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14 ;MSLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQ LIERLGLRR ; 1 15 UNP RS16_ECOLI P0A7T3 ? 15 ;MVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHWVGQGATISDRVAALIKEVNK AA ; 1 16 UNP RS17_ECOLI P0AG63 ? 16 ;TDKIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVEK AVL ; 2 17 UNP RS18_ECOLI P0A7T7 ? 17 ARYFRRRKFCRFTAEGVQEIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRHQ 2 18 UNP RS19_ECOLI P0A7U3 ? 18 ;PRSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTYR GHAADKKAKKK ; 2 19 UNP RS20_ECOLI P0A7U7 ? 19 ;ANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHKNKAARHKANLTA QINKLA ; 2 20 UNP RS2_ECOLI P0A7V0 ? 20 ;ATVSMRDMLKAGVHFGHQTRYWNPKMKPFIFGARNKVHIINLEKTVPMFNEALAELNKIASRKGKILFVGTKRAASEAVK DAALSCDQFFVNHRWLGGMLTNWKTVRQSIKRLKDLETQSQDGTFDKLTKKEALMRTRELEKLENSLGGIKDMGGLPDAL FVIDADHEHIAIKEANNLGIPVFAIVDTNSDPDGVDFVIPGNDDAIRAVTLYLGAVAATVREGRSQDLASQAEESFVEAE ; 2 21 UNP RS21_ECOLI P68679 ? 21 MPVIKVRENEPFDVALRRFKRSCEKAGVLAEVRRREFYEKPTTERKRAKASAVKRHAKKLARENARRTRLY 1 22 UNP RPOA_ECOLI P0A7Z4 ? 22 ;MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILE ILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIH SEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQP EVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLEN WPPASIADE ; 1 23 UNP RPOB_ECODH B1XBY9 ? 23 ;MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVF DVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSD KGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQME LVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLD LLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAV GRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLS LGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCP IETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKG ESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKR GGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNM RVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGG DILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDL SEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGD DLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMA AKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLK LGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEA YGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE ; 1 24 UNP RPOC_ECOLI P0A8T7 ? 24 ;MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKH RGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQIL TEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILT VLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSN KRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKM VEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEA RALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDAN GELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVG IDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFN SIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRL VDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAV KVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKL SNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDM IDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDT LARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFE GERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQV EYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAG TGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDNE ; 1 25 UNP RPOZ_ECODH B1X982 ? 25 ;MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAEL QAVTAIAEGRR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5MY1 A 1 ? 1542 ? 1028475309 2289701 ? 2291242 ? 1 1542 2 2 5MY1 C 1 ? 232 ? P0A7V3 2 ? 233 ? 1 232 3 3 5MY1 D 1 ? 205 ? P0A7V8 2 ? 206 ? 1 205 4 4 5MY1 E 1 ? 166 ? P0A7W1 2 ? 167 ? 1 166 5 5 5MY1 F 1 ? 135 ? P02358 1 ? 135 ? 1 135 6 6 5MY1 G 1 ? 178 ? P02359 2 ? 179 ? 1 178 7 7 5MY1 H 1 ? 129 ? P0A7W7 2 ? 130 ? 1 129 8 8 5MY1 I 1 ? 129 ? P0A7X3 2 ? 130 ? 1 129 9 9 5MY1 J 1 ? 103 ? P0A7R5 1 ? 103 ? 1 103 10 10 5MY1 K 1 ? 128 ? P0A7R9 2 ? 129 ? 1 128 11 11 5MY1 L 1 ? 123 ? P0A7S3 2 ? 124 ? 1 123 12 12 5MY1 M 1 ? 117 ? P0A7S9 2 ? 118 ? 1 117 13 13 5MY1 N 1 ? 100 ? P0AG59 2 ? 101 ? 1 100 14 14 5MY1 O 1 ? 89 ? P0ADZ4 1 ? 89 ? 0 88 15 15 5MY1 P 1 ? 82 ? P0A7T3 1 ? 82 ? 1 82 16 16 5MY1 Q 1 ? 83 ? P0AG63 2 ? 84 ? 1 83 17 17 5MY1 R 1 ? 74 ? P0A7T7 2 ? 75 ? 1 74 18 18 5MY1 S 1 ? 91 ? P0A7U3 2 ? 92 ? 1 91 19 19 5MY1 T 1 ? 86 ? P0A7U7 2 ? 87 ? 1 86 20 20 5MY1 B 1 ? 240 ? P0A7V0 2 ? 241 ? 1 240 21 21 5MY1 U 1 ? 71 ? P68679 1 ? 71 ? 0 70 22 22 5MY1 V 1 ? 329 ? P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 23 22 5MY1 W 1 ? 329 ? P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 24 23 5MY1 X 1 ? 1342 ? B1XBY9 1 ? 1342 ? 1 1342 25 24 5MY1 Y 1 ? 1407 ? P0A8T7 1 ? 1407 ? 1 1407 26 25 5MY1 Z 1 ? 91 ? B1X982 1 ? 91 ? 1 91 # _struct_ref_seq_dif.align_id 14 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 5MY1 _struct_ref_seq_dif.mon_id ARG _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id O _struct_ref_seq_dif.seq_num 80 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name UNP _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code P0ADZ4 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id GLN _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num 80 _struct_ref_seq_dif.details conflict _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 79 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 21 ? V N N 22 ? W N N 22 ? X N N 23 ? Y N N 24 ? Z N N 25 ? AA N N 26 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN B 7 ? LEU B 11 ? ASN C 7 LEU C 11 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN B 24 ? GLU B 45 ? 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? -140.91 21.43 210 1 LEU J 92 ? ? -72.56 -137.88 211 1 ALA J 93 ? ? 59.30 107.82 212 1 VAL J 96 ? ? -150.02 81.61 213 1 GLN K 14 ? ? 61.98 75.76 214 1 SER K 16 ? ? 70.15 -60.35 215 1 ASN K 28 ? ? 