTNKVLREIEVDSANEIIYMYGHNEVNTEYFIWADNRGTIGFQSYEDDS QYIVHSAKSDVEYSSGVLHKDSLLLALYSPDGILDVYNLSSPDQASSRFPVDEEAKIKEVKFADNGYWMVVECDQTVVCF DLRKDVGTLAYPTYTIPEFKTGTVTYDIDDSGKNMIAYSNESNSLTIYKFDKKTKNWTKDEESALCLQSDTADFTDMDVV CGDGGIAAILKTNDSFNIVALTP ; ;MLCAISGKVPRRPVLSPKSRTIFEKSLLEQYVKDTGNDPITNEPLSIEEIVEIVPSAQQASLTESTNSATLKANYSIPNL LTSLQNEWDAIMLENFKLRSTLDSLTKKLSTVMYERDAAKLVAAQLLMEKNEDSKDLPKSSQQAVAITREEFLQGLLQSS RDFVARGKLKAPKWPILKNLELLQAQNYSRNIKTFPYKELNKSMYYDKWVCMCRCEDGALHFTQLKDSKTITTITTPNPR TGGEHPAIISRGPCNRLLLLYPGNQITILDSKTNKVLREIEVDSANEIIYMYGHNEVNTEYFIWADNRGTIGFQSYEDDS QYIVHSAKSDVEYSSGVLHKDSLLLALYSPDGILDVYNLSSPDQASSRFPVDEEAKIKEVKFADNGYWMVVECDQTVVCF DLRKDVGTLAYPTYTIPEFKTGTVTYDIDDSGKNMIAYSNESNSLTIYKFDKKTKNWTKDEESALCLQSDTADFTDMDVV CGDGGIAAILKTNDSFNIVALTP ; t,u,v,w ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 G n 1 2 U n 1 3 A n 1 4 U n 1 5 G n 1 6 U n 1 7 C n 1 8 U n 1 9 A n 1 10 A n 1 11 A n 1 12 G n 1 13 U n 1 14 U n 1 15 A n 1 16 U n 1 17 G n 1 18 G n 1 19 C n 1 20 C n 1 21 A n 1 22 C n 1 23 G n 1 24 U n 1 25 U n 1 26 U n 1 27 C n 1 28 A n 1 29 A n 1 30 A n 1 31 U n 1 32 G n 1 33 C n 1 34 G n 1 35 U n 1 36 G n 1 37 C n 1 38 U n 1 39 U n 1 40 U n 1 41 U n 1 42 U n 1 43 U n 1 44 U n 1 45 U n 1 46 U n 1 47 A n 1 48 A n 1 49 A n 1 50 A n 1 51 C n 1 52 U n 1 53 U n 1 54 A n 1 55 U n 1 56 G n 1 57 C n 1 58 U n 1 59 C n 1 60 U n 1 61 U n 1 62 A n 1 63 U n 1 64 U n 1 65 U n 1 66 A n 1 67 C n 1 68 U n 1 69 A n 1 70 A n 1 71 C n 1 72 A n 1 73 A n 1 74 A n 1 75 A n 1 76 U n 1 77 C n 1 78 A n 1 79 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10 ;MFSNRLPPPKHSQGRVSTALSSDRVEPAILTDQIAKNVKLDDFIPKRQSNFELSVPLPTKAEIQECTARTKSYIQRLVNA KLANSNNRASSRYVTETHQAPANLLLNNSHHIEVVSKQMDPLLPRFVGKKARKVVAPTENDEVVPVLHMDGSNDRGEADP NEWKIPAAVSNWKNPNGYTVALERRVGKALDNENNTINDGFMKLSEALENADKKARQEIRSKMELKRLAMEQEMLAKESK LKELSQRARYHNGTPQTGAIVKPKKQTSTVARLKELAYSQGRDVSEKIILGAAKRSEQPDLQYDSRFFTRGANASAKRHE DQVYDNPLFVQQDIESIYKTNYEKLDEAVNVKSEGASGSHGPIQFTKAESDDKSDNYGA ; 1 11 UNP BUD31_YEAST P25337 ? 11 ;MPRIKTRRSKPAPDGFEKIKPTLTDFEIQLRDAQKDKSSKLAAKSNEQLWEIMQLHHQRSRYIYTLYYKRKAISKDLYDW LIKEKYADKLLIAKWRKTGYEKLCCLRCIQKNETNNGSTCICRVPRAQLEEEARKKGTQVSFHQCVHCGCRGCASTD ; 1 12 UNP CWC2_YEAST Q12046 ? 12 ;MTSWRDKSAKVQVKESELPSSIPAQTGLTFNIWYNKWSQGFAGNTRFVSPFALQPQLHSGKTRGDNDGQLFFCLFFAKGM CCLGPKCEYLHHIPDEEDIGKLALRTEVLDCFGREKFADYREDMGGIGSFRKKNKTLYVGGIDGALNSKHLKPAQIESRI RFVFSRLGDIDRIRYVESKNCGFVKFKYQANAEFAKEAMSNQTLLLPSDKEWDDRREGTGLLVKWANEDPDPAAQKRLQE ELKLESLNMMVHLINNNTNSAGTEVNNKNNERLDRTFPEASVDNVKKRLLPLDNGMESDDFIEKLKKVKKNISRENISSK PSVGKLGGPLLDYLSSDED ; 1 13 UNP SLT11_YEAST P38241 ? 13 ;MNDEINEPPPNICEQCLGDEANIRMTKIPQGSECKICTLPFTLYHFKTSKRSNNIIKTLICVRCATQRNICQCCMLDSRW HIPIQLRDHLISLVNEENVMTEEAKNDMMKRFLSLKNVKLGGAQITSDPSEADNIVDKLKNILLRATSDGPSTPLIKNTT ALYKNEKGANEVKNLEKYASVDISHILKKLPLNESFLKNPSTKSFFLYNIDASIPEWKITDTVSQLLGIKKWKDGNSLSL IVNHKAKCGGLRFQSSELGERFVSKISETLVTPKGLKRGVLLIDRFRIFIIPWSSGFSAASFGTNTAENIKLSLSLNKLI QLELGLSFPTKSTDNAKNDKKKTSKKVHKDRSKKSKPRANKLTI ; 1 14 UNP CEF1_YEAST Q03654 ? 