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TTPLFNSTWNNTRTDDYPTGGEQNITLQCRIKQIINMWQGVGKAMYAPPIRGQIRCSSNITGLLLTRDGGRDQNGTETFR PGGGNMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGIAPTACKRRV ; G,D,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;AVGLGAFILGFLGAAGSTMGAASMALTVQARLLLSGIVQQQNNLLRAPEAQQHMLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKIICCTNVPWNDSWSNKTINEIWDNMTWMQWEKEIDNYTQHIYTLLEVSQIQQEKNEQELLELD ; ;AVGLGAFILGFLGAAGSTMGAASMALTVQARLLLSGIVQQQNNLLRAPEAQQHMLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKIICCTNVPWNDSWSNKTINEIWDNMTWMQWEKEIDNYTQHIYTLLEVSQIQQEKNEQELLELD ; A,B,C ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCQASGYRFSNFVIHWVRQAPGQRFEWMGWINPYNGNKEFSAKFQDRVTFTADTSANTAY MELRSLRSADTAVYYCARVGPYSWDDSPQDNYYMDVWGKGTTVIVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYF PEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKAEPKSC ; ;QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCQASGYRFSNFVIHWVRQAPGQRFEWMGWINPYNGNKEFSAKFQDRVTFTADTSANTAY MELRSLRSADTAVYYCARVGPYSWDDSPQDNYYMDVWGKGTTVIVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYF PEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKAEPKSC ; H,F,I ? 4 'polypeptide(L)' no no ;EIVLTQSPGTLSLSPGERATFSCRSSHSIRSRRVAWYQHKPGQAPRLVIHGVSNRASGISDRFSGSGSGTDFTLTITRVE PEDFALYYCQVYGASSYTFGQGTKLERKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNS QESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLRSPVTKSFNRGEC ; ;EIVLTQSPGTLSLSPGERATFSCRSSHSIRSRRVAWYQHKPGQAPRLVIHGVSNRASGISDRFSGSGSGTDFTLTITRVE PEDFALYYCQVYGASSYTFGQGTKLERKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNS QESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLRSPVTKSFNRGEC ; L,J,K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ASP n 1 3 ALA n 1 4 MET n 1 5 LYS n 1 6 ARG n 1 7 GLY n 1 8 LEU n 1 9 CYS n 1 10 CYS n 1 11 VAL n 1 12 LEU n 1 13 LEU n 1 14 LEU n 1 15 CYS n 1 16 GLY n 1 17 ALA n 1 18 VAL n 1 19 PHE n 1 20 VAL n 1 21 SER n 1 22 PRO n 1 23 SER n 1 24 GLN n 1 25 GLU n 1 26 ILE n 1 27 HIS n 1 28 ALA n 1 29 ARG n 1 30 PHE n 1 31 ARG n 1 32 ARG n 1 33 GLY n 1 34 ALA n 1 35 ARG n 1 36 ALA n 1 37 ALA n 1 38 LYS n 1 39 LYS n 1 40 TRP n 1 41 VAL 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_struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5VN8 _struct_keywords.text 'neutralizing antibody, HIV-1, envelope glycoprotein, receptor binding site, IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.pdbx_keywords 'IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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A ASN 317 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? G ASN 301 G NAG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? G ASN 332 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? G ASN 339 G NAG 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 370 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? G ASN 355 G NAG 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 376 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? G ASN 362 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? G ASN 386 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? G ASN 392 G NAG 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 410 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? G ASN 397 G NAG 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? 