178.99 163.76 216 1 THR K 45 ? ? -170.22 130.40 217 1 ARG K 52 ? ? -131.61 -125.30 218 1 SER K 54 ? ? -160.13 -2.82 219 1 LYS K 56 ? ? -67.95 -130.10 220 1 SER K 57 ? ? 60.95 -72.25 221 1 THR K 58 ? ? -33.14 139.33 222 1 ALA K 70 ? ? -61.10 10.53 223 1 TYR K 76 ? ? -95.24 -85.98 224 1 ILE K 78 ? ? -58.26 108.16 225 1 PRO K 90 ? ? -69.98 77.18 226 1 ARG K 105 ? ? -100.83 -130.75 227 1 ILE K 106 ? ? 176.21 144.82 228 1 ASN K 108 ? ? 175.06 129.21 229 1 PRO K 114 ? ? -67.88 93.72 230 1 PRO K 116 ? ? -65.92 -170.11 231 1 ASN K 118 ? ? 72.78 35.35 232 1 LYS K 125 ? ? 46.32 -168.10 233 1 ARG K 126 ? ? 16.45 124.50 234 1 ARG K 127 ? ? -170.63 62.14 235 1 ARG L 8 ? ? -74.19 -74.13 236 1 PRO L 10 ? ? -54.91 -152.41 237 1 ARG L 13 ? ? -78.28 -132.67 238 1 LYS L 14 ? ? -179.76 99.04 239 1 VAL L 15 ? ? -56.42 97.01 240 1 ASN L 19 ? ? -58.17 84.81 241 1 VAL L 20 ? ? -175.45 112.81 242 1 ALA L 22 ? ? -77.46 46.95 243 1 LEU L 23 ? ? -59.31 -108.18 244 1 GLU L 24 ? ? 58.77 12.57 245 1 VAL L 32 ? ? -142.44 -25.44 246 1 CYS L 33 ? ? 74.29 106.92 247 1 THR L 38 ? ? -153.13 42.49 248 1 PRO L 41 ? ? -69.89 -171.13 249 1 LYS L 42 ? ? -71.30 -158.68 250 1 ALA L 47 ? ? 68.22 130.93 251 1 CYS L 52 ? ? -176.33 133.83 252 1 LEU L 56 ? ? -37.19 148.50 253 1 PHE L 60 ? ? -44.15 99.59 254 1 VAL L 62 ? ? 178.96 143.02 255 1 ILE L 66 ? ? -118.00 58.45 256 1 ASN L 72 ? ? -175.08 36.79 257 1 HIS L 76 ? ? -149.72 -13.65 258 1 ARG L 82 ? ? -122.65 -59.64 259 1 ARG L 85 ? ? -62.14 -176.65 260 1 LYS L 87 ? ? -67.94 -74.32 261 1 ASP L 88 ? ? -38.04 -32.13 262 1 LEU L 101 ? ? 54.16 -144.19 263 1 SER L 104 ? ? -118.51 -132.94 264 1 TYR L 116 ? ? 67.22 -174.42 265 1 ARG L 120 ? ? 50.53 101.12 266 1 PRO L 121 ? ? -57.73 -171.35 267 1 LYS L 122 ? ? -59.65 8.79 268 1 ILE M 3 ? ? 62.84 -91.59 269 1 ILE M 6 ? ? 53.33 161.07 270 1 ASN M 7 ? ? 58.30 105.16 271 1 ALA M 14 ? ? -52.48 -91.07 272 1 TYR M 22 ? ? -64.83 31.47 273 1 ILE M 44 ? ? -39.20 -37.43 274 1 LEU M 47 ? ? -67.92 -178.09 275 1 GLN M 51 ? ? -141.18 -59.31 276 1 GLU M 65 ? ? 42.41 -155.30 277 1 ASN M 104 ? ? 29.39 91.12 278 1 ALA M 105 ? ? -166.44 32.19 279 1 ARG M 108 ? ? -75.65 -74.97 280 1 LYS M 113 ? ? -117.67 65.03 281 1 LYS N 2 ? ? 63.81 155.17 282 1 LYS N 6 ? ? -61.42 1.63 283 1 ALA N 16 ? ? -68.08 6.75 284 1 TYR N 19 ? ? -115.81 -109.28 285 1 PHE N 20 ? ? -26.98 -59.79 286 1 ALA N 21 ? ? -37.23 -30.16 287 1 SER N 31 ? ? -70.26 27.01 288 1 VAL N 33 ? ? -58.23 96.65 289 1 PRO N 51 ? ? -101.71 -132.08 290 1 ARG N 52 ? ? 172.29 -75.57 291 1 ASN N 61 ? ? 54.34 -81.52 292 1 ARG N 62 ? ? 77.28 140.53 293 1 GLN N 65 ? ? -92.50 -62.66 294 1 THR N 66 ? ? -98.30 -61.84 295 1 ARG N 68 ? ? -47.32 108.33 296 1 ARG N 74 ? ? -35.23 -32.10 297 1 ARG N 80 ? ? 29.89 -108.44 298 1 ILE N 81 ? ? -38.68 -36.59 299 1 LEU N 95 ? ? -162.62 103.31 300 1 LYS N 97 ? ? -48.67 150.34 301 1 GLU O 5 ? ? -59.06 -8.53 302 1 ASP O 17 ? ? -155.97 -134.48 303 1 THR O 21 ? ? -58.14 -4.54 304 1 SER O 23 ? ? -29.30 127.06 305 1 VAL O 26 ? ? -77.93 -73.44 306 1 HIS O 45 ? ? 