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17 ;MDTLEPTAVDTHVSAEQILRDVYKKGQKARGSTNIDILDLEELREYQRRKRTEYEGYLKRNRLDMGQWIRYAQFEIEQHD MRRARSIFERALLVDSSFIPLWIRYIDAELKVKCINHARNLMNRAISTLPRVDKLWYKYLIVEESLNNVEIVRSLYTKWC SLEPGVNAWNSFVDFEIRQKNWNGVREIYSKYVMAHPQMQTWLKWVRFENRHGNTEFTRSVYSLAIDTVANLQNLQIWSD MEVAKLVNSFAHWEAAQQEYERSSALYQIAIEKWPSNQLLKAGLLDFEKQFGDINSIEETISYKRKMEYETILSNNAYDY DTWWLYLDLISESFPKQIMQTFEKAIVDSRPKELSKNVQWKRYIYLWMRYICYVELELENSLLEEELFQRLIDDIIPHKH FTFSKIWLMYAKFLIRHDDVPKARKILGKAIGLCPKAKTFKGYIELEVKLKEFDRVRKIYEKFIEFQPSDLQIWSQYGEL EENLGDWDRVRGIYTIALDENSDFLTKEAKIVLLQKYITFETESQEFEKARKLYRRYLELNQYSPQSWIEFAMYQTSTPT EQQLLDLAKLQSENVDEDIEFEITDENKLEARKVFEEAIVFFKEKDDKQGRLSILEALKDYEETYGTELDQETVKKRFPK VIKKVRLQNGVEEEFVDYIFPDDIDDDKPKPSKFLELAKKWKQEQAL ; 1 18 UNP SYF1_YEAST Q04048 ? 18 ;MSAYIAMKGVITNVDENIRNDEDVAFEYEIQKTPQNILTWKRYIEYWKEEGRTDKQIRWLYERFCSQFVTDTSIWEDYIR WESTKEVVETSRIFWLFQRCLKSCVRDCDRICLSYLELAIEQYDLAMIRHALASSLMKMEREMHRKVWDPVIKFVEEKVL PLTQLDSTQEDEEESTDEAELINVLLVKGFTKGGFISEEISENGSRGDIWSSHILERYLKVAPQQKRNESLATLALTRDN ITIKSVYEKYLPQDENSGKYLPSSELPFELNFNYLASLEKLGLDNQYEEFMRQMNGIYPDKWLFLILSLAKYYISRGRLD SCGDLLKKSLQQTLRYSDFDRIYNFYLLFEQECSQFILGKLKENDSKFFNQKDWTEKLQAHMATFESLINLYDIYLNDVA LRQDSNLVETWMKRVSLQKSAAEKCNVYSEAILKIDPRKVGTPGSFGRLWCSYGDLYWRSNAISTARELWTQSLKVPYPY IEDLEEIYLNWADRELDKEGVERAFSILEDALHVPTNPEILLEKYKNGHRKIPAQTVLFNSLRIWSKYIDYLEAYCPKDA NSSDKIFNKTKMAYNTVIDLRLITPAMAENFALFLQNHYEVMESFQVYEKTIPLFPPEIQYELWIEYLEVATSHQLSSLS PEHIRFLFEKALKNLCSNGIDCKTIFIAYSVFEERISGLISKSIEILRRGAVIGTVSVSTHLESRLQLWRMCISKAESTL GPSVTRELYQECIQILPNSKAVEFVIKFSDFESSIGETIRAREILAYGAKLLPPSRNTELWDSFEIFELKHGDKETYKDM LKMKKVLESNMLIDSASVSHEEGNINFVAAATSHAPNSHTLTQSTSSYSINPDEIELDI ; 1 19 PDB 5MQ0 5MQ0 ? 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P32523 1 ? 503 ? 1 503 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 IHP non-polymer . 'INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE' 'MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE; INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE' 'C6 H18 O24 P6' 660.035 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 K non-polymer . 'POTASSIUM ION' ? 'K 1' 39.098 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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K ? ? 6 G 81 6 K 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? ? metalc9 metalc ? ? D G 81 OP1 ? ? ? 1_555 YA K . K ? ? 6 G 81 6 K 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? ? metalc10 metalc ? ? K CYS 104 SG ? ? ? 1_555 BB ZN . ZN ? ? L CYS 104 L ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc11 metalc ? ? K CYS 104 SG ? ? ? 1_555 CB ZN . ZN ? ? L CYS 104 L ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc12 metalc ? ? K CYS 105 SG ? ? ? 1_555 BB ZN . ZN ? ? L CYS 105 L ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? ? metalc13 metalc ? ? K CYS 108 SG ? ? ? 1_555 BB ZN . ZN ? ? L CYS 108 L ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? ? metalc14 metalc ? ? K CYS 108 SG ? ? ? 1_555 DB ZN . ZN ? ? L CYS 108 L ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc15 metalc ? ? K CYS 120 SG ? ? ? 