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AD3 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? parallel AB4 3 4 ? parallel AB4 4 5 ? parallel AB4 5 6 ? parallel AB5 1 2 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? parallel AC1 1 2 ? parallel AC2 1 2 ? parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? parallel AC4 1 2 ? parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? parallel AD1 3 4 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR A 169 ? 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ILE B 209 ? ASN F 201 ILE F 205 AA9 3 PHE B 337 ? PHE B 341 ? PHE F 333 PHE F 337 AB1 1 VAL B 634 ? ILE B 636 ? VAL F 630 ILE F 632 AB1 2 VAL B 677 ? LEU B 680 ? VAL F 673 LEU F 676 AB1 3 VAL B 717 ? SER B 722 ? VAL F 713 SER F 718 AB1 4 PHE B 607 ? LEU B 608 ? PHE F 603 LEU F 604 AB1 5 VAL B 765 ? VAL B 766 ? VAL F 761 VAL F 762 AB2 1 ARG B 702 ? THR B 704 ? ARG F 698 THR F 700 AB2 2 THR B 710 ? ASP B 712 ? THR F 706 ASP F 708 AB3 1 GLU B 796 ? ILE B 797 ? GLU F 792 ILE F 793 AB3 2 VAL B 847 ? ILE B 848 ? VAL F 843 ILE F 844 AB4 1 ILE C 170 ? ASP C 171 ? ILE E 166 ASP E 167 AB4 2 ARG C 240 ? ALA C 243 ? ARG E 236 ALA E 239 AB4 3 VAL C 277 ? ASP C 282 ? VAL E 273 ASP E 278 AB4 4 CYS C 314 ? THR C 318 ? CYS E 310 THR E 314 AB4 5 ASN C 205 ? GLY C 210 ? ASN E 201 GLY E 206 AB4 6 PHE C 337 ? VAL C 342 ? PHE E 333 VAL E 338 AB5 1 VAL C 677 ? LEU C 679 ? VAL E 673 LEU E 675 AB5 2 VAL C 717 ? ILE C 719 ? VAL E 713 ILE E 715 AB6 1 ARG C 702 ? THR C 704 ? ARG E 698 THR E 700 AB6 2 THR C 710 ? 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ASP E 637 ? VAL B 630 ASP B 633 AC5 2 ILE E 678 ? ASP E 681 ? ILE B 674 ASP B 677 AC5 3 VAL E 718 ? THR E 721 ? VAL B 714 THR B 717 AC6 1 ARG E 702 ? THR E 704 ? ARG B 698 THR B 700 AC6 2 THR E 710 ? ASP E 712 ? THR B 706 ASP B 708 AC7 1 ARG E 849 ? VAL E 852 ? ARG B 845 VAL B 848 AC7 2 ILE E 857 ? VAL E 860 ? ILE B 853 VAL B 856 AC8 1 LEU F 208 ? ILE F 209 ? LEU A 204 ILE A 205 AC8 2 VAL F 340 ? PHE F 341 ? VAL A 336 PHE A 337 AC9 1 ARG F 240 ? VAL F 241 ? ARG A 236 VAL A 237 AC9 2 VAL F 277 ? PHE F 280 ? VAL A 273 PHE A 276 AC9 3 CYS F 314 ? VAL F 315 ? CYS A 310 VAL A 311 AD1 1 PHE F 607 ? LEU F 608 ? PHE A 603 LEU A 604 AD1 2 THR F 716 ? SER F 722 ? THR A 712 SER A 718 AD1 3 SER F 676 ? ASP F 681 ? SER A 672 ASP A 677 AD1 4 MET F 633 ? ASP F 637 ? MET A 629 ASP A 633 AD2 1 ARG F 702 ? THR F 704 ? ARG A 698 THR A 700 AD2 2 THR F 710 ? ASP F 712 ? THR A 706 ASP A 708 AD3 1 ILE F 797 ? ILE F 799 ? ILE A 793 ILE A 795 AD3 2 ILE F 848 ? GLU F 851 ? ILE A 844 GLU A 847 AD3 3 VAL F 858 ? VAL F 860 ? VAL A 854 VAL A 856 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ILE A 170 ? N ILE C 166 O ALA A 243 ? O ALA C 239 AA2 1 2 N ILE A 281 ? N ILE C 277 O ALA A 317 ? O ALA C 313 AA2 2 3 O GLY A 316 ? O GLY C 312 N PRO A 206 ? N PRO C 202 AA2 3 4 N ASN A 205 ? N ASN C 201 O GLN A 338 ? O GLN C 334 AA3 1 2 N ARG A 240 ? N ARG C 236 O ILE A 278 ? O ILE C 274 AA4 1 2 N LEU A 606 ? N LEU C 602 O VAL A 765 ? O VAL C 761 AA5 1 2 N ILE A 636 ? N ILE C 632 O LEU A 679 ? O LEU C 675 AA5 2 3 N LEU A 680 ? N LEU C 676 O ILE A 719 ? O ILE C 715 AA6 1 2 N LEU A 703 ? N LEU C 699 O VAL A 711 ? O VAL C 707 AA7 1 2 N HIS A 798 ? N