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F 59266 'interatomic distance' ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.d_res_high 2.600 _refine_ls_shell.d_res_low 2.668 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 549 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 10030 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.325 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.309 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 B 1 1 A 2 2 C 2 1 A 3 2 D 3 1 A 4 2 E 4 1 A 5 2 F 5 1 B 6 2 C 6 1 B 7 2 D 7 1 B 8 2 E 8 1 B 9 2 F 9 1 C 10 2 D 10 1 C 11 2 E 11 1 C 12 2 F 12 1 D 13 2 E 13 1 D 14 2 F 14 1 E 15 2 F 15 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 1 0 A LEU 4 . A LYS 520 . A LEU 5 A LYS 520 0 ? 1 2 0 B LEU 4 . B LYS 520 . B LEU 5 B LYS 520 0 ? 2 1 0 A LEU 4 . A LYS 520 . A LEU 5 A LYS 520 0 ? 2 2 0 C LEU 4 . C LYS 520 . C LEU 5 C LYS 520 0 ? 3 1 0 A LEU 4 . A LYS 520 . A LEU 5 A LYS 520 0 ? 3 2 0 D LEU 4 . D LYS 520 . D LEU 5 D LYS 520 0 ? 4 1 0 A LEU 4 . A LYS 520 . A LEU 5 A LYS 520 0 ? 4 2 0 E LEU 4 . E LYS 520 . E LEU 5 E LYS 520 0 ? 5 1 0 A THR 3 . A LEU 521 . A THR 4 A LEU 521 0 ? 5 2 0 F THR 3 . F LEU 521 . F THR 4 F LEU 521 0 ? 6 1 0 B LEU 4 . B LEU 521 . B LEU 5 B LEU 521 0 ? 6 2 0 C LEU 4 . C LEU 521 . C LEU 5 C LEU 521 0 ? 7 1 0 B LEU 4 . B LEU 521 . B LEU 5 B LEU 521 0 ? 7 2 0 D LEU 4 . D LEU 521 . D LEU 5 D LEU 521 0 ? 8 1 0 B LEU 4 . B LEU 521 . B LEU 5 B LEU 521 0 ? 8 2 0 E LEU 4 . E LEU 521 . E LEU 5 E LEU 521 0 ? 9 1 0 B LEU 4 . B LEU 521 . B LEU 5 B LEU 521 0 ? 9 2 0 F LEU 4 . F LEU 521 . F LEU 5 F LEU 521 0 ? 10 1 0 C LEU 4 . C LEU 521 . C LEU 5 C LEU 521 0 ? 10 2 0 D LEU 4 . D LEU 521 . D LEU 5 D LEU 521 0 ? 11 1 0 C LEU 4 . C LEU 521 . C LEU 5 C LEU 521 0 ? 11 2 0 E LEU 4 . E LEU 521 . E LEU 5 E LEU 521 0 ? 12 1 0 C LEU 4 . C LEU 521 . C LEU 5 C LEU 521 0 ? 12 2 0 F LEU 4 . F LEU 521 . F LEU 5 F LEU 521 0 ? 13 1 0 D LEU 4 . D LEU 521 . D LEU 5 D LEU 521 0 ? 13 2 0 E LEU 4 . E LEU 521 . E LEU 5 E LEU 521 0 ? 14 1 0 D LEU 4 . D LEU 521 . D LEU 5 D LEU 521 0 ? 14 2 0 F LEU 4 . F LEU 521 . F LEU 5 F LEU 521 0 ? 15 1 0 E LEU 4 . E LEU 521 . E LEU 5 E LEU 521 0 ? 15 2 0 F LEU 4 . F LEU 521 . F LEU 5 F LEU 521 0 ? # loop_ _struct_ncs_ens.details _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.point_group ? 1 ? ? 2 ? ? 3 ? ? 4 ? ? 5 ? ? 6 ? ? 7 ? ? 8 ? ? 9 ? ? 10 ? ? 11 ? ? 12 ? ? 13 ? ? 14 ? ? 15 ? # _struct.entry_id 5NSK _struct.title 'apo Structure of Leucyl aminopeptidase from Trypanosoma brucei' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5NSK _struct_keywords.text 'M17 leucyl aminopeptidase, aminopeptidase, tryanosoma brucei, Hydrolase' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code Q385B0_TRYB2 _struct_ref.pdbx_db_accession Q385B0 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MPTLPKAEAKELSAFVQSCVEYKTNVCFTDVTAYESNQKGVLSSGLAVLVGTHKQLRDPAVQRLPFYNPAVAEAIERVKE GGTYGVLVEGLANAAGSKFVRVVVGEVPTKASRNNCPARPDVVTALVTAALDEVKEPNATVDVFVLSNAVLPIAAAVARC GKHNFSAKDGAAAAAYNSGKVSRLQVVFPEPPAIPPKDLEAVATSTQLCQRLVDAPPNLLTTATFTEIAQGYAKALGFDV DVICGDDLCERGYGGIYSVGKAAFEAPRLVTLLYTPKGTPVKKVSLVGKGIVYDCGGLALKPADYMKLMKHDMGGAAAVF CGFLTAVRLQQPVQLSCTLCLAENAIGPKSYRNDDIIVMKSGKTVEVINTDAEGRIVLGDGVFHATNELSFTPDVVIDMA TLTGAQGIATGRHHAGLYVNEEGAEAAMLRAGRESGETCFPVLYCPEYHEPEFKSNHADMTNLMERRDNAGVSCAGYFIT THLSPKFTGAHIHVDLAYPVFNSNGATGFGPALLTEYFRKL ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5NSK A 1 ? 