1_555 DB ZN . ZN ? ? L CYS 120 L ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.340 ? ? metalc16 metalc ? ? K CYS 122 SG ? ? ? 1_555 CB ZN . ZN ? ? L CYS 122 L ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc17 metalc ? ? K CYS 122 SG ? ? ? 1_555 DB ZN . ZN ? ? L CYS 122 L ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? ? metalc18 metalc ? ? K CYS 145 SG ? ? ? 1_555 DB ZN . ZN ? ? L CYS 145 L ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? ? metalc19 metalc ? ? K CYS 148 SG ? ? ? 1_555 BB ZN . ZN ? ? L CYS 148 L ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.330 ? ? metalc20 metalc ? ? K CYS 150 SG ? ? ? 1_555 CB ZN . ZN ? ? L CYS 150 L ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? ? metalc21 metalc ? ? K CYS 153 SG ? ? ? 1_555 CB ZN . ZN ? ? L CYS 153 L ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.340 ? ? metalc22 metalc ? ? L CYS 73 SG ? ? ? 1_555 EB ZN . ZN ? ? M CYS 73 M ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc23 metalc ? ? L CYS 81 SG ? ? ? 1_555 EB ZN . ZN ? ? M CYS 81 M ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc24 metalc ? ? L CYS 87 SG ? ? ? 1_555 EB ZN . ZN ? ? M CYS 87 M ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc25 metalc ? ? L HIS 91 NE2 ? ? ? 1_555 EB ZN . ZN ? ? M HIS 91 M ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? ? metalc26 metalc ? ? M CYS 13 SG ? ? ? 1_555 GB ZN . ZN ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? C C 2 N4 ? ? ? 1_555 D A 103 N1 ? ? 2 C 2 6 A 103 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-A MISPAIR' ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? C G 3 N1 ? ? ? 1_555 D U 102 O2 ? ? 2 G 3 6 U 102 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? C G 3 O6 ? ? ? 1_555 D U 102 N3 ? ? 2 G 3 6 U 102 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? C A 4 N1 ? ? ? 1_555 D U 101 N3 ? ? 2 A 4 6 U 101 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? C A 4 N6 ? ? ? 1_555 D U 101 O4 ? ? 2 A 4 6 U 101 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? C A 5 N1 ? ? ? 1_555 D U 100 N3 ? ? 2 A 5 6 U 100 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? C A 5 N6 ? ? ? 1_555 D U 100 O4 ? ? 2 A 5 6 U 100 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? C U 6 N3 ? ? ? 1_555 D A 99 N1 ? ? 2 U 6 6 A 99 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? C U 6 O4 ? ? ? 1_555 D A 99 N6 ? ? 2 U 6 6 A 99 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? C C 7 N3 ? ? ? 1_555 D G 98 N1 ? ? 2 C 7 6 G 98 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? C C 7 N4 ? ? ? 1_555 D G 98 O6 ? ? 2 C 7 6 G 98 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? C C 7 O2 ? ? ? 1_555 D G 98 N2 ? ? 2 C 7 6 G 98 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? C U 8 N3 ? ? ? 1_555 D A 97 N1 ? ? 2 U 8 6 A 97 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? C U 8 O4 ? ? ? 1_555 D A 97 N6 ? ? 2 U 8 6 A 97 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? C C 9 N3 ? ? ? 1_555 D G 96 N1 ? ? 2 C 9 6 G 96 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? C C 9 N4 ? ? ? 1_555 D G 96 O6 ? ? 