71.51 -64.73 307 1 LYS O 46 ? ? 68.97 -69.73 308 1 LYS O 47 ? ? -49.04 -15.38 309 1 LYS O 72 ? ? -154.53 -19.87 310 1 ASP O 73 ? ? 179.60 83.47 311 1 ARG O 87 ? ? 73.62 -43.01 312 1 ARG P 5 ? ? -74.63 -169.15 313 1 LYS P 13 ? ? 60.27 -0.46 314 1 ALA P 27 ? ? -68.41 -171.82 315 1 ASN P 29 ? ? -165.44 71.07 316 1 ASN P 40 ? ? -173.10 122.98 317 1 ILE P 42 ? ? -136.86 -132.26 318 1 GLU P 45 ? ? 36.16 60.61 319 1 GLU P 47 ? ? 63.59 -159.29 320 1 LEU P 54 ? ? -28.13 -49.72 321 1 ASN P 79 ? ? -52.03 96.39 322 1 ALA P 81 ? ? -64.52 -71.09 323 1 ARG Q 5 ? ? -166.24 -15.96 324 1 THR Q 6 ? ? 41.49 91.97 325 1 GLN Q 8 ? ? -79.46 27.11 326 1 ASP Q 14 ? ? -168.10 95.42 327 1 LYS Q 15 ? ? -133.97 -46.03 328 1 MET Q 16 ? ? -54.57 173.71 329 1 LYS Q 18 ? ? 65.57 -19.74 330 1 ARG Q 26 ? ? -168.35 119.14 331 1 VAL Q 28 ? ? -160.80 118.39 332 1 LYS Q 35 ? ? -173.97 118.32 333 1 PHE Q 36 ? ? -61.67 99.03 334 1 VAL Q 45 ? ? -120.13 -163.20 335 1 ASP Q 47 ? ? -177.11 115.79 336 1 ASP Q 56 ? ? -106.47 -139.36 337 1 LEU Q 66 ? ? -103.34 -60.00 338 1 THR Q 69 ? ? 90.11 -29.73 339 1 SER Q 71 ? ? -153.01 27.82 340 1 VAL Q 78 ? ? -105.67 -77.72 341 1 ALA Q 81 ? ? 44.43 -127.18 342 1 ILE R 20 ? ? -63.95 82.56 343 1 ASP R 21 ? ? -176.00 -142.46 344 1 TYR R 22 ? ? -165.60 -22.43 345 1 ASP R 24 ? ? -71.64 36.37 346 1 THR R 27 ? ? -94.76 43.92 347 1 LEU R 28 ? ? -133.29 -41.14 348 1 TYR R 31 ? ? -91.58 42.49 349 1 ILE R 32 ? ? -149.21 -139.71 350 1 THR R 33 ? ? 176.57 -174.70 351 1 GLU R 34 ? ? -56.71 -7.11 352 1 PRO R 40 ? ? -57.81 171.27 353 1 ILE R 43 ? ? -89.88 34.22 354 1 THR R 44 ? ? -145.82 -41.92 355 1 THR R 46 ? ? -69.92 56.85 356 1 ARG R 47 ? ? 48.84 10.75 357 1 ALA R 48 ? ? 64.95 -71.54 358 1 SER R 65 ? ? 51.94 10.68 359 1 THR R 70 ? ? -98.48 -124.17 360 1 ASP R 71 ? ? -169.16 -31.14 361 1 SER S 3 ? ? -168.97 65.97 362 1 LEU S 4 ? ? -158.99 -14.22 363 1 LYS S 5 ? ? 49.17 -87.62 364 1 PRO S 8 ? ? -54.20 94.29 365 1 LYS S 27 ? ? 175.00 -165.16 366 1 ARG S 36 ? ? -52.70 -5.00 367 1 SER S 37 ? ? -74.96 -159.62 368 1 ILE S 39 ? ? -58.08 96.54 369 1 LEU S 46 ? ? -102.74 -169.57 370 1 HIS S 51 ? ? -68.62 86.82 371 1 ASN S 52 ? ? -75.72 26.24 372 1 MET S 65 ? ? -61.45 92.32 373 1 VAL S 66 ? ? -121.66 -59.80 374 1 PRO S 75 ? ? -63.06 -173.52 375 1 THR S 76 ? ? -135.72 -82.27 376 1 ILE T 3 ? ? -65.54 84.50 377 1 LYS T 4 ? ? -178.37 149.06 378 1 ALA T 40 ? ? -98.57 31.68 379 1 ALA T 46 ? ? -49.88 -73.59 380 1 ARG T 59 ? ? -49.90 -76.47 381 1 LYS T 63 ? ? -165.08 89.14 382 1 LEU T 65 ? ? 50.54 -135.00 383 1 LYS T 68 ? ? 58.38 -162.18 384 1 LEU T 85 ? ? -172.80 -15.23 385 1 ALA B 11 ? ? -68.16 21.49 386 1 VAL B 13 ? ? -140.39 -20.03 387 1 GLN B 18 ? ? 56.87 104.75 388 1 THR B 19 ? ? -55.86 -161.30 389 1 ARG B 20 ? ? -54.91 2.30 390 1 TRP B 22 ? ? 25.33 -160.16 391 1 ASN B 23 ? ? -162.50 107.17 392 1 PRO B 24 ? ? -34.48 -28.56 393 1 LYS B 27 ? ? -120.50 -51.32 394 1 PRO B 28 ? ? -56.90 -1.44 395 1 ASN B 35 ? ? 