521 ? Q385B0 1 ? 521 ? 2 521 2 1 5NSK B 1 ? 521 ? Q385B0 1 ? 521 ? 2 521 3 1 5NSK C 1 ? 521 ? Q385B0 1 ? 521 ? 2 521 4 1 5NSK D 1 ? 521 ? Q385B0 1 ? 521 ? 2 521 5 1 5NSK E 1 ? 521 ? Q385B0 1 ? 521 ? 2 521 6 1 5NSK F 1 ? 521 ? Q385B0 1 ? 521 ? 2 521 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 5NSK ALA A 32 ? UNP Q385B0 THR 32 conflict 33 1 1 5NSK THR A 139 ? UNP Q385B0 ALA 139 conflict 140 2 2 5NSK ALA B 32 ? UNP Q385B0 THR 32 conflict 33 3 2 5NSK THR B 139 ? UNP Q385B0 ALA 139 conflict 140 4 3 5NSK ALA C 32 ? UNP Q385B0 THR 32 conflict 33 5 3 5NSK THR C 139 ? UNP Q385B0 ALA 139 conflict 140 6 4 5NSK ALA D 32 ? UNP Q385B0 THR 32 conflict 33 7 4 5NSK THR D 139 ? UNP Q385B0 ALA 139 conflict 140 8 5 5NSK ALA E 32 ? UNP Q385B0 THR 32 conflict 33 9 5 5NSK THR E 139 ? UNP Q385B0 ALA 139 conflict 140 10 6 5NSK ALA F 32 ? UNP Q385B0 THR 32 conflict 33 11 6 5NSK THR F 139 ? UNP Q385B0 ALA 139 conflict 140 12 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 24940 ? 1 MORE -62 ? 1 'SSA (A^2)' 93830 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'light scattering' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 5 ? GLU A 21 ? PRO A 6 GLU A 22 1 ? 17 HELX_P HELX_P2 AA2 VAL A 31 ? LYS A 39 ? VAL A 32 LYS A 40 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 AA3 HIS A 53 ? ASP A 58 ? HIS A 54 ASP A 59 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 58 ? ARG A 63 ? ASP A 59 ARG A 64 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 68 ? VAL A 78 ? ASN A 69 VAL A 79 1 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 ARG A 119 ? ASP A 132 ? ARG A 120 ASP A 133 1 ? 14 HELX_P HELX_P7 AA7 ALA A 149 ? ARG A 159 ? ALA A 150 ARG A 160 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 AA8 GLY A 170 ? ALA A 175 ? GLY A 171 ALA A 176 5 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 PRO A 195 ? ALA A 215 ? PRO A 196 ALA A 216 1 ? 21 HELX_P HELX_P10 AB1 THR A 221 ? GLY A 237 ? THR A 222 GLY A 238 1 ? 17 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY A 245 ? ARG A 251 ? GLY A 246 ARG A 252 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 AB3 TYR A 253 ? LYS A 261 ? TYR A 254 LYS A 262 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 AB4 LEU A 308 ? ASP A 312 ? LEU A 308 ASP A 312 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 MET A 313 ? LEU A 329 ? MET A 313 LEU A 329 1 ? 17 HELX_P HELX_P15 AB6 GLU A 373 ? GLU A 388 ? GLU A 373 GLU A 388 1 ? 16 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY A 404 ? GLY A 411 ? GLY A 404 GLY A 411 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 AB8 GLU A 421 ? GLY A 436 ? GLU A 421 GLY A 436 1 ? 16 HELX_P HELX_P18 AB9 CYS A 445 ? GLU A 450 ? CYS A 445 GLU A 450 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 PRO A 451 ? LYS A 454 ? PRO A 451 LYS A 454 5 ? 