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N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? D ASN 88 D NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? E ASN 169 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? D ASN 160 D NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? E ASN 213 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? D ASN 197 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? E ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? D ASN 234 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? E ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? D ASN 241 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? E ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? D ASN 262 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? E ASN 292 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? D ASN 276 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? E ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? D ASN 295 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? E ASN 317 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? D ASN 301 D NAG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? E ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? D ASN 332 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? E ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? D ASN 339 D NAG 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? E ASN 370 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? D ASN 355 D NAG 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? E ASN 376 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? D ASN 362 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? E ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? D ASN 386 f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? E ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? D ASN 392 D NAG 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? 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F ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 OB NAG . C1 ? ? B ASN 637 B NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? I ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 PB NAG . C1 ? ? E ASN 88 E NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? I ASN 169 ND2 ? ? ? 1_555 QB NAG . C1 ? ? E ASN 160 E NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? I ASN 213 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? E ASN 197 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale52 covale one ? I ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? E ASN 234 j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? I ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? E ASN 241 k NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale54 covale one ? I ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? E ASN 262 l NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale55 covale one ? I ASN 292 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? E ASN 276 m NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? 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AE3 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TRP A 40 ? 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HIS G 374 SER G 375 AA7 1 ILE A 434 ? ILE A 435 ? ILE G 423 ILE G 424 AA7 2 MET A 445 ? TYR A 446 ? MET G 434 TYR G 435 AA8 1 VAL C 20 ? SER C 21 ? VAL H 20 SER H 21 AA8 2 THR C 78 ? LEU C 83 ? THR H 77 LEU H 82 AA8 3 VAL C 68 ? ASP C 73 ? VAL H 67 ASP H 72 AA9 1 ASN C 57 ? GLU C 59 ? ASN H 56 GLU H 58 AA9 2 PHE C 45 ? ASN C 52 ? PHE H 45 ASN H 52 AA9 3 ILE C 34 ? GLN C 39 ? ILE H 34 GLN H 39 AA9 4 ALA C 97 ? ARG C 98 ? ALA H 93 ARG H 94 AB1 1 ASN C 57 ? GLU C 59 ? ASN H 56 GLU H 58 AB1 2 PHE C 45 ? ASN C 52 ? PHE H 45 ASN H 52 AB1 3 ILE C 34 ? GLN C 39 ? ILE H 34 GLN H 39 AB1 4 VAL C 93 ? TYR C 94 ? VAL H 89 TYR H 90 AB1 5 THR C 121 ? THR C 122 ? THR H 107 THR H 108 AB2 1 LEU D 4 ? GLN D 6 ? LEU L 4 GLN L 6 AB2 2 PHE D 21 ? SER D 25 ? PHE L 21 SER L 25 AB2 3 PHE D 72 ? ILE D 76 ? PHE L 71 ILE L 75 AB2 4 PHE D 63 ? SER D 66 ? PHE L 62 SER L 65 AB3 1 TRP D 36 ? HIS D 39 ? TRP L 35 HIS L 38 AB3 2 PRO D 45 ? ILE D 49 ? PRO L 44 ILE L 48 AB4 1 LEU D 86 ? TYR D 87 ? 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ILE D 414 ILE D 420 AC1 3 PHE E 397 ? CYS E 399 ? PHE D 383 CYS D 385 AC1 4 HIS E 388 ? SER E 389 ? HIS D 374 SER D 375 AC2 1 ILE E 434 ? ILE E 435 ? ILE D 423 ILE D 424 AC2 2 MET E 445 ? TYR E 446 ? MET D 434 TYR D 435 AC3 1 VAL G 20 ? SER G 21 ? VAL F 20 SER F 21 AC3 2 THR G 78 ? LEU G 83 ? THR F 77 LEU F 82 AC3 3 VAL G 68 ? ASP G 73 ? VAL F 67 ASP F 72 AC4 1 ASN G 57 ? GLU G 59 ? ASN F 56 GLU F 58 AC4 2 PHE G 45 ? ASN G 52 ? PHE F 45 ASN F 52 AC4 3 ILE G 34 ? GLN G 39 ? ILE F 34 GLN F 39 AC4 4 ALA G 97 ? ARG G 98 ? ALA F 93 ARG F 94 AC5 1 ASN G 57 ? GLU G 59 ? ASN F 56 GLU F 58 AC5 2 PHE G 45 ? ASN G 52 ? PHE F 45 ASN F 52 AC5 3 ILE G 34 ? GLN G 39 ? ILE F 34 GLN F 39 AC5 4 VAL G 93 ? TYR G 94 ? VAL F 89 TYR F 90 AC5 5 THR G 121 ? THR G 122 ? THR F 107 THR F 108 AC6 1 LEU H 4 ? GLN H 6 ? LEU J 4 GLN J 6 AC6 2 PHE H 21 ? SER H 25 ? PHE J 21 SER J 25 AC6 3 PHE H 72 ? ILE H 76 ? PHE J 71 ILE J 75 AC6 4 PHE H 63 ? SER H 66 ? PHE J 62 SER J 65 AC7 1 TRP H 36 ? HIS H 39 ? TRP J 35 HIS J 38 AC7 2 PRO H 45 ? ILE H 49 ? PRO J 44 ILE J 48 AC8 1 LEU H 86 ? TYR H 87 ? LEU J 85 TYR J 86 AC8 2 THR H 103 ? LYS H 104 ? THR J 102 LYS J 103 AC9 1 TRP I 40 ? TYR I 45 ? TRP E 35 TYR E 40 AC9 2 LEU I 505 ? THR I 510 ? LEU E 494 THR E 499 AD1 1 TRP I 50 ? GLU I 52 ? TRP E 45 GLU E 47 AD1 2 TYR I 497 ? ILE I 502 ? TYR E 486 ILE E 491 AD1 3 PHE I 239 ? CYS I 244 ? PHE E 223 CYS E 228 AD1 4 VAL I 258 ? VAL I 261 ? VAL E 242 VAL E 245 AD1 5 GLU I 88 ? VAL I 90 ? GLU E 83 VAL E 85 AD2 1 PHE I 98 ? ASN I 99 ? PHE E 93 ASN E 94 AD2 2 SER I 252 ? GLY I 253 ? SER E 236 GLY E 237 AD3 1 LEU I 275 ? LEU I 277 ? LEU E 259 LEU E 261 AD3 2 GLY I 452 ? ARG I 467 ? GLY E 441 ARG E 456 AD3 3 ILE I 300 ? ASN I 318 ? ILE E 284 ASN E 302 AD3 4 VAL I 287 ? ARG I 289 ? VAL E 271 ARG E 273 AD4 1 LEU I 275 ? LEU I 277 ? LEU E 259 LEU E 261 AD4 2 GLY I 452 ? ARG I 467 ? GLY E 441 ARG E 456 AD4 3 THR I 476 ? ARG I 480 ? THR E 465 ARG E 469 AD4 4 THR I 372 ? PHE I 375 ? 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THR K 102 LYS K 103 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N TYR A 44 ? 