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GDP-mannose was soaked in at 20mM overnight. ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # _diffrn.ambient_environment ? _diffrn.ambient_temp 83 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.ambient_temp_esd ? _diffrn.crystal_id 1 _diffrn.crystal_support ? _diffrn.crystal_treatment ? _diffrn.details ? _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_pressure ? _diffrn.ambient_pressure_esd ? _diffrn.ambient_pressure_gt ? _diffrn.ambient_pressure_lt ? _diffrn.ambient_temp_gt ? _diffrn.ambient_temp_lt ? # _diffrn_detector.details ? _diffrn_detector.detector PIXEL _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.type 'DECTRIS EIGER X 9M' _diffrn_detector.area_resol_mean ? _diffrn_detector.dtime ? _diffrn_detector.pdbx_frames_total ? _diffrn_detector.pdbx_collection_time_total ? _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2017-05-26 # _diffrn_radiation.collimation ? _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.filter_edge ? _diffrn_radiation.inhomogeneity ? _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.polarisn_norm ? _diffrn_radiation.polarisn_ratio ? 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'X-RAY DIFFRACTION' . 3.6900 3.7897 2488 0.3161 97.00 0.4063 . . 144 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7897 3.9012 2425 0.3180 98.00 0.3857 . . 105 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.9012 4.0270 2459 0.2962 97.00 0.3468 . . 151 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.0270 4.1708 2434 0.2980 97.00 0.3746 . . 183 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.1708 4.3377 2449 0.2808 97.00 0.4199 . . 105 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.3377 4.5349 2476 0.2800 96.00 0.3200 . . 157 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.5349 4.7738 2319 0.2496 96.00 0.3464 . . 123 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.7738 5.0725 2546 0.2577 97.00 0.3730 . . 115 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.0725 5.4635 2391 0.2791 96.00 0.3722 . . 144 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.4635 6.0121 2404 0.2934 98.00 0.3427 . . 162 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 6.0121 6.8792 2487 0.2688 97.00 0.3070 . . 129 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 6.8792 8.6565 2405 0.2001 97.00 0.2244 . . 155 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 8.6565 44.3311 2340 0.1774 92.00 0.1974 . . 137 . . . . # _struct.entry_id 5OGK _struct.title 'Crystal structure of a nucleotide sugar transporter with bound nucleotide sugar.' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5OGK _struct_keywords.text 'SLC35, Golgi transporter, nucleotide-sugar, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 2 ? O N N 3 ? P N N 2 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? 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P40107 1 ? 337 ? 1 337 2 1 5OGK B 1 ? 337 ? P40107 1 ? 337 ? 1 337 3 1 5OGK C 1 ? 337 ? P40107 1 ? 337 ? 1 337 4 1 5OGK D 1 ? 337 ? P40107 1 ? 337 ? 1 337 5 1 5OGK E 1 ? 337 ? P40107 1 ? 337 ? 1 337 6 1 5OGK F 1 ? 337 ? P40107 1 ? 337 ? 1 337 7 1 5OGK G 1 ? 337 ? P40107 1 ? 337 ? 1 337 8 1 5OGK H 1 ? 337 ? P40107 1 ? 337 ? 1 337 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 software_defined_assembly PISA dimeric 2 2 software_defined_assembly PISA dimeric 2 3 software_defined_assembly PISA dimeric 2 4 software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 2780 ? 