HIS C 794 O ILE A 848 ? O ILE C 844 AA8 1 2 N ILE B 170 ? N ILE F 166 O ALA B 243 ? O ALA F 239 AA9 1 2 O GLY B 316 ? O GLY F 312 N PRO B 206 ? N PRO F 202 AA9 2 3 N VAL B 207 ? N VAL F 203 O GLN B 338 ? O GLN F 334 AB1 1 2 N VAL B 634 ? N VAL F 630 O VAL B 677 ? O VAL F 673 AB1 2 3 N LEU B 680 ? N LEU F 676 O ILE B 719 ? O ILE F 715 AB1 3 4 O MET B 720 ? O MET F 716 N PHE B 607 ? N PHE F 603 AB1 4 5 N LEU B 608 ? N LEU F 604 O VAL B 765 ? O VAL F 761 AB2 1 2 N LEU B 703 ? N LEU F 699 O VAL B 711 ? O VAL F 707 AB3 1 2 N GLU B 796 ? N GLU F 792 O ILE B 848 ? O ILE F 844 AB4 1 2 N ILE C 170 ? N ILE E 166 O ALA C 243 ? O ALA E 239 AB4 2 3 N ARG C 240 ? N ARG E 236 O ILE C 278 ? O ILE E 274 AB4 3 4 N ILE C 281 ? N ILE E 277 O VAL C 315 ? O VAL E 311 AB4 4 5 O THR C 318 ? O THR E 314 N LEU C 208 ? N LEU E 204 AB4 5 6 N ILE C 209 ? N ILE E 205 O VAL C 340 ? O VAL E 336 AB5 1 2 N ILE C 678 ? N ILE E 674 O ILE C 719 ? O ILE E 715 AB6 1 2 N LEU C 703 ? N LEU E 699 O VAL C 711 ? O VAL E 707 AB7 1 2 N HIS C 798 ? N HIS E 794 O LEU C 850 ? O LEU E 846 AB7 2 3 N GLU C 851 ? N GLU E 847 O VAL C 858 ? O VAL E 854 AB8 1 2 N ILE D 170 ? N ILE D 166 O ALA D 243 ? O ALA D 239 AB8 2 3 N ARG D 240 ? N ARG D 236 O ILE D 278 ? O ILE D 274 AB9 1 2 O GLY D 316 ? O GLY D 312 N LEU D 208 ? N LEU D 204 AB9 2 3 N ILE D 209 ? N ILE D 205 O VAL D 340 ? O VAL D 336 AC1 1 2 N LEU D 608 ? N LEU D 604 O VAL D 765 ? O VAL D 761 AC2 1 2 N LEU D 680 ? N LEU D 676 O ILE D 719 ? O ILE D 715 AC3 1 2 N LEU E 208 ? N LEU B 204 O GLY E 316 ? O GLY B 312 AC3 2 3 O VAL E 315 ? O VAL B 311 N ILE E 281 ? N ILE B 277 AC3 3 4 O ILE E 278 ? O ILE B 274 N LEU E 242 ? N LEU B 238 AC4 1 2 N LEU E 606 ? N LEU B 602 O VAL E 765 ? O VAL B 761 AC5 1 2 N VAL E 634 ? N VAL B 630 O LEU E 679 ? O LEU B 675 AC5 2 3 N LEU E 680 ? N LEU B 676 O THR E 721 ? O THR B 717 AC6 1 2 N LEU E 703 ? N LEU B 699 O VAL E 711 ? O VAL B 707 AC7 1 2 N GLU E 851 ? N GLU B 847 O VAL E 858 ? O VAL B 854 AC8 1 2 N ILE F 209 ? N ILE A 205 O VAL F 340 ? O VAL A 336 AC9 1 2 N ARG F 240 ? N ARG A 236 O ILE F 278 ? O ILE A 274 AC9 2 3 N LEU F 279 ? N LEU A 275 O VAL F 315 ? O VAL A 311 AD1 1 2 N PHE F 607 ? N PHE A 603 O SER F 722 ? O SER A 718 AD1 2 3 O VAL F 717 ? O VAL A 713 N ILE F 678 ? N ILE A 674 AD1 3 4 O ASP F 681 ? O ASP A 677 N ILE F 636 ? N ILE A 632 AD2 1 2 N LEU F 703 ? N LEU A 699 O VAL F 711 ? O VAL A 707 AD3 1 2 N HIS F 798 ? N HIS A 794 O ILE F 848 ? O ILE A 844 AD3 2 3 N GLU F 851 ? N GLU A 847 O VAL F 858 ? O VAL A 854 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software C AGS 901 ? 14 'binding site for residue AGS C 901' AC2 Software C AGS 902 ? 12 'binding site for residue AGS C 902' AC3 Software E AGS 901 ? 12 'binding site for residue AGS E 901' AC4 Software E AGS 902 ? 12 'binding site for residue AGS E 902' AC5 Software D AGS 901 ? 10 'binding site for residue AGS D 901' AC6 Software D AGS 902 ? 11 'binding site for residue AGS D 902' AC7 Software B AGS 901 ? 14 'binding site for residue AGS B 901' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 14 ARG E 336 ? 