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_software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.11.1_2575: _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.entry_id 5VN8 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Homology model of B41 SOSIP.664 created using PDB 5CEZ as initial model. b12 coordinates taken from PDB 2NY7. 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K VAL 177 756 1 Y 1 I HIS 164 ? K HIS 178 757 1 Y 1 I THR 165 ? K THR 179 758 1 Y 1 I PHE 166 ? K PHE 180 759 1 Y 1 I PRO 167 ? K PRO 181 760 1 Y 1 I ALA 168 ? K ALA 182 761 1 Y 1 I VAL 169 ? K VAL 183 762 1 Y 1 I LEU 170 ? K LEU 184 763 1 Y 1 I GLN 171 ? K GLN 185 764 1 Y 1 I SER 172 ? K SER 186 765 1 Y 1 I SER 173 ? K SER 187 766 1 Y 1 I GLY 174 ? K GLY 188 767 1 Y 1 I LEU 175 ? K LEU 189 768 1 Y 1 I TYR 176 ? K TYR 190 769 1 Y 1 I SER 177 ? K SER 191 770 1 Y 1 I LEU 178 ? K LEU 192 771 1 Y 1 I SER 179 ? K SER 193 772 1 Y 1 I SER 180 ? K SER 194 773 1 Y 1 I VAL 181 ? K VAL 195 774 1 Y 1 I VAL 182 ? K VAL 196 775 1 Y 1 I THR 183 ? K THR 197 776 1 Y 1 I VAL 184 ? K VAL 198 777 1 Y 1 I PRO 185 ? K PRO 199 778 1 Y 1 I SER 186 ? K SER 200 779 1 Y 1 I SER 187 ? K SER 201 780 1 Y 1 I SER 188 ? K SER 202 781 1 Y 1 I LEU 189 ? K LEU 203 782 1 Y 1 I GLY 190 ? K GLY 204 783 1 Y 1 I THR 191 ? K THR 205 784 1 Y 1 I GLN 192 ? K GLN 206 785 1 Y 1 I THR 193 ? K THR 207 786 1 Y 1 I TYR 194 ? 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L GLN 148 849 1 Y 1 K TRP 148 ? L TRP 149 850 1 Y 1 K LYS 149 ? L LYS 150 851 1 Y 1 K VAL 150 ? L VAL 151 852 1 Y 1 K ASP 151 ? L ASP 152 853 1 Y 1 K ASN 152 ? L ASN 153 854 1 Y 1 K ALA 153 ? L ALA 154 855 1 Y 1 K LEU 154 ? L LEU 155 856 1 Y 1 K GLN 155 ? L GLN 156 857 1 Y 1 K SER 156 ? L SER 157 858 1 Y 1 K GLY 157 ? L GLY 158 859 1 Y 1 K ASN 158 ? L ASN 159 860 1 Y 1 K SER 159 ? L SER 160 861 1 Y 1 K GLN 160 ? L GLN 161 862 1 Y 1 K GLU 161 ? L GLU 162 863 1 Y 1 K SER 162 ? L SER 163 864 1 Y 1 K VAL 163 ? L VAL 164 865 1 Y 1 K THR 164 ? L THR 165 866 1 Y 1 K GLU 165 ? L GLU 166 867 1 Y 1 K GLN 166 ? L GLN 167 868 1 Y 1 K ASP 167 ? L ASP 168 869 1 Y 1 K SER 168 ? L SER 169 870 1 Y 1 K LYS 169 ? L LYS 170 871 1 Y 1 K ASP 170 ? L ASP 171 872 1 Y 1 K SER 171 ? L SER 172 873 1 Y 1 K THR 172 ? L THR 173 874 1 Y 1 K TYR 173 ? L TYR 174 875 1 Y 1 K SER 174 ? L SER 175 876 1 Y 1 K LEU 175 ? L LEU 176 877 1 Y 1 K SER 176 ? L SER 177 878 1 Y 1 K SER 177 ? L SER 178 879 1 Y 1 K THR 178 ? 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'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 HEK293F 9606 'Homo sapiens' ? ? 2 3 HEK293F 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 58 _em_image_recording.average_exposure_time 10 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 1300 # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.06 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.10.1 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? Rosetta 2016.02.58402 ? 1 ? 10 'MODEL REFINEMENT' Phenix.real_space_refine PHENIX 1.11.1-2575 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.0 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.0 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? RELION 2.0 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 2.