1 MORE -30 ? 1 'SSA (A^2)' 29430 ? 2 'ABSA (A^2)' 3030 ? 2 MORE -30 ? 2 'SSA (A^2)' 29610 ? 3 'ABSA (A^2)' 2010 ? 3 MORE -21 ? 3 'SSA (A^2)' 29800 ? 4 'ABSA (A^2)' 1580 ? 4 MORE -16 ? 4 'SSA (A^2)' 29840 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,I,J,K 2 1 C,E,L,M,P,Q 3 1 D,N,O 3 2 F 4 1 G,R,S 4 3 H # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 none ? 2 2 none ? # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'crystal symmetry operation' 1_554 x,y,z-1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.2201460032 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 -0.4398698388 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 -180.1913286323 3 'crystal symmetry operation' 1_556 x,y,z+1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 -0.2201460032 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.4398698388 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 180.1913286323 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 22 ? 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ALA B 110 PHE B 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P16 AB7 THR B 138 ? GLY B 158 ? THR B 138 GLY B 158 1 ? 21 HELX_P HELX_P17 AB8 SER B 180 ? ASN B 210 ? SER B 180 ASN B 210 1 ? 31 HELX_P HELX_P18 AB9 PHE B 214 ? GLU B 236 ? PHE B 214 GLU B 236 1 ? 23 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN B 242 ? ASN B 246 ? ASN B 242 ASN B 246 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 SER B 248 ? THR B 276 ? SER B 248 THR B 276 1 ? 29 HELX_P HELX_P21 AC3 SER B 277 ? PHE B 299 ? SER B 277 PHE B 299 1 ? 23 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN B 305 ? GLN B 333 ? ASN B 305 GLN B 333 1 ? 29 HELX_P HELX_P23 AC5 PRO C 22 ? VAL C 42 ? PRO C 22 VAL C 42 1 ? 21 HELX_P HELX_P24 AC6 MET C 50 ? ILE C 71 ? MET C 50 ILE C 71 1 ? 22 HELX_P HELX_P25 AC7 ASP C 84 ? LEU C 109 ? ASP C 84 LEU C 109 1 ? 26 HELX_P HELX_P26 AC8 ALA C 110 ? PHE C 133 ? ALA C 110 PHE C 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P27 AC9 THR C 138 ? GLY C 158 ? THR C 138 GLY C 158 1 ? 21 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN C 182 ? THR C 209 ? ASN C 182 THR C 209 1 ? 28 HELX_P HELX_P29 AD2 PHE C 214 ? VAL C 235 ? PHE C 214 VAL C 235 1 ? 22 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN C 242 ? ASN C 246 ? ASN C 242 ASN C 246 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 SER C 248 ? THR C 276 ? SER C 248 THR C 276 1 ? 29 HELX_P HELX_P32 AD5 SER C 277 ? PHE C 299 ? SER C 277 PHE C 299 1 ? 23 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN C 305 ? GLN C 333 ? ASN C 305 GLN C 333 1 ? 29 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO D 22 ? ASN D 39 ? PRO D 22 ASN D 39 1 ? 18 HELX_P HELX_P35 AD8 MET D 50 ? ILE D 71 ? MET D 50 ILE D 71 1 ? 22 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP D 84 ? LEU D 109 ? ASP D 84 LEU D 109 1 ? 26 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA D 110 ? PHE D 133 ? ALA D 110 PHE D 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P38 AE2 THR D 138 ? GLY D 158 ? THR D 138 GLY D 158 1 ? 21 HELX_P HELX_P39 AE3 ASN D 182 ? THR D 209 ? ASN D 182 THR D 209 1 ? 28 HELX_P HELX_P40 AE4 PHE D 214 ? GLU D 236 ? PHE D 214 GLU D 236 1 ? 23 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN D 242 ? ASN D 246 ? ASN D 242 ASN D 246 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 SER D 248 ? THR D 276 ? SER D 248 THR D 276 1 ? 