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A . n F 1 825 ILE 825 821 821 ILE ILE A . n F 1 826 GLN 826 822 822 GLN GLN A . n F 1 827 GLN 827 823 823 GLN GLN A . n F 1 828 GLN 828 824 824 GLN GLN A . n F 1 829 ILE 829 825 825 ILE ILE A . n F 1 830 GLU 830 826 826 GLU GLU A . n F 1 831 ASN 831 827 827 ASN ASN A . n F 1 832 PRO 832 828 828 PRO PRO A . n F 1 833 LEU 833 829 829 LEU LEU A . n F 1 834 ALA 834 830 830 ALA ALA A . n F 1 835 GLN 835 831 831 GLN GLN A . n F 1 836 GLN 836 832 832 GLN GLN A . n F 1 837 ILE 837 833 833 ILE ILE A . n F 1 838 LEU 838 834 834 LEU LEU A . n F 1 839 SER 839 835 835 SER SER A . n F 1 840 GLY 840 836 836 GLY GLY A . n F 1 841 GLU 841 837 837 GLU GLU A . n F 1 842 LEU 842 838 838 LEU LEU A . n F 1 843 VAL 843 839 839 VAL VAL A . n F 1 844 PRO 844 840 840 PRO PRO A . n F 1 845 GLY 845 841 841 GLY GLY A . n F 1 846 LYS 846 842 842 LYS LYS A . n F 1 847 VAL 847 843 843 VAL VAL A . n F 1 848 ILE 848 844 844 ILE ILE A . n F 1 849 ARG 849 845 845 ARG ARG A . n F 1 850 LEU 850 846 846 LEU LEU A . n F 1 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The crystal structure of E. coli ClpB (4CIU) was used as a main template, the crystal structure of T. thermophilus (1QVR) was used to model positions of the NTD and the crystal structures of AAA1 and AAA2 of E. coli ClpB (4HSE and 4LJ9) were used to model the pore loops disordered in other crystal structures. Initial rigid body fitting of the monomers in the map was manually done in Chimera using the Fit-in-Map tool. iMODFIT was used for fitting involving large domain motions. FlexEM was then used for refinement of secondary structures and loops in the map. Quality and improvement of the fit was assessed with TEMPy using the Segment based Manders Overlap Coefficient (SMOC) scores and segment based cross correlation scores. Rigid body fitting of ATPgammaS (structure extracted from PDB id 3EIH) into the nucleotide binding sites was manually done in Chimera using the Fit-in-Map tool. The target map for fitting of ATPgammaS was the difference map between experimental map and map generated using the nucleotide-free model reveiling nucleotide densities. A round of real-space refinement was performed in phenix using energy minimization to fix the model's geometry and clashes. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'local correlation coeficient' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5OG1 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 60000 _em_3d_reconstruction.resolution 4.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'ClpB (BAP form, double walker B mutant) homohexamer in the ATPgammaS state' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 5OG1 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 50 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 5 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5OG1 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'Agar lacey carbon' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 295 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 90 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK III' _em_vitrification.entry_id 5OG1 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5OG1 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 5OG1 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 NH2 F ARG 252 ? ? 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