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 5 _em_specimen.details ;B41 SOSIP.664 was incubated with a 6X molar excess of 17b Fab overnight at room temperature, purified by size exclusion chromatography, and concentrated prior to grid application ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' UM1AI100663 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'P01 AI110657' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero M 5 NAG 1 M NAG 1 G NAG 1197 n M 5 NAG 2 M NAG 2 G NAG 1198 n N 5 NAG 1 N NAG 1 G NAG 1234 n N 5 NAG 2 N NAG 2 G NAG 1235 n O 6 NAG 1 O NAG 1 G NAG 1241 n O 6 NAG 2 O NAG 2 G NAG 1242 n O 6 BMA 3 O BMA 3 G BMA 1243 n P 7 NAG 1 P NAG 1 G NAG 1262 n P 7 NAG 2 P NAG 2 G NAG 1263 n P 7 BMA 3 P BMA 3 G BMA 1264 n P 7 MAN 4 P MAN 4 G MAN 1265 n Q 5 NAG 1 Q NAG 1 G NAG 1276 n Q 5 NAG 2 Q NAG 2 G NAG 1277 n R 5 NAG 1 R NAG 1 G NAG 1295 n R 5 NAG 2 R NAG 2 G NAG 1296 n S 5 NAG 1 S NAG 1 G NAG 1332 n S 5 NAG 2 S NAG 2 G NAG 1333 n T 6 NAG 1 T NAG 1 G NAG 1362 n T 6 NAG 2 T NAG 2 G NAG 1363 n T 6 BMA 3 T BMA 3 G BMA 1364 n U 6 NAG 1 U NAG 1 G NAG 1386 n U 6 NAG 2 U NAG 2 G NAG 1387 n U 6 BMA 3 U BMA 3 G BMA 1388 n V 5 NAG 1 V NAG 1 G NAG 1413 n V 5 NAG 2 V NAG 2 G NAG 1414 n W 5 NAG 1 W NAG 1 G NAG 1448 n W 5 NAG 2 W NAG 2 G NAG 1449 n X 5 NAG 1 X NAG 1 D NAG 1197 n X 5 NAG 2 X NAG 2 D NAG 1198 n Y 5 NAG 1 Y NAG 1 D NAG 1234 n Y 5 NAG 2 Y NAG 2 D NAG 1235 n Z 6 NAG 1 Z NAG 1 D NAG 1241 n Z 6 NAG 2 Z NAG 2 D NAG 1242 n Z 6 BMA 3 Z BMA 3 D BMA 1243 n AA 7 NAG 1 a NAG 1 D NAG 1262 n AA 7 NAG 2 a NAG 2 D NAG 1263 n AA 7 BMA 3 a BMA 3 D BMA 1264 n AA 7 MAN 4 a MAN 4 D MAN 1265 n BA 5 NAG 1 b NAG 1 D NAG 1276 n BA 5 NAG 2 b NAG 2 D NAG 1277 n CA 5 NAG 1 c NAG 1 D NAG 1295 n CA 5 NAG 2 c NAG 2 D NAG 1296 n DA 5 NAG 1 d NAG 1 D NAG 1332 n DA 5 NAG 2 d NAG 2 D NAG 1333 n EA 6 NAG 1 e NAG 1 D NAG 1362 n EA 6 NAG 2 e NAG 2 D NAG 1363 n EA 6 BMA 3 e BMA 3 D BMA 1364 n FA 6 NAG 1 f NAG 1 D NAG 1386 n FA 6 NAG 2 f NAG 2 D NAG 1387 n FA 6 BMA 3 f BMA 3 D BMA 1388 n GA 5 NAG 1 g NAG 1 D NAG 1413 n GA 5 NAG 2 g NAG 2 D NAG 1414 n HA 5 NAG 1 h NAG 1 D NAG 1448 n HA 5 NAG 2 h NAG 2 D NAG 1449 n IA 5 NAG 1 i NAG 1 E NAG 1197 n IA 5 NAG 2 i NAG 2 E NAG 1198 n JA 5 NAG 1 j NAG 1 E NAG 1234 n JA 5 NAG 2 j NAG 2 E NAG 1235 n KA 6 NAG 1 k NAG 1 E NAG 1241 n KA 6 NAG 2 k NAG 2 E NAG 1242 n KA 6 BMA 3 k BMA 3 E BMA 1243 n LA 7 NAG 1 l NAG 1 E NAG 1262 n LA 7 NAG 2 l NAG 2 E NAG 1263 n LA 7 BMA 3 l BMA 3 E BMA 1264 n LA 7 MAN 4 l MAN 4 E MAN 1265 n MA 5 NAG 1 m NAG 1 E NAG 1276 n MA 5 NAG 2 m NAG 2 E NAG 1277 n NA 5 NAG 1 n NAG 1 E NAG 1295 n NA 5 NAG 2 n NAG 2 E NAG 1296 n OA 5 NAG 1 o NAG 1 E NAG 1332 n OA 5 NAG 2 o NAG 2 E NAG 1333 n PA 6 NAG 1 p NAG 1 E NAG 1362 n PA 6 NAG 2 p NAG 2 E NAG 1363 n PA 6 BMA 3 p BMA 3 E BMA 1364 n QA 6 NAG 1 q NAG 1 E NAG 1386 n QA 6 NAG 2 q NAG 2 E NAG 1387 n QA 6 BMA 3 q BMA 3 E BMA 1388 n RA 5 NAG 1 r NAG 1 E NAG 1413 n RA 5 NAG 2 r NAG 2 E NAG 1414 n SA 5 NAG 1 s NAG 1 E NAG 1448 n SA 5 NAG 2 s NAG 2 E NAG 1449 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 7 DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 7 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 5 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 6 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 8 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 microscopy ? 2 1 'gel filtration' ? #