57.03 74.29 396 1 LYS B 36 ? ? 71.69 -77.10 397 1 ASN B 41 ? ? -45.11 101.83 398 1 ALA B 74 ? ? -65.52 11.93 399 1 ALA B 75 ? ? -140.05 -15.55 400 1 SER B 76 ? ? -60.77 -82.22 401 1 ALA B 78 ? ? -99.28 58.97 402 1 VAL B 79 ? ? -146.51 -32.51 403 1 ASP B 87 ? ? 52.31 86.34 404 1 GLN B 88 ? ? -156.74 -130.22 405 1 ARG B 94 ? ? -46.05 104.10 406 1 MET B 99 ? ? -74.33 26.71 407 1 LEU B 100 ? ? -153.22 -20.12 408 1 ASP B 122 ? ? -106.95 -164.79 409 1 THR B 124 ? ? -67.18 4.78 410 1 ASP B 126 ? ? -86.94 30.74 411 1 LEU B 128 ? ? 63.68 166.71 412 1 THR B 129 ? ? -49.45 152.26 413 1 LEU B 147 ? ? -140.65 -23.14 414 1 ILE B 150 ? ? -148.75 -11.23 415 1 PRO B 157 ? ? -66.10 -162.75 416 1 ILE B 163 ? ? -63.27 -105.31 417 1 GLU B 168 ? ? -74.56 43.98 418 1 LYS B 173 ? ? -48.09 -71.27 419 1 ASN B 176 ? ? -59.93 3.59 420 1 VAL B 186 ? ? -55.33 -156.31 421 1 PRO B 200 ? ? -52.27 90.30 422 1 ASN B 202 ? ? -59.90 104.45 423 1 ASP B 204 ? ? -115.35 -141.10 424 1 ALA B 205 ? ? 66.15 98.43 425 1 ARG B 224 ? ? -88.46 36.06 426 1 ARG U 6 ? ? 173.69 118.70 427 1 GLU U 9 ? ? 71.99 85.55 428 1 PHE U 11 ? ? -173.94 140.11 429 1 ASP U 12 ? ? -93.39 58.95 430 1 VAL U 13 ? ? -64.44 -75.42 431 1 ALA U 14 ? ? 167.56 -103.32 432 1 LEU U 15 ? ? 70.80 -2.14 433 1 ARG U 20 ? ? -79.93 42.78 434 1 SER U 21 ? ? -161.16 67.63 435 1 CYS U 22 ? ? 172.20 -27.17 436 1 GLU U 23 ? ? -148.61 -104.24 437 1 LYS U 24 ? ? 47.50 -167.73 438 1 ALA U 25 ? ? -61.74 83.89 439 1 VAL U 27 ? ? -69.39 4.76 440 1 LEU U 28 ? ? -94.53 -67.87 441 1 VAL U 31 ? ? -77.81 -75.68 442 1 ARG U 32 ? ? 27.65 -93.13 443 1 ARG U 33 ? ? -72.66 -152.39 444 1 ARG U 34 ? ? -59.77 -169.45 445 1 GLU U 35 ? ? -91.38 -115.10 446 1 PHE U 36 ? ? -166.03 -67.74 447 1 TYR U 37 ? ? 72.49 -97.07 448 1 THR U 42 ? ? -91.87 -62.51 449 1 ALA U 51 ? ? -69.01 78.57 450 1 VAL U 52 ? ? -150.62 -37.28 451 1 ASP V 15 ? ? 60.24 76.79 452 1 THR V 57 ? ? -126.19 -61.95 453 1 TYR V 68 ? ? 70.33 31.10 454 1 GLN V 93 ? ? -79.76 -70.84 455 1 THR V 111 ? ? -38.50 -76.66 456 1 ALA V 112 ? 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RELION 1.4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ;automatic fitting into map. Rigid body fit with Chimera, using the already deposited PDB coordinates for the E. coli small ribosomal subunit (2avy) and the E. coli RNA Polymerase (5byh) ; 'UCSF Chimera' 1.11 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 1.4 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 1.4 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5MY1 'double helix' 5MY1 'a-form double helix' 5MY1 'hairpin loop' 5MY1 tetraloop 5MY1 'bulge loop' 5MY1 'mismatched base pair' 5MY1 'internal loop' 5MY1 'triple helix' 5MY1 'quadruple helix' 5MY1 'three-way junction' 5MY1 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A A 397 1_555 A U 37 1_555 -0.050 1.354 0.607 7.608 11.844 156.395 1 A_A397:U37_A A 397 ? 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