2 C 9 6 G 96 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? C C 9 O2 ? ? ? 1_555 D G 96 N2 ? ? 2 C 9 6 G 96 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? C U 10 N3 ? ? ? 1_555 D A 95 N1 ? ? 2 U 10 6 A 95 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? C U 10 O4 ? ? ? 1_555 D A 95 N6 ? ? 2 U 10 6 A 95 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? C U 11 N3 ? ? ? 1_555 D A 94 N1 ? ? 2 U 11 6 A 94 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? C U 11 O4 ? ? ? 1_555 D A 94 N6 ? ? 2 U 11 6 A 94 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? C U 12 N3 ? ? ? 1_555 D A 93 N1 ? ? 2 U 12 6 A 93 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? C U 12 O4 ? ? ? 1_555 D A 93 N6 ? ? 2 U 12 6 A 93 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? C G 21 N1 ? ? ? 1_555 D C 61 N3 ? ? 2 G 21 6 C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? C G 21 N2 ? ? ? 1_555 D C 61 O2 ? ? 2 G 21 6 C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? C G 21 O6 ? ? ? 1_555 D C 61 N4 ? ? 2 G 21 6 C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? C C 22 N3 ? ? ? 1_555 D G 60 N1 ? ? 2 C 22 6 G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? C C 22 N4 ? ? ? 1_555 D G 60 O6 ? ? 2 C 22 6 G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? C C 22 O2 ? ? ? 1_555 D G 60 N2 ? ? 2 C 22 6 G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? C U 23 N3 ? ? ? 1_555 D A 59 N1 ? ? 2 U 23 6 A 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? C U 23 O4 ? ? ? 1_555 D A 59 N6 ? ? 2 U 23 6 A 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? C G 26 N1 ? ? ? 1_555 D C 58 N3 ? ? 2 G 26 6 C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? C G 26 N2 ? ? ? 1_555 D C 58 O2 ? ? 2 G 26 6 C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? C G 26 O6 ? ? ? 1_555 D C 58 N4 ? ? 2 G 26 6 C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? C A 27 N1 ? ? ? 1_555 D U 57 N3 ? ? 2 A 27 6 U 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? C A 27 N6 ? ? ? 1_555 D U 57 O4 ? ? 2 A 27 6 U 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? C U 28 N3 ? ? ? 1_555 D A 56 N1 ? ? 2 U 28 6 A 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? C U 28 O4 ? ? ? 1_555 D A 56 N6 ? ? 2 U 28 6 A 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? C C 29 N3 ? ? ? 1_555 D G 55 N1 ? ? 2 C 29 6 G 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? C C 29 N4 ? ? ? 1_555 D G 55 O6 ? ? 2 C 29 6 G 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? C C 29 O2 ? ? ? 1_555 D G 55 N2 ? ? 2 C 29 6 G 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? C G 55 N1 ? ? ? 1_555 C C 104 N3 ? ? 2 G 55 2 C 104 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? C G 55 N2 ? ? ? 1_555 C C 104 O2 ? ? 2 G 55 2 C 104 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? C G 55 O6 ? ? ? 1_555 C C 104 N4 ? ? 2 G 55 2 C 104 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? C U 56 N3 ? ? ? 1_555 C A 103 N1 ? ? 2 U 56 2 A 103 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? C U 56 O4 ? ? ? 