29 HELX_P HELX_P43 AE7 SER D 277 ? PHE D 299 ? SER D 277 PHE D 299 1 ? 23 HELX_P HELX_P44 AE8 ASN D 305 ? GLN D 333 ? ASN D 305 GLN D 333 1 ? 29 HELX_P HELX_P45 AE9 PRO E 22 ? PHE E 41 ? PRO E 22 PHE E 41 1 ? 20 HELX_P HELX_P46 AF1 MET E 50 ? ILE E 71 ? MET E 50 ILE E 71 1 ? 22 HELX_P HELX_P47 AF2 LYS E 82 ? LEU E 109 ? LYS E 82 LEU E 109 1 ? 28 HELX_P HELX_P48 AF3 ALA E 110 ? PHE E 133 ? ALA E 110 PHE E 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P49 AF4 THR E 138 ? GLY E 158 ? THR E 138 GLY E 158 1 ? 21 HELX_P HELX_P50 AF5 SER E 180 ? ASN E 210 ? SER E 180 ASN E 210 1 ? 31 HELX_P HELX_P51 AF6 PHE E 214 ? GLU E 236 ? PHE E 214 GLU E 236 1 ? 23 HELX_P HELX_P52 AF7 ASN E 242 ? PHE E 247 ? ASN E 242 PHE E 247 1 ? 6 HELX_P HELX_P53 AF8 SER E 248 ? THR E 276 ? SER E 248 THR E 276 1 ? 29 HELX_P HELX_P54 AF9 SER E 277 ? PHE E 299 ? SER E 277 PHE E 299 1 ? 23 HELX_P HELX_P55 AG1 ASN E 305 ? GLN E 333 ? ASN E 305 GLN E 333 1 ? 29 HELX_P HELX_P56 AG2 PRO F 22 ? PHE F 41 ? PRO F 22 PHE F 41 1 ? 20 HELX_P HELX_P57 AG3 MET F 50 ? ILE F 71 ? MET F 50 ILE F 71 1 ? 22 HELX_P HELX_P58 AG4 LYS F 82 ? LEU F 109 ? LYS F 82 LEU F 109 1 ? 28 HELX_P HELX_P59 AG5 ALA F 110 ? PHE F 133 ? ALA F 110 PHE F 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P60 AG6 THR F 138 ? GLY F 158 ? THR F 138 GLY F 158 1 ? 21 HELX_P HELX_P61 AG7 ASN F 182 ? THR F 209 ? ASN F 182 THR F 209 1 ? 28 HELX_P HELX_P62 AG8 PHE F 214 ? GLU F 236 ? PHE F 214 GLU F 236 1 ? 23 HELX_P HELX_P63 AG9 ASN F 242 ? PHE F 247 ? ASN F 242 PHE F 247 1 ? 6 HELX_P HELX_P64 AH1 SER F 248 ? THR F 276 ? SER F 248 THR F 276 1 ? 29 HELX_P HELX_P65 AH2 SER F 277 ? PHE F 299 ? SER F 277 PHE F 299 1 ? 23 HELX_P HELX_P66 AH3 ASN F 305 ? GLN F 333 ? ASN F 305 GLN F 333 1 ? 29 HELX_P HELX_P67 AH4 PRO G 22 ? ASN G 39 ? PRO G 22 ASN G 39 1 ? 18 HELX_P HELX_P68 AH5 MET G 50 ? ILE G 71 ? MET G 50 ILE G 71 1 ? 22 HELX_P HELX_P69 AH6 ASP G 84 ? LEU G 109 ? ASP G 84 LEU G 109 1 ? 26 HELX_P HELX_P70 AH7 ALA G 110 ? PHE G 133 ? ALA G 110 PHE G 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P71 AH8 THR G 138 ? GLY G 158 ? THR G 138 GLY G 158 1 ? 21 HELX_P HELX_P72 AH9 PHE G 181 ? THR G 209 ? PHE G 181 THR G 209 1 ? 29 HELX_P HELX_P73 AI1 PHE G 214 ? GLU G 236 ? PHE G 214 GLU G 236 1 ? 23 HELX_P HELX_P74 AI2 ASN G 242 ? PHE G 247 ? ASN G 242 PHE G 247 1 ? 6 HELX_P HELX_P75 AI3 SER G 248 ? THR G 276 ? SER G 248 THR G 276 1 ? 29 HELX_P HELX_P76 AI4 SER G 277 ? PHE G 299 ? SER G 277 PHE G 299 1 ? 23 HELX_P HELX_P77 AI5 ASN G 305 ? GLN G 333 ? ASN G 305 GLN G 333 1 ? 29 HELX_P HELX_P78 AI6 PRO H 22 ? PHE H 41 ? PRO H 22 PHE H 41 1 ? 20 HELX_P HELX_P79 AI7 MET H 50 ? ILE H 71 ? MET H 50 ILE H 71 1 ? 22 HELX_P HELX_P80 AI8 LYS H 82 ? LEU H 109 ? LYS H 82 LEU H 109 1 ? 28 HELX_P HELX_P81 AI9 ALA H 110 ? PHE H 133 ? ALA H 110 PHE H 133 1 ? 24 HELX_P HELX_P82 AJ1 THR H 138 ? GLY H 158 ? THR H 138 GLY H 158 1 ? 21 HELX_P HELX_P83 AJ2 ASN H 182 ? ASN H 210 ? ASN H 182 ASN H 210 1 ? 29 HELX_P HELX_P84 AJ3 PHE H 214 ? GLU H 236 ? PHE H 214 GLU H 236 1 ? 23 HELX_P HELX_P85 AJ4 ASN H 242 ? ASN H 246 ? ASN H 242 ASN H 246 5 ? 5 HELX_P HELX_P86 AJ5 SER H 248 ? THR H 276 ? SER H 248 THR H 276 1 ? 29 HELX_P HELX_P87 AJ6 SER H 277 ? PHE H 299 ? SER H 277 PHE H 299 1 ? 23 HELX_P HELX_P88 AJ7 ASN H 305 ? GLN H 333 ? 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