4 HELX_P HELX_P20 AC2 ALA A 470 ? THR A 481 ? ALA A 470 THR A 481 1 ? 12 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY A 510 ? LYS A 520 ? GLY A 510 LYS A 520 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 AC4 PRO B 5 ? GLU B 21 ? PRO B 6 GLU B 22 1 ? 17 HELX_P HELX_P23 AC5 VAL B 31 ? LYS B 39 ? VAL B 32 LYS B 40 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 AC6 HIS B 53 ? ARG B 57 ? HIS B 54 ARG B 58 1 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 ASP B 58 ? ARG B 63 ? ASP B 59 ARG B 64 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN B 68 ? VAL B 78 ? ASN B 69 VAL B 79 1 ? 11 HELX_P HELX_P27 AC9 ARG B 119 ? LEU B 131 ? ARG B 120 LEU B 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP B 132 ? VAL B 134 ? ASP B 133 VAL B 135 5 ? 3 HELX_P HELX_P29 AD2 ALA B 149 ? ARG B 159 ? ALA B 150 ARG B 160 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY B 170 ? ALA B 175 ? GLY B 171 ALA B 176 5 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 PRO B 195 ? ALA B 215 ? PRO B 196 ALA B 216 1 ? 21 HELX_P HELX_P32 AD5 THR B 221 ? GLY B 237 ? THR B 222 GLY B 238 1 ? 17 HELX_P HELX_P33 AD6 GLY B 245 ? ARG B 251 ? GLY B 246 ARG B 252 1 ? 7 HELX_P HELX_P34 AD7 TYR B 253 ? LYS B 261 ? TYR B 254 LYS B 262 1 ? 9 HELX_P HELX_P35 AD8 LEU B 308 ? ASP B 312 ? LEU B 308 ASP B 312 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 MET B 313 ? LEU B 329 ? MET B 313 LEU B 329 1 ? 17 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN B 369 ? ALA B 372 ? ASN B 369 ALA B 372 5 ? 4 HELX_P HELX_P38 AE2 GLU B 373 ? GLU B 388 ? GLU B 373 GLU B 388 1 ? 16 HELX_P HELX_P39 AE3 GLY B 404 ? GLY B 411 ? GLY B 404 GLY B 411 1 ? 8 HELX_P HELX_P40 AE4 GLU B 421 ? GLY B 436 ? GLU B 421 GLY B 436 1 ? 16 HELX_P HELX_P41 AE5 CYS B 445 ? GLU B 450 ? CYS B 445 GLU B 450 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO B 451 ? LYS B 454 ? PRO B 451 LYS B 454 5 ? 4 HELX_P HELX_P43 AE7 ALA B 470 ? THR B 481 ? 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LEU C 308 ASP C 312 5 ? 5 HELX_P HELX_P58 AG4 MET C 313 ? LEU C 329 ? MET C 313 LEU C 329 1 ? 17 HELX_P HELX_P59 AG5 ASN C 369 ? ALA C 372 ? ASN C 369 ALA C 372 5 ? 4 HELX_P HELX_P60 AG6 GLU C 373 ? GLU C 388 ? GLU C 373 GLU C 388 1 ? 16 HELX_P HELX_P61 AG7 GLY C 404 ? GLY C 411 ? GLY C 404 GLY C 411 1 ? 8 HELX_P HELX_P62 AG8 GLU C 421 ? GLY C 436 ? GLU C 421 GLY C 436 1 ? 16 HELX_P HELX_P63 AG9 CYS C 445 ? GLU C 450 ? CYS C 445 GLU C 450 1 ? 6 HELX_P HELX_P64 AH1 PRO C 451 ? LYS C 454 ? PRO C 451 LYS C 454 5 ? 4 HELX_P HELX_P65 AH2 ALA C 470 ? THR C 481 ? ALA C 470 THR C 481 1 ? 12 HELX_P HELX_P66 AH3 GLY C 510 ? LYS C 520 ? GLY C 510 LYS C 520 1 ? 11 HELX_P HELX_P67 AH4 PRO D 5 ? GLU D 21 ? PRO D 6 GLU D 22 1 ? 17 HELX_P HELX_P68 AH5 VAL D 31 ? LYS D 39 ? VAL D 32 LYS D 40 1 ? 9 HELX_P HELX_P69 AH6 HIS D 53 ? ASP D 58 ? HIS D 54 ASP D 59 1 ? 6 HELX_P HELX_P70 AH7 ASP D 58 ? ARG D 63 ? ASP D 59 ARG D 64 1 ? 6 HELX_P HELX_P71 AH8 ASN D 68 ? VAL D 78 ? 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