1_555 C A 103 N6 ? ? 2 U 56 2 A 103 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? C A 57 N1 ? ? ? 1_555 C U 102 N3 ? ? 2 A 57 2 U 102 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? C A 57 N6 ? ? ? 1_555 C U 102 O4 ? ? 2 A 57 2 U 102 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? C A 58 N1 ? ? ? 1_555 C U 101 N3 ? ? 2 A 58 2 U 101 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? C A 58 N6 ? ? ? 1_555 C U 101 O4 ? ? 2 A 58 2 U 101 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? C C 59 N3 ? ? ? 1_555 C G 100 N1 ? ? 2 C 59 2 G 100 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? C C 59 N4 ? ? ? 1_555 C G 100 O6 ? ? 2 C 59 2 G 100 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? C C 59 O2 ? ? ? 1_555 C G 100 N2 ? ? 2 C 59 2 G 100 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? C A 60 N1 ? ? ? 1_555 C U 99 N3 ? ? 2 A 60 2 U 99 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 239 F . ? PHE 239 A PRO 240 F ? PRO 240 A 1 -5.36 2 ILE 1488 F . ? ILE 1488 A PRO 1489 F ? PRO 1489 A 1 -7.24 3 LYS 366 U . ? LYS 366 o PRO 367 U ? 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GB 41 ZN 1 402 402 ZN ZN N . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 46-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 46 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OP2 ? 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loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 3 'Structure model' em_imaging 2 4 'Structure model' em_image_scans 3 4 'Structure model' em_imaging_optics 4 4 'Structure model' em_software 5 4 'Structure model' pdbx_audit_support 6 5 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms 7 5 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 8 5 'Structure model' struct_conn 9 6 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms 10 6 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 11 6 'Structure model' struct_conn 12 6 'Structure model' struct_conn_type 13 7 'Structure model' atom_sites 14 7 'Structure model' cell 15 8 'Structure model' atom_site 16 8 'Structure model' chem_comp 17 8 'Structure model' entity 18 8 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 19 8 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 20 8 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 21 8 'Structure model' struct_conn 22 8 'Structure model' struct_site # 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_em_3d_fitting.entry_id 5MQ0 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details 'Used secondary structure restraints generated in ProSMART and LibG.' _em_3d_fitting.overall_b_value 330 _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Fourier Shell Correlation' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5MQ0 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details 'A 3D reconstruction was obtained after refinement of a subset of particles obtained by classification with a mask around Prp22.' _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 4 _em_3d_reconstruction.num_particles 29527 _em_3d_reconstruction.resolution 4.17 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details 'NP-40 is also called IGEPAL CA-630' _em_buffer.pH 7.9 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;Splicing extract was prepared from Slu7-TAPS yeast strains. An in vitro transcribed yeast UBC4 pre-mRNA substrate (with 2 x MS2 bacteriophage coat protein-binding stem loops at the 5' end and with a 2'-deoxy substitution at the 3'-splice site sequence UAG sequence (UA-2'dG) was pre-bound to an MS2-maltose binding protein fusion protein. This substrate-protein complex was added to the splicing extract. The splicing reaction proceeded through the first step but the second step was blocked by the deoxy substitution. Substrate-bound spliceosomes from the splicing extract were purified on amylose resin and eluted with maltose. Subsequently the spliceosomes were captured on streptactin resin and eluted with desthiobiotin. Purified spliceosomes were concentrated in 20 mM HEPES KOH pH 7.9, 100 mM KCl, 0.25 mM EDTA. ; _em_entity_assembly.name 'Saccharomyces cerevisiae spliceosome. 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TA ALA 144 6164 1 Y 1 w VAL 145 ? TA VAL 145 6165 1 Y 1 w ALA 146 ? TA ALA 146 6166 1 Y 1 w ILE 147 ? TA ILE 147 6167 1 Y 1 w THR 148 ? TA THR 148 6168 1 Y 1 w ARG 149 ? TA ARG 149 6169 1 Y 1 w GLU 150 ? TA GLU 150 6170 1 Y 1 w GLU 151 ? TA GLU 151 6171 1 Y 1 w PHE 152 ? TA PHE 152 6172 1 Y 1 w LEU 153 ? TA LEU 153 6173 1 Y 1 w GLN 154 ? TA GLN 154 6174 1 Y 1 w GLY 155 ? TA GLY 155 6175 1 Y 1 w LEU 156 ? TA LEU 156 6176 1 Y 1 w LEU 157 ? TA LEU 157 6177 1 Y 1 w GLN 158 ? TA GLN 158 6178 1 Y 1 w SER 159 ? TA SER 159 6179 1 Y 1 w SER 160 ? TA SER 160 6180 1 Y 1 w ARG 161 ? TA ARG 161 6181 1 Y 1 w ASP 162 ? TA ASP 162 6182 1 Y 1 w PHE 163 ? TA PHE 163 6183 1 Y 1 w VAL 164 ? TA VAL 164 6184 1 Y 1 w ALA 165 ? TA ALA 165 6185 1 Y 1 w ARG 166 ? TA ARG 166 6186 1 Y 1 w GLY 167 ? TA GLY 167 6187 1 Y 1 w LYS 168 ? TA LYS 168 6188 1 Y 1 w LEU 169 ? TA LEU 169 6189 1 Y 1 w LYS 170 ? TA LYS 170 6190 1 Y 1 w GLU 296 ? TA GLU 296 6191 1 Y 1 w VAL 297 ? TA VAL 297 6192 1 Y 1 w ASN 298 ? TA ASN 298 6193 1 Y 1 w PRO 417 ? TA PRO 417 6194 1 Y 1 w GLU 418 ? TA GLU 418 6195 1 Y 1 w PHE 419 ? TA PHE 419 6196 1 Y 1 w LYS 420 ? TA LYS 420 6197 1 Y 1 w THR 421 ? TA THR 421 6198 1 Y 1 w GLN 468 ? TA GLN 468 6199 1 Y 1 w SER 469 ? TA SER 469 6200 1 Y 1 w ASP 470 ? TA ASP 470 6201 1 Y 1 w THR 471 ? TA THR 471 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 millimolar ? 'Hepes.KOH pH 7.9' 1 2 100 millimolar KCl 'potassium chloride' 1 3 250 micromolar ? EDTA 1 4 1 '% v/v' ? glycerol 1 5 0.0025 '% v/v' ? 'Nonidet P-40 (NP-40)' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 2 _em_image_recording.average_exposure_time 0.8 _em_image_recording.details 'Total dose: 40 electrons/Angstrom^2 over 16 seconds. 20 movie frames collected at 1.25 frames per second.' _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 3596 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Selected initial particles automatically using C complex 2D class averages, low-pass filtered to 20 Angstrom for automatic particle picking. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 350000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 1.4 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ;Paul Emsley's experimental version. ; Coot 0.8.3 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ;Used "SOURCE EM" command to get correct electron form factors for refinement of electron microscopy structure. ; REFMAC 5.8 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 1.4 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 1.4 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5MQ0 'double helix' 5MQ0 'a-form double helix' 5MQ0 'hairpin loop' 5MQ0 'bulge loop' 5MQ0 'mismatched base pair' 5MQ0 'internal loop' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A U 2 1_555 D A 51 1_555 3.854 -1.764 -1.097 14.606 -7.000 -103.594 1 I_U2:A51_6 I 2 ? 6 51 ? 24 4 1 A A 3 1_555 D G 50 1_555 0.946 7.175 -1.729 5.760 13.620 131.978 2 I_A3:G50_6 I 3 ? 6 50 ? ? 6 1 A U 4 1_555 D A 49 1_555 -0.547 -0.117 0.329 10.087 -6.484 -0.603 3 I_U4:A49_6 I 4 ? 6 49 ? 20 1 1 A G 5 1_555 D C 48 1_555 -0.289 -0.113 -0.019 1.287 -9.079 -0.505 4 I_G5:C48_6 I 5 ? 6 48 ? 19 1 1 A U 6 1_555 D A 47 1_555 0.111 -0.126 -0.056 2.218 -10.326 0.641 5 I_U6:A47_6 I 6 ? 6 47 ? 20 1 1 A C 7 1_555 D U 46 1_555 2.389 -1.267 0.189 -6.365 -13.765 4.229 6 I_C7:U46_6 I 7 ? 6 46 ? ? ? 1 A U 8 1_555 D A 45 1_555 0.153 -0.157 -0.547 6.469 -6.024 0.990 7 I_U8:A45_6 I 8 ? 6 45 ? 20 1 1 A A 9 1_555 D A 44 1_555 2.995 0.965 -1.289 18.509 -7.710 -8.889 8 I_A9:A44_6 I 9 ? 6 44 ? ? 1 1 A G 56 1_555 C U 48 1_555 0.848 0.059 -1.843 -35.540 5.893 -8.890 9 I_G56:U48_2 I 56 ? 2 48 ? ? 1 1 A C 57 1_555 C U 47 1_555 1.141 -1.571 -1.276 -23.541 -7.876 -11.822 10 I_C57:U47_2 I 57 ? 2 47 ? 18 1 1 A U 58 1_555 C C 46 1_555 -1.274 -1.466 -1.109 -24.995 -18.326 -10.098 11 I_U58:C46_2 I 58 ? 2 46 ? 18 1 1 A C 59 1_555 C U 45 1_555 0.812 -1.929 -0.828 -6.590 -17.873 8.270 12 I_C59:U45_2 I 59 ? 2 45 ? 18 1 1 A U 60 1_555 C U 44 1_555 -2.586 -1.768 0.024 20.147 -11.632 22.221 13 I_U60:U44_2 I 60 ? 2 44 ? 16 1 1 A U 61 1_555 C G 43 1_555 1.070 -0.644 1.614 3.301 -26.170 -3.540 14 I_U61:G43_2 I 61 ? 2 43 ? 28 1 1 A A 62 1_555 C U 42 1_555 0.017 -0.168 0.564 -2.764 -4.921 0.289 15 I_A62:U42_2 I 62 ? 2 42 ? 20 1 1 A U 63 1_555 C C 41 1_555 0.204 -1.792 0.763 -4.090 -15.345 4.465 16 I_U63:C41_2 I 63 ? 2 41 ? 18 1 1 A U 64 1_555 C U 40 1_555 -2.506 -1.945 0.769 1.082 -18.506 -7.174 17 I_U64:U40_2 I 64 ? 2 40 ? 16 1 1 A U 65 1_555 C A 39 1_555 -0.095 -0.105 -0.287 8.409 -23.453 0.116 18 I_U65:A39_2 I 65 ? 2 39 ? 20 1 1 A A 66 1_555 C U 38 1_555 -0.279 -0.178 0.273 3.909 -15.867 -0.958 19 I_A66:U38_2 I 66 ? 2 38 ? 20 1 1 A C 67 1_555 C G 37 1_555 0.073 -0.081 0.052 4.592 -16.407 -1.250 20 I_C67:G37_2 I 67 ? 2 37 ? 19 1 1 A U 68 1_555 C A 36 1_555 0.037 -0.135 0.242 0.200 -17.551 -1.242 21 I_